重庆稻瘟病菌群体遗传多样性分析

采用rep-PCR指纹技术,对73个重庆稻瘟病菌菌株进行了DNA指纹扩增。结果表明,菌株间显示了DNA指纹的多态性,供试菌株分别扩增出2~17条DNA带。经UPGMA聚类分析,在0.80遗传相似水平下,供试菌株分为12个遗传谱系,其中谱系L7,L9,L12为优势谱系。重庆稻瘟病菌的群体结构呈现多样性和复杂性,菌株的遗传谱系与原寄主品种和地理分布之间均表现出较明显的相关性。     

芒果细菌性黑斑病病菌rep-PCR遗传多样性

采用REP、ERIC和BOX引物对22株从海南、四川、广西芒果产区采集的芒果细菌性黑斑病菌菌株和1株源自美国菌种保藏中心(ATCC)的标准菌株进行rep-PCR分析,并根据DNA指纹特征,用NTSYS软件进行聚类分析。结果表明,3组引物共扩增出463条带,其中有302条多态性条带,多态检测率为65.23%。综合分析3组引物组合的指纹图谱数据,以相似系数0.65为阀值时,供试的23株菌株可以分为A和B 2个遗传相似组,其中来自四川米易县的2株菌株与标准菌株ATCC11637聚在A组,而来自海南省、广西省的所有菌株均聚在B组。取相似系数为0.87时,A组群又可分为2个亚组,而B组群则进一步分为6个亚组。研究结果表明,芒果细菌性黑斑病菌菌株有丰富的遗传多态性和较大的遗传变异,但各遗传聚类组群菌株来源广泛,与地理来源及芒果品种均无明显相关性。     

多菌灵对土壤细菌遗传多样性的影响

[目的]初步分析多菌灵对土壤细菌群落结构的影响,以期为农药污染的生物监测和土壤环境质量综合评价提供土壤微生物监测指标.[方法]采用PCR- DGGE方法研究多菌灵对土壤中细菌群落结构的影响.[结果]多菌灵处理土壤的细菌群落种类和结构组成发生了明显变化,细菌群落Shannon - Wiener指数、丰富度和均匀度均有所降低,5.0、10.0和20 mg/kg多菌灵处理的Shannon - Wiener指数均显著低于对照,分别降低了11.47;、19.11;和26.75;.2.5 mg/kg多菌灵处理土壤DGGE图谱上出现了一新增条带,经序列分析为Uncultured Pectobacterium,初步确定为不可培养的菌.[结论]施用多菌灵影响了土壤细菌群落的种类和结构组成,改变了土壤细菌的种群数量和结构多样性,导致其多样性降低.     

污水处理池环境细菌遗传多样性分析

以碱加热裂解法从山西农业大学污水直接和间接排放处理池自然水样中分离细菌总DNA ,以细菌 16SrRNA基因特异性引物扩增 16SrRNA基因片段。采用T -A克隆系统克隆分子量为 1339bp的PCR产物 ,构建了rDNA亚克隆文库。用三种识别六碱基的限制性内切酶两两组合消化重组质粒。共分析了两个处理池自然水样各 30个rDNA重组质粒 ,分别发现 4种和 8种细菌rDNA基因型。各基因型频率的分布变化比较大 ,最高和最低的频率分别为 0 2 5和 0 0 1。部分基因型频率间差异显著 ,遗传多样性指数分别为 0 4和 0 9。     

拮抗性苦豆子内生细菌的遗传多样性

[目的]研究了分离自苦豆子,对棉花枯萎病菌和黄萎病菌有较强拮抗作用的48株内生细菌进行遗传多样性,分析并对有代表性的10株菌进行序列测定和系统发育分析。[方法]采用总DNAERIC-PCR方法和16S rRNA基因全序列分析方法对48株内生细菌进行了遗传多样性和系统发育分析。[结果]ERIC-PCR指纹图谱分析表明,在Watson距离为0.31时,48株菌被划分为6个ERIC群和2个独立成群的菌株,从每个群中挑选出代表性的菌株测定其16S rRNA基因,进行系统发育分析,结果表明这些菌株分别属于Bacillus atro-phaeus、Bacillus subtilis、Bacillus cereus、Bacillus megaterium、Bacillus pumilus、Serratia marcescens。[结论]该48株内生菌遗传多样性明显,通过对该48株菌的多样性和系统发育地位的确定,可以为研究棉花枯萎病菌和黄萎病菌的机制研究奠定基础,同时为棉花生产中病害的生物防治提供新的途径。     

盐碱土硅酸盐细菌遗传多样性的RAPD和BOXAIR-PCR分析

利用RAPD分析和BOXAIR—PCR技术对分离自我国天津、河北、山东、黑龙江三江平原等地盐碱土的43株硅酸盐细菌及3株参比菌株进行了遗传多样性研究。结果表明，供试盐碱土硅酸盐细菌间存在较大的遗传多样性，对6个单引物和2个双引物进行的RAPD扩增，供试引物分别产生了1-13条谱带，聚类分析在82％的相似水平上将供试菌株聚为13个群；在75％的相似水平处，BOXAIR PCR将供试菌株聚为12个遗传群。两种分子标记技术均较好地揭示了盐碱土硅酸盐细菌的遗传多样性特征。     

