LZ-8蛋白的原核密码子优化表达及免疫调节功能的初步检测

    为研究LZ-8蛋白的免疫调节活性,设计合成12个寡核苷酸片段,并用PCR方法将它们连接为经密码子优化的新LZ-8基因;将该新基因克隆至原核表达载体pET-28b,构建重组表达质粒pET-28b_lz8,并在大肠杆菌BL21中进行诱导表达.表达产物经Ni离子亲和层析法纯化后,蛋白表达量达70 mg·L-1.通过不同品系小鼠的皮肤移植模型检测表明:纯化的重组蛋白具有一定程度的免疫抑制功能,还需进一步实验验证.     

贯叶金丝桃过氧化氢酶基因的生物信息学分析

利用生物信息学软件分析了贯叶金丝桃过氧化氢酶基因编码蛋白的氨基酸组成、理论等电点、结构域、特征位点、二级结构等蛋白质性质。结果表明：贯叶金丝桃过氧化氢酶基因编码蛋白分子式为：C2580H3880N718O728S13,属于稳定蛋白;二级结构以无规则卷曲为主。     

玉米抗冷相关基因ZmSAMDC克隆及生物信息学分析

在水稻中同源比对得到玉米的SAMDC基因,并利用生物信息学在线软件,对该基因编码的蛋白质结构及理化性质等进行分析.结果 表明:ZmSAMDC为疏水性非跨膜类蛋白,无信号肽结构.ZmSAMDC蛋白分子量大小为43283.12 D,等电点为4.78,氨基酸数共398个,蛋白质不稳定系数为38.32,预测该蛋白为稳定蛋白.Z...     

2株广西猪源H9N2亚型流感病毒遗传进化及生物学特性分析

[目的]明确广西猪源H9N2亚型流感病毒的遗传特征及分子生物学特性(抗原性、耐药性和致病性),为广西猪源H9N2亚型流感病毒的防控提供科学依据.[方法]以分离自广西百色地区的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)为研究对象,运用RT-PCR扩增其全基因组的8个基因片段(HA、NA、NP、M、NS、PB1、PB2和PA基因),经克隆测序后进行核苷酸序列及氨基酸位点分析.[结果]2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的核苷酸序列开放阅读框(ORF)分别是PB2:2280 bp、PB1:2274 bp、PA:2151 bp、HA:1683 bp、NP:1497 bp、NA:1410 bp、M:982 bp和NS:838 bp.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒全基因组仅M基因核苷酸序列与猪源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,而HA、NA、NP、NS、PA、PB2和PB1基因核苷酸序列均与禽源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,在基因型分类上属于G57基因型,为我国广泛流行的H9N2亚型基因型.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的HA蛋白发生R180Q、T213A、D216E、M224L、N285S和V287T突变,NA蛋白抗原决定簇S331V、W403S和Q431K也发生突变;NA蛋白在N2亚型的耐药性关键位点119E、151D、292R、276E和294N位点未发生突变,但在NA蛋白抗原区存在S331V、K367E和Q432K突变,且M2氨基酸位点发生S31N突变.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒HA蛋白连接HA1和HA2的氨基酸均为RSSR↓GLF;HA蛋白存在1个因P315S突变而新增的潜在糖基化位点(NCS);NA蛋白未缺失NA潜在糖基化位点,也未出现NA蛋白颈部杆状结构63~65 aa缺失现象,在NA潜在糖基化位点中69、86、146、200和234 aa处非常保守,但发生W402S突变.[结论]从广西百色分离获得的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)虽为低致病力毒株,但在流感病毒基因重组过程中发挥重要作用,且其致病性有增强趋势,已对金刚烷胺类药物产生耐药性.因此,应加强广西地区哺乳动物H9N2亚型流感病毒的监控,并警惕其跨种间传播.     

