FR—008聚酮合成酶基因的DNA序列分析

多烯类抗生素ＦＲ－００８基因簇中邻近于ｐａｂＡＢ基因的３．８ｋｂ片段的ＤＮＡ序列分析显示出３８０１ｂｐ的ＤＮＡ上存在着一个较大的不完整的２６７１ｂｐＯＲＦ，由这一ＯＲＦ推导出的蛋白质与Ｉ型聚酮合成酶及Ｉ型脂肪酸合成酶具有较强的同源性；推导出的蛋白氨基酸序列与夹竹桃霉素、红霉素聚酮合成酶中的β－酮合成酶及乙酰转移酶结构域中的保守氨基酸的排列非常一致。这一结果表明，３．８ｋｂ片段中不完整的ＯＲＦ编码     

钝齿棒杆菌精氨酸生物合成相关基因簇argCJBDFR的扩增及序列分析

采用PCR方法扩增钝齿棒杆菌精氨酸生物合成基因簇argCJBDFR,其序列长为6080bp,其中含有argJ、argB、argD、argF和argR5个完整的开放阅读框。序列和结构分析表明这5个结构基因编码的氨基酸序列与谷氨酸棒杆菌的相应基因编码的氨基酸高度同源,同源性分别为92%、95%、96%、97.5%和100%。     

大麦核糖体失活蛋白基因的克隆及序列分析

大麦核糖体失活蛋白属于Ｉ型核糖体失活蛋白，具有抗真菌特性。我们以大麦基因组ＤＮＡ为模板，通过合成５’－端及３’－端的一对特异引物，利用多聚酶链式反应（ＰＣＲ）扩增出了大麦核糖体失活蛋白编码序列，随后将其克隆到Ｅ．ｃｏｌｉ质粒上，序列分析表明，大麦核糖体失活蛋白基因由８４６个核苷酸组成，编码由２８１个氨基酸残基组合的多肽，与发表序列相比较，核苷酸序列及推导的氨基酸序理的同源性分别为９３．１％和９２％     

玫瑰黄链霉菌Men-myco-93-63与其突变株间的DNA多态性分析和序列特征性扩增区域(SCAR)标记

玫瑰黄链霉菌(Streptomyces roseoflavus )Men-myco-93-63是分离自马铃薯疮痂病自然衰退土壤中的一株拮抗菌。前期研究表明,该菌株及其发酵液对棉花黄萎病菌（Verticillium dahliae）等多种重要的植物病原真菌具有较强的抑制作用。利用AFLP对Men-myco-93-63及其8株抗生素生物合成阻断突变株进行了基因组DNA多态性分析。结果表明,38对AFLP引物共产生3 142条谱带,其中2 362条为多态性谱带,占总带数的75.2 %。从96对引物中筛选得到了3对引物：E-CA/M-GA,E-GA/M-AC和E-GA/M-AG,分别扩增出254、312和209 bp 3条仅在Men-myco-93-63中存在,命名为EM254、EM312和EM209。将这3个片段回收、克隆和测序,成功地将其转化为SCAR标记,可以更加方便地用于对突变株的分子检测。     

水稻白叶枯病菌rpfC基因DNA序列的测定分析

ｒｐｆＣ是甘蓝黑腐病菌中全局性调控胞外酶和胞外多糖合成以及致病性的一个基因簇中的一个基因。已从水稻白叶枯病菌中鉴定和克隆到一个在功能上能互补甘蓝黑腐病菌的ｒｐｆＣ突变体的基因，并通过构建突变体证实了这一基因在水稻白叶枯病菌致病性中起重要作用。本研究对水稻白叶枯病菌的这一基因的ＤＮＡ序列进行了测定分析，结果表明，它与甘蓝黑腐病菌的ｒｐｆＣ基因具有高度的同源性。因此，将水稻白叶枯病菌的这一基因也称为ｒｐｆＣ基因     

