肉牛肝脏miR-31对运输应激的响应及生物学功能预测

旨在探究运输应激肉牛肝脏中miR-31的表达变化,并对其进行生物学功能预测,从多个方面探讨运输应激与miR-31间的关系。试验将10头体况相似的健康肉牛分为运输0 h组和运输6 h组,以速度为80 km/h进行公路运输应激。运用qRT-PCR方法检测肉牛肝脏组织中miR-31的表达,采用生物信息学分析方法对miR-31进行生物学功能预测。结果表明,与运输0 h组相比,运输6 h组肝脏中miR-31表达量极显著升高(P<0.01)。应用Targetscan、miRWalk、miRDB和miRTarBase 4款软件对miR-31靶基因进行预测,分别预测到427,1 261,122,307个靶基因。通过GO富集分析发现miR-31主要参与细胞过程,生物调节,代谢过程,多细胞生物过程,对刺激的反应等生物过程。其中,RAB27A,PPP2R2A,ARID1A可能是与应激联系密切的靶基因。结果提示,运输应激肉牛肝脏miR-31的上调能够对细胞生长发育、增殖和凋亡等方面产生重要影响。     

牦牛miR-652靶基因预测及生物信息学分析

为进一步探索牦牛miR-652在骨骼肌发育过程中潜在的作用机制,试验从miRbase数据库中下载已有物种的miR-652序列,与牦牛miR-652序列进行比对分析保守性,利用Targetscan软件预测miR-652的靶基因,并与已报道的靶基因合并为靶基因集合;采用g:Profiler和KOBAS 3.0在线软件分别对...     

牦牛miR-381的靶基因预测及生物信息学分析

旨在对牦牛miR-381的靶基因进行预测和生物信息学分析,探索其影响牦牛肌肉发育的作用机制。将高通量测序获得的牦牛miR-381序列与miRbase数据库中已有物种miR-381成熟序列的保守性进行比对分析,利用TargetScan、miRDB和miRanda对miR-381靶基因进行预测,交集的基因与miRTarbase数据库中已证实的靶基因合并后进行基因本体论富集和信号通路富集分析。结果显示,miR-381序列在各物种间高度保守,其靶基因主要参与转录调控过程、横纹肌发育的负调节、细胞周期、心脏发育、肌肉收缩和细胞增殖等生物学过程。信号通路分析结果显示靶基因显著富集于Wnt、TGF-β、MAPK和Notch信号通路等与肌肉发育相关的通路中。由此推测,miR-381可能通过抑制Wnt、MAPK和TGF-β等信号通路的靶基因,进而调控牦牛骨骼肌的发育。研究结果将为进一步探讨miR-381在牦牛肌肉发育中的作用奠定理论基础,同时也为解析牦牛肌肉发育的分子机制提供新的思路。     

绵羊miR-150靶基因预测及生物信息学分析

为探究miR-150在绵羊卵巢中的调控机制,本研究利用生物信息学方法对miR-150进行靶基因预测与分析。通过miRBase数据库获取miR-150成熟序列,进行序列比对和保守性分析;利用Ensemble数据库搜索miR-150前体序列,并利用PROMO在线软件对其上游2 000 bp的启动子区进行转录因子结合位点预测;通过TargetScan和miRwalk在线软件预测并取靶基因的交集,采用DAVID和KOBAS在线软件对预测靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用Networkanalyst在线软件对靶基因进行功能性蛋白的互作分析,绘制miR-150靶基因参与的调控网络;利用YM500V2在线软件分析miR-150靶基因在不同组织和疾病中的差异表达水平。结果显示,miR-150成熟序列在不同物种间具有高度保守性;miR-150启动子区存在p53、ID1、FOXO4等转录因子结合位点。GO功能分析结果显示,主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等生物过程,锌离子结合、DNA结合、转录DNA模板等分子功能,以及核、核质、胞质、胞质核周区域等细胞组分。KEGG通路富集结果显示,主要富集在癌症通路、癌症中蛋白聚糖、人乳头瘤病毒感染、乳腺癌、调节干细胞多能性等信号通路。miR-150靶基因互作分析发现,靶基因PIK3R1、PIK3CB、CTNNB1与其他蛋白存在较多靶向关系,参与了雌激素信号通路、细胞衰老、磷脂酰肌醇信号系统、TGF-β等通路。根据YM500V2在线软件分析miR-150在不同组织和疾病中的表达发现,在血液中表达水平最高,在卵巢、胰腺、淋巴和皮肤中表达水平相对较高,在脑和肾上腺皮质中表达水平很低或不表达。通过对绵羊miR-150靶基因的生物信息学分析,为其功能和调控机制研究提供参考依据,为绵羊miR-150在卵巢发育中的调控机制奠定基础。     

