罗汉果性别相关的SCAR标记筛选

以罗汉果雌雄单株各30份为试材,采用随机引物筛选法,筛选与罗汉果性别相关的RAPD标记,并根据特异片段的测序结果,将RAPD标记转化为特异性和稳定性更好的SCAR标记,以期为罗汉果的性别早期鉴定和分子辅助育种研究提供参考依据。结果表明:在330条随机引物中获得了分别与罗汉果雌性和雄性相关的RAPD引物S2124和S343。根据特异序列测序结果,对雌性特异带S2124-1K和雄性特异带S343-1.4K各自设计并合成了2对SCAR引物,经验证,SCAR引物SC2124-1K-14在62℃和SC2124-1K-8在56℃均可扩增出1 019bp的雌性特异带,SC343-1.4K-12在64℃和SC343-1.4K-4在56℃均可扩增出1 373bp的雄性特异带。这些特异的SCAR标记具有较好的应用价值,可为罗汉果的性别早期鉴定提供分子依据。     

山葡萄性别相关AFLP分子标记的筛选及SCAR标记的转化

 山葡萄是一种重要的抗寒、抗病葡萄种质资源。通过AFLP分子标记方法,应用64对引物组合EcoR I-NNN/Mse I-NNN对山葡萄雌花、雄花和完全花植株基因池进行筛选,引物E-AGC/M-CTG在雄花和完全花植株基因池DNA中扩增出一条分子量为283 bp的特异性条带;经组池个体和其它品系验证,该特异性条带能在雄株和完全植株中稳定出现。将该特异性条带回收、克隆、测序,设计SCAR标记引物,对已知性别的85份山葡萄种质进行盲测,准确率达到97.6％,表明标记转化成功。由于该SCAR标记在绝大多数山葡萄栽培品种和有育种价值的种质资源中得到验证,可利用该SCAR标记对山葡萄杂交后代在苗期进行性别鉴定,提高育种效率。     

用于黄瓜白粉病抗病性鉴定的SCAR标记

将黄瓜白粉病抗性相关基因的一个共显性AFLP标记成功地转换为简单、实用的SCAR标记。根据AFLP标记片段序列信息 设计了两对特异性引物SCPM166和SCPM66。PCR扩增结果显示,SCPM166在抗病亲本、抗病单株和杂合类型单株中均扩增出了大 小为166 bp的特异片段,感病亲本与感病单株均无此特异片段,表明该SCAR标记可以鉴定纯合感病个体;SCPM66在感病亲本 、感病单株和杂合类型单株中均扩增出了大小为66 bp的特异片段,抗病亲本与抗病单株均无此特异片段,表明该SCAR标记可 以鉴定纯合抗病个体。若将两个显性SCAR标记结合起来,相当于一个共显性的SCAR标记。     

香蕉杂交种‘粉杂1号’ABBB基因组鉴定

香蕉杂交品种‘粉杂1号’是当前商业种植中唯一的抗香蕉枯萎病粉蕉（Musa spp. ABB,Pisang awak）品种,该品种来源于高感病的‘广粉1号’（ABB）偶然得到的种子实生苗,其基因组组成和父本未知。通过流式细胞技术（FCM）、染色体制片、基于ITS的限制性片段长度多态性聚合酶链反应（ITS-PCR-RFLP）及反转录转座子间扩增多态性（copia-IRAP）分子标记技术,并结合形态性状评分对‘粉杂1号’基因组组成进行鉴定。流式细胞分析结果显示‘粉杂1号’为四倍体,染色体制片显示染色体数为2n=4x=44条,ITS-PCR-RFLP分子标记结果显示其同时具有A和B基因组,copia-IRAP结果显示其含两套或者以上B基因组;形态打分为67分,对应基因组组成为ABBB。综合以上结果认为‘粉杂1号’基因组组成为ABBB,推测其父本可能为BB基因组组成的野生蕉。     

与番茄颈腐根腐病紧密连锁的SCAR标记开发

利用与番茄颈腐根腐病抗性基因Frl紧密连锁的CAPS标记C2-25,开发设计了新的SCAR标记,用于快速检测Frl抗性材料.使用C2-25引物,在25份已知表型的番茄材料中进行PCR,产物单克隆测序后发现,19份纯合抗病材料存在1条完全相同的抗病序列;4份纯合感病材料存在1条完全相同的感病序列;2份杂合抗病材料均存在前...     