链霉菌ATCC55365中噻唑肽类抗生素GE37468生物合成基因簇的鉴定及其在变铅青链霉菌中的异源表达

噻唑类多肽是细菌次生代谢产物,能够抑制革兰氏阳性细菌及疟原虫的蛋白合成。研究报道这类包含三噻唑基嘧啶类的天然产物是核糖体合成的前体蛋白经过一系列的翻译后修饰而形成的大环骨架复合物,该类药物可作为抗肿瘤药物用     

与黄原胶生物合成相关的"1.9" kb EcoRI DNA片段的序列测定分析

对Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓｐｖ．ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ（下称Ｘｃｃ）８００４菌株染色体基因组中９．４ｋｂＨｉｎｄⅢＤＮＡ的“１．９”ｋｂＥｃｏＲＩ酶切片段的测序分析结果表明,该ＥｃｏＲＩＤＮＡ片段的实际长度为１．８８ｋｂ。在核苷酸水平上与Ｘｃｃ的ｇｕｍ基因有９８％的一致性;这一ＥｃｏＲＩ片段上有两个有意义的ＯＲＦ：ＯＲＦ１和ＯＲＦ２。ＯＲＦ１是一个不完整的ＯＲＦ;在氨基酸水平上,ＯＲＦ１和ＯＲＦ２的推断性编码产物蛋白分别与ｇｕｍＡ基因编码的ＧｕｍＡ及ｇｕｍＢ基因编码的ＧｕｍＢ蛋白有１００％的一致性。因此在１．８８ｋｂＥｃｏＲＩ片段上存在一完整的ｇｕｍＢ基因。     

链霉菌Snea253菌株的变异分析及对根结线虫活性影响

为明确委内瑞拉链霉菌(Streptomyces venezuelae)自发突变对南方根结线虫活性的影响。本研究利用继代培养法选育Snea253突变株,对形态分化及相关基因进行分析,并测其代谢产物的生物活性。获得6株菌落形态差异大的自发突变菌株,其中不产色素的3株突变菌株Snea253-G、Snea253-B和Snea253-F杀线虫活性分别为61.0%、45.5%和35.0%;产色素的3株突变株Snea253-A、Snea253-H和Snea253-J杀线虫活性分别为48.7%、37.2%和37.9%。ssgA、bldC、bldD、whiB、whiE和whiI基因克隆测序结果显示各突变株基因序列没有差异,可能此6个基因没有直接参与控制Snea253菌株的自发突变。链霉菌自发突变不但使其形态发生变异,而且也影响了其代谢产物的生物活性,研究为从形态上筛选优良菌株提供了相关理论依据。     

miR-106-363基因簇在脊椎动物中的进化分析

microRNA（miRNA）是一类在真核生物体内广泛表达的非编码小分子RNA,在生物体生长、发育以及疾病发生等过程中都起着极其重要的作用。miR-106-363基因簇是一个高度保守的基因簇,编码miR-106、miR-18、miR-20、miR-19、miR-92和miR-363等6个miRNA。本文通过对miRBase数据库检索以及同源搜索的方法在16种脊椎动物中搜索到了miR-106-363基因簇。该miRNA基因簇在高等脊椎动物中高度保守,稳定存在。系统进化树分析表明,miR-106-363基因簇与miR-17-92基因簇有着共同的祖先,且在进化上miR-17-92基因簇有着更早的起源。     

旱生植物梭梭actin基因片段的克隆及表达模式分析

本研究根据其它植物actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以3周龄梭梭整株总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出actin基因片段并克隆到PUCm-T载体,阳性克隆经PCR检测后进行测序。序列分析结果表明：该片段长约598 bp,编码198个氨基酸;该序列与GenBank中现有的植物Actin比对发现,同源性均高达84%,同时,翻译得到的氨基酸序列与其它植物的氨基酸序列同源性高达99%。表达实验分析表明在不同胁迫条件下该基因在梭梭不同组织中表达量恒定,可作为内参基因。梭梭actin基因片段的克隆可为研究重要抗逆功能基因在梭梭中的表达和调控机制奠定基础。     

