香蕉SSR反应体系的优化

以香蕉品种AAcv Rose为试材,研究了香蕉SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响,并比较了聚丙烯酰胺凝胶及琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明:在20μL的反应体系中,各成分的最适用量分别为TaqDNA酶0.5U/mL;Mg2 2.5mmol/L;引物0.4μmol/L;模板DNA20～40ng/μL;dNTPs0.1mmol/L。利用24个香蕉品种验证此反应体系,80g/L的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物在150～300bp之间,不同品种间DNA谱带具有多态性。聚丙稀酰胺凝胶电泳检测的DNA多态性高于琼脂糖。     

果梅SSR反应体系的优化

以果梅品种小叶猪肝为试材 ,研究了果梅SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响 ,并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明 :在PCR反应体系中 ,Mg2 + 的最适浓度范围为1 89～ 2 83mmol·L-1;dNTP最适浓度为 0 2 4mmol·L-1;引物的最适浓度为 0 38μmol·L-1;Taq 聚合酶在 2 6 5 μL反应体系中宜加入 1U。利用此反应体系 ,对 2 4个果梅代表品种进行了SSR反应 ,用 8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测 ,扩增产物在 10 0～ 2 0 0bp之间 ,不同品种间DNA谱带多态性丰富。琼脂糖电泳检测的DNA多态性不如聚丙稀酰胺凝胶丰富     

啤酒大麦SSR分子标记PCR反应体系的建立与优化

为建立及优化啤酒大麦SSR分子标记PCR反应体系,以35个啤酒大麦品种(系)为试验材料,利用L16(44)正交试验设计研究DNA、Taq酶、dNTPs及引物浓度对啤酒大麦SSR扩增效果的影响。结果表明:模板DNA 2.0ng、10×PCR buffer 1.0μL、dNTPs 0.6μL、引物(0.25mmol·L-1)1.5μL、Taq酶(2.5U·μL-1)0.45μL的扩增效果最优,扩增结果重复性好且稳定。     

赤眼蜂SSR反应体系的建立

以松毛虫赤眼蜂为试材,研究了单头赤眼蜂DNA的提取方法以及SSR反应体系的的主要成分对SSR扩增结果的影响。结果表明:在20μL PCR反应体系中,Mg2 的最适浓度为2.0mmol.L-1,dNTP的最适浓度为2.0mmol.L-1,引物的最适浓度为0.8μmol.L-1,Taq聚合酶的最适浓度为1.0U。利用此反应体系,对13个松毛虫赤眼蜂地理品系进行SSR反应,用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物,不同品系间DNA谱带多态性丰富。     

巴西橡胶树SSR反应体系的优化

以巴西橡胶树无性系针选2号为试验材料,对橡胶树SSR-PCR反应的5个主要因素:TaqDNA聚合酶、Mg2 、引物、DNA模板及dNTPs进行优化试验。筛选出了各反应因素的最佳水平,建立了橡胶树SSR-PCR最佳反应体系(20μl):TaqDNA聚合酶0.8U;Mg2 浓度为1.5mmol/L;引物浓度0.5μmol/L;模板DNA含量50ng;dNTPs浓度0.25mmol/L。并利用此反应体系,用引物1对14个巴西橡胶树品种进行SSR分析,8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测显示不同品种间DNA谱带多态性丰富。结果证明,此反应体系是稳定可靠的。这为下一步进行的遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究奠定基础。     

马铃薯SSR标记多重PCR反应体系优化研究

以马铃薯品种克新18为试验材料,探讨了多重PCR反应体系主要成分、引物不同比例关系及退火温度对SSR标记扩增的影响。在不改变其他成分浓度的条件下,对PCR反应体系的4个组分(Taq酶、MgCl2、模板DNA、dNTPs)进行浓度或用量梯度试验;利用正交设计L(934)对反应体系的4对引物组合(STM0014、Pat、SSI、UGP)在3个水平上进行优化;最终确立了马铃薯SSR标记多重PCR反应优化体系,总体积为20μL;2.5μL 25 mmol.L-1 MgCl2,0.6μL 10 mmol.L-1 dNTPs,Taq酶0.8 U,模板DNA 80 ng;4 mmol.L-1的4对引物之间的用量比为2:1:2:3,退火温度为54.7℃。优化后的反应体系重复性好,扩增结果稳定可靠,能够明显区分不同的马铃薯品种。为进一步探讨马铃薯品种资源遗传多样性、构建DNA指纹图谱打下了坚实的基础。     