白玉兰根围细菌及菌根真菌遗传多样性分析

为了解白玉兰根围土壤细菌群落及菌根真菌分布特点,从浙江嵊州选取1~4号白玉兰林进行土样采集,分析其根围细菌群落及菌根真菌多样性。研究结果表明,4块样地根围细菌遗传多样性差异不明显,主要优势菌群有Rhizomicrobium 2.5%、苯基杆菌属(Phenylobacterium)2.1%、纤线杆菌属(Ktedonobacter)2.1%、节杆菌属(Arthrobacter)1.7%、伯克氏菌属(Burkholderia)1.2%、Gemmatimonas 1.3%、假单胞菌属(Pseudomonas)1.2%等细菌;同时4块菌样地根真菌遗传多样性差异显著,4号样地白玉兰菌根真菌优势菌为伞状霉属(Umbelopsis),1号和3号样地菌根真菌优势菌为Aphelidium和Geminibasidium,分别占24.5%和31.9%。通过调节白玉兰根围细菌及菌根真菌环境影响因子,可以调控白玉兰土壤微生物的菌群结构,也可以直接加入相应的微生物菌剂进行菌群结构调整,从而达到促进白玉兰生长的作用。     

烟草内生细菌多样性研究

为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85 和红花大金元3 个烤烟品种进行内生细菌的 分离和16S rDNA 序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27 株内生细菌分 别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis（33%）、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides（4%）、芽孢杆菌属Bacillus sp.（11%）、肠杆菌属Enterobacter sp.（4%）、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.（4%）、热带根瘤菌Rhizobium tropici（4%）、假单胞菌属Pseudomonas sp.（4%）、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.（4%）,芽孢杆菌属 Bacillus sp. 为优势细菌类群。3 个品种的 Shannon index（H′）以K326 最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红 花大金元最低、为1.3。     

冰核细菌冰核基因多态性的研究

 根据冰核细菌基因中的多拷贝重复编码区设计并合成简并引物inaZI[5'-GCCGGTTATGGCAGC(T)ACGCTGACC-3'],通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增20株不同种属的INA⁺和INA^-细菌菌株.结果表明:所有供试的冰核活性菌株均获得扩增产物,而非冰核活性菌株则无扩增产物.冰核基因的扩增产物呈多态性.     

亚洲5国稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)遗传多样性初探

用rep PCR分析中国南方稻区及与中国相邻的4个亚洲国家稻瘟病菌(Magnaporthegrisea)的遗传多样性,试图探明影响稻瘟病菌系统进化的相关因素,揭示不同地域稻瘟病菌群体结构变异的内在原因。1　材料与方法1 1　菌株来源中国菌株:江苏8个,其它省33个,由南方稻区的1000个菌株中     

高通量测序分析蚕豆种子内生细菌的多样性

为了分析蚕豆种子内生细菌的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,从日本大白皮（S18P23.1、 S18P23.2）和启豆2号（S18P24.1、S18P24.2）的种子获得16S RNA V3～V4区有效序列133 855条。将高于97％相似度的序列划分为一个操作分类单元（operational taxonomic unit, OTU）,优化后得到1 598个OTUs。内生细菌种群分析结果表明,拟杆菌门（Bacteroidetes,丰度为30%～33%）、变形菌门（Proteobacteria, 23%～25%）、厚壁菌门（Firmicutes, 23%～25%）和放线菌门（Actinobacteria, 5%～7%）为两个蚕豆品种共有的优势菌门,但属水平的优势菌群在供试蚕豆种子中均有差异。这些结果表明,蚕豆种子具有丰富的内生细菌资源,含有多种具有益功能性状的细菌类群,值得进一步跟踪研究这些益生菌在蚕豆种植到土壤后的变化规律;启豆2号种子中益生菌的种类和丰度高于日本大白皮,值得进一步分离和研究这些益生菌的益生或促生特性,筛选获得在食品和生物肥料等领域有应用潜力的菌株。     

几种固氮解磷解钾细菌的原生抗药试验研究

选用分属于青霉素类、头孢菌素、氨基糖苷类、酰氨醇类、大环内脂类和抗分枝杆菌类等6类抗生素中的 7个抗生素品种 ,对从不同类型土壤中分离纯化的 9株固氮、解磷钾菌株进行抗药试验 ,发现不同菌株对不同抗生素的抗性存在显著差异 ,找出了各菌株敏感抗生素的品种及敏感浓度 ,以便从抗生素的角度筛选融合子检出用培养基。     