黄瓜抗炭疽病相关基因AFLP标记的SCAR转换

将黄瓜抗炭疽病相关基因的一个共显性AFLP标记成功地转换成了简单实用的SCAR标记。对AFLP标记片段进行序列测定,根据序列特点设计了特异的SCAR引物,引物长18～21 bp。PCR结果表明,引物对（1）可以扩增出131 bp和125 bp两条带,引物对（2）可以扩增出178 bp和172 bp两条带,分别为抗炭疽病的特征带和感炭疽病的特征带。将该两个标记命名为SCEM131/125和SCEM178/172,两对引物在F2单株和抗感病材料验证中符合率高达97.27%,可以用于黄瓜炭疽病的分子鉴定。     

黄瓜全雌性基因连锁的AFLP和SCAR分子标记

 本研究以全雌品种‘戴多星’自交系和弱雌品种‘北京截头’自交系为双亲杂交获得F₁ ,然后得到F₂ 性型分离群体, 利用分离群体分组分析法(Bulked Segregant Analysis, BSA) 构建全雌和弱雌两个基因池, 筛选了64对AFLP选择性引物EcoR I-NN +Mse I-NNN组合, 发现EcoR I-TG +Mse I-CAC引物组合在全雌基因池中扩增出一条分子量为234 bp的特异带。经F₂ 代单株验证, 该特异条带能在全雌单株中稳定出现。以MAP MAKER (Version 310) 软件分析, 该标记与全雌性位点的连锁距离在617 cM。命名该连锁标记为TG/CAC₂₃₄。将该特异条带回收、克隆、测序, 设计特异SCAR引物, 再对F₂ 代单株基因组DNA进行扩增, 仅在全雌单株中扩增出1条分子量为166 bp 的特异带, 表明已成功地将与黄瓜全雌性连锁的AFLP标记转化为操作简便、表现稳定的SCAR标记, 该标记命名为SA₁₆₆。     

一个用于甘蓝显性雄性不育基因转育辅助选择的SCAR标记

一个与甘蓝显性雄性不育基因连锁的ＲＡＰＤ标记ＯＴＩＩ９００被转化为显性的ＳＣＡＲ（Ｓequence Characterized Amplified Region) 标记STII900,它可用于甘薯显性雄性不育基因转育辅助选择。     

桃花粉可育基因连锁的RAPD 标记与SCAR标记的转化

 桃品种以重阳红(花粉不育) ×大久保(花粉可育) 的52株F₁代群体为试材, 应用RAPD技术, 结合集群分组分析法(Bulked Segregate Analysis, BSA) 构建花粉可育/不育基因池, 利用180个随机引物, 筛选在花粉可育基因池中稳定扩增的一个RAPD标记OPW03-900。经过重复性验证和群体单株验证, 该标记仅在花粉可育个体(重组型除去) 中出现, 与桃花粉可育/不育位点的连锁距离为5.80cM。将该特异性片段回收、克隆、测序, 并设计一对特异SCAR引物, 再对F1代个体进行PCR扩增, 发现该特异带的位点及重组型个体的数目与RAPD扩增结果一致, 片段大小为906 bp, 命名为SCW03-906,表明RAPD标记已成功转化为与桃花粉可育基因连锁的SCAR标记。该序列已被GenBank收录, 登录号为DQ659676。     

黄瓜抗白粉病基因AFLP标记的SCAR转换

 将黄瓜抗白粉病相关基因的1个共显性AFLP标记转换为简单实用的SCAR 标记。应用该SCAR标记对36个已知田间白粉病抗性的黄瓜材料进行了盲测, 测定结果与其田间抗病性吻合率高达94.5% , 表明该标记可以用于黄瓜白粉病的分子鉴定。     

大葱细胞质雄性不育基因的SCAR 标记开发

 以大葱（Allium fistulosum L.）雄性不育系和保持系为试材,开发了一个能够鉴别细胞质雄性不育类型的SCAR 标记。此标记在大葱雄性不育系（S 型细胞质）中扩增出１条607 bp 片段,而在保持系（N 型细胞质）中没有扩增出此片段,将此片段命名为S607。对5 组不同遗传背景的不育系和相应保持系,以及4 份杂交组合进行验证,SCAR 标记S607 鉴定结果与实际细胞质类型完全相符。     

香菇135菌株SCAR标记的验证

香菇[Lentinula edodes(Berk.)Pegler]是世界上最主要的食用菌之一,目前的全球产量仅次于双孢蘑菇。我国是香菇栽培的起源国,目前香菇产量居世界第一。菌种是香菇生产的前提,它直接影响着香菇的产量和品质。由于我国食用菌菌株尚未建立完善的登记制度,存在菌种“多、杂、乱、散     

与大白菜橘红心基因紧密连锁的SCAR标记

利用游离小孢子培养获得的DH系群体和BSA法对与大白菜橘红心基因紧密连锁的分子标记进行了研究, 筛选到与橘红心球色基因or连锁的RAPD标记S1338₆₅₆和AFLP标记P67M54₁₇₂ , 其遗传距离分别为8 cM和13 cM, 并将其成功转化成SCAR标记SCOR₂₀₄和SCOR₁₂₇。对标记的通用性在110个大白菜自交不亲和系育种材料中进行了验证, 与田间鉴定结果的吻合率分别为90%和89.1%。SCAR标记的获得为大白菜橘红心性状的分子标记辅助选择与基因的图位克隆奠定了基础。     

