3个地方猪品种BOLL和STRA8基因结构变异位点的群体分布研究

为了探讨BOLL-I6-sv285（15号染色体BOLL基因第6内含子）和STRA8-I4-sv447（18号染色体STRA8基因第4内含子）这两个结构变异在地方猪与欧洲猪品种中的群体分布差异,试验采用PCR方法对从江香猪、江口萝卜猪、荣昌猪和大白猪4个猪品种进行基因分型,并通过在线软件miRBase、UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。结果显示,BOLL-I6-sv285为一段285 bp的插入,经群体验证,3个地方猪品种以DI和DD基因型为主,I等位基因的频率高于大白猪,插入基因型（Ⅱ）对应较高的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）;STRA8-I4-sv447为一段447 bp的插入突变,群体中DD基因型占优势,从江香猪、江口萝卜猪和大白猪的I等位基因频率高于荣昌猪,插入基因型（Ⅱ）对应较低的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）。本试验鉴定的BOLL-I6-sv285和STRA8-I4-sv447两个结构变异可作为从江香猪产仔数的候选分子标记。     

5个猪种HSD17B12基因结构变异SV225的多态性研究

基于香猪基因组重测序结果,发现HSD17B12基因内含子3中存在一个254 bp的结构变异位点,命名为SV225。为探索SV225在不同猪群体间多态性分布以及基因型与香猪产仔数的关系,选取4个贵州地方猪种(香猪、柯乐猪、江口萝卜猪、黔北黑猪)和1个欧洲猪种(大白猪)为动物样本,利用PCR检测5个猪种中结构变异SV225的分布频率。结果显示,4个贵州地方猪种中均检测到3种基因型:插入型Ⅱ,杂合型DI与缺失型DD,SV225多态性丰富,大白猪仅检测到Ⅱ型。4个贵州地方猪群相比,香猪和柯乐猪的D等位基因占优势,江口萝卜猪和黔北黑猪中Ⅰ等位基因比例更高。经卡方检验,香猪、柯乐猪的D等位基因频率显著高于江口萝卜猪和黔北黑猪(P0.01),且4个贵州地方猪种的D等位基因均显著高于大白猪(P0.01)。分析3种基因型与香猪产仔数的关系,发现Ⅱ型个体的第三胎平均产仔数比DI型多2.25头(P0.01)。本研究结果提示HSD17B12基因中的结构变异SV225与地方猪的产仔数可能存在一定的联系。     

皱皮香猪WIF1基因结构变异WIF1-I8-sv889的研究

为探究WIF1(Wnt inhibitory factor 1)基因中WIF1-I8-sv889结构变异位点变异与皱皮香猪躯干被毛形成的关系,本试验采用冰冻组织切片观察皱皮香猪皮肤毛囊的组织学形态,采用PCR方法分析WIF1-I8-sv889位点在猪群中的分布频率,并通过在线软件UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。组织学研究显示,与正常香猪和大白猪皮肤相比,皱皮香猪毛囊毛根鞘伸入真皮层,形成棘突,且皱褶凹陷处毛囊聚集,相反皱褶凸起处毛囊较少;皱皮香猪皮肤毛囊中的毛球宽度显著增大(P0.05),单个毛囊中的毛干数极显著增多(P0.01)。在WIF1-I8-sv889结构变异断点两端设计特异性引物,扩增片段长1 383 bp,与参考基因组比,1 383 bp中889 bp为结构变异区间,缺失581 bp,倒置308 