甜瓜柱头黄绿颜色相关性状QTL分析

以绿色柱头甜瓜品种MR-1和黄色柱头甜瓜品种TN为亲本,构建F₂群体,利用200个F₂单株为作图群体,基于双亲材料基因组重测序数据开发的SNP-CAPS标记,构建了一张包含12个连锁群、135个CAPS标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度2 731.97 cM。利用该图谱对甜瓜柱头黄绿颜色相关性状进行QTL分析,共检测到12个与柱头颜色相关的QTL,其中与柱头总叶绿素含量相关QTL 4个,柱头类胡萝卜素含量相关QTL 3个,柱头色卡颜色相关QTL 2个,柱头总叶绿素含量与类胡萝卜素含量比值相关QTL 3个,分布在1、2、4、5、7、8、11、12号连锁群上,可解释4.63%～20.44%的表型变异,其中,调控柱头总叶绿素含量、类胡萝卜素含量和柱头色卡颜色的主效位点分别为SChC-1-1、SCaC-12-1和SCoC-2-1,其贡献率分别为18.78%、12.08%和20.44%。     

甜瓜果实相关性状QTL 分析

以WI998（厚皮网纹、纯雌株甜瓜品系）为母本,以3-2-2（薄皮、雌雄异花同株甜瓜品系）
为父本进行杂交,通过单粒传得到了含有124 个F_6：7 家系的重组自交系群体,构建遗传连锁图谱。在608
对SSR 引物中筛选出亲本间有多态性的引物150 对,多态率为24.67%;该图谱包含17 个连锁群,覆盖基
因组长度为1 246.67 cM,标记间的平均距离为9.59 cM。应用复合区间作图法对甜瓜单果质量（Fw）、果
实硬度（Ff）、果实长度（Fl）、果形指数（Fsi）及果肉厚度（Ft）等性状进行QTL 分析,共检测到15 个
QTL,分别分布在第1、4、5、6、8、10、13、14、15、17 连锁群上,其中8 个QTL 贡献率超过10%,
位于第13 连锁群的QTL Ff13.2 贡献率最大, 为26.45%。标记ECM87 与Fsi8.2 位于同一位点, 标记
CM33 与Fsi15.1 紧密连锁,遗传距离为0.6 cM。     

甜瓜酸性性状相关QTL定位分析

以果实口感无酸味的材料60和酸甜味的材料61为亲本构建的含有153株单株的F2群体为试验材料,对其进行SSR标记遗传连锁分析,构建遗传图谱。图谱包含15个连锁群,总长度923.2c M,平均距离8.71c M。利用Map QTL4.0软件采用多座位QTL模型(MQM)进行QTL分析。分别检测到3个与柠檬酸含量有关的QTL,其中1个主效QTL(贡献率≥10%)为cit 8.1,贡献率为34.8%;4个与可滴定酸(TA)有关的QTL,其中1个主效QTL为ta 8.1,贡献率为47.5%;2个与p H有关的QTL,其中1个主效QTL为ph 8.1,贡献率为82.7%。与酸性性状有关的3个主效QTLs均位于第Ⅷ条连锁群上同一位置。     

黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位

 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状, 以矮生黄瓜D8 ×蔓生黄瓜J IN5的188株F^₂单株作为 作图群体, 应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选, 构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群, 全长831.6 cM。标记平均间距为12.7 cM, 标记间最小遗传距离为4.8 cM, 最大遗传距离为22.3 cM。采用复合区间定位分析, 检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个, 均位于第4连锁群上, 贡献率分别为13.2%和13.0%; 控制节间距的QTL位点1个, 也位于第4连锁群上; 控制第一雌花开花期的QTL位点7个, 分别位于第1、2、3、5、7连锁群上, 各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。     

食用菌QTL定位研究进展

 综述了食用菌数量性状位点（quantitative trait loci,QTL）定位方法和研究现状,指出应在使用稳定性和重复性好的分子标记构建高密度遗传图谱基础上,采用多种分离群体开展食用菌QTL定位研究。     

莲子产量相关性状的QTL定位

以中国长江流域圆柱形莲子资源‘中间湖野莲’为母本,泰国圆球形莲子资源‘清迈野莲’为父本,构建了含86个单株的F2遗传群体。2017和2018年对亲本及群体黑子期莲子长、莲子宽、单粒质量、开花数、心皮数、饱粒数等6个莲子产量相关性状进行了表型鉴定,利用197个SSR标记对亲本及F2单株进行基因分型,结合表型和基因型数据对相关性状进行了QTL定位和分析。结果表明:莲子产量相关性状在F2群体中均呈近正态连续分布,表明均为多基因控制的数量性状。6个莲子产量相关性状共检测到28个QTL位点,分布在7条连锁群上,LOD值变幅为2.55～12.34,可解释5.5%～27.4%表型变异率。贡献率≥10的QTL位点有25个,占QTL总数的89.29%。黑子期莲子长(bsl1),莲子宽(bsw6)、开花数(fn4.1,fn5)可在两年被稳定检测到,贡献率变幅为7.33%～17.6%。     

