猪CACNA1S基因部分序列多态性检测及其与肉质性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术,对30头苏钟猪和97头金华与皮特兰杂交F2代(JPF2)猪CACNA1S基因进行多态性检测,结合肉质性状作关联分析。结果表明:在猪CACNA1S基因1 234 bp核酸序列中,检测到25个单核苷酸突变点(SNP);关联分析结果显示,引物1S-65的AA、BB基因型对后腿肌肉重存在显著影响(P<0.05),AB基因型对后腿pH存在显著影响(P<0.05);引物1S-66的BB、BC基因型对蹄重存在极显著影响(P<0.01)。     

CAPN1基因的多态性与鸡肉质性状的关系研究

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系.CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A＞G、g.13715387 T＞C位于外显子14中,g.13715467 C＞T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245.CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224 C＞A位于外显子20中,g.13713320 A＞T、g.13713289 G＞A、g.13713277 T＞C位于内含子19中,g.13713185T＞C、g.13713184 G＞A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095.最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05).     

鸡GARS-AIRS-GART基因多态性及其与肉质性状的关联性研究

【目的】探讨GARS-AIRS-GART基因对鸡肉质风味性状的影响。【方法】以大恒优质肉鸡品系为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对GARS-AIRS-GART基因的多态性进行研究。【结果】研究结果显示:GARS-AIRSGART基因外显子4有1个SNP位点位于6545处(A→C突变),该位点为错义突变并导致氨基酸序列第173位点由天冬氨酸(Asp)突变为谷氨酸(Glu)。GARS-AIRS-GART-6545SNP位点对鲜味氨基酸含量和肌苷酸含量有显著影响(P<0.05),NN型表现为高肌苷酸含量。【结论】由此推测GARS-AIRS-GART基因可能是影响鸡肉质性状的主效基因或与控制这些性状的QTL连锁。     

猪ME1基因3'UTR单核苷酸多态性对肉质性状的影响

采用PCR-SSCP技术分析了猪苹果酸酶1(ME1)基因3'UTR在杜洛克(Duroc)、长白猪(Landrace)、皮特兰(Pietrain)、金华猪(Jianhua)和野猪(wild boar)中的多态性,在猪苹果酸酶1基因3'UTR长298bp的序列中发现3处突变(C138T、G194T和A239C),它们组成3种基因型(CC GG AA、CT GT AC和TT TT CC),x2独立性检验结果表明这3种基因型在各品种闻差异显著(P＜0.05).对全华×皮特兰F2资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪肉质性状的遗传效应.结果显示,在眼肌pH45、腿臀肌肉pH45以及肌内脂肪含量这3个指标上,TT TT CC基因型猪分别比CC GG AA基因型猪高0.19%、0.17%和0.79%,差异显著(P＜0.05). R长298bp的序列中发现3处突变(C138T、G194T和A239C),它们组成3种基因型(CC GG AA、CT GT AC和TT TT CC),x2独立性检验结果表明这3种基因型在各品种闻差异显著(P＜0.05).对全华×皮特兰F2资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定 并分析了不同基因型对猪肉质性状的遗传效应.结果显示,在眼肌pH45、腿臀肌肉pH45     

猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析

MyoD基因家族能促使肌肉转化,影响着肉质品质.为了研究MyoD1与肉质性状间的关系,采用PCR-SSCP技术分析杜长大三元杂交猪MyoD1基因第1外显子的单核苷酸多态性.为了将第1外显子(长630 bp)全部扩出,故将第1对引物设在MyoD1基因的5'UTR上.结果显示:MyoD1基因5'UTR的119 bp处发现G＞A的突变,第1外显子387 bp处发现C＞T突变,经检测这2个突变均为AA和AB基因型,2个变异位点在群体中都是AA型为优势基因型,且都处于Hardy Weinberg平衡状态.在5'UTR上的突变对猪肌肉的肌内脂肪和pH的影响差异显著(P＜0.05),而在第1外显子上突变对本试验所研究的肉质性状影响均不显著(P＞0.05).     