盐芥ThNHX1基因的生物信息学分析

利用相关的生物信息学软件分析了盐芥ThNHX1基因编码蛋白的氨基酸组成、等电点、结构域、特征位点、二级结构等蛋白质性质,并与3种甜土植物蛋白做了对比.结果表明,盐芥ThNHX1基因编码蛋白的分子式为C2790H4328N690O760S25,属于稳定蛋白;二级结构主要是以无规则卷曲和α-螺旋为主.在所分析的指标中.盐芥ThNHX1与3种甜土植物的NHXl相比,存在着一定的差异.     

水貂阿留申病毒VP2蛋白单克隆抗体的制备

本研究利用PCR方法从水貂阿留申病毒相关病料中扩增出VP2蛋白部分基因,并进行原核表达,成功获得VP2重组蛋白;利用纯化的VP2重组蛋白免疫BALB/c小鼠,取其脾细胞与骨髓瘤细胞融合,成功获得3株杂交瘤细胞:1F4F7D9、3E9G3D4和4B8B3F8;分别接种小鼠,间接ELISA检测结果表明,3组实验小鼠腹水的单克隆抗体效价均在106以上。     

桑青枯雷尔氏菌gsp G和gsp K基因的获取与生物信息学分析

gsp G和gsp K参与青枯雷尔氏菌Ⅱ型分泌系统周质复合体的形成。本研究以桑青枯雷尔氏菌MR111为材料,利用PCR扩增和DNA测序技术成功获得其gsp G和gsp K基因438 bp和843 bp的序列,在线BLAST分析两个基因编码蛋白与其它青枯雷尔氏菌同源区域的相似性在90%以上。在线CDD分析两个蛋白除分别含有典型的T2SG和T2SK以及N端主要由亮氨酸和丙氨酸组成的分泌型信号肽外,gsp G还含Ⅳ型分泌系统的"Ⅳ_pilin_GFxxx E"结构,而在gsp K中则出现了重复的"GIQSTE"序列,该序列在雷尔氏菌属中高度保守。     

高粱查尔酮合成酶的生物信息学分析

为研究高粱查尔酮合成酶(CHS)基因的功能,利用生物信息学工具和方法,对CHS蛋白质理化性质、疏水性/亲水性、跨膜区域、结构功能域、二级结构、三级结构和同源性进行了预测与分析。结果显示,高粱的CHS蛋白质共有8种(CHS1~CHS8),其氨基酸数量都在400左右,分子量差别不大;其中CHS1~CHS7为较稳定的亲水性蛋白质,CHS8为不稳定的疏水性蛋白质;8种蛋白质都为非跨膜蛋白。CHS蛋白有Chal_sti_synt_N和ACP_syn_lll_C 2个结构域,主要构件为α-螺旋和不规则卷曲。同源性分析结果表明,CHS1~CHS7蛋白质氨基酸序列间的同源性较高。     

滇龙胆香叶醇10-羟化酶基因的克隆与表达分析

【目的】克隆滇龙胆香叶醇10-羟化酶基因Gr G10H(geraniol 10-hydroxylase),分析其生物信息学特征、基因结构、蛋白表达和组织表达情况,为龙胆苦苷生物合成途径解析提供理论依据。【方法】通过RT-PCR及基因克隆方法,从滇龙胆总RNA中克隆得到基因Gr G10H及其基因组序列;使用生物信息学方法分析其DNA序列及其编码蛋白特性,使用Clustal X2.1软件对Gr G10H蛋白质及其同源序列做序列比对,使用MEGA7.0软件进行系统发育树构建;利用定量PCR技术分析Gr G10H基因在滇龙胆根茎叶中的表达水平。【结果】使用RT-PCR方法从滇龙胆叶片中克隆得Gr G10H基因全长为1834 bp,包含2外显子和1内含子,ORF1548 bp,将序列提交至Gen Bank,得到序列号KJ418410。生物信息学分析表明,该基因编码515个氨基酸,分子量为57.74 k D,理论等电点为9.02;该蛋白属于细胞色素P450超家族成员,定位于内质网,其N端含一跨膜螺旋(21~43),其中1~20氨基酸残基位于膜内,44~515位于膜外。该蛋白无信号肽,为亲水稳定蛋白,主要由无规则卷曲(44.85%)和α-螺旋(40.58%)构成。Gr G10H蛋白与川西獐牙菜Sm G10H蛋白具有较高的相似性(87%),且亲缘关系最近。原核表达结果表明,Gr G10H基因在大肠杆菌中表达的重组蛋白相对分子质量约为83.74 k D(含GST标签26.00 k D),与预期蛋白大小一致。组织特异性表达分析结果表明Gr G10H基因主要在叶中表达。【结论】克隆到滇龙胆Gr G10H基因,并成功在大肠杆菌中表达,推测其在主要叶片中起作用。     