基于PCR-DGGE技术分析牧区酸马奶中乳酸菌多样性

采用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,分析采自新疆和内蒙古6个牧区的混合酸马奶样品中乳酸菌的总DNA,利用PCR扩增其16SrRNA的V3区段,建立由标准菌株组成的参考梯度,对其进行PCR-DGGE,藉此鉴定菌株,对不能鉴定的菌株切胶回收进行测序鉴定,并分析比较优势菌株。结果表明:共鉴定出10种乳酸菌株,包括植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、马乳酒乳杆菌、发酵乳杆菌、詹氏乳杆菌、短乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、嗜热链球菌及干酪乳杆菌;且嗜热链球菌为所有样品中的共有菌株;马乳酒乳杆菌、短乳杆菌及瑞士乳杆菌是新疆酸马奶中的优势菌株,而内蒙古样品中的优势菌株不尽相同。     

寄主转换对云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性的影响

【目的】研究寄主转换对云斑白条天牛Batocera lineolata幼虫肠道细菌多样性的影响,为从肠道细菌的角度解析云斑白条天牛的寄主适应性以及开发利用微生物等方面提供理论依据。【方法】以核桃作为原寄主,桉树作为转换寄主饲养云斑白条天牛幼虫,采用传统微生物分离培养、16Sr RNA基因测序以及高通量测序的方法对转换寄主云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性进行研究。【结果】通过传统微生物培养共获得19株可培养细菌,从核桃饲养的云斑白条天牛幼虫肠道中分离出10株细菌,转换寄主后,从云斑白条天牛幼虫肠道中分离出9株细菌;两种寄主饲养处理均分离出6个属的可培养细菌,其中有5个属为共有菌属。高通量测序结果表明,寄主转换前后的云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性无显著差异。云斑白条天牛幼虫肠道样本中细菌分别属于20个门32个纲55个目90个科170个属,其中两种处理云斑白条天牛幼虫肠道优势菌均属于变形菌门（Proteobacteria）γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）肠杆菌目（Enterobacteriales）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）肠杆菌科下未确定属（Unc...     

复合微生物肥料高效菌株的筛选

从供试土壤样品中筛选出几株高效解磷、解钾和自生固氮菌菌株 ,其中 ,以菌株P1 、K1 、N1 解磷、解钾和固氮效果最好。盆栽试验结果显示 :与对照相比 ,高效菌株组合P1 K1 N1 能使番茄和油菜的生物量分别提高 65 .9%和 68.4%。     

陈化烟叶中细菌基因组DNA的提取及其多样性分析

以陈化10个月的河南襄城NC89烟叶为材料提取烟叶中细菌的基因组总DNA,并通过PCR—变性梯度凝胶电泳技术(DGGE),研究烟叶中细菌的多样性。结果发现,烟叶中细菌基因组16SrDNA V3区的PCR—DGGE图谱至少存在25条可分辨条带,其中4条亮度较强,表明陈化烟叶中细菌区系组成较多,优势种群可能有4种。     

绵羊瘤胃细菌阿拉伯糖异构酶基因多样性的初步研究

L-阿拉伯糖异构酶可以催化醛酮糖的异构化反应,将D-半乳糖转化为D-塔格糖,从而在动物营养与食品应用研究中获得重视。动物瘤胃是一个特殊的厌氧环境,而瘤胃微生物含有大量的多糖降解酶的新颖基因。初步分析了绵羊瘤胃液中细菌来源的阿拉伯糖异构酶基因的多样性。以饲喂后4h的瘤胃液的宏基因组为模板,通过兼并PCR技术和内切酶方法获得了61条与已知序列相似性达68%~98%的阿拉伯糖异构酶基因片段,并对38条差异片断(相似性低于95%)进行聚类分析。结果表明普雷氏菌来源的L-阿拉伯糖异构酶基因在绵羊瘤胃中占有绝对优势(36/38), 而来自于Catonella morbi和Marinilabilia salmonicolor的L-阿拉伯糖异构酶基因则数量稀少(2/38)。研究结果不但丰富了L-阿拉伯糖异构酶的基因资源,并确定了普雷氏菌在绵羊瘤胃的重要性。     

水稻土氨氧化细菌多样性的RFLP分析

提取苗期水稻根际土和非根际土土样微生物总DNA,采用氨氧化细菌特异性引物(Eub338,Nso1225)扩增16SrDNA基因片段,分别建立水稻根际土(G)和非根际土(F)氨氧化细菌克隆文库。用限制性内切酶HhaⅠ/RsaⅠ进行PCR-RFLP分型,分别得到110和105个酶切类型。多样性指数和优势细菌聚类比对结果显示,土壤氨氧化细菌群落结构指数H′、Dg和Jgi为非根际土稍大于根际土,表明非根际土中氨氧化细菌种群比根际土略多。指数Hmax和dMax为根际土大于非根际土,表明根际土氨氧化细菌数量相对多于非根际土。根际土有比非根际土更明显的优势种群出现。序列分析表明,水稻根际土氨氧化细菌的优势种群主要属于亚硝化螺菌属,亚硝化单胞菌属,β-变形菌亚门,碱菌属。供试水稻根际土和非根际土氨氧化细菌多样性和群落结构发生了改变。