传染性胰脏坏死病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)是一种严重危害鲑鳟鱼类的重要传染性病原。为建立IPNV快速检测方法,根据IPNV VP2蛋白编码基因保守序列,设计并筛选出特异性引物和Taq Man探针,并优化筛选引物以及探针检测浓度、退火温度和退火时间,建立了一种实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对方法进行了评价。结果显示：该方法灵敏度高,对IPNV的检测限为5 copies/μL;特异性强,对传染性造血器官坏死病毒、鲤春病毒血症病毒、病毒性出血性败血症病毒、草鱼呼肠孤病毒、流行性造血器官坏死病毒等其他病毒核酸扩增均呈阴性;重复性良好,组内与组间重复平均变异系数均小于3%;用本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法,对40份经病毒分离鉴定的样品进行IPNV检测,符合率为100%。结果表明,本研究建立的方法具有快速、特异、敏感等优点,可检测病毒含量较低的组织样品,对于IPNV的快速检测更具优势。     

传染性造血器官坏死病毒研究进展

<正>传染性造血器官坏死病毒(Infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV),弹状病毒科,诺拉弹状病毒属~([1])作为传染性造血器官坏死病(Infectious heamatopoietic necrosis,IHN)的病原体,是一种线性单链RNA病毒,最早在20世纪50年代在北美西部华盛顿及俄勒冈州于红大马哈鱼(Oncorhynchus     

锦鲤疱疹病毒双基因检测方法的研究

为建立锦鲤疱疹病毒(KHV)双基因检测方法,本研究根据KHV聚合酶基因(Sph)和胸苷激酶基因(TK)的保守序列设计2对引物,建立两基因同时检测的PCR方法.结果表明,利用双基因同时检测KHV,可以同时特异扩增出570 bp和155 bp片段,而与鲤春病毒血症病毒、传染性造血器官坏死病毒和鲤鱼疱疹病毒无扩增反应.而且所建立的双基因检测方法对临床样品的检测结果与单一PCR方法比较符合率为100％.为进一步研究KHV以及诊断方法奠定了基础.     

传染性脾肾坏死病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立传染性脾肾坏死病毒（infection spleen and kidney necrosis virus,ISKNV）的定量快速检测方法，根据GenBank中的ISKNV衣壳蛋白（MCP）编码基因保守序列设计一对特异性引物和探针，建立了ISKNV TaqMan荧光定量PCR检测方法，并对其特异性、敏感性和重复性进行了检测。结果显示：以重组质粒标准品构建的标准曲线相关系数为0.997，具有良好的线性关系；检测下限为10 copies/μL，敏感性是常规PCR的10倍；对传染性造血器官坏死病毒、病毒性神经坏死病毒、黄颡鱼杯状病毒、大口黑鲈虹彩病毒、鳜鱼弹状病毒的检测结果均为阴性，仅ISKNV检测结果为阳性；批次内和批次间的变异系数均小于2%。应用建立的方法对已知结果的233份临床样品进行检测，检出76份阳性、157份阴性，与已知结果一致。结果表明，建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法具有敏感、快速、特异以及可定量、重复性好等优点，可用于ISKNV感染的快速鉴别诊断、定量检测以及分子流行病学调查。     

锦鲤疱疹病毒环介导等温扩增检测方法的建立

为建立一种快速检测锦鲤疱疹病毒(CyHV-3)的环介导等温扩增方法(LAMP),本研究根据Gen Bank中登录的CyHV-3 Sphi基因编码区序列设计了LAMP特异性引物,经反应体系和反应条件优化,建立了检测CyHV-3的LAMP方法。结果表明,本研究建立的LAMP检测方法与鲤痘疱疹病毒、金鱼造血器官坏死病病毒和鳗鱼疱疹病毒均无交叉反应,特异性强;最低检出率为13.9拷贝/μL,灵敏度高。使用LAMP方法和普通PCR方法对四川地区的15个检测点采用鱼鳃拭子非致死性采集的临床样品进行检测,阳性检出率均为31.40%(27/86)。表明本实验建立的该检测方法具有高灵敏度、高特异性、快速和简便的特性,适用于临床上对锦鲤疱疹病毒病的快速诊断。     