小麦F-box蛋白基因的电子克隆和生物信息学分析

为探讨F-box蛋白在小麦发育过程中的调节作用,利用电子克隆技术获得了一个小麦F-box蛋白基因,采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明,小麦F-box蛋白由362个氨基酸组成,在N端和C端分别存在一个F-box保守结构域和一个DUF295保守结构域(功能未知),该蛋白质二级结构中以α-螺旋(23.48%)、扩展束(25.41%)和无规则卷曲(47.24%)为主,在94-115位点处可能存在一个由内向外的跨膜区,N端不存在信号肽序列,亚细胞定位于细胞质中;该F-box蛋白与二穗短柄草、玉米和水稻的F-box蛋白相似性较高,进化距离较近。     

鸭LEPR基因结构和功能的生物信息学分析

以鸭瘦素受体(LEPR)基因为研究对象,运用生物信息学方法对鸭等10种动物的LEPR蛋白进行多序列比对分析、分子进化分析及蛋白质结构分析,并预测LEPR蛋白的理化性质、疏水性等基本性质。结果表明：鸭LEPR蛋白预测为不稳定的亲水性蛋白质,不含信号肽,为非分泌型蛋白质,定位在细胞质膜上,与其生物学功能相符。鸭LEPR蛋白还含有132个潜在磷酸化位点、10个N型糖基化位点和6个O型糖基化修饰位点。进化关系分析表明,鸭LEPR基因与同为水禽的黑天鹅进化关系最近,具有较高的同源性。这一研究为进一步研究鸭LEPR基因及其编码的蛋白质结构和功能提供了参考。     

猪流感病毒NP蛋白单克隆抗体的制备与鉴定

为了制备猪流感病毒(SIV)核蛋白(NP)的单克隆抗体(MAb),采用差速离心法纯化H1N1和H3N2亚型SIV后交叉免疫BALB/c小鼠,利用淋巴细胞杂交瘤技术制备杂交瘤细胞,通过建立的免疫过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)单克隆抗体检测方法进行筛选。获得3株能稳定分泌抗NP蛋白的杂交瘤细胞,分别命名为16D5、18G8和20C4,将它们诱导小鼠产生的腹水IPMA效价分别为1×10~(-6)、1×10~(-6)和1×10~(-5)。亚型鉴定结果显示,3株单克隆抗体的重链均为IgG1,轻链为κ链。3株单克隆抗体特异识别H1N1、H3N2、H5N1、H7N9和H9N2亚型流感病毒,并且与猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒无交叉反应。Western blot检测结果表明,3株杂交瘤细胞培养上清均在56 ku附近出现一条特异性的蛋白质条带,说明针对SIV的NP蛋白制备了3株单克隆抗体。综上,成功制备了针对SIV NP蛋白的3株单克隆抗体,可识别不同亚型的SIV。     

4LZ-8稻麦收获机拨禾轮辐盘模态分析

[目的]为了研究拨禾轮辐盘的振动,验证拨禾轮辐盘是否会与割台其他部位产生共振.[方法]文章对4LZ-8稻麦收获机拨禾轮结构进行设计,并通过试验得出拨禾轮的最佳拨禾速比λ,计算得出拨禾轮转速;对拨禾轮受振动影响最严重的拨禾轮辐盘部分进行模态分析,通过线性摄动模态分析得出拨禾轮辐盘的振动频率和振型,并通过约束模态分析与其进...     

