胡萝卜4CL基因家族的鉴定及分析

旨在全基因组水平上鉴定胡萝卜 4CL基因,揭示该基因家族成员的理化性质、系统进化、基因结构、组织表达模式及胁迫响应情况,为胡萝卜 4CL的功能研究和利用奠定基础。基于AMP结合结构域(PF00501)的隐马尔可夫模型文件,利用HMMER软件对胡萝卜蛋白质数据库进行检索,获得胡萝卜 4CL基因(命名为 Dc4CL);利用ProtParam分析 Dc4CL的理化性质;利用MEGA6对Dc4CL进行系统进化分析;使用GSDS2.0、MEME分析 Dc4CL的基因及蛋白结构;利用荧光定量PCR技术对 Dc4CL的组织表达模式及胁迫响应情况进行研究。结果表明,胡萝卜基因组中存在12个 4CL基因,分别为 Dc4CL1～ Dc4CL12。 Dc4CL基因开放阅读框(ORF)长度为1 350～3 363 bp,编码蛋白质长度为449～1 120 aa,编码蛋白的分子质量和等电点分别为48.92～123.73 ku和5.34～8.82。系统进化分析表明,Dc4CL与其他来自水稻、拟南芥、二穗短柄草、高粱、大白菜的4CL蛋白可分为两个类群。结构分析表明, Dc4CL基因外显子数目为4～11个,其蛋白序列...     

河豚的食用安全性及营养价值研究进展

阐述了河豚食用安全性,以及国内外对河豚鱼肉、肝脏和精巢营养价值的研究现状,以期为养殖低毒或无毒的河豚、科学地利用河豚资源及开放河豚市场提供参考。     

河豚养殖的气象服务保障技术

为了加强河豚养殖的气象服务,提高气象保障能力,通过实际养殖试验,运用农业气象学等方法对试验资料进行总结,结果显示,河豚室外适宜养殖的水温条件是日平均气温稳定通过14℃,相当于养殖池水水温达16℃.江苏省海安县气象局气象服务对河豚养殖的保障服务取得了明显的经济社会效果.河豚养殖过程中涉及的气象条件不仅仅有温度,还有降水、日照、灾害性天气等,要做好河豚养殖的气象保障服务须要加强研究多气象要素的综合影响,提高养殖业气象灾害监测的预警水平.     

大豆C4H基因克隆及生物信息学分析

为了从分子水平上揭示大豆C4H的结构特点,并为提高其表达活性提供理论依据,利用RT-PCR技术克隆了大豆C4H基因,并已登录GenBank(登录号为FJ770468),长度为1 766 bp,编码区1 521 bp,编码一个含有506个氨基酸残基的多肽。生物信息学分析显示,C4H理论PI=5.30,Mw=39.092 ku;C4H是易溶、亲水性较强的蛋白,同时有两个明显的疏水峰,有2个跨膜肽段;通过HNN分析表明,C4H各个氨基酸残基对应的二级结构分别为α螺旋(Alpha helix)(Hh):251,49.60%,β折叠(Extended strand)(Ee):52,10.28%,无规卷曲(Random coil)(Cc):203,40.12%;Geno3d模建预测,C4H蛋白中β折叠区有57个折叠,折叠区间有24个α螺旋,此外还有14个卷曲结构。氨基酸序列和结构分析显示C4H蛋白包含了一个保守区,即P450 domain。利用SignalP分析得到信号肽存在几率、信号肽锚定几率均为0.498,切割位点位于28和29位氨基酸之间。     

果生炭疽菌Rab蛋白家族鉴定及生物信息学分析

利用已报道的酿酒酵母的11个Rab蛋白氨基酸序列及Rab数据库对果生炭疽菌全基因组数据进行比对分析,共获得果生炭疽菌Rab蛋白10个。生物信息学分析表明:这10个Rab蛋白均不含信号肽和跨膜结构域,均为亲水蛋白。Cf Rab1和Cf Rab7蛋白定位于质膜,CfRab4蛋白定位于线粒体,其余7个Rab蛋白定位于高尔基体。该Rab蛋白家族均具有保守结构域,在丝状真菌中高度保守。实时荧光定量PCR结果表明,相对于菌丝阶段,Cf Rab5A和Cf Rab X1在孢子发育阶段表达量最高,Cf Rab1、Cf Rab2、Cf Rab4、Cf Rab5B、Cf Rab6、Cf Rab7和Cf Rab8在果生炭疽菌侵染后48 h表达量最高。研究为探究草莓果生炭疽菌Rab家族成员的功能奠定了基础。     

绵羊HTR4基因的生物信息学分析

利用生物信息学数据库及软件,对绵羊羟色胺受体4基因(hydroxytryptamine receptor4,HTR4)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并进行功能预测。结果表明,绵羊HTR4基因所含最大长度的开放阅读框为1 317 bp,编码438个氨基酸残基。HTR4基因编码的蛋白分子质量为49 437.09 KDa,理论等电点(pI)为8.32。亚细胞定位结果表明其编码产物主要定位于质膜(60.9%),且不属于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信号肽序列,存在7段跨膜结构且无低复杂性段区域,该蛋白的二级结构以α螺旋为主,且三级结构主要由α折叠缠绕形成。     