大鲵蛙病毒LAMP检测方法的建立

根据大鲵蛙病毒(Chinese giant salamander ranavirus,CGSRV)主要核衣壳蛋白MCP编码基因的序列设计合成4条特异性引物,以重组pMD19-T-MCP质粒为模板,通过反应条件与反应体系优化,建立CGSRV的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,测定LAMP对CGSRV的最低检测限,并与巢式PCR和普通PCR进行比较。结果表明,该LAMP方法最佳反应温度为62℃,反应时间为40min,对CGSRV最低检测限5copies/μL,而巢氏PCR和常规PCR的检测限为50和5×103copies/μL,表明该LAMP方法的灵敏度显著高于巢氏PCR和常规PCR;且与淋巴囊肿病毒、鲫鱼出血病疱疹病毒2型、云斑尖塘鳢虹彩病毒、鳜鱼传染性脾肾坏死病毒、迟钝爱德华菌、嗜水气单胞菌和维氏气单胞菌等均无交叉反应;反应结束后加入荧光染料EtBr可肉眼判定粉色为阳性,而棕色则为阴性。因此,该方法对CGSRV的检测较巢氏PCR和常规PCR更为简便、快速、灵敏、特异,且不需昂贵仪器设备,更适合养殖现场检测,为CGSRV早期感染的快速检测提供了新方法。     

对虾白斑综合症病毒变性高效液相色谱检测方法的建立与应用

据对虾白斑综合症病毒(WSSV)的基因保守序列,使用Primer Explorer V3软件设计了2条引物,利用PCR的扩增产物,结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术,建立了一种对虾白斑综合症病毒的DHPLC快速检测方法。该检测方法特异性好,与传染性皮下和造血器官坏死病毒、斑节对虾杆状病毒、肝胰腺细小病毒、对虾杆状病毒以及对虾基因组DNA无交叉反应;检测灵敏度较高,约为10-5ng/μL,高于常规PCR及荧光定量PCR的灵敏度。用建立的DHPLC方法对100尾对虾样品进行了临床检测,结果与荧光定量PCR检测结果一致。WSSV的DHPLC检测方法,特异性强、灵敏度高,是对WSSV进行有效检测的一种新方法。     

实时荧光定量PCR法检测对虾皮下和造血器官坏死病毒

应用实时荧光定量PCR最常用的TaqMan探针技术设计了探针和引物,并且用质粒技术构建了含有传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)基因片段的阳性质控品,建立了检测IHHNVV的实时荧光定量PCR方法。对影响PCR的主要因素进行了优化,Mg2+浓度、引物和探针浓度、退火温度等均对扩增效率有明显影响。当Mg2+浓度为3.0-4.5mmol,退火温度为59～60℃时可获得最佳扩增效果。灵敏性试验表明该反应可检测体系中10拷贝的病毒核酸;该体系检测IHHNV具有很高特异性;对临床样品检测结果表明,该方法能快速、准确地检测样品中的IHHNV。     

大鲵蛙病毒巢氏PCR检测方法的建立

参照GenBank已收录的大鲵蛙病毒MCP基因序列设计特异性引物,建立基于大鲵蛙病毒特异性引物的巢式PCR检测体系。本试验利用大鲵蛙病毒CGSV主要核衣壳蛋白MCP基因保守区,设计内引物和外引物并制备了重组质粒pMD19-T作为阳性对照标准品。灵敏度试验结果显示,巢氏PCR的敏感性较普通PCR的敏感性高1 000倍;而且与草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)、鲫鱼疱疹病毒2型(Goldfish herpes virus,CyHV-2)、云斑尖塘鳢虹彩病毒(Marbled sleepy goby iridovirus,MSGIV)、迟钝爱德华菌(Edwardsiella tarda)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)等无交叉反应。该体系具有简便、快捷、特异性高、低成本等特点,为大鲵蛙病毒检测提供了一项重要的技术手段。     

真鲷虹彩病毒LAMP检测方法的建立

为建立一种检测真鲷虹彩病毒的环介导等温扩增(LAMP)方法,满足口岸、养殖场对该病的快速监测的需求,本研究比对分析了Gen Bank中公布的真鲷虹彩病毒基因组序列,筛选其主要衣壳蛋白MCP基因保守区序列,进行LAMP引物设计,建立了真鲷虹彩病毒LAMP检测方法。对扩增条件进行优化,确定最佳反应条件为62℃,45 min。灵敏度试验结果显示,该方法最低检测限为100拷贝/μL目的基因。特异性试验结果显示,该方法不与流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、蛙病毒3型(FV3)、甲鱼虹彩病毒(STIV)发生交叉反应。结果表明,本研究建立的LAMP方法具有良好的敏感性和特异性。对5份疑似真鲷虹彩病毒感染的临床样品进行检测,发现检测结果与世界动物卫生组织(OIE)推荐的PCR方法检测结果符合率为100%。研究表明,本方法具有灵敏度高、特异性强,以及仪器设备简单、操作便捷、结果直观等优点,非常适合作为初筛手段,应用于养殖场、口岸等一线的疫病监测。     