胡萝卜根中主要类胡萝卜素含量相关QTL的精细定位

以白色的野生胡萝卜‘松滋野生’(Ws)和橘色的栽培胡萝卜品种‘Amsterdam’(Af)为亲本构建的回交重组自交系(BIL)为试材,基于低倍重测序技术开发SNP标记,构建了由1 976个Bin标记组成,包含29 435个SNP标记的遗传图谱。图谱总距离834.28 c M,平均图距0.42 c M。通过对胡萝卜肉质根中类胡萝卜素含量相关QTL分析,在连锁群LG04和LG08中检测到调控α–胡萝卜素、β–胡萝卜素、ζ–胡萝卜素、叶黄素、玉米黄质和总类胡萝卜素含量的主效QTL(M-QTL)2、2、3、2、2和2个,表型贡献率为11.47%~19.18%;另检测到调控α–胡萝卜素、β–胡萝卜素、ζ–胡萝卜素、玉米黄质和总类胡萝卜素含量的上位性QTL(E-QTL)1、1、2、1和1个,表型贡献率为2.50%~3.66%。在M-QTL显著区间内共检索到36个有功能注释的预测基因,其中Dck018297为ζ–胡萝卜素脱氢酶2基因,与调控β–胡萝卜素合成和总类胡萝卜素含量有关;Dck008006为乙烯响应因子2.2的同源基因,与调控α–胡萝卜素、ζ–胡萝卜素合成有关;Dck029898为转录因子b HLH135的同源基因,与调控玉米黄质合成有关。     

辣椒白粉病抗性QTL 定位分析

以辣椒（Capsicum annuum）白粉病抗、感病亲本H3 和83-60 构建的包含142 个重组自交系的RIL（H3×83-60） F8 群体为试验材料,基于亲本重测序数据设计KASPar 引物,构建了包含16 个连锁群的辣椒遗传连锁图谱,总图距1 356.5 cM,标记间平均图距为4.69 cM。基于2016 年和2017 年重组自交系群体白粉病发病表型数据,获得了PMR6.1、PMR9.1、 PMR11.1、PMR11.2 和PMR5.1 等5 个白粉病抗性QTL 位点,其中PMR6.1、PMR9.1 在两年中均被检测到,表型贡献率在 10.8%～21.4% 之间。通过辣椒白粉病抗性QTL 定位,开发与白粉病抗性基因连锁的SNP 分子标记,对于辣椒抗病辅助育 种有重要参考价值。     

甜瓜结实花初花节位QTL分析

 以WI998为母本（纯雌株、厚皮网纹甜瓜品系）,TopMark为父本（雄全同株纯合品系）,配置杂交组合,利用单粒传得到171个株系的重组自交系（F₂S₄）群体构建甜瓜SSR分子标记遗传连锁图谱。该连锁图谱包含19个连锁群,覆盖基因组长度为1 414.2 cM,标记间平均距离为10.2 cM。对结实花初花节位开展QTL分析,共检测到9个QTL,分别分布在第1、9、10、11连锁群上,各QTL的LOD值在2.89 ~ 9.42之间,4个QTL贡献率超过10%。位于第9连锁群的QTL Fp9.4贡献率最大,为18.57%（2010秋季LOD = 9.17）;位于第9连锁群的Fp9.3（2010春季8.64%,LOD = 6.44;2010秋季17.99%,LOD = 9.42）,位于第10连锁群的Fp10.1（2010春季3.59%,LOD = 2.89;2010秋季6.20%,LOD = 3.43）在两季的位置都很稳定。获得与结实花初花节位紧密连锁（< 10 cM）的8个特异标记（SSR01737、MU141991、TJ105、GCM206、SSR04910、MU173563、NR52、MU146331）,为进一步开展QTL精细定位提供参考。     

基于CAPS标记的甜瓜种子相关性状QTL分析

以种子相关性状差异显著的甜瓜品系MR-1和M1-15为试材,构建BC1P1回交群体,利用2个亲本材料全基因组重测序数据发掘SNP位点并将其转化为CAPS标记,构建遗传连锁图谱并对种子相关性状进行QTL分析。结果表明:获得了一张包含197个CAPS标记、12个连锁群的甜瓜遗传连锁图谱。检测到与种子相关性状紧密连锁的QTL位点6个,分布在1、2、5、8号染色体上,可解释9.86%~13.52%的表型变异率,贡献率10%的QTL位点5个。     

西瓜种子大小形状相关QTL分析

以黏籽西瓜（Citrullus lanatus ssp. mucosospermus）‘PI186490’和普通栽培种西瓜（Citrullus lanatus ssp. vulgaris）‘LSW-177’为亲本,利用F2群体对种子大小和形状的QTL进行分析,构建了1张包含195个CAPS标记,并与染色体一一对应的11个连锁群的西瓜种子相关性状遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组长度2 029.8 cM,标记间平均距离10.46 cM。共检测到与种子相关性状QTL 23个,分布在连锁群LG1、LG2、LG3、LG5、LG6、LG8和LG11上,LOD值介于2.5208 ~ 36.0847之间,可解释2.2014% ~ 28.8950%的表型变异率。贡献率 > 17%的QTL位点4个,其中种子长度、种子宽度、种子厚度及种子百粒质量各1个。连锁群LG6定位到10个QTL,包含3个种子长度QTL、4个种子宽度QTL、1个种子厚度QTL及2个种子百粒质量QTL,4个贡献率 > 17%的QTL位点全部定位在连锁群LG6上,其中种子宽度和种子百粒质量主效QTL共同定位在标记WⅢ6-503和WⅢ6-502之间。     