养殖红鳍东方鲀可追溯性信息模型的构建

以养殖红鳍东方鲀Takifugu rubripes为例,通过对案例进行实地调查,系统地分析了中国现有河豚鱼的供应链安全管理状况。首先,沿着供应链开展每个环节的操作要点分析,并对现有的信息记录现状进行了归纳总结;然后,根据对产业链的实地调查结果,结合河豚鱼食品安全的特殊性,确定了与全链可追溯性密切相关的11个关键环节;最后,通过借鉴欧盟水产品可追溯体系管理模式,结合中国国情,围绕要规范的11个关键环节,制订了对每个环节可追溯性管理规范的必要信息细则模式。本研究中所建立的养殖红鳍东方鲀可追溯性信息模型,对于规范中国河豚鱼供应链的安全管理机制具有重要的实践指导意义。     

苯酚对红鳍东方鲀肝胰脏CuZn-SOD和Mn-SOD基因表达的半定量分析

应用半定量RT-PCR法,研究苯酚对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)幼鱼肝胰脏CuZn-SOD和Mn-SOD基因相对表达量的影响。试验鱼饲养在苯酚浓度为0、0.18、0.32、0.56、1.00和1.35 mg/L的海水中,分别在苯酚暴露前和暴露4、8、12和16 d后取样。结果表明,在苯酚暴露前,鱼体肝胰脏中CuZn-SOD和Mn-SOD基因均有基础表达。在整个暴露时间(16 d)下,CuZn-SOD和Mn-SOD mRNA相对表达量呈现出逐渐上调的趋势,即苯酚诱导了两种基因的表达。在苯酚暴露第4天时,各浓度处理组CuZn-SOD mRNA和Mn-SOD mRNA的相对表达量均达峰值,显著高于暴露前水平(P0.05)。     

利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配

为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11~0.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。     

红鳍东方鲀SREBP-1基因的电子克隆及生物信息学分析

利用斑马鱼的SREBP-1 的氨基酸序列NP_001098599.1 为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLAST 分析,获得红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）的固醇调节元件结合蛋白-1 （Sterol regulatory element bindingprotein-1,SREBP-1）的cDNA 序列及相应的氨基酸序列。采用生物信息学方法对其基本理化性质、蛋白质结构及功能结构域进行分析。结果发现红鳍东方鲀SREBP-1 基因的开放阅读框全长3 330 bp,共编码1 109 个氨基酸;红鳍东方鲀SREBP-1 的氨基酸序列与黄斑蓝子鱼、大西洋鲑、斑马鱼、人、牛及原鸡的同源性分别为81%、73%、72%、55%、55%、54%和54%;系统进化分析结果表明,红鳍东方鲀SREBP-1 与黄斑蓝子鱼的进化关系最为密切,亲缘关系最近;红鳍东方鲀SREBP-1 蛋白中α-螺旋较多,该蛋白质氨基端包含1 个bHLH-zip 的结构。     

红鳍东方鲀SREBP-1基因的电子克隆及生物信息学分析

利用斑马鱼的SREBP-1的氨基酸序列NP_001098599.1为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLAST分析,获得红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的固醇调节元件结合蛋白-1 (Sterol regulatory element binding protein-1,SREBP-1)的cDNA序列及相应的氨基酸序列.采用生物信息学方法对其基本理化性质、蛋白质结构及功能结构域进行分析.结果发现红鳍东方纯SREBP-1基因的开放阅读框全长3 330 bp,共编码1 109个氨基酸;红鳍东方鲀SREBP-1的氨基酸序列与黄斑蓝子鱼、大西洋鲑、斑马鱼、人、牛及原鸡的同源性分别为81％、73％、72％、55％ 、55％、54％和54％;系统进化分析结果表明,红鳍东方纯SREBP-1与黄斑蓝子鱼的进化关系最为密切,亲缘关系最近;红鳍东方鲀SREBP-1蛋白中α-螺旋较多,该蛋白质氨基端包含1个bHLH-zip的结构.     

红鳍东方鲀防御素db-1基因的原核表达分析

采用原核表达方法高效表达红鳍东方鲀Takifugu rubripes防御素db-1基因,并获得该基因的重组表达产物。通过RT-PCR扩增获得红鳍东方鲀防御素db-1基因成熟肽编码序列,将其连入pET32a+载体,构建原核表达载体pET32a-m DB-1,然后将其转入至大肠杆菌表达菌株Rosetta(DE3)感受态细胞中,经IPTG诱导目的基因表达,通过SDS-PAGE和Western Blotting检测该蛋白,并利用Ni-NTA亲和层析纯化该蛋白,最后以Anti-Mus defensin Beta2抗体为探针的Elisa反应鉴定该蛋白。结果表明:红鳍东方鲀db-1基因在大肠杆菌中高效表达,并纯化得到了这种重组防御素融合蛋白。本研究中提供了一种简单、高效获取重组防御素蛋白的方法,可为其应用和生产提供支持。     