非洲猪瘟病毒K196R基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种准确、特异、高效、快速的非洲猪瘟病毒定量检测方法,本研究根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)早期表达基因K196R的基因序列,设计了TaqMan荧光定量PCR引物及探针,通过优化退火温度、引物及探针浓度,建立了快速检测ASFV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法选择的引物具有高度灵敏性和特异性,以构建的重组质粒为标准品建立的TaqMan荧光定量PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系(R~2=0.998),对ASFV核酸最低检测下限为1.3拷贝,且与猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型等多种病原不存在交叉反应。本研究建立的K196R基因实时荧光定量PCR检测方法为非洲猪瘟疫情提供了一种新型、灵敏和特异的早期检测方法。     

鸭疱疹病毒1型套式PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速鸭疱疹病毒1型(Anatid herpesvirus 1,AHV-1),又名鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)病原检测方法,本研究根据GenBank上登录的DEV基因序列,设计合成内、外2对引物,建立了检测DEV的套式PCR方法。该方法对正常鸭胚、健康鸭肝肠组织、鸡传染性喉气管炎病毒、伪狂犬病病毒、减蛋综合征病毒、鸭肝炎病毒和新城疫病毒的扩增结果均为阴性;该方法第1次扩增的敏感性是10 ng,第2次扩增的敏感性是0.1 ng,第2次比第1次扩增的敏感性高100倍。建立的套式PCR方法具有良好的特异性、敏感性,可以准确快速检测出极低含量的DEV,将为鸭病毒性肠炎的病原检测及分子流行病学调查等提供一种高效、快速、特异、灵敏的检测方法。     

三种马源病原体三重实时荧光定量PCR检测方法的建立

通过时GenBank中马鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia mallei)、亨德拉病毒(Hendra virus,Hev)和西尼罗热病毒(West nile virus,WNV)的主要基因进行分析比较,分别设计合成了引物和TaqMan荧光探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能同时检测这3种病原的三重实时荧光定量PCR方法。本研究建立的三重荧光定量PCR具有良好的特异性、敏感性和重复性,适合于大批量样品的检测,可广泛用于出入境马匹这3种病原体的检疫。     

牛传染性鼻气管炎病毒gB基因荧光定量PCR检测方法建立

为建立检测牛传染性鼻气管炎病毒(Bovine infectious rhinotracheitis virus,IBRV)gB基因的荧光定量PCR检测方法,本研究根据gB基因序列,设计1对引物和相应的TaqMan探针。建立和优化反应体系后,以10倍稀释的病毒来检测该方法的灵敏度。同时,对伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、马立克病病毒(Marek’s disease virus,MDV)和鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)进行特异性检测。结果表明,基于gB基因的荧光PCR检测方法可用于鉴定IBRV,该方法具有较好的灵敏度和特异性,其灵敏度为10 copies/μL,即0.02 TCID_(50),且与其他病毒无交叉反应。     

快速检测鲤春病毒血症荧光RT-PCR方法的建立与应用

本文建立快速检测鲤春病毒血症的荧光RT-PCR方法.利用同一对引物和探针,以梯度稀释的方法测定荧光RT-PCR法针对SVCV的灵敏性、特异性及重现性.荧光RT-PCR方法能够检测出104倍稀释的SVCV,灵敏度性高.同时,该方法的特异性很强,对其他病毒,如传染性胰腺坏死病毒(IPNV)、传染性造血器官坏死病毒(IHNV)、病毒性出血败血病毒(VHSV)均未有扩增反应.方法的重现性也较好.荧光RT-PCR具有较高的灵敏度特异性和重现性,在鱼类疫病的早期快速诊断方面具有重要作用.     