牦牛miR-101的靶基因预测及生物信息学分析

本研究利用相关生物信息学软件和数据库对牦牛miR-101进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过高通量测序获取牦牛miR-101的序列,并分析其序列保守性;选取TargetScan、miRanda、PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用BINGO和DAVID数据库获得靶基因集合的本体注释,进行GO功能富集及Pathway信号通路富集分析。结果显示,miR-101序列在各物种间高度保守,miR-101调控的靶基因GO功能富集主要包括多细胞生物体发育、发育过程、系统发育、解剖结构发育、器官发育等基本生物学过程和蛋白连接、转录因子活性等分子功能;靶基因存在于细胞各个组分中,包括细胞质、细胞核、细胞器中;信号转导通路显著富集于MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、黏着斑（focal adhesion）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、Wnt信号通路（Wnt signaling pathway）、TGF-beta信号通路（TGF-beta signaling pathway）和mTOR信号通路（mTOR signaling pathway）中（P<0.05）。通过对牦牛miR-101靶基因的生物信息学分析,为进一步研究miR-101在牦牛肌肉发育中的作用奠定基础。     

猪miR-23a靶向调控Smad3基因表达的研究

为了确定miR-23a是否靶向调控Smad3基因,试验利用NotⅠ和XhoⅠ酶构建包含Smad3-3′-UTR的野生型(psiCHECKTM-2-W-Smad3-3′-UTR)和突变型双荧光酶报告载体(psiCHECKTM-2-M-Smad3-3′-UTR),并在PK-15细胞中转染miR-23amimics、miR-23ainhibitor及其阴性对照,采用双荧光酶检测试剂盒检测荧光素酶活性,用实时荧光定量PCR和Western blotting法分别检测Smad3基因的mRNA和蛋白表达水平。结果表明,将含Smad3-3′-UTR的野生型和突变型双荧光酶报告载体与miR-23amimic共转染PK-15细胞,野生型报告质粒表达的荧光素酶活性显著低于其阴性对照组(P<0.05);转染miR-23amimics能显著下调Smad3基因mRNA及其蛋白表达水平(P<0.05);而转染miR-23ainhibitor组与miR-23ainhibitor阴性对照组相比,Smad3基因蛋白表达差异不显著(P>0.05)。综合上述结果可知,猪miR-23a可靶向作用于Smad3基因。     

静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析

为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径（microRNAs in cancer）、人乳头瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌症中途径（pathways in cancer）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）中（P<0.05）。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤（melanoma）中的表达水平最高,在扁桃体（tonsil）和肌肉（muscle）等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。     

miR-23基因家族进化分析及其在猪睾丸组织中的表达变化

运用生物信息学方法在miRBase数据库检索到miR-23基因家族的序列,利用Ensembl数据库信息确定miR-23在基因组的位置,采用MEGA5.0构建miR-23系统进化树,再利用RT-q PCR技术定量检测其在沙子岭猪睾丸组织中7个不同发育时期(D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)的表达变化。结果表明:在37种物种中共搜索到82条序列,且各序列具有高度保守性,大部分位于基因间隔区。进化分析表明:各物种miR-23基因家族可能以不同的方式和速度进化而来。RT-q PCR检测结果显示,miR-23基因家族在猪睾丸组织中不同发育时期表现出相同趋势的表达规律,即出生后其表达水平有所降低,到性成熟期又呈现升高趋势。本研究对miR-23基因家族进行系统进化分析并检测其在沙子岭猪睾丸组织中表达变化规律,为进一步探明miR-23基因家族的功能及作用机制奠定基础。     

肉牛运输应激危害及动物福利化预防措施

肉牛的运输福利是关乎内蒙古地区畜牧业发展的重要因素之一,作为畜牧业大省,内蒙古地区每年都进行大量的调运肉牛操作,不规范的运输会引起动物发生应激反应,进而使肉品质的下降。因此在实际生产中应注重运输环节的动物福利问题。文章通过总结实践和经验,分析了内蒙古地区肉牛运输中存在的问题及其危害,并提出了运输过程中的福利化预防措施,以其为改善肉牛运输福利提供参考。     

绵羊miR-449a/b前体序列组织表达及生物信息学分析

【目的】探究miR-449a/b在绵羊生长发育和繁殖性能方面的作用,为进一步研究miR-449a/b在绵羊繁殖调控中的作用提供参考。【方法】以湖羊为研究对象,利用实时荧光定量PCR技术鉴定miR-449a/b在湖羊下丘脑、垂体和卵巢中的相对表达量。使用TargetScan、miRWalk、miRDB软件预测绵羊miR-449a/b前体序列的靶基因,利用微生信和KOBAS网站对其进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】试验获得的前体序列与NCBI数据库中绵羊前体序列信息比对结果一致。实时荧光定量PCR结果显示,miR-449a在垂体中的相对表达量显著高于miR-449b(P<0.05),miR-449b在卵巢中的相对表达量极显著高于miR-449a(P<0.01)。利用3个靶基因预测软件做韦恩图分析,取其交集得到miR-449a/b的靶基因数目分别为299和23个。GO功能富集显示,miR-449a/b主要被富集到生物进程;KEGG通路富集结果取前20个通路进行分析发现,主要包括催产素、MAPK等与繁殖调控相关的信号通路。【结论】miR-449a在垂体中的表达量较高,mi...     