球孢白僵菌不同分生孢子特异性表达蛋白分析与筛选

对球孢白僵菌(Beauveria bassiana(Bais.)Vuill)D1-5菌株的3种分生孢子气生孢子、芽生孢子和深层孢子进行电镜观察,并利用双向凝胶电泳技术对3种孢子的特异性表达蛋白进行分析与筛选。结果显示,电镜下气生分生孢子呈球形,外周有棒状结构包裹,具有明显的疏水特性;芽生孢子为圆柱形,大小不均一,表面光滑;深层孢子球形透明,大小均一,表面粗糙,3种分生孢子孢子壁厚度差异不明显。经双向凝胶电泳对3种分生孢子进行特异性表达蛋白分离后,使用PDquest软件对结果进行分析,深层分生孢子与芽生分生孢子蛋白表达图谱相比较,有20个蛋白质表达量发生2倍以上改变,其中8个蛋白质表达量上调,12个蛋白质表达量下调;气生分生孢子与芽生分生孢子蛋白表达图谱相比较,有57个蛋白质表达量发生2倍以上改变,其中43个蛋白质表达量上调,14个蛋白质表达量下调;深层分生孢子与气生分生孢子蛋白表达图谱相比较,有66个蛋白质表达量发生2倍以上改变,其中8个蛋白质表达量上调,58个蛋白质表达量下调。     

普城沙雷氏菌pigX基因的生物信息学分析

通过生物信息学方法对普城沙雷氏菌(Serratia plymuthica)G3菌株中GGDEF/EAL结构域蛋白编码基因pigX启动子区域的调控信息以及编码蛋白质的理化特性和结构特点进行了解析。利用启动子分析软件Softberry和Neural Network Promoter Prediction对pigX基因编码区上游序列进行启动子预测,利用生物信息学方法对PigX蛋白的氨基酸组成和理化特性、磷酸化和糖基化位点、跨膜结构、信号肽二级结构和保守结构域等进行预测分析。结果显示:pigX启动子区有Fur和SoxS结合位点;PigX是微亲水性的脂结合蛋白,具有信号肽和跨膜结构域、糖基化和高水平磷酸化位点,α-螺旋和无规则卷曲是其主要二级结构。生物信息学分析预测结果表明G3菌株PigX具有较高水平磷酸化位点及由α-螺旋和无规则卷曲组成的二级结构,这与预测的PigX参与铁代谢和氧化应激反应及作为Csr D同源物与CSRB家族sRNAs分子结合的功能相吻合。     

不结球白菜热激蛋白BcHSP81-4基因原核表达及生物信息学

从不结球白菜Pol_CMS胞质不育系SSH差减文库中得到1条热激蛋白基因的EST序列,通过对该基因的NCBI网上BLAST比对发现,与热激蛋白的同源性最高,与拟南芥HSP81-4(AT5G56000)同源性高达96％,命名为BcHSP81-4。将BcHSP81-4基因片段连接到原核表达载体PGEX-4T-3,转化大肠杆菌BL21(DE3)后诱导重组蛋白的表达。经IPTG诱导后进行SDS-PAGE电泳,产生了预期大小的重组蛋白,进一步证明了该基因属于热激蛋白90家族。并采用生物信息学方法,利用多种在线软件对不结球白菜热激蛋白BcHSP81-4的理化性质、亲水性、跨膜区、亚细胞定位及蛋白质结构进行预测和分析。理化性质分析结果显示,该蛋白质含699个氨基酸,分子量为80 050,理论等电点pI值为4.95。TMpred跨膜分析结果显示,它含有1个显著的跨膜螺旋区,这个区域与ProtScale预测的疏水区基本对应。用TargetP server和WOLFPSORT server程序预测该蛋白质为细胞质蛋白质,二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。     

