利用微卫星荧光多重PCR技术分析壳白长牡蛎3代人工选育群体的遗传多样性

为了探讨壳白长牡蛎人工选育对群体遗传变异的影响,实验利用4个多重PCR组合共10个微卫星标记分析了连续3代壳白长牡蛎人工选育群体和野生群体及基础群体的遗传多样性。结果发现,6个群体的平均等位基因数量为7.2~12.6,等位基因丰度为6.8~11.0,期望和观测杂合度分别为0.672~0.769和0.486~0.542;与野生群体相比,3代选育群体的平均等位基因数显著降低,但平均期望杂合度并无显著差异。哈迪—温伯格平衡检验结果显示,在60个群体—位点组合中有39个群体—位点组合显著偏离哈迪—温伯格平衡,近交系数F_(is)范围为0.215~0.342。群体间遗传分化指数F_(st)范围为0.005~0.076,处于中—低等的遗传分化水平。研究表明,虽然连续选育对群体的遗传多样性和遗传分化造成了一定程度的影响,但人工选育群体依然表现为较高的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育。     

大黄鱼养殖群体和野生群体形态、鳞片及耳石特征比较

为研究大黄鱼(Larimichthys crocea)养殖群体与野生群体的鉴别特征,比较分析了大黄鱼养殖群体和野生群体的形态性状、鳞片与矢耳石轮纹特征差异。形态性状比较结果表明,养殖群体的肥满度(Fatness)、体高(BH)/体长(BL)、体厚(BT)/体长(BL)和尾柄高(CPH)/尾长(TL)比值显著大于野生群体(P0.01),野生群体躯干长(TL)/体长(BL)比值大于养殖群体(P0.05),养殖群体在体型上出现偏短、粗现象。养殖群体与野生群体在鳞片轮纹特征上无显著差异,部分个体鳞片上观察到有年轮和副轮分布。野生群体耳石轮纹较为致密,明暗带间隔不均,耳石中心核及周围区域为深黄色,年龄组成复杂,有0~2个年轮;养殖群体耳石轮纹较稀疏,明暗带间隔均匀,耳石中心核及周围区域较透明,观察到有1个年轮。这些差异间接反映了两个群体在生活环境条件、食物饵料供给方面的差异,可作为大黄鱼群体鉴定与资源管理的重要依据。     

长牡蛎和福建牡蛎个体生长模型的构建及比较

长牡蛎和福建牡蛎分别是我国北方和南方沿海重要的养殖贝类。为比较分析二者的动态生长情况,实验基于动态能量收支理论（DEB）,以连续监测的水温和叶绿素a浓度为强制因子,通过现场实验、模型调试和文献查阅等方式获取模型参数,利用Python 2.7软件分别构建了桑沟湾长牡蛎、深沪湾福建牡蛎的个体生长模型,并以两种牡蛎的实测生长数据进行验证。结果显示：①所构建的DEB模型能够较好地模拟长牡蛎、福建牡蛎的个体生长情况（壳高、软组织湿重等）,模拟值与实测值之间相关性显著;②长牡蛎和福建牡蛎的温度耐受上限（T_H）、温度耐受下限（T_L）、半饱和常数（F_H）等参数存在差异,这可能与不同海域的理化环境、食物组成及牡蛎的选择性摄食有关;③在模拟周期内,受温度和食物的双重限制,长牡蛎冬季生长缓慢,而福建牡蛎处于持续增长状态,期间主要受到食物的限制。本研究结果可为后续生态系统模型构建和牡蛎养殖容量评估提供基础数据。     

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性

利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。     

样本容量对养殖群体内主要遗传结构分析参数的影响

用微卫星标记评估养殖群体的遗传结构,设置8个取样量梯度,5个标记量梯度,统计分析了各遗传参数的变化.结果:群体等位基因数(A)随样本量的增加而呈现上升趋势,但上升幅度由0.6667～0.9615(10相似文献   

中国沿海日本蟳4个地理群体的形态差异比较分析

采用聚类分析、主成分分析等多元分析方法,以体质量和12个形态性状为指标,对分别采自中国大连(DL)、莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)和象山湾(XS)海区的4个日本蟳(Charybdis japonica)地理群体进行比较分析。结果表明,日本蟳雄性个体比雌性个体大,雌、雄间的差异显著(P<0.05);聚类分析结果表明,莱州湾群体(LZ)和大连群体(DL)间的遗传距离值最小,象山群体(XS)与莱州湾群体(LZ)间的遗传距离值最大。主成分分析显示,4个群体雌蟹的前5个主成分差异贡献主要集中在大螯相关指标和甲长,累积贡献率为74.021%,群体间的差异受大螯和甲长的相关参数影响最大,而雄蟹前5个主成分的累积贡献率为73.212%,群体间的差异主要表现在第一侧齿和第一步足方面,主成分散点图的结果与聚类分析结果一致。逐步判别分析结果显示,4个群体雌蟹的综合判别率为84%,其中以大连群体(DL)最低(64%),象山湾群体(XS)最高(100%);4个群体雄蟹的综合判别率为70%,其中莱州湾群体(LZ)和大连群体(DL)的判别率最低(56%),象山湾群体(XS)的最高(100%)。研究结果表明,不同地区日本蟳群体间已经产生了一定程度的形态差异,但这些差异尚未达到亚种水平。本研究旨在为日本蟳不同地理种群的识别、亲缘关系的比较、种质资源的保护和利用等提供基础资料。     