肉牛DKK3基因3'UTR双荧光素酶报告质粒构建及与miR-25的靶向验证

实验旨在鉴定miR-25与肉牛DKK3基因之间的靶向关系,为开展miR-25调控肉牛肌内脂肪生成的分子机制研究奠定基础。利用生物信息学分析软件TargetScan预测miR-25的潜在靶基因及结合位点,然后PCR扩增包含miR-25结合位点的肉牛DKK3基因3’非编码区（3’UTR）片段,构建DKK33’UTR野生型、突变型及删除型双荧光素酶报告基因质粒,并分别与miR-25 mimics和mimics NC共转染牛肾细胞（MDBK）,检测双荧光素酶活性;此外,miR-25 mimics、mimics NC、miR-25 inhibitor、inhibitor NC分别转染MDBK细胞,荧光定量PCR和Western blot检测DKK3表达量。结果表明：TargetScan软件预测到miR-25具有包括DKK3在内的共944个潜在靶基因,且与DKK3结合的靶位点位于DKK3基因3’UTR的25～32 bp处;构建的3种质粒经双酶切后释放出大小约321 bp的条带,测序结果与预期一致,表明质粒构建成功;miR-25mimics可显著降低DKK3野生型质粒的双荧光素酶活性;过表达miR-...     

肉牛运输前后牛源肠球菌的分离鉴定及其耐药基因检测

为探讨肉牛运输应激综合征的潜在致病菌,本试验采集肉牛运输前后的粪便和血液,针对牛源肠球菌进行分离鉴定、药敏试验和耐药基因检测。结果检出45株肠球菌（粪便中34株,血液中11株）,且对克林霉素等不敏感,其中携带耐药基因aac（6’）／aph（2＂）阳性菌株14株（阳性率31.1%）和ant（6）-Ⅰ的阳性菌株9株（阳性率20%）。表明肉牛经过长途运输后易被携带耐药基因的肠球菌侵入。     

中国肉牛养殖人员对运输应激的认知调查

运输应激一直是肉牛行业关注的重要问题,生产管理不当可能对肉牛健康造成极大危害。北牛南调和异地育肥使肉牛运输成为我国大动物运输的主体,但由于缺乏相关规章制度,很多运输管理细节缺乏标准,操作仍主要依靠经验。目前,针对我国肉牛运输状况进行的调查较为缺乏,本试验目的是采取问卷调查的方式对我国肉牛运输现状以及肉牛养殖人员对运输应激的认知水平进行统计分析。本试验通过勃林格殷格翰动物保健公司平台,向我国各省的肉牛养殖人员发送在线问卷,在2周内共收到160份有效答卷,问卷主要调查内容包括国内肉牛运输现状、养殖人员对肉牛运输应激的认识以及牛呼吸疾病综合征(BRDC)的防治现状等。结果显示,我国大多数肉牛养殖人员对运输应激有一定认知,同时也采取了一定的预防措施,但运输过程中仍然存在诸多问题。因此,建立符合我国畜牧业国情的肉牛运输相关规章制度十分必要。     

金茅黑鸡miR-206表达及靶基因预测分析

为了研究miR-206的组织表达分布及其在鸡骨骼肌生长发育中的表达规律,预测其可能的作用机制,本研究采集4周龄金茅黑鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌和腹脂8种组织及2、6、10、14、16周龄胸肌和腿肌组织,利用实时荧光定量PCR技术检测miR-206在8种组织及不同周龄胸肌和腿肌中的表达,利用生物信息学方法预测其靶基因并进行功能注释。结果显示,miR-206在公、母鸡胸肌和腿肌中表达量均极显著高于其他组织（P < 0.01）,在腹脂、心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏中低表达,为鸡骨骼肌特异性表达miRNA;miR-206均在公、母鸡腿肌和胸肌组织生长早期（2周龄）表达最高,之后表达量逐渐下降。靶基因预测和功能分析发现,miR-206共有356个靶基因,其中21个与肌肉生成相关,多个靶基因已知参与调控肌肉生成,包括配对框7（paired box 7,Pax7）、胰岛素样生长因子1（insulin-like growth factor 1,IGF1）、脑衍生神经营养因子1（brain-derived neurotrophic factor 1,BDNF1）、视黄酸受体（retinoic acid receptor beta,RARB）和卷曲类受体7（frizzled class receptor 7,FZD7）基因。此外,发现miR-206靶基因富集到多条已知参与调控骨骼肌生成的信号通路,包括MAPK、Wnt、肌动蛋白骨架调控和黏着斑激酶信号通路。结合表达数据推测,miR-206可能通过靶向调控Pax7、IGF1、BDNF1、RARB、FZD7基因和MAPK、Wnt等信号通路参与调控鸡肌肉生成。本研究揭示了金茅黑鸡miR-206的组织表达分布及其在鸡骨骼肌生长过程中的表达规律,并预测了其调控骨骼肌生成的可能作用机理,为进一步研究miR-206在鸡肌肉生长发育中的作用机理和表达调控奠定了基础。     

