贺兰山两株大型真菌物种分子 鉴定与系统地位分析

采用CTAB 法对采集于贺兰山地区的两株野生大型真菌子实体进行基因组DNA 提取,并利用真菌特 有引物ITS1F 和ITS4在PCR 基础上对其rDNA 的ITS 区段进行碱基序列测定并与GenBank 数据库中已知的相关 序列进行Blast 比对,结果表明,两株野生大型真菌分别属于鳞伞属Pholiota sp.和球盖菇属Stropharia sp. GenBank 登录号分别为FJ596817.1 和JQ627593.1同时在UNITE Database(s)数据库中采用邻接法对两菌株进行系统 发育树的构建及遗传距离的计算,结果表明,一菌株与Pholiota tuberculosa (Pers.) Kuyper & Tjall.-Beuk UDB015324另一菌株与Stropharia coronilla (Fr. ex Bull.) Qul. UDB015429 UDB015556）的遗传关系最近遗传 距离达到5.0。初步鉴定两株野生大型真菌为小瘤鳞伞和齿环球盖菇。     

新疆泥火山中度嗜盐菌WS1的16S rDNA分析

[目的]了解在新疆泥火山群这一特殊生境条件下一株中度嗜盐菌种属关系。[方法]从新疆泥火山分离得到中度嗜盐菌WS1,测定其生理生化指标,并采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增WS1菌株的16SrDNA,将得到的片段在NCBI Genbank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP3.65软件构建系统发育树。[结果]该菌能够在浓度0～15%NaCl的条件下生长;PCR扩增得到的片段长度为1 423 bp;同源性比对表明,该菌株与多种涅斯捷连科氏菌的16S rDNA序列同源性高达99%;系统发育树显示WS1菌株与涅斯捷连科氏菌的亲缘关系最近。[结论]结合生理生化指标,初步确定WS1菌株可能是耐盐涅斯捷连科氏菌属的一个亚种。     

一株野生大型真菌的菌种分离及ITS序列鉴定

[目的]寻找适宜杨树林下栽培的野生食用菌菌种。[方法]对采集自辽宁省阜新市蒙古族自治县银中杨林下的野生大型真菌进行菌种分离,同时研究不同分离部位对菌丝生长的影响,并对获得菌丝进行了rDNA ITS序列分析。[结果]菌盖与菌柄连接处为菌种最佳分离部位。对分离株rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物长度为692 bp,登录NCBI与GenBank中已知的菌种进行Blast比对,序列与Agaricus bitorquis(Quél.)Sacc的Query cover为97%~100%,ident均为99%。[结论]鉴定分离菌种为蘑菇科、蘑菇属、大肥菇。该研究可为下一步开展杨-食用菌复合经营提供菌种准备。     

赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6基因克隆及序列特征分析

[目的]根据赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6（ND6）基因序列分析不同种鱼类的分子进化关系。[方法]根据其他鱼类的线粒体ND6基因及侧翼序列设计引物,采用PCR扩增并克隆、测序赤眼鳟ND6基因,通过MEGA4．0Neighbor—Joining法分析不同鱼类的进化关系。[结果]赤眼鳟（Squaliobarbus curriculus）线粒体基因组ND6基因序列长度为522bp,编码173个氨基酸。该基因碱基组成为：A41．5％、C32．7％、G12．4％、T13．4％,其中A＋T含量（54．9％）高于G＋C含量（45．1％）。将赤眼鳟ND6基因序列与GenBank中其他11种鱼类ND6基因序列进行比对发现,赤眼鳟ND6核酸序列与团头鲂的同源性最高,为90．8％;与红点鲑鱼的同源性最低,为73．0％。赤眼鳟ND6氨基酸序列与其他物种ND6氨基酸进行比对发现,赤眼鳟与团头鲂同源性最高,为98．3％;与大黄鱼的同源性最低,为75．7％。以ND6氨基酸序列采用NJ法构建12种鱼类的系统发生树基本反映了它们的种间、属间和科间的关系。[结论]首次得到了赤眼鳟线粒体ND6基因序列,并确定了赤眼鳟与其他11种鱼类的分子进化关系。     

三种刺蘑的栽培方法

所谓"刺蘑"或"剌儿蘑"不是指一种真菌,而是同属中多种伞菌的俗称,它们隶属于伞菌目(Agaricales)、球盖菇科(Strophariaceae)、鳞伞属(Pholiota).鳞伞属也称环锈伞属,目前全世界已知200余种,大部分种可食.在我国东北,鳞伞属中一些有鳞片的种类被统称为刺蘑,如:多脂鳞伞(Pholiota adiposa)、尖鳞伞(P.squarrosoides)、翘鳞伞(P.squarosa)、白鳞伞(P.destruens)等.尖鳞伞、白鳞伞、多脂鳞伞的栽培方法如下.     