鲑鱼甲病毒逆转录环介导等温扩增（RT-LAMP）检测方法研究

鲑鱼甲病毒(Salmonid alphavirus,SAV)是鲑鱼胰脏病(Salmon pancreas disease,PD)病原,主要感染鲑科鱼类,目前在我国尚未分离到。为提高出入境鱼类中的SAV检测效率,根据SAV nsP1基因片段,设计3对特异性引物,建立了检测SAV的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。该方法使用25μL反应体系,经优化后的反应温度为65℃,反应时间为1 h,检测限可达10个拷贝数的病毒核酸,且不与传染性鲑鱼贫血病毒、病毒性出血性败血症病毒、传染性造血器官坏死病毒、病毒性神经坏死病病毒、草鱼呼肠孤病毒和鲤春病毒血症病毒的RNA产生交叉反应。在反应体系中加入染料后,反应结果肉眼直接可见。本研究建立的RTLAMP方法是一种特异性强、方便快捷的SAV检测方法,适合SAV的现场初筛和核酸检测。     

新疆地区4种猪病多重PCR检测方法的建立与初步应用

本试验旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mh)的多重PCR检测方法。参考相关文献合成PRRSV、PCV2、PRV、Mh的特异性引物,通过对反应条件优化、特异性、敏感性测定,建立了可同时检测以上4种猪多发传染病的PCR诊断方法。扩增的片段长度分别为424 bp (PRRSV)、490 bp (PCV2)、298 bp (PRV)和360 bp (Mh),对其他常见猪病病原无特异性扩增,采用Multiplex PCR Master Mix对PRRSV、PCV2、PRV、Mh的核酸最低检出量为3个拷贝。采用多重PCR方法对60份临床样本反复检测,与单重PCR相比,4种病原符合率均为100%。结果表明,建立的多重PCR诊断方法可用于猪群中上述4种病原的单一或混合感染的快速鉴别诊断和流行病学调查。     

二重PCR检测鸭瘟病毒和鹅细小病毒的初步研究

根据鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)DNA聚合酶基因和鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)NS基因序列分别设计2对引物,应用这2对引物对混合样品中鸭瘟病毒和鹅细小病毒进行了二重PCR扩增。PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明2条特异性带为563bp(DPV)和1146bp(GPV),与实验设计相符,且与常规单一PCR结果一致。二重PCR反应检测出的DPV含量相当于20个PFU;检测出的GPV含量相当于0.1个ELD50,对禽痘病毒和减蛋综合征病毒的核酸未能扩增出任何条带,特异性良好。该二重PCR能够在一次扩增反应中检测两种病毒,为两种鹅病的病原检测和诊断提供了一种简便、经济、快速的手段。     

柱状黄杆菌弱毒株和车轮虫混合感染致金鱼烂鳃病的病原分析

【目的】确诊北京地区某养殖场金鱼发生烂鳃病的病原。【方法】采集具有临床症状的濒死金鱼,制作鳃组织的水浸片进行寄生虫和真菌观察,取肝脏、肾脏、脾脏、鳃组织开展金鱼造血器官坏死病病毒(GFHNV)检测。同时,从鳃上分离病原菌,分析病原菌的形态特征、理化特性、分类地位及药物敏感性等特性;采取鳃组织划痕浸泡和未划痕浸泡方式开展病原菌的人工感染试验。【结果】自然发病鱼鳃丝上有少量车轮虫寄生,未观察到真菌菌丝,GFHNV核酸检测呈阴性。从鳃组织分离到大量假根状菌落,该菌株为革兰染色阴性长杆菌,菌体大小(0.5～0.7)μm×(4～8)μm,氧化酶、过氧化氢酶阳性,降解明胶和硫酸软骨素,产生硫化氢,不发酵葡萄糖等糖醇类,基于16S rDNA序列构建的进化树与柱状黄杆菌聚为一枝,确认分离菌为柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare),基因型Ⅰ型。划痕浸泡的各组金鱼均出现死亡,症状与自然发病鱼相似,划痕对照组和未划痕浸泡组均未出现死亡,经计算该菌对金鱼的半数致死量(LD₅₀)为8.8×10⁶ CFU,为弱毒株。该菌对恩诺沙星、盐酸多西环素和...     

虾桃拉病毒、黄头病毒和白斑病毒液相芯片快速检测方法的建立

本研究通过设计、合成并修饰基因特异性引物和寡核苷酸探针并标记生物素,利用该探针与荧光编码微球偶联后与虾黄头病毒(Yellow head virus,YHV)、虾桃拉综合征病毒(Taura syndrome virus,TSV)和白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的PCR产物杂交反应,用液相芯片检测仪(Luminex200)检测荧光信号,初步建立了虾黄头病毒、桃拉病毒和白斑病毒的快速同步检测方法。结果显示,建立的该方法具有较好的特异性,偶联特异性探针的微球只与相应的病毒基因的PCR产物反应,而不与其他虾病病毒基因反应,YHV、TSV和WSSV检测灵敏度高分别为401.5、251.5和75.2 copies。