仿刺参自然群体和养殖群体间遗传变异的微卫星标记研究

应用微卫星DNA技术对仿刺参自然群体和养殖群体遗传多样性进行了研究。在经过筛选的9个座位中,每个座位检测到的等位基因数为4～12个。自然和养殖群体中,有效等位基因平均数分别为6.5556和5.8889,观测杂合度的平均值分别为0.6416和0.5635。根据群体中各座位等位基因频率计算出两群体间的遗传相似度为0.7970、遗传距离为0.2269。对两群体进行Hardy-Weinberg平衡检验发现,两群体在某些位点都出现了杂合子缺失现象,特别是养殖群体在位点Psj2022,其Hardy-weinberg遗传偏离指数达0.5164。结果表明,与自然群体相比,仿刺参养殖群体存在杂合度降低,遗传多样性下降的现象,这可能与人工养殖过程中,亲本群体较小,引起近交机会增加有关。应制定相应的渔业生产和管理措施加以保护,以使仿刺参养殖持续健康发展。     

罗非鱼3个养殖群体的遗传多样性及特异性AFLP标记研究

对不同来源的养殖群体进行种质鉴定,探索在种苗阶段即区分新吉富罗非鱼（New GIFT strain Oreochromis niloticus）、吉诺玛罗非鱼（GenoMar strain O．niloticus）和奥杂罗非鱼（0．niloticus♀×O．aureus♂）3个养殖群体具有重要的意义。笔者选取了5对AFLP（amplified fragment length polymorphism）引物组合对3个罗非鱼养殖群体共60尾个体进行比较分析,引物组合E—ACA／M—CAT表现出较好的区分能力,有7条标记的分布在群体间表现出“有和无”的差别,引物组合E—ACA／M—CAG的扩增图谱中有2条带表现出“有和无”的差别。遗传多样性方面,平均基因多样性在新吉富罗非鱼和吉诺玛罗非鱼分别为0．1605和0．1595,而在奥尼罗非鱼为0．2214,多态位点百分数和Shannnon多样性指数也表现出相近的变化趋势。分析表明新吉富罗非鱼群体在遗传上已较为稳定,吉诺玛罗非鱼遗传多样性偏低。     

中国沿海主要牡蛎养殖品种的营养品质和风味特征比较分析

为了给牡蛎肉深加工及综合利用提供具有应用价值的基础数据,系统地探讨了中国主要养殖区新鲜牡蛎食品化学特性的差异性。结果显示,不同养殖海域及不同品种牡蛎的粗蛋白、脂肪、灰分、糖原和牛磺酸含量均具有显著差异(P<0.05)。牡蛎中锌(Zn)含量最高,各金属元素含量具有显著的地域差异性(P<0.05),其中汕头牡蛎的锌、铜(Cu)、镉(Cd)和铅(Pb)含量均显著高于其他样品(P<0.05)。呈味物质特征表现为,呈味氨基酸含量丰富,核苷酸及其关联化合物和甜菜碱含量均具有较强的地域和品种间差异性(P<0.05),其中甜菜碱含量呈"南低北高"的特征,品种间差异表现为香港牡蛎含量最低,福建牡蛎最高。醛类是新鲜牡蛎特征气味的重要组分,各地区牡蛎中检出的气味物质数量和种类有所不同;关键风味物质(ROAV≥1)中,1-辛烯-3-酮是汕头牡蛎最关键风味物质,而其他牡蛎中(E,Z)-2,6-壬二烯醛对风味贡献最大。综上,不同地理群体牡蛎的一般营养成分、牛磺酸、呈味物质和气味成分差异性显著。     

养殖大黄鱼病原弧菌多重PCR检测技术的建立和应用

溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、副溶血弧菌(vibrio parahaemolyticus)和哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是浙江省养殖大黄鱼(Pseudnosciaena crocea)弧菌病的主要致病菌.本研究选择针对溶藻弧菌和副溶血弧菌的胶原酶基因,哈维氏弧菌的部分ToxR基因的特异性,优化设计了3对特异性引物,通过进行多重PCR反应体系优化,多重PCR产物的测序鉴定与特异性和敏感性实验,建立了一种检测致病性弧菌的多重PCR检测方法.经过琼脂糖凝胶电泳后的条带分析判断,可以在一个PCR管中同时成功地检测这3种病原细菌,含溶藻弧菌、哈维氏弧菌和副溶血弧菌3种致病弧菌核酸的阳性对照样品分别扩增出大小为737 hp、382 bp和271 bp的预期产物,其灵敏度是102～102 CFU/mL.将该方法应用于检测人工感染后的养殖大黄鱼病鱼肝脏和肾脏,结果在6份组织样本中,5份检出原始感染菌株,与API 20E鉴定结果相符;对弧菌病流行季节采集的未发病的16份养殖大黄鱼组织样本和16份水体样本进行抽检,结果在1份大黄鱼组织样本中检出哈维氏弧菌,7份水体样本中检出这3种弧菌中的1种或2种,鉴定结果与API 20E鉴定结果符合率为93.75%.说明该方法不仅可以检测发病鱼,还可以检测无病症带菌大黄鱼以及带菌水样,且说明海洋水体中存在着大黄鱼弧菌病的致病菌.结果说明,多重PCR检测方法具有较高的敏感性与特异性,可以缩短检测时间,降低检测成本,该方法的建立对养殖大黄鱼弧菌病的快速诊断和分子流行病学的调查具有重要意义.