晚粳稻品种浙粳22内稃突变体基因的遗传分析和基因定位

晚粳稻品种浙粳22内稃突变体是60Co γ射线对浙粳22辐照后选到的内稃约有正常内稃一半大小的突变体。遗传分析表明,该突变性状由1对隐性基因控制。该内稃突变体与籼稻珍汕97杂交的F₂群体,采用SSR分子标记对突变性状基因进行初步遗传定位,把内稃突变基因定位在第9号染色体上,暂将该突变基因命名为hig1,位于RM6051和RM556之间,遗传距离为12.7cM。     

12个物种miR-302基因簇的生物信息学分析

很多microRNA（miRNA）基因在基因组上聚集排列形成miRNA基因簇。miRNA基因簇在进化上较为保守,有其特殊的生物学意义。miR-302基因簇在胚胎干细胞中特异表达,对胚胎干细胞的自我更新和多潜能维持有重要的作用。本文采用miRBase数据库查询和BLAST同源搜索方法共搜寻并分析了12个物种的miR-302基因簇。生物信息学分析表明,这些物种miR-302基因簇均位于LARP7蛋白基因的内含子区,但转录方向与LARP7基因转录方向相反。序列相似性分析显示,同一物种miR-302簇成员间以及不同物种相应miR-302簇成员间相似性均较高。进化分析表明,基因复制可能是miR-302基因簇进化的主要驱动力。     

白沙蒿肌动蛋白基因核心片段的克隆和序列分析

本研究以荒漠植物白沙蒿总RNA为模板,运用RT-PCR方法扩增出肌动蛋白基因核心序列。将获得的片段克隆到T载体后进行测序,序列分析表明：白沙蒿肌动蛋白基因核心片段长599bp,编码198个氨基酸。将该序列在GenBank中注册,并与多种植物肌动蛋白序列进行同源性比较,发现该片段的核酸序列同源性在75％以上,氨基酸序列同源性在85％以上,具有高度保守性。     

稻瘟菌无毒基因簇的RAPD标记及其SCAR转化

为克隆稻瘟菌无毒基因簇Avr-Pi1、Avr-Pi2和Avr-Pi4a,以RAPD方法对稻瘟菌(Magnaporthe grisea）菌株FJ81278ZB15、GUY11及其F1后代群体进行扩增，得到2个与该无毒基因簇连锁的分子标记P1414700和P1389420 。对2个特异片段进行克隆和测序，并根据序列分别设计2对特异引物，对菌株FJ81278ZB15、GUY11及其F1后代群体进行扩增，扩增结果P1414700 成功转化为SCAR标记SC1414，而P1389420未能成功转化。对分子标记SC1414、P1389420和报道的RPF1.2与无毒基因簇Avr-Pi1、Avr-Pi2和Avr-Pi4a遗传连锁关系进行了分析，结果SC1414、RPF1.2、P1389420与Avr-Pi2的遗传距离分别为5.8、2.2 和4.4 cM；与Avr-Pi1的遗传距离分别为15.9、7.9和5.7 cM；与Avr-Pi4a的遗传距离分别为20.7、12.7 和10.5 cM。     