苹果柱型基因Co的一个AFLP 标记的SCAR转换

 将苹果柱型基因的一个AFLP 标记成功地转换成了简单实用的SCAR 标记。首先对AFLP 标记片段进行序列测定, 然后根据序列特点设计了两对特异引物CoA1/ CoA2 和CoA1/ CoA3 , 每条引物长20 bp。PCR 结果表明CoA1/ CoA2 可以扩增出216 bp 和148 bp 两条带, 其中216 bp 的为柱型性状的特征带; CoA1/CoA3 可以扩增出273 bp 和205 bp 的两条带, 其中273 bp 的为柱型性状的特征带。两对引物在杂交后代中扩增出的特征带与柱型性状的分离重组率都很低(CoA1/ CoA2 为6. 3 % ±2. 5 %; CoA1/ CoA3 为7. 3 % ±2. 6 %) , 所以它们都可以作为该SCAR 标记的特异引物所用。     

山葡萄性别相关AFLP标记筛选及SCAR标记转化

通过AFLP分子标记方法,应用64对引物组合EcoR Ⅰ-NNN/Mse Ⅰ-NNN对山葡萄雌花、雄花和两性花植株基因池进行筛选,引物E-AGC/M-CTG在雄花和两性花植株基因池DNA中扩增出一条分子量为283 bp的特异性条带;经组池个体和其它品系验证,该特异性条带能在雄株和完全植株中稳定出现.将该特异性条带回收、克隆、测序,设计SCAR标记引物,对已知性别的85份山葡萄种质进行盲测,准确率达到97.6%,表明标记转化成功.由于该SCAR标记在绝大多数山葡萄栽培品种和有育种价值的种质资源中得到验证,可利用该SCAR标记对山葡萄杂交后代在苗期进行性别鉴定,提高育种效率.     

核桃早实性相关性状的SCAR标记

用RAPD技术对新疆核桃早实特性的分子标记进行了研究。用180个10-mer随机引物分别扩增早实和晚实近等基因池DNA筛选出5个多态性引物,结果只有引物OPG15(5′-ACTGGGACTC-3′)扩增得到1条约710bp的早实核桃特异片段。对该片段进行克隆和序列分析,并根据序列分析结果将该RAPD标记转化为重复性和特异性更好的SCAR标记。研究设计出了1对早实核桃特异SCAR引物P1(5'-ACTGGGACTCCAATTGTATC-3')和P2(5'-ACTGGGACTCTCAACTAT-3'),用这对特异引物对14份材料进行PCR扩增,结果所有晚实核桃材料无任何扩增,但早实材料均扩增出了预期大小759bp的特异带。     

香菇135菌株特异SCAR标记的分布和遗传特性

用香菇（Lentinula edodes）135菌株的特异SCAR（Sequence Characterized Amplified Region）引物135F／R（扩增601bp的条带）对135菌株的58个原生质体单核体和97个孢子单核体的基因组DNA进行扩增，检验此特异标记在单核体中的分布和遗传规律。原生质体单核体分为两种交配型A1B1和A282，此标记仅存在于后一种核中；另外，此标记在四种交配型的孢子单核体后代中随机分布，显示这个SCAR标记可以稳定遗传到后代，而且与交配型A、B因子之间没有连锁关系。     

葡萄无核基因SCAR标记的序列构成与酶切分析

利用葡萄无核基因的特异探针１８ｂｐ,通过ＰＣＲ扩增获得了与葡萄无核基因相连锁的ＳＣＡＲ标记约５９０ｂｐ,采用自动荧光ＤＮＡ测序仪对该片段的核苷酸组成进行双向测序,来自无核白的无核基因特异标记由５６９对核苷酸组成。该标记可以作为合成探针和设计特异引物进行ＰＣＲ扩增的基础,用于检测葡萄育种材料和无核品种的无核性。     

金棚1号番茄种子纯度检测的SCAR标记

以金棚1号番茄及其父、母本为试材，提取叶片DNA，优化构建了稳定的RAPD反应体系。从在番茄上多态性丰富的100条随机引物中筛选获得1条可用于鉴别母本和F₁的引物S130，2条可用于鉴别父本和F₁的引物S296和S114。将扩增所得到的差异条带进行克隆、测序，设计出1对SCAR引物RF2/FF2，能特异鉴别F₁和母本。进一步建立了以干种子为试材检测金棚1号番茄种子纯度的SCAR标记检测体系。     

与洋葱雄性不育基因紧密连锁的SCAR标记及其应用

以10份已知育性的洋葱材料和20份未知育性的洋葱后代材料为试材,采用SCAR标记技术,研究了标记OC2175在洋葱雄性不育系和保持系中的扩增情况,以验证该标记在洋葱细胞质雄性不育系选择方面的应用前景。结果表明:该标记可在不育系统扩增出2 175bp和1 053bp的2条片段,而在相应的保持系中仅扩增出1 053bp的特异片段。随后对20份未知育性的后代材料进行了PCR检测,结果显示有4份材料为可育株,另外16份材料为不育株。进一步对这20份未知育性的洋葱后代材料进行田间检测,发现分子鉴定为可育株的材料中有1株在田间表现为不育。可见,分子鉴定与田间鉴定的吻合度为95%,该标记可用于洋葱细胞质雄性不育株的分子标记辅助筛选。