光皮桦SSR分子标记体系的建立

采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B. platyphylla var. japonica和欧洲白桦B. pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记（SSR）反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应（PCR）反应的因素进行分析。结果表明：在20 μL反应体系中,模板DNA用量、Mg²⁺浓度、脱氧核糖核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度、T_aq DNA聚合酶用量分别为60 ng,1.500 mmol·L^－1,0.175 mmol·L^－1,2.500 mmol·L^－1,1.0 × 16.67 nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1 ℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度（max ident值）均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。图7表2参17     

万寿菊SS-PCR反应体系的优化

实验材料为色素万寿菊雄性不育两用系'9901AB',通过对SSR-PCR反应体系中的主要因素dNTPs、引物及模板DNA进行最优条件筛选,建立了适合于万寿菊雄性不育两用系的SSRPCR反应体系:2.5μL 10×buffer、40 ng模板DNA、2μL 10μmol·μL1引物、1.0 U Taq酶、1.2μL2.5...     

中国水仙REMAP反应体系的建立和优化

对影响中国水仙“金盏”品种的REMAP-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合中国水仙的REMAP反应体系20μL,包括如下成分:模板DNA 40 ng、dNTPs 0.2 mmol·L-1、引物0.45μmol·L-1、Taq酶1U和10×Buffer(含Mg2+)2μL.扩增程序为反应程序:94℃预变性4 min;94℃变性40 s,55℃退火40 s;72℃延伸90 s,共35个循环;最后72℃延伸10 min,4℃保存.该反应体系标记点位清晰、稳定、重复性好,适宜中国水仙的REMAP分析,为应用REMAP技术鉴定中国水仙种质资源、分子标记辅助选择育种及其遗传多样性研究奠定了基础.     

西洋杜鹃ISSR-PCR反应体系的建立及优化

以西洋杜鹃(Rhododendron hybridum)叶片提取的基因组DNA为材料,用引物UBC880(序列为GGA GAG GAG AGG AGA)研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对该种植物ISSR扩增结果的影响.确立了可用于西洋杜鹃ISSR-PCR 分析的最适宜的PCR反应体系:20μL PCR反应体积中...     

果梅ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以果梅品种桃梅为试材,通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL,2．5mmol／LMgCl2,0．2mmol／LdNTPs,0．32μmol／L引物,20～80ng模板DNA,1UTaq DNA聚合酶．利用优化的反应体系,对19个果梅品种进行体系稳定性检测,结果表明该反应体系的重复性和稳定性良好．     

果梅ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以果梅品种桃梅为试材, 通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、 Mg2 浓度、 dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响. 建立了果梅ISSR-PCR 的最佳反应体系 20 μL反应体系中含10× buffer 2 μL, 2.5 mmol/L MgCl2, 0.2 mmol/L dNTPs, 0.32 μmol/L引物, 20～80 ng模板DNA, 1 U Taq DNA聚合酶. 利用优化的反应体系, 对19个果梅品种进行体系稳定性检测, 结果表明该反应体系的重复性和稳定性良好.     

萝卜EST—SSR反应体系的建立与优化

利用正交设计L16（4^5）对萝卜SSR—PCR反应体系的5因素（Taq酶、Mg^2＋、模板DNA、dNTP、引物）在4个水平上进行优化,获得了最佳反应体系,即20山反应体系中含有0．10mmol／LdNTP,3．0mmol／LMg^2＋,50ng模板,0．500μmol／L引物,1．0UTaq酶。使用优化的反应体系,扩增条带清晰,可满足不同引物组合和萝卜材料的要求。此研究为今后利用SSR技术对萝卜种质资源进行分类、构建遗传图谱和基因定位奠定了基础。     

迎红杜鹃ISSR-PCR反应体系建立

利用正交设计L16(45)方法对迎红杜鹃(Rhododendron mucronulatum Turcz.)ISSR-PCR(Inter-simple sequence repeat-Polymerase chain reaction products)反应体系的5因素(TaqDNA聚合酶、Mg2+、DNA模板、dNTP、引物)在4个水平上进行了优化试验。结果表明,ISSR-PCR反应体系各因素在设定的不同水平对PCR反应结果都有影响,其中引物浓度的影响最大;筛选出了各反应因素的最佳水平,建立的迎红杜鹃ISSR-PCR反应最佳体系(25μL)为2.0μL10×Buffer、0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL)、2μLDNA模板(20ng/μL),2.5μL dNTPs(2.5mmol/L)、2μL引物(10μmol/L)。     

