基于SSR标记的豫西枣品种与酸枣的群体遗传结构与基因流分析

为在分子水平上研究豫西枣品种遗传结构,揭示品种分化与野生种的亲缘关系,本研究选取豫西两个枣品种和一个野生酸枣群体共48份种质为材料,采用20对SSR引物,研究野生酸枣与品种的遗传结构。三个群体在遗传组成上被分为3组,群体间的界限清晰。野生酸枣与两个枣品种间的基因流是不对称的,主要是酸枣和灰枣流向扁核酸。扁核酸虽然遗传多样性低,但与其他群体的基因交流频繁。本研究所用SSR标记及方法可用于不同枣品种的遗传结构分析,为研究酸枣与枣种质资源间的群体进化提供了借鉴。     

49份野生扁蓿豆种质资源的AFLP遗传多样性分析

应用AFLP标记对采自中国7个省市自治区的49份野生扁蓿豆种质材料进行遗传多样性及遗传结构的分析。研究结果显示:(1)利用4对条带清楚且稳定的AFLP引物组合共扩增出298个条带,其中多态性条带有219个,多态性条带比率为73.5%,每个引物扩增多态性条带数平均为54.8条。(2)49份野生扁蓿豆种质间多态性比率平均为32.70%,Nei’s基因多样性指数平均为0.115,Shannon多样性指数平均为0.172,表明供试种质材料间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。(3)河北省的扁蓿豆种质遗传变异最丰富,辽宁省的扁蓿豆种质变异幅度最小,不同地理类群间的扁蓿豆种质遗传多样性指数有显著差异。(4)种质材料间基因分化系数为0.6436,说明64.36%的遗传变异来源于不同种质材料间;地区间基因分化系数为0.2895,说明28.95%的遗传变异来源于不同地区间。表明地区间差异小于种质材料间的遗传变异。(5)UPGMA方法的聚类分析和主成分分析结果表明,49份种质材料间的遗传相似系数(GS)为0.5849~0.9904,遗传距离(GD)为0.0096~0.5363,49份扁蓿豆种质分为6大类,表现出明显的地域性。     

我国主要地方绵羊品种遗传亲缘关系

利用 10种 10碱基的随机引物 ,分析了我国 8个地方绵羊品种计 88只绵羊的随机扩增多态 DNA。结果表明 ,我国地方绵羊品种基因组 DNA多态位点百分率为 81.36 % ,群体平均遗传多样性指数为 1.3370 ,具有丰富的群体遗传多样性。但滩羊、小尾寒羊、藏绵羊和蒙古羊群体遗传多样性程度较低 ,应加强保种措施。群体遗传分化指数为0 .9172 ,说明遗传变异主要存在于群体间。品种间的分子聚类关系基本上反映了品种间的遗传亲缘关系 ,与品种的形成历史及我国地方绵羊的起源进化学说基本一致 ,具有相同来源的蒙古羊、乌珠穆沁羊、小尾寒羊和湖羊的分子聚类关系表明 ,4个地方绵羊品种间已经有了明显的遗传分化 ,小尾寒羊、乌珠穆沁羊间遗传分化较低 ,湖羊与蒙古羊之间相对较高 ,而小尾寒羊和乌珠穆沁羊与湖羊和蒙古羊之间的遗传分化最高     

中国苜蓿育成品种遗传多样性及亲缘关系研究

以苜蓿的种子贮藏蛋白的多态性为研究指标，对中国14个审定登记的苜蓿育成品种的遗传多样性及亲缘关系进行了研究。研究结果表明：蛋白单体的分子量介于21．2～85．1kD之间，蛋白单体电泳图谱多态性品种间无显著的特异性；在参试的14个育成品种中。品种内基因多样性平均值(Hs)为0.3136，总基因多样度(Hτ)为0．3741．基因分化系数(GST)为0．162；以λ=3.700为标准划分。14个育成品种划分为六个组群。各组群划分结果主要与参试品种的亲本来源有关，而与其种植地、育种地关系不大。     

