攀西地区黑山羊mtDNA D-loop区遗传多态性研究

对攀西地区9个黑山羊类群线粒体mtDNA D-loop区序列多态性及系统进化进行探讨。结果表明:群体间共有多态位点178个,单一多态位点47个,简约信息位点131个,平均核苷酸歧义度为0.03500,有53种单倍型,说明遗传多样性丰富;而通过构建黑山羊系统树可以看出,9个类群黑山羊明显分为3支系,即支系A～C。进而揭示黑山羊是多母系起源。     

和田羊线粒体DNA D-loop区序列研究

[目的]利用线粒体DNA D-loop区序列分析和田羊遗传多样性.[方法]采用测序法获得和田羊线粒体DNA D-loop区核苷酸序列,比对分析和田羊与Genbank中收录的藏绵羊、蒙古羊、哈萨克羊、巴什拜羊的绵羊线粒体DNA D-loop区序列.[结果]和田羊mtDNA D-loop区序列为1 184 bp,均含有4个75 bp重复序列,A+T含量62.50;,G+C含量37.50;.和田羊与藏绵羊遗传距离最近为0.001,与哈萨克羊遗传距离最远为0.004,同源性分析结果与遗传距离分析结果相同.[结论]和田羊与藏绵羊遗传距离近、同源性高的结果与两个品种在地理分布上可能存在一定关系.     

中国山羊mtDNA D-loop遗传多态性研究

[目的]研究中国山羊mtDNA D-loop遗传多态性。[方法]测定了中国7个山羊品种共计107个个体的线粒体DNA D-loop部分序列。[结果]共检测到112个变异位点,其中转换为200个,颠换为9个;界定了77条单倍型,其中有58条为各品种独享单倍型,另外19条为群体内和群体间的共享单倍型。通过构建的中国山羊系统树可以看出,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型可分为支系A、B、C和D4个支系。[结论]揭示了中国山羊是多母系起源。     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

贵州黑山羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。     

山西太行黑山羊mtDNA D-Loop区遗传多样性分析

山西太行黑山羊是一个重要的地方品种。为深入研究保种群遗传多样性,选择35只个体的线粒体DNA D-Loop区进行了测序和多态性分析。结果显示,山西太行黑山羊的D-Loop区序列长度为1 211～1 215 bp,A、T、C、G的含量分别为31.82%、28.44%、26.22%和13.52%,富含A/T碱基;共发现多态性位点113个,34种单倍型,单倍型多样性为0.998;山西太行黑山羊与辽宁绒山羊、黄淮山羊和戴云山羊的遗传距离最小(0.014),与安哥拉山羊的遗传距离最大(0.029)。构建的系统发育树显示,20个山羊群体分为4个不同的支系。山西太行黑山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,选育程度较低。研究结果可为山西太行黑山羊遗传资源保护、选育和开发利用提供参考。     

延边牛线粒体DNA D-loop序列多态性研究

对4头延边牛个体与GenBank中4头朝鲜牛个体的线粒体DNA(mtDNA)D环(D-loop区)910bp全序列进行了比较分析。结果发现,8头黄牛个体mtDNAD-loop序列由8种单倍型组成,单倍型比例为100%,表明2个黄牛品种mtDNA遗传多态性很丰富;在4头延边牛D-loop区序列中,共检测到核苷酸多态位点17个,核苷酸变异率为1.87%;在4头朝鲜牛中共检测到核苷酸多态位点10个,核苷酸变异率为1.10%;延边牛和朝鲜牛mtDNAD-loop全序列突变类型均为转换、颠换和插入/缺失,其中以转换为主;序列分析显示朝鲜牛与延边牛的同源性很高,达98.90%～99.67%,表明朝鲜牛和延边牛亲缘关系很近。     

我国蛋用型地方鸡品种遗传多样性分析

对仙居鸡和白耳黄鸡2个蛋用型地方品种mtDNA D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,分析其线粒体D-loop区多态性,并结合GenBank中洛岛红和白来航的D-loop区序列进行进化分析。结果表明:2个蛋用型地方品种mtDNA D-loop区全长1 231~1 232bp,共发现18处单核苷酸变异位点和8种单倍型,核苷酸多样性为0.006 51±0.001 09,单倍型多态性为0.781±0.011。系统发育分析发现,2个蛋用型地方品种主要分布在A、B和C 3个进化分支,B和C为优势分支,而2个标准品种则分布在A和E 2个进化分支,E为优势分支。结果提示2个蛋用型地方品种遗传多态性呈中等,与标准品种亲缘关系较远,母系来源也有所不同。这为2个品种的选育利用和有效保种提供遗传背景资料和理论依据。     