缢蛏致病菌假单胞菌的分子生物学分析

从患病缢蛏（Sinvnovacula constricta）中分离到一株病原菌,命名为1#菌株。采用传统方法提取菌株DNA,PCR扩增其16SrDNA基因片段、测序,得到该菌基因片段序列长度为1438bp。用MegAlign软件进行比对5种不同种细菌基因序列,构建进化树。16SrDNA产物序列分析结果表明：该菌株的16SrDNA的核苷酸序列与多株假单胞菌（Pseudomonas sp）的同源性为99％,在系统发育树上构成一个分支。在细菌系统发育分类学上,该菌株属于假单胞属,但与已定名的假单胞菌有一定的差异,与几种未定名的假单胞菌的亲缘关系最接近。对其分类地位的最后确定还需进一步的系统发育学分析。     

甜菜霜霉病菌形态鉴定及28S rDNA序列分析

[目的]利用形态学和分子生物学技术,对新疆甜菜霜霉病进行鉴定和基因序列分析.[方法]挑取甜菜叶片上霉层,对孢囊梗及孢子囊进行显微观察;提取甜菜霜霉病菌DNA,用卵菌纲通用引物NL1/NL4进行PCR扩增、序列测定、同源性比较.[结果]显微观察到的病原菌孢囊梗及孢子囊与已报道的甜菜霜霉病菌形态一致;PCR扩增28S rDNA末端序列为801 bp,Genbank比对结果显示该段序列与霜霉属粉霜霉菌(Peronospora farinose)最为接近,同源率在99;以上,与霜霉属主要典型株系同源性均在90;以上.[结论]显微形态观察和分子生物学鉴定结果一致,该病原菌属霜霉属,粉霜霉.     

新疆南疆羊蜱蝇基于12S rDNA,16S rDNA和18S rDNA基因的分子生物学鉴定

旨在建立羊蜱蝇的分子生物学鉴定方法,从新疆南疆库车县的绵羊体表采集样品,形态学鉴定初步确定为羊蜱蝇,随后进行羊蜱蝇12SrDNA、16SrDNA和18SrDNA基因的扩增和测序,将所得序列进行Blast在线分析和MEGA 5.0分析。结果表明,12SrDNA序列与云南2016年提交的相似性为100%,16S rDNA序列与丹麦2007年、捷克2017年和新疆2017年提交的相似性均为99%,18SrDNA序列与新疆2016年提交的相似性为99%。羊蜱蝇16SrDNA和18SrDNA序列均能与GenBank数据库中已知羊蜱蝇基因序列聚类,且羊蜱蝇种内K2P遗传距离为0～2.3%,通过12SrDNA、16SrDNA和18SrDNA基因的扩增和测序可准确鉴定羊蜱蝇。     

少孢节丛孢菌DNA提取及18SrDNA基因序列扩增试验

对捕食线虫性真菌———少孢节丛孢菌的DNA提取及18SrDNA基因序列扩增方法进行了研究。结果表明:将少孢节丛孢菌接种于0.4g/L玉米粉液体培养基中,置20℃±1℃温箱中培养2周,其浓缩菌丝经细胞裂解液裂解,可用酚———氯抽提法提取DNA,以该DNA为模板,用真菌特异性PCR引物扩增后,少孢节丛孢菌18SrDNA基因序列的4个PCR扩增片段分别为597bp、555bp、377bp、310bp。     

转基因大豆MON89788转化体特异性定性PCR检测（摘要）（英文）

[目的]建立MON89788大豆转化体特异性定性PCR检测方法。[方法]利用TAIL-PCR技术分离MON89788大豆的3′端旁侧序列,据此序列设计3条特异性引物用于旁侧序列的扩增。经过3轮PCR扩增,获得特异性扩增产物,将此产物回收后克隆到pMD-18T载体上测序,所得序列用Vector NTI分析,并提交NCBI进行序列比对。并对该方法的特异性和灵敏度进行测试。[结果]获得了1 142 bp的3′端旁侧序列。经Blast检索比对,该序列包括2部分,1 ～618 bp为载体序列（E9终止子部分序列和LB序列）,619 ～1 142 bp为大豆基因组序列;依据该序列建立的PCR检测方法能特异性地从MON89788大豆中扩增出170 bp的产物,检测灵敏度达到0.05%,约为40个起始模板拷贝。[结论]该研究建立的方法特异性强、灵敏度高,可适用于MON89788大豆检测。     