海东鸡CAPN1基因3'UTR多态性及其与体尺性状的关联性

利用PCR-SSCP技术对海东鸡CAPN1基因多态性进行分析,研究CAPN1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡CAPN1基因3'UTR存在c.*1 114TC转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体CAPN1基因检测区域为中度多态(0.25PIC0.50),偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。CAPN1基因3'UTR的多态性对体斜长、胸宽和胸骨长有显著性影响,对胫长有极显著影响,对胸深、胸围和髋宽无显著性影响。     

绵羊ACAA1基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

为研究绵羊乙酰辅酶A酰基转移酶1(Acetyl-Coenzyme AAcyltransferase 1,ACAA1)基因多态性对绵羊肉质性状的影响。以68只杜泊羊×小尾寒羊杂交后代为研究对象,采用PCR扩增和Sanger测序技术检测绵羊ACAA1基因单核苷酸多态性（SNP）位点。结果显示,绵羊ACAA1基因存在2个SNPs位点：3′非翻译区（UTR）A/G突变,存在3种基因型AA、AG和GG,2个等位基因A和G,其中AG为优势等位基因型,G为优势等位基因;内含子14处C/T突变,存在3种基因型CC、CT和TT,2个等位基因C和T,其中CT为优势等位基因型,C型为优势等位基因;A/G和C/T 2个SNPs位点均处Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;上述2个SNPs位点在该群体内变异较小且均处于中度多态（0.250.05）。ACAA1基因多态性对绵羊肉质性状有一定影响,为后续...     

猪CACNA1S基因内含子37的克隆及多态性研究

根据不同物种间保守性及相似性的特点,跨内含子设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)技术对猪CAC-NA1S内含子37进行克隆;采用PCR-SSCP技术,检测金华与皮特兰杂交F_2代猪(JP F_2)和苏钟猪CALCN1S基因内含子37的单核苷酸突变点(SNP),并结合JP F_2猪生产性状进行相关分析.结果表明:(1)克隆得到猪CACNA1S基因内含子37完整DNA序列(235 bp);(2)在猪CACNA1S基因内含子37中检测到6个SNP;(3)相关分析显示,位点1S-76对体长存在显著性影响(0.01相似文献   

猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性与胴体和肉质性状的关系

【目的】研究猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性对猪胴体和肉质性状的遗传效应。【方法】以金华×皮特兰资源家系F2代猪为研究材料,用PCR-SSCP方法检测猪HGD基因第14外显子的多态片段,并分析了猪HGD基因型间胴体和肉质性状的差异。【结果】发现了3种基因型(CC、CT和TT)。对纯合子个体测序检测发现,在猪HGD基因第14外显子序列EF011080 143 bp处存在C→T的单核苷酸变异,这一变异导致相应的蛋白质序列中脯氨酸(Pro)到丝氨酸(Ser)的替换。在试验猪群中,等位基因C的频率比等位基因T高,为78.3%;CC基因型个体占多数,达67.3%;适合性χ2检验表明,该座位在金华×皮特兰资源家系F2代猪群体中处于非遗传平衡状态。CT基因型猪腿臀重分别较CC和TT基因型猪高0.33和0.45 kg(P<0.05);CT基因型猪臀背膘厚、眼肌面积、肌肉粗蛋白含量和眼肌电导率分别较CC基因型猪高0.31 cm,3.29 cm2,0.73%和1.38(P<0.05);CT基因型猪的眼肌pH45、腿臀肌肉pH45和腿臀肌温度分别较CC基因型猪低0.26,0.23和1.21℃(P<0.05)。【结论】HGD基因可能是影响猪胴体、肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

秦川牛H-FABP基因第1外显子SNP及其与部分肉用性状相关性的研究

【目的】分析秦川牛心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)第1外显子的遗传变异与部分肉用性能指标的相关性。【方法】随机选择相同饲养条件下的146头18~20月龄秦川牛阉牛,采用PCR-SSCP结合测序技术,对秦川牛H-FABP基因第1外显子的遗传变异进行检测;运用SPSS统计程序中的GLM模型,分析其与部分肉用性能指标的关系。【结果】秦川牛H-FABP基因第1外显子130 bp处具有PCR-SSCP可检测到的SNP位点:Y=T→C。对该SNP位点具有不同基因型的个体进行分型并与88头秦川牛的肉用性状指标进行GLM分析,表明AB型个体的后腿围、背膘厚、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0.01),AB型个体的胴体胸深和嫩度显著高于AA型个体(P<0.05),AB型个体的背膘厚极显著高于BB型个体(P<0.01);另外,BB型个体的后腿围、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0.01)。【结论】秦川牛H-FABP基因第1外显子上存在SNP位点且与肉用性状有较强的关联性,说明H-FABP基因可作为秦川牛部分肉用性状的候选基因。     

Correlation analysis of relationships between polymorphisms of high quality chicken myogenin gene and slaughter and meat quality traits