东亚4个黑山羊群体mtDNA D-环遗传多样性及其起源

为了研究地方山羊品种的起源与分化,了解其遗传背景,为山羊资源的合理利用提供基础资料,利用PCR产物直接测序法对3个中国黑山羊群体和1个韩国黑山羊群体共39个个体的mtDNAD-环部分序列进行了测定和分析。测定的序列经排列比对后选取441bp分析,发现了55个多态位点,单一多态位点11个,简约信息位点44个,确定了29种单倍型,单倍型多样度为0.984。构建系统发育树将29种单倍型分成了明显的3个分支,角猾羊聚入A分支。同时利用群体间的单倍型的错配分布和遗传距离分析了各群体的亲缘关系。结果表明:4个黑山羊群体遗传多样性丰富,至少拥有3个不同的母系起源,角猾羊是家山羊的一个母系祖先。     

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

9个山羊品种微卫星DNA遗传多样性分析

为了研究湘东黑山羊、川东白山羊、云岭山羊、板角山羊、黄淮山羊、圭山山羊、贵州白山羊、安徽白山羊和波尔山羊9个山羊品种的遗传多样性,利用微卫星标记技术检测了4个微卫星座位（OarAE101、OarHH55、BM1329、BM143）的多态性。结果表明,9个山羊品种的4个微卫星座位中共检测到53个等位基因,9个山羊品种的期望杂合度（He）和观察杂合度（Ho）均在0.850以上,属于高杂合群体;9个山羊品种4个微卫星座位的PIC均值在0.820以上,属于高度多态微卫星DNA座位,可提供大量的遗传信息,具有遗传多样性评价优势,其中 PIC值最高的是圭山山羊（PIC=0.857）;主成分分析与UPGMA 聚类分析结果显示贵州白山羊、云岭山羊与圭山山羊亲缘关系较近,川东白山羊与板角山羊亲缘关系较近,湘东黑山羊、黄淮山羊与安徽白山羊亲缘关系较近,引入的波尔山羊自成一类,它与其他山羊亲缘关系较远。综上,9个山羊品种均具有较高的遗传多样性,其中圭山山羊的遗传多样性最丰富,贵州白山羊遗传多样性最低;各品种之间的亲缘关系符合不同品种的地理位置与育成史。     

mtDNA D-loop of Chinese main indigenous sheep breeds using PCR-RFLP

The polymorphism of mitochondrial DNA (mtD-NA) D-loop of 83 individuals from nine Chinese indigenous sheep breeds and two imported sheep breeds was studied with five endonucleases, Hinf I, Msp I, Sau3 A I, Xsp I and Taq I, using PCR-RFLP. The results indicated that there existed two basic haplotypes in the region of mtDNA D-loop. It could be inferred that Chinese indigenous sheep breeds originated from two maternal ancestors. The average polymorphic degree (π value = 0.0421%) of mtDNA D-loop showed that the genetic diversity of mtDNA of Chinese indigenous sheep breeds was very low. Translated from Hereditas, 2006, 28(2): 165–170 [译自: 遗传]     

辽宁绒山羊Cytb基因的克隆和序列测定

[目的]分析测定辽宁绒山羊Cytb基因序列,为我国山羊品种系统分类的进一步研究提供有益的探索。[方法]根据GenBank发表的山羊的m tDNA的核酸序列,结合软件设计一对引物,对辽宁绒山羊Cytb基因进行了克隆测序。[结果]序列长度为1 140 bp,A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为31.8%、26.8%、13.2%、28.3%,其中,A+T含量(58.6%)明显高于G+C含量(41.5%)。[结论]在系统发育研究中,Cytb基因是一个十分有效的标记。     

山羊mtDNA多态性及其遗传结构的研究*

 对中国6个山羊品种（辽宁绒山羊,内蒙古绒山羊,西藏山羊,中卫山羊,济宁青山羊和龙陵山羊）的52个样本进行mtDNA的D-Loop区的全序列测定,用来研究中国山羊品种的线粒体DNA遗传多态性及系统发育。用NJ法构建单倍型系统发育树,结果发现6个山羊品种的线粒体DNA控制区聚类后得到了4个很明显的分支,即单倍型A,B,C,D.品种间遗传结构分析发现内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊两个绒山羊品种与西藏山羊、中卫山羊3个可产绒的山羊品种聚在一起,接着与产羔皮的济宁青山羊聚在一起,最后与产肉性能强的龙陵山羊聚在一起。