4个地方绵羊品种系统发生关系的微卫星分析

试验旨在研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据。利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析;基于品种间标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树。4个地方绵羊品种共检测到70个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10~18之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81~5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均遗传杂合度(H)为0.6711~0.7820;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.0847,标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊为最大(0.5775、0.6126),小尾寒羊与乌珠穆沁羊为最小(0.1542、0.1955),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类。结果表明,4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化。选择的5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析。各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布基本一致。     

紫花苜蓿耐盐种质资源的遗传多样性分析

利用RAPD技术分析了25个紫花苜蓿耐盐品种的遗传结构和遗传多样性。结果表明,30条引物在25个紫花苜蓿耐盐品种单株DNA间的多态性位点比率(P)为81.52%,在各品种混合DNA间的多态性位点比率为61.65%,说明采用单株DNA样品比采用混合DNA样品能更好地揭示紫花苜蓿品种内和品种间的遗传变异水平。基因分化系数(Gst)主要反应品种间变异占总变异的比例,中国18个耐盐紫花苜蓿品种和美国7个耐盐紫花苜蓿品种的基因分化系数分别为0.271和0.152,表明中国耐盐紫花苜蓿种质资源品种间基因交流机会比美国品种间交流机会多。紫花苜蓿作为典型的异交植物,其生物群体的遗传结构与其繁育体系具有直接的联系。依据遗传距离(GD)分析结果,25份材料从遗传结构上可以分为9个组群,其中图牧1号和图牧2号遗传距离最小(GD=0.148),捷达和图牧1号遗传距离最大(GD=0.786)。紫花苜蓿耐盐种质遗传多样性分析为紫花苜蓿耐盐核心种质库构建和耐盐新品种选育提供了理论依据。     

基于全基因组SNP标记分析中国地方鸡品种的遗传多样性和种群结构

旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10^-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了...     

微卫星标记对4个贵州地方牛品种遗传多样性研究

选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的23对微卫星引物,采用荧光标记-多重PCR技术,检测了4个贵州地方黄牛品种的遗传多样性。结果显示,关岭牛和思南牛之间遗传距离最小,黎平牛和思南牛之间遗传距离最大;贵州4个地方黄牛品种两两间基因型一致的概率在关岭牛和思南牛之间的概率最大(2.892×10-23),在黎平牛和思南牛之间的概率最小(1.001×10~(-24));贵州地方黄牛品种71.3%的遗传分化发生在品种间,28.7%的遗传变异发生在品种内。贵州地方黄牛品种遗传多样性程度较高,开展品种选育的选择潜力较大。     

扁蓿豆遗传多样性的SSR分析

应用SSR分子标记对内蒙古野生扁蓿豆4个地理种群进行了遗传多样性研究.结果表明,扁蓿豆具有较高的遗传多样性,12对引物共扩增出66个位点;物种水平上Nei's基因多样性指数为0.2222,Shannon多样性指数为0.3639,种内总基因多样性为0.2223;种群内基因多样性为0.2153,96.88%的遗传变异存在于种群内,3.12%的遗传变异存在于种群间;种群间的遗传分化系数为0.0312,基因流为15.5256;4个种群间有一定遗传分化,但遗传漂变不会引起遗传分化.UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的种群优先聚集.     

中国苜蓿育成品种遗传多样性及亲缘关系研究

以苜蓿的种子贮藏蛋白的多态性为研究指标,对中国14个审定登记的苜蓿育成品种的遗传多样性及亲缘关系进行了研究。研究结果表明:蛋白单体的分子量介于21.2～85.1kD之间,蛋白单体电泳图谱多态性品种间无显著的特异性;在参试的14个育成品种中,品种内基因多样性平均值(HS)为0.3136,总基因多样度(HT)为0.3741,基因分化系数(GST)为0.162;以λ=3.700为标准划分,14个育成品种划分为六个组群,各组群划分结果主要与参试品种的亲本来源有关,而与其种植地、育种地关系不大。     