抗红鳍东方鲀盾纤毛虫药物的筛选及组织分布研究

为筛选出抗红鳍东方鲀盾纤毛虫的天然化合物,并评价其对红鳍东方鲀的安全性,选取了二十种中药有效成分,在光学显微镜下观察统计药物各浓度梯度在10 min、30 min和60 min时对盾纤毛虫的杀灭作用;选择杀虫效果最好的两种药物进行杀虫率检测,通过棋盘法进行联合用药评价;并使用高效液相色谱法研究两种药物在红鳍东方鲀体内的组织分布。结果表明：MNL、NHK两种化合物与盾纤毛虫作用10 min时,药物浓度为8 μg/mL可观察到杀虫作用,药物浓度达到32 μg/mL时杀虫作用显著,随着时间延长杀虫作用增加,但二者联用呈拮抗作用;MNL和NHK在红鳍东方鲀肌肉中达峰时间分别为0.75 h和1 h,在肝脏均呈现双峰现象且第一达峰时间为0.5 h,并分别于3 h和12 h在受检组织中消除。研究表明,即此两种天然化合物具有显著的杀虫作用,在一定范围内具有剂量依赖性和时间依赖性,药物吸收快、达峰时间短、消除快,应用中宜单独用药不宜联用。     

红鳍东方鲀仔鱼期摄食与生长的研究

在水温 ( 1 6± 1 )℃条件下 ,红鳍东方 (Takifugurubripes)仔鱼孵出后 4d开始摄食 ,此时其卵黄囊体积由初孵时的 0 636mm3减少到 0 375mm3;1 2d时 ,卵黄完全耗尽。最高初次摄食率出现在卵黄耗尽时 ,可达 1 0 0 % ;仔鱼能维持 9d高达 90 %以上的初次摄食率。初次摄食强度最大值也出现在 1 2d。饥饿不可逆点 (PNR)出现在 1 5～ 1 6d。在内营养期日平均增长率为 0 2 1 7mm/d ;在PNR前的摄食期 ,饥饿仔鱼的日平均生长率为 0 0 1 7mm/d ;而摄食仔鱼的日平均生长率为 0 0 95mm/d ;PNR后至死亡前 ,饥饿仔鱼呈负增长 ,而摄食仔鱼的日平均生长率达 0 41 0mm/d。     

红鳍东方鲀生长性状的遗传力估计及性状间相关关系的初步研究

为估计红鳍东方鲀Takifugu rubripes生长性状的遗传力及生长性状间的相关关系,构建了5个全同胞家系,测定了210日龄(504尾)和360日龄(500尾)红鳍东方鲀的体质量、体长和体全长等生长性状的表型值,构建固定模型,用全同胞法估计了210日龄和360日龄红鳍东方鲀的体质量、体长和体全长3个生长性状的遗传力。结果表明:红鳍东方鲀的体质量、体长和体全长3个生长性状的遗传力估计值在210日龄时分别为0.54、0.38、0.52,在360日龄时分别为0.46、0.37、0.44,这3个性状的遗传力属于中等和高等遗传力;体质量与体长,体质量与体全长,以及体长与体全长的遗传相关系数在210日龄时分别为0.99、0.99、0.98,在360日龄时分别为0.97、0.97、0.96,这3个性状之间的遗传相关呈高度正相关;测定了102日龄(296尾)红鳍东方鲀的体质量、体长和体高3个生长性状,利用回归模型建立了体质量(W)与体长(L)和体全高(H)的数学模型为W=e-8.513L2.046H0.742(R2=0.903)。本研究结果可为红鳍东方鲀的遗传育种研究提供参考。     

壳寡糖对红鳍东方鲀血液指标和非特异性免疫指标的影响

为研究壳寡糖(chitosan-oligosaccbarides,COS)对红鳍东方鲀Takifugu rubripes血清和血液生化指标及非特异性免疫指标的影响,选用体质量为(129.2±3.1)g的红鳍东方鲀600尾,随机分为C0、C1、C2、C3 4组,每组设3个平行,在基础饲料中分别添加0、500、1000、2000 mg/kg的壳寡糖,经56 d饲养后,测定其血液指标、抗氧化酶活性及其攻毒耐受性。结果表明:饲料中添加壳寡糖能显著提高血清中碱性磷酸酶、溶菌酶、过氧化氢酶、超氧化物歧化酶活力和全血中血小板数量(P0.05),各项指标随壳寡糖添加量的增加整体呈升高趋势;饲料中添加壳寡糖能显著提高红鳍东方鲀肝脏组织中过氧化氢酶、超氧化物歧化酶活力(P0.05),显著降低丙二醛含量(P0.05);壳寡糖能明显提高红鳍东方鲀对迟缓爱德华氏菌和哈维弧菌的抵抗力。研究表明,在本试验条件下,饲料中添加2000 mg/kg壳寡糖能够提高红鳍东方鲀的非特异性免疫功能。