犬链球菌M蛋白基因的克隆及生物信息学分析

本研究对犬链球菌M蛋白(SCM)基因克隆,并对其进行生物信息学分析,预测其蛋白质结构及功能,为链球菌表位疫苗的研究及链球菌病的诊断提供参考。利用ExPASy ProtParam在线分析软件,预测犬链球菌M蛋白为亲水性蛋白质且属于稳定蛋白。使用SignalP 4.1软件推测该蛋白有信号肽。利用SOPMA中5种相互独立的方法预测其二级结构,其中α螺旋占83.53%,可知α螺旋为二级结构的主要元件。应用SWISS-MODEL在线分析软件,进行三级构造同源建模,发现其结果与二级结构预测结论大致相同。使用DNAStar预测软件中的Protean部分对SCM亲水性、蛋白质的二级结构、抗原性指数、表面可能性、柔韧性进行归纳比较分析,在第55~59和第377~379氨基酸区段存在B细胞表位。     

玉米大斑病菌热激蛋白Hsp70的鉴定和结构分析

【目的】对玉米大斑病菌Hsp70(Setosphaeria turcica Hsp70,StHsp70)基因家族进行结构鉴定和功能分析,为进一步阐明StHsp70在玉米大斑病菌生长发育和致病过程中的作用奠定基础。【方法】利用玉米大斑病菌基因组数据库获得StHsp70基因家族成员,利用生物信息学方法进行理化性质、亚细胞定位、系统进化、保守基序和结构域分析,构建三级结构模型,并预测启动子等顺式作用元件。【结果】StHsp70基因家族包括11个成员,分别为StHsp70-1～StHsp70-11,多数定位于细胞质,其次为内质网、线粒体和细胞核。系统进化分析结果表明,StHsp70家族成员可分为7类,其中Class A～F分别与酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）热激蛋白SSA、 SSB、 SSC、KAR2、SSE、SSZ高度同源,而Class G在酵母中未发现其同源蛋白。结构预测分析发现,StHsp70家族成员都含有保守基序Motif 5,而Motif 6只存在于Class A～D中,Class G仅含有2～4种基序,与其他StHsp70家族成员存在显著差异。N端的N...     

菊叶香藜精油合成关键HMGR基因的生物信息学分析

采用生物信息学的方法分析菊叶香藜3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(Ds HMGR)基因所编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、保守结构域、二级结构、三级结构,并进行多条氨基酸序列比对和系统进化树构建。结果表明,Ds HMGR基因包含一段1 725 bp的开放阅读框,编码574个氨基酸,非极性氨基酸为主要氨基酸,等电点为7.46,为不稳定蛋白质,编码蛋白质中不含有信号肽,在N端具有2个疏水区域,含有2个跨膜结构域,Ds HMGR蛋白定位到内质网上,在C端和连接区具有较高保守性,在N端保守性较低,含有HMGR蛋白特有的4个保守活性位点,二级结构主要为α-螺旋,三级结构预测显示Ds HMGR蛋白具有N、L和S 3个催化活性中心结构域。HMGR蛋白进化分析中,菊叶香藜与藜科植物聚为一支,遗传距离较近。     

不同栽培方法对水稻产量及蛋白质含量的影响

比较研究了3种栽培法对水稻植株生长,光合速率,植株及籽粒全N,P,K含量。糙米全N,蛋白N含量,产量及构成因子的影响．结果表明,初拟栽培法最优,“三壮三高”栽培法次之,常规栽培法最低．与常规栽培法相比．初拟栽培法、“三壮三高”栽培法的糙米蛋白质含量,早稻分别增加了11．36,8．63g／kg,晚稻分别增加了8．33,6．19g／kg,早稻产量分别提高了19．14％,9．57％,晚稻产量分别提高了22．49％,13．53％．