苜蓿地方品种遗传多样性的研究—RAPD标记

利用ＲＡＰＤ技术对中国１８个苜蓿品种和北美９个苜蓿基本种质来源的代表品种各取１０个单株进行多态性分析。结果表明,苜蓿品种内和品种间均具有明显的多态性,如采用混合样分析则掩盖了品种内的多态性,而品种间的多态性则明显降低。７条引物共检测了５２个位点,其中５０个位点是多态的。品种间差异是由该５０个多态位点出现带谱的频率不同而体现的。     

中国苜蓿地方品种种子贮藏蛋白标记：遗传多样性的研究

利用ＳＤＳ－ＰＡＧＥ方法对中国１８个地方苜蓿品种和北美９个苜蓿基本种质来源的代表品种,各选２０粒种子进行贮藏蛋白分析。结果表明,苜蓿品种内和品种间均具明显的多态性,但采用混合样分析则掩盖了品种内的多态性。     

桑树种群遗传结构变异分析

基于探讨桑属植物种群间遗传变异规律 ,采用显性分子标记RAPD技术 ,对我国桑树现行分类的 15个种、4个变种及近缘属的 4 8份供试材料进行了桑属种群的遗传结构分析。结果表明 :桑树具有丰富的遗传多样性 ,多态位点百分率为 78 95 % ;Nei′s基因多样性指数 (h)与Shannon多样性指数 (I)具有相同的群体遗传多样性评价结果 ,即种群组成差异越大 ,h与I指数越大 ,桑属种群的h指数为 0 1893,I指数为 0 30 91;桑属种群总基因流值Nm<1(0 5 2 2 0 ) ,基因分化系数Gst为 0 4 75 3;AMOVA分析表明种群内的变异百分率为 72 6 5 % ,种群内的变异大于种群间 ;UPGMA聚类结果与基因流值、基因分化系数有密切的关系     

中国苜蓿审定登记品种叶形态特征及变异分析

利用CI-202型叶面积仪研究29个我国审定登记苜蓿品种(Medicago sativa L.)的叶长、叶宽、叶面积、叶周长、叶长/叶宽和叶形指数。结果表明:地方苜蓿品种和育成品种在叶形态方面存在着较大的差异,前者的叶片较后者小;二者叶片形状相似;在6个指标中,叶长宽比变异最大,叶周长变异最小;地方品种的叶面积、叶长、叶周长和叶长宽比的变异系数均高于育成品种,其他2项指标则低于后者;在育成品种中,中兰1号的变异最大,甘农3号苜蓿最小;在地方品种中,蔚县苜蓿的变异最大,河西苜蓿最小;该结果将为今后培育苜蓿新品种提供理论基础。     

106份狗牙根材料的SRAP分析

对采自新疆不同地域及引自国内外其他地区的106份狗牙根材料开展SRAP标记研究。结果表明:14对SRAP引物共扩增产生133条带,其中,123条显示多态性,多态位点百分率为92.5%;106份狗牙根材料的GS值在0.36～0.94,平均为0.65,各供试材料之间差异明显,具有较为丰富的遗传多样性;聚类分析表明,106份供试材料相似系数为0.50时可被聚为3类,聚类结果与地理来源有一定的相关性。     

江苏省野生及家养中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

利用8对微卫星标记对江苏省野生及家养中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析，评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化，结果表明，共检测到31个等位基因，每个位点的等位基因数从1～7不等，平均等位基因数为3.875；所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.4424和0.4054。野生及家养中华蜜蜂群体8个微卫星位点平均有效等位基因数分别为3.83和4.17，平均基因杂合度为0.0778和0.0993，两个群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性。群体分化系数为4.9%（P<0.001），两个群体的Reynolds’遗传距离和Nm值分别为0.05024和4.852。江苏省野生及家养中华蜜蜂群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性水平，且有相互交流的迹象。     