一株产紫红色色素的沙雷氏菌的分离与鉴定

[目的]为有效预防和控制由沙雷氏菌引起的多种疾病提供依据。[方法]以华蓥山香菇作为研究材料,从其表面中分离出了1株产紫红色色素的细菌,采用形态学、生理生化方法对其进行初步鉴定;提取基因组DNA,采用16S rRNA的通用引物,PCR扩增16S rDNA基因片段,克隆入pMD-18T载体,转化E.coliDH5α,筛选阳性重组质粒鉴定后测序;通过多序列比对和同源性分析,构建系统发育树。[结果]该菌株革兰氏染色阴性,与沙雷氏菌属菌的同源性最高,命名为Serratiasp.JG05。扩增得到序列大小为1 506 bp,系统发育树表明JG05与Serratiasp.BBTR23的亲缘关系最近,核苷酸水平有99.20%的相似性。[结论]该研究为进一步研究这种附生菌与香菇的共生关系,以及它们之间的作用机制奠定了基础。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。     

压砂甜瓜白粉病病原菌18S rDNA序列分析

[目的]测定并分析压砂甜瓜白粉病病原菌的18S rDNA序列。[方法]从宁夏中部干旱带压砂甜瓜主栽品种＂玉金香＂发病植株上分离白粉病病原菌,采用Chelex-100法从其分生孢子中提取基因组DNA,PCR扩增18S rDNA序列,测序后进行Blast分析比对,并构建系统发育树。[结果]18S rDNA序列分析表明压砂甜瓜白粉病病原菌属单囊壳属（Podosphaera）。[结论]为生物防治压砂甜瓜白粉病和抗白粉病育种研究提供了参考。     

冬季储藏甜瓜黑斑病病原菌的分离与鉴定

[目的]对二氧化氯消毒低温冷库中储藏甜瓜黑斑病原菌进行分离与鉴定.[方法]采用回接感染进行致病性测定.4株真菌中发现XJU8能使甜瓜产生黑斑,对其形态特征、生理生化特性、26 S rDNA D1/D2区碱基序列、全细胞脂肪酸等进行分析.[结果]形态特征观察以及生理生化特性的测定结果表明,菌株XJU8 与链格孢属有很大的相似性;26S rDNA D1/D2区序列序列进行碱基序列分析比对表明,与交链格孢Alternaria alternata IFM53800具有99;的序列同源性;系统进化树也表明XJU8和已知的交链格孢(A. alternata)聚类在同一分支上;全细胞脂肪酸分析结果显示XJU8的主要脂肪酸组分为C18∶2 CIS 9,12/18∶0a(52.83;),C16∶0 (19.19;) 和Sum In Feature 8 (16.41;),与链格孢属的脂肪酸特性相同,并与链格孢属中其它种具有51.8;的相同脂肪酸成分.[结论]置菌株XJU8属于链格孢属交链格孢菌的新变种,该菌种被命名为Alternaria alternata XJU8,菌株保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏编号为:CCTCC AF 207029.     

纤维素酶高产菌株的筛选及鉴定

[目的]从热带雨林土壤中分离纤维素酶高产菌,并对其进行鉴定。[方法]形态观察和18SrDNA序列分析。[结果]筛选到一株纤维素酶高产菌,其形态与里氏木霉很相似,18SrDNA序列与红褐内座茵同源性为99．9％。[结论]筛选到的纤维素酶产生茵为里氏木霉。     