刺糖多孢菌高产菌株和野生型菌株多杀菌素生物合成基因簇(spn)在发酵过程中的表达分析

多杀菌素(spinosad)作为一种高效、低毒生物杀虫剂,已在农药、兽药、卫生用药等领域得到应用。中国关于多杀菌素的研究起步较晚,进展缓慢,目前仍无法实现产业化生产。本研究旨在分析刺糖多孢菌(Saccharopolyspora spinosa)高产菌株ASAGF73与野生型菌株ATCC49460在发酵过程中多杀菌素合成基因簇(spinosyn biosynthetic gene cluster,spn)的表达变化及差异,初步判断影响多杀菌素合成的关键限速步骤。生物信息学分析表明,spn基因簇含有9个转录子,分别在各转录子中设计引物,进行RTPCR检测其表达情况。结果显示,突变株ASAGF73中多杀菌素的产量提高可能与spn基因簇中部分基因的高表达有关,其中编码聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)的基因和参与大环内联桥形成的基因表达量远高于野生型菌株的。在ASAGF73中编码鼠李糖转移酶的spn G基因在发酵前期过量表达,而在后期大量合成多杀菌素时表达减弱,有可能成为多杀菌素合成的限速步骤。本研究初步阐明能够提高多杀菌素产量的分子机制,为构建多杀菌素高产基因工程菌提供参考。     

鹅脂联素基因的克隆、序列分析及组织表达

根据GenBank发表的鸡和鸭等物种的脂联素基因序列的同源保守区域,设计了3对特异性引物,以鹅(Anser domeatica)血液基因组DNA为模板,经扩增、测序及拼接得到了部分DNA序列,全长1062bp,包含2个外显子和1个内含子(GenBank Accession No.EU370686)。该基因编码区长738bp,编码245个氨基酸,编码区核苷酸序列及所编码氨基酸序列与鸭的同源性最高,分别为94.85%和95.51%,与鸡的同源性次之,而与哺乳类的同源性较低。蛋白预测的分子量和等电点分别为26603.3D和5.19,与鸡、鸭、人及小鼠的脂联素蛋白相似。半定量PCR结果显示鹅脂联素基因在骨骼肌、脂肪、心脏和肌胃中高度表达,在小肠、腺胃、肾和肺中中度表达,而在肝脏、脾、卵巢和间脑中低度表达。     

柑橘速衰病毒CP基因的序列变异性分析

以提取的宽皮橘(Citrus reticulata Blanco)总RNA为模板，用RT-PCR扩增柑橘速衰病毒(Citrus tristeza virus, CTV)的外壳蛋白基因(CP )，扩增产物经克隆与测序证实，来自湖南道县和江西崇义的3份样品(HN、JX-1和JX-2)都感染了CTV。单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)分析表明，来源于3份样品的CTV的CP基因在遗传上存在变异，其中来自HN和JX-1的CTV的CP基因序列仅含有1种序列类型，而来自JX-2的CP基因序列群体则含有2种主序列。序列分析表明，克隆HN-K与葡萄牙分离物28C和以色列茎陷分离物VT的同源性均为98%；克隆JX-1-1与印度茎馅分离物Pune和Bangalore的同源性分别达98%和99%；克隆JX-2-7、JX-2-17与日本苗黄分离物NUagA和美国加利福尼亚严重茎陷分离物SY568相比，同源性为97%%~98%；4个克隆与佛罗里达速衰分离物T36、弱毒分离物T30和西班牙弱毒分离物T385的同源性仅有91%%~93%。系统发育分析显示，4个中国克隆分属3个不同的族，与地理起源不同的茎陷或苗黄分离物的亲源关系更近，而与速衰和弱毒分离物的亲源关系更远，暗示CTV的地理起源与其核苷酸距离之间没有相关性。     

长穗偃麦草HKT1;4基因片段的克隆及序列分析

根据已报道的其他植物高亲和钾离子转运蛋白（HKT1;4）基因的保守序列设计一对简并性引物,以长穗偃麦草幼根总RNA为模板,采用RT-PCR方法克隆出长穗偃麦草HKT1;4,基因命名为EeHKT1;4。结果表明：该基因片段长度为614 bp,编码204个氨基酸,所得序列与其他植物氨基酸序列同源性均在80%以上,特别是和一粒小麦TmHKT1;4氨基酸同源性高达92%。这为长穗偃麦草HKT1;4全长基因的克隆及其耐盐分子机制的研究奠定基础。