正交设计优化茄子SSR反应体系

以茄子基因组DNA为模板,利用正交设计方法对茄子SSR反应体系中的Mg^2＋、模板DNA、Taq聚合酶、dNTP、引物5个因素进行了优化,同时对反应程序中的退火温度及循环次数进行筛选。结果确定了茄子10μL体积SSR反应体系的最优条件为：Buffer为1μL,Mg^2＋为2．25mmol·L^-1,dNTP为400μmol·L^-1,上下游引物各为39.60ng,Taq聚合酶为0．75U,DNA约为100ng。PCR程序为94℃预变性2min：然后进行35个循环的94℃变性30s,52℃复性30s,72℃延伸45s;72℃延伸8min后4℃保存。     

濒危树种格氏栲ISSR-PCR反应体系的建立

以濒危珍稀树种格氏栲为材料,对ISSR反应体系中的各个主要影响因子进行优化筛选.首次建立可用于格氏栲ISSR-PCR分析的反应体系:20μL PCR反应体系中包括1ng·μL-1模板DNA,0.10 mmo1·L-1dNTP,2.0μL 10×PCR buffer (缓冲液),0.2μmol·L-1引物,0.037 5...     

松毛虫mtDNA PCR反应体系优化

为了应用线粒体DNA研究松毛虫种群的遗传结构,本研究采用正交试验设计法L16(45)对影响松毛虫mtDNA PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验并对PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了单因素梯度比较优化。建立了松毛虫mtDNA PCR反应的最佳体系即在50μL体系中含模板150 ng、0.10μmol/L引物、0.4 mmol/L dNTP、1.0UTaq DNA聚合酶、2.5 mmol/LMg2+。同时通过PCR比较,确定最佳循环次数为35个循环,最佳退火温度为56℃,获得了松毛虫mtDNA PCR反应的最佳扩增程序。     

泡桐SSR分子标记反应体系的建立

以健康毛泡桐二倍体为材料,通过对影响SSR扩增效果的泡桐DNA,dNTP和引物浓度,Taq酶量及退火温度等因素的筛选,建立了适宜的泡桐SSR分子标记反应体系.结果表明,泡桐的适宜SSR分子标记反应体系中,退火温度为53℃,泡桐DNA质量浓度为0.05 mg·L-1,dNTP和引物浓度分别为0.1 mmol·L-1和0.3μmol·L-1,而Taq酶量和10×Taq酶缓冲液则为0.025 U·μL-1和2.0 mmol·L-1.     

基于SSR标记构建叶子花品种的分子身份证

以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189～0.823,平均值为0.696,当PIC>0.50时可以认为该引物为高度多态性信息引物;20对引物在219个品种中共检测出219个等位基因,平均每对引物检测出10.95个;20对引物在219个品种组成的群体中,其平均有效等位基因数为4.212个,平均Shannon多样性指数为1.633,平均观测杂合度为0.430。在构建叶子花品种分子身份证方面,通过SSR标记技术,根据PIC的高低选择引物组合,采用数字与英文大小写字母相结合的方法,对不同长度的扩增片段进行赋值,最终用20对引物构建了219个叶子花品种的分子身份证,并通过在线软件进一步转换成唯一可识别的品种信息二维码。叶子花品种分子身份证和信息二维码的构建,可避免出现由于品种繁多及命名混乱而导致的同名异物和同物异名的现象,促进品种知识产权保护,做到种质可追溯。     

火龙果IRAP分子标记反应体系的建立与优化

基于火龙果Ty1-copia类反转录转座子的长末端重复序列信息设计引物,采用5因素4水平L16(45)的完全随机正交试验,对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和DNA含量进行优化,建立火龙果IRAP分子标记反应体系。结果表明,25μL反应体系含基因组DNA 20ng、2.5mmol/L MgCl2、0.10mmol/L dNTPs、10×PCR Buffer 2.5μL、Taq DNA聚合酶0.75U、0.25μmol/L LTR引物,0.080g/mL的非变性PAGE胶适于IRAP多态性检测。