香榧绿藻的生物学特性及物种鉴定

香榧绿藻Chlorella sp.是一种附着在香榧Torreya grandis ‘Merrillii’枝、叶上的藻类。为探明香榧绿藻的种属类别及亲缘关系,探究香榧绿藻的生物学特性,以3个不同地区的香榧树上采集的香榧绿藻为试验对象,通过室内培养,观察香榧绿藻的形态特征及生活习性,提取香榧绿藻DNA并进行18S rDNA序列和内转录间隔区（ITS）基因序列特异性扩增,最终序列进行BLAST比对,绘制系统进化树。结果表明:香榧绿藻由A组和B组2种不同形态的绿藻组成,不同地区香榧绿藻形态存在差异,但主要以A组形态绿藻为主。根据形态学鉴定结果表明:A组香榧绿藻与引起番茄绿藻病的椭圆小球藻Chlorella ellipsoidea形态相近,B组香榧绿藻与引起黄瓜绿藻病的丝藻Ulothrix sp.形态相近;但香榧绿藻对pH值的反应规律与斜生栅藻Scenedesmus obliquus相近。通过序列比对发现,2种形态的香榧绿藻的18S rDNA和ITS区基因序列也与栅藻科Scenedesmace的Asterarcys quadricellulare的同源性高,相似率达100%。结合传统形态学方法和分子生物学技术,将A组香榧绿藻初步鉴定为栅藻科的Asterarcys quadricellulare,B组香榧绿藻为其变种,且2组香榧绿藻与同属于栅藻科的Scenedesmus sp. SM15_4（KT778094.1）的ITS区基因序列相同。香榧绿藻具有较好的耐碱性,生长周期长且不容易腐烂。这些生物学特性赐予香榧绿藻在香榧树上长期寄生的能力。     

产碱性蛋白酶菌株ZK202的鉴定及其诱变

[目的]为产碱性蛋白酶菌株在生产中的应用提供依据。[方法]从河南省兰考县盐碱地土壤中分离1株产碱性蛋白酶的菌株ZK202,通过形态观察、生理生化试验和16SrDNA序列分析对其进行鉴定。经紫外照射和DES处理后,测定诱变菌株的酶活力。[结果]菌株ZK202的形态符合芽孢杆菌属的特征,其16SrDNA序列与短小芽孢杆菌的同源性在99%以上。该菌株为短小芽孢杆菌一个新亚种,命名为Bacillus pumilus ZK202,属中等嗜盐菌。ZK202在氯化钠浓度0～12.5%条件下均能生长,以浓度5.0%时最佳。ZK202在碱性环境中生长良好,当培养基pH值在11.0以上时仍能生长,也属嗜碱性菌。经复合诱变后,菌株Zkud202-4发酵液的酶活力达321U/ml,比出发菌株高3.9倍。[结论]Zkud202-4具有稳定的产酶性能,可作为产碱性蛋白酶的突变菌株。     

卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析

根据近源物种线粒体序列的同源比对,在C0I基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR.以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp.对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型.将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的COI核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,(师)亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)的分类系统.通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001 ～0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2％,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的.     

海南橡胶藻18S rDNA与16S rDNA二级结构构建及分析

[目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。[结果]橡胶藻16SrRNA在639位点（Ecoli序列编号）有一个46bp的插入片段,该片段能形成一个完美的双发夹结构。对16SrRNA的正常折叠不会产生影响。[结论]这一双发夹结构在其他物种的叶绿体rDNA中还未见报道过。     

四川境内变电站RTV涂料绝缘子上藻类的分子系统学研究

[目的]对四川省境内变电站RTV涂料绝缘子表面藻类的生长情况进行了调研,并对其进行分子系统学分析。[方法]选取4个藻类生长比较典型的地点,对4地RTV涂料绝缘子上生长的藻类进行实地取样,用光学显微镜对其形态进行初步鉴定,并进一步使用18S r DNA基因进行系统进化分析。[结果]通过显微观察发现,4地优势藻类均为单细胞球状绿藻;系统进化分析发现,雅安藻种属于渡边球藻分支,与Heterochlorella luteoviridis亲缘关系较近,在MP、NJ和BI树中的支持率分别为86%、79%、1.0,将其初步鉴定为Heterochlorella sp.SCYA1;广安藻种属于Elliptochloris,与Elliptochloris subsphaerica的18S r DNA序列碱基没有差异,在MP、NJ和BI树中的支持率分别为97%、99%和1.0,故确认其为Elliptochloris subsphaerica SCGA8藻种;巴中和南充藻种都属于栅藻属,两者亲缘关系很近且序列只有2个碱基差异,MP、NJ和BI树中的支持率比较高,分别为93%、98%和1.0,将其初步鉴定为Scenedesmus sp.SCBZ5和Scenedesmus sp.SCNC7。[结论]4地变电站RTV涂料绝缘子上的优势藻种不全是同一种藻,生长于四川省境内RTV涂料绝缘子上的藻类具有多样性。