甜瓜糖酸性状的遗传研究

 以新疆厚皮甜瓜‘76-2’的⁶⁰Co- γ射线诱变酸味突变自交系和‘黄皮脆’形成的P₁、P₂、F₁与F₂ 为试验材料,通过4个世代联合分析法研究果实中糖含量、酸含量和糖酸比的遗传特点。结果表明, 酸味突变自交系ב黄皮脆’组合的糖含量性状遗传受两对等加性主基因和加性显性多基因模型 (E-4) 控制,主基因遗传率为88.8%,多基因遗传率为6.94%;酸含量性状遗传受一对加性—显性主基因和加性—显性上位性多基因 (D-0)模型控制,主基因遗传率为26.68%,多基因遗传率为72.77%;糖酸比性状遗传受两对加性—显性—上位性和加性—显性多基因混合遗传模型（E-1）控制,主基因遗传率为82.86%,多基因遗传率为16.02%。     

甜瓜果实颜色3 个质量性状基因的定位

 以甜瓜（Cucumis melo L.）黄绿皮、白肉、无覆纹的自交系‘K1-7’为母本,黄皮、橘红肉、 无覆纹的自交系‘K3-92-1’为父本杂交,组建F2 遗传群体,采用MSG（multiplexed shotgun genotyping） 法对F2 群体进行基因分型,并在甜瓜全基因组范围内扫描SNP 遗传标记。利用检测到的44 722 个SNP 标记位点进行高密度Bin 遗传图谱的构建,并对甜瓜果皮底色、覆纹颜色和果肉颜色等3 个质量性状进行 遗传分析和基因定位。结果表明,果皮底色和果肉颜色由单基因控制,黄绿果皮和橘红色果肉为显性性 状,果皮底色基因定位在4 号染色体409 828 ~ 835 625 bp 区间内,长度约为425 kb,果肉颜色基因定位 在9 号染色体20 433 942 ~ 20 573 889 bp 区间内,长度约为139 kb,覆纹颜色由两个有上位效应的基因控 制,其中1 个基因位点与果皮颜色控制位点在同一区域,1 个基因定位在2 号染色体末端23 736 803 ~ 23 787 235 bp 区间内,长度约为51 kb。     

加工番茄早熟性状的相关性分析及QTL定位

利用加工番茄TD-13和TD-41杂交的185个F2群体,分析与早熟性相关的各生育期性状,并对相关性状进行QTL分析。结果表明:成熟期与始花期、始花节位、结果期、开花至成熟天数呈极显著正相关,与早期结果数,平均单果重相关性不显著。利用复合区间作图法检测到与加工番茄早熟性状相关的12个QTLs。控制始花期和始花节位的QTLs分别检测到3个,控制成熟期和平均单果重的QTLs分别检测到2个,控制开花至成熟天数和早期结果数的QTL分别检测到1个。     

新疆哈密瓜永久遗传图谱构建及比较分析

 新疆哈密瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. ameri ( Pang. ) Greb. 〕是我国特有的栽培甜瓜种质资源, 具有不同于网纹甜瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. cantalupa ( Pang. ) Greb. 〕的独立遗传背景。以新疆哈密瓜和网纹甜瓜为亲本构建F₂ S₆作图群体, 采用SSR标记技术获得同时具有哈密瓜和网纹甜瓜遗传背景的永久遗传图谱。图谱由22个连锁群组成, 包括201个SSR标记, 1个白粉病抗性基因标记, 覆盖基因组长度977.153 cM, 标记间的平均距离4.837 cM。本图谱中的17个连锁群与Fernandez- Silva 等构建的网纹甜瓜遗传背景图谱具有线性关系, 两张图谱共有46个相同SSR标记。     

梨果实相关性状QTL定位分析

以‘红茄梨’（Pyrus communis L.‘Red Clapp Favorite’）和‘晚秀梨’（P. pyrifolia Nakai‘Mansoo’）杂交F₁代中已结果的81株单株为试材,利用81株单株的SSR分型数据进行连锁分析,构建了包含187个SSR标记,分布在18个连锁群上的遗传连锁图谱。图谱总长964.82 cM,标记平均间距5.16 cM,与之前利用该群体165株单株为材料构建的双亲整合图谱比较,86.59%的标记在连锁群中的排列顺序一致。利用MapQTL5.0软件,对果实表型性状进行QTL定位和分析,最终检测到与果实单果质量、纵径和横径连锁的4个QTL位点,都位于LG11,离最近分子标记的遗传距离为1.00 ~ 2.00 cM。进一步对检测出的果实大小QTL位点距离最近的标记基因型与表型比对分析,发现其符合度在72.5% ~ 82.5%。