陕西省本氏针茅自然种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对采自陕西省不同地区的5个本氏针茅(Stipa bungeana)自然种群进行遗传变异及群体遗传结构分析,旨在探讨本氏针茅遗传变异产生的分子生态机理,为其资源保护提供理论依据。在100个供试单株中,采用15条ISSR引物共扩增出223条可统计条带,其中多态性带182条,多态性位点比率为81.61%,Nei’s基因多样性(H)为0.1887,Shannon 信息指数(I)为0.2975,各种群之间存在较高的多态性。种群间的遗传变异为63.01%,种群内的遗传变异为36.99%,遗传分化系数φ_st 为0.6300,种群间的基因流(N_m)为0.1468,表明本氏针茅遗传分化程度较高,遗传变异主要分布在种群间,而种群内变异相对较小,且各种群间的基因交流非常有限。     

A molecular analysis of the patterns of genetic diversity in local chickens from western Algeria in comparison with commercial lines and wild jungle fowls

The objectives of this study were to characterize the genetic variability of village chickens from three agro‐ecological regions of western Algeria: coastal (CT), inland plains (IP) and highlands (HL), to reveal any underlying population structure, and to evaluate potential genetic introgression from commercial lines into local populations. A set of 233 chickens was genotyped with a panel of 23 microsatellite markers. Geographical coordinates were individually recorded. Eight reference populations were included in the study to investigate potential gene flow: four highly selected commercial pure lines and four lines of French slow‐growing chickens. Two populations of wild red jungle fowls were also genotyped to compare the range of diversity between domestic and wild fowls. A genetic diversity analysis was conducted both within and between populations. Multivariate redundancy analyses were performed to assess the relative influence of geographical location among Algerian ecotypes. The results showed a high genetic variability within the Algerian population, with 184 alleles and a mean number of 8.09 alleles per locus. The values of heterozygosity (He and Ho) ranged from 0.55 to 0.62 in Algerian ecotypes and were smaller than values found in Jungle fowl populations and higher than values found in commercial populations. Although the structuring analysis of genotypes did not reveal clear subpopulations within Algerian ecotypes, the supervised approach using geographical data showed a significant (p < 0.01) differentiation between the three ecotypes which was mainly due to altitude. Thus, the genetic diversity of Algerian ecotypes may be under the influence of two factors with contradictory effects: the geographical location and climatic conditions may induce some differentiation, whereas the high level of exchanges and gene flow may suppress it. Evidence of gene flow between commercial and Algerian local populations was observed, which may be due to unrecorded crossing with commercial chickens. Chicken ecotypes from western Algeria are characterized by a high genetic diversity and must be safeguarded as an important reservoir of genetic diversity.     

蒙古家马和蒙古野马线粒体细胞色素b基因遗传多样性及系统进化分析

通过对马的线粒体细胞色素b（Cytb）基因序列的遗传变异分析,来探讨蒙古家马、蒙古野马和驴之间的亲缘关系和遗传多样性。对各类马和驴样本 mtDNA Cytb 基因进行PCR扩增和测序,运用现代分子生物学软件进行数据处理。结果共检测到15个单倍型,90个突变位点,单倍型多样性（Hd）为0.9356,核苷酸多样性（Pi）为0.01022,平均核苷酸差异数（K）为8.966,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支都至少包含2个群体的信息。4个类型蒙古家马总体上具有较高的遗传多态性,蒙古家马与蒙古野马之间的亲缘关系较近, 且出现数个分支,蒙古家马分布在各独立的进化支中,说明蒙古家马母系来源非常广泛或经过多次驯化。     

黑龙江省野生桑树种质资源的遗传多样性分析

采用RAPD分子标记技术,对黑龙江省境内收集的24份野生桑树种质资源进行遗传多样性分析,揭示其遗传分化关系,以利于对耐寒、抗旱类型野生桑树种质资源保存与应用价值的准确鉴定和评估。从20个RAPD随机引物中筛选出4个有效引物,对24份野生桑树种质材料的基因组DNA进行扩增,共获得275条带,其中多态性带273条,多态性比率为99.3%,单引物对每份种质材料扩增获得的条带数在2～5条之间。24份野生桑树种质材料的遗传距离在0.047～1.000之间,其中,杜蒙2号和杜蒙3号,宁安1号和宁安3号两组种质材料的相似性最大,杜蒙3号和宁安3号的相似性最小。24份野生桑树种质材料的亲缘关系与其地域分布基本吻合。