In this study, PCR-SSCP technique was designed to investigate the effect of the myogenin (MyoG) gene on quality of chicken meat (developed by Sichuan Dahen Poultry Breeding Company using local breeds). Four mutations at base position in the promoter region were detected among individuals in each line, i.e. T/C in locus A, and T/A, T/C and A/G in locus B. Least squares analysis showed that there was a significant difference between genotype and breast muscle percentage and some carcass traits (P < 0.05) for locus A. There were significant differences (P < 0.05) in breast muscle weight between AC, AA and AB genotypes; a significant difference (P < 0.05) in leg muscle percentage between CC and AC for locus B, and an extremely significant difference (P < 0.01) in the frequency of genotype muscle fiber density for both locus A and locus B. Nonsignificant difference (P < 0.05) was detected in the other traits. It was concluded that the MyoG gene is the major gene affecting the muscle fiber traits of chicken or it links with the candidate gene, and the mutation can be used as the molecular genetic marker to select the chickens for meat quality traits. __________ Translated from Hereditas (Beijing), 2007, 29(9): 1089–1096 [译自: 遗传(北京)] These authors contributed equally to this work.     

6个黄牛群体MyoG基因单核苷酸多态性及其与体尺性状的相关性

【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体(鲁西牛、鲁杂牛(鲁西牛×西门塔尔牛)、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛)共779头3~4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3-′UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P<0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P<0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P<0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P>0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。     

脂联素基因对京海黄鸡体重及屠体性状的遗传效应

以京海黄鸡为研究对象,探讨脂联素基因第1内含子1个突变的多样性,并研究该突变位点对鸡活重、半净膛率、腹脂重、腹脂率、胸肌重和腿肌重的遗传效应.结果表明:该基因1 251处发生了C→T突变,PCR扩增产物SSCP后出现3种基因型(AA、AB、BB).这3种基因型间半净膛率、胸肌重和腿肌重差异不显著,3种基因型个体均值较接近.该位点的3种基因型对公鸡的活重有显著效应,BB基因型个体的16周龄活重达(1 755.14±223.85)g.就腹脂重而言,公鸡AA和AB型与BB型差异极显著,但母鸡3种基因型间差异不显著.公、母鸡AA和AB型腹脂重均值较接近,差异不显著.AA、AB和BB型腹脂重的变化趋势由低到高依次为AA、AB、BB型.公、母鸡的BB型个体腹脂率最高,分别为(2.20±1.18)%和(2.95±0.78)%,极显著高于AA和AB型个体,而AA和AB型个体均值却较接近.提示该基因可能是调控脂肪性状的主效基因或与主效基因连锁.     

6个黄牛群体MyoG基因单核苷酸多态性及其与体尺性状的相关性

【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体（鲁西牛、鲁杂牛（鲁西牛×西门塔尔牛）、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛）共779头3～4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3′-UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P＜0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P＜0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P＜0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P＞0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。     

秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子的SNPs检测及其与肉质性状的相关性

[目的]对秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行SNPs检测,并研究其与秦川牛肉质性状的相关性.[方法]采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法,对324头2～3岁秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行多态性分析,用最小二乘法拟合线性模型对Chemerin基因不同基因型与秦川牛肉质性状(宰前活质...     

莆田黑猪H-FABP基因单核苷酸多态性分析

利用PcR．SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因的多态性．结果表明：在H-FABP基因5＇-调控区检测到两个多态性位点（G7T和C11A）,由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0．740和0．260;在外显子2处存在3个多态性位点（A2C、T62C和T65C）,由两个等位基因控制,定义为c和D,基因频率分别为0．164和0．836．群体遗传分析表明,H-FABP基因5＇-调控区属中度多态（0．25〈PIC〈0．5）,外显子2区属低度多态（PIC〈0．25）．）c2适合性检验表明,两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）．将莆田黑猪H-FABP基因外显子2的核苷酸序列与GenBank中野猪核苷酸序列进行同源性比对,同源性为100％,而与牦牛、驴、人、大鼠、鸡和斑马鱼的同源性分别为94．0％、92．4％、87．8％、82．4％,77．9％和67．2％．     

Association of polymorphisms in adipocyte fatty acid binding protein gene with fat-related traits in chicken

PCR-SSCP analysis was used to detect polymorphic sites in chicken adipocyte fatty acid binding protein (A-FABP) gene. Six Chinese local breeds, Beijing-You chicken, Dwarf chicken, Taihe silky chicken, Chongrenma chicken, Xiayan chicken, Luyuan chicken and an introduced foreign breed, Arbor Acre broiler, were used as test populations. Three PCR-SSCP loci were detected. Statistical results showed that frequencies of genotypes and alleles were significantly different in the test populations. Sequence analysis revealed that C → T, G → A, and C → T transitions were responsible for the polymorphisms. Some fat-related traits such as body weight, content of intramuscular fat (IMF) and percentage of abdominal fat (AFP) were measured in Dwarf chickens and male Beijing-You chickens. We found out that chicken quality was significantly related to different genotypes in these two populations. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(6): 526–532 [译自 : 畜牧兽医学报]