肉牛运输应激综合征的诊治

肉牛运输应激综合征是由支原体引起的并继发多种细菌感染的、以呼吸道疾病为主要症状的一系列非特异性病理反应,其发病率与死亡率均较高,易给养殖户造成极大的损失。分析和总结了1例肉牛运输应激综合征的诊断和治疗过程,以期为临床应用提供一定的理论依据和实践指导。     

中草药对肉牛运输应激的防治研究

长途运输肉牛容易产生应激反应,为了解中草药对肉牛运输后应激性症状是否存在改善作用,试验选取24头临床检查健康、体重相近(约300 kg)、8月龄左右的西门塔尔杂交牛,随机分为4个组(试验组Ⅰ、试验组Ⅱ、试验组Ⅲ和对照组),每组6头,试验组Ⅰ灌服参苓白术散,试验组Ⅱ灌服刺五加液,试验组Ⅲ灌服自拟方剂(黄芪多糖+参苓白术散...     

陇东肉牛PON1基因结构与功能的生物信息学分析

为阐明陇东肉牛对氧磷酶1（paraoxonase 1,PON1）基因的结构与功能,本研究运用PCR扩增陇东肉牛PON1基因所有外显子序列并测序,通过Seqman软件完成序列拼接,结合生物信息学方法预测和分析其碱基组成、开放阅读框及编码蛋白的理化性质、原子组成、氨基酸残基数、亲水性和疏水性、分子质量、等电点、二级结构、高级结构等。结果显示,陇东肉牛PON1基因CDS区序列全长1 068 bp,编码355个氨基酸残基,其中数目最多的为亮氨酸（Leu）,数目最少的为半胱氨酸和色氨酸（Cys和Trp）。碱基组成中A+T含量（56.55%）高于G+C含量（43.26%）。与GenBank中牛PON1基因序列（登录号：EU289337）比对分析发现,在PON1基因外显子4、6、8、9中存在突变,但均未导致氨基酸发生变化,为同义突变。PON1蛋白的原子组成是C₁₈₁₀H₂₇₉₆N₄₅₄O₅₃₃S₁₂,分子质量为39.83 ku,理论等电点为5.24,为稳定的水溶性蛋白质。PON1蛋白二级结构中无规则卷曲、延展链、α-螺旋和β-转角分别由159、116、55和25个氨基酸构成,最终形成了以无规则卷曲和延展链为主的混合型。PON1蛋白的疏水性结果表明,第8位苏氨酸（Thr）疏水性最强（最高分值2.878）,第299位脯氨酸（Pro）亲水性最强（最低分值-2.222）。本试验结果为深入研究陇东肉牛PON1蛋白功能及探讨PON1基因突变对甘肃地方肉牛胴体、肉质性状的影响奠定基础。     

hsa-miR-21-5p靶基因预测及生物信息学分析

【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利用R软件筛选差异表达基因(DEGs),通过FunRich软件预测DEGs的靶向miRNAs,找出hsa-miR-21-5p靶向的DEGs,获得miRNA-mRNA关系对;利用BLAST程序进行相似性比对,通过Mega 11.0软件构建系统进化树,采用ViennaRNA Web Services预测pre-miR-21-5p的二级结构;使用miRTarBase网站预测hsa-miR-21-5p靶基因,并进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过STRING数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化分析。【结果】共筛选出7个卵母细胞成熟过程中GV/MⅡ期对应卵丘细胞中hsa-miR-21-5p靶向的DEGs。对物种间miR-21-5p序列分析发现,人pre-miR-21-5p与小鼠、褐家鼠、黄牛、绵羊、笔尾树鼩、猕猴的相似性均达9...     

肉牛运输应激综合症的危害与防治

以广西为例,综述了肉牛运输应激综合症的发病机制、危害及防治措施,为南方地区在肉牛养殖发展过程中减少长途运输引起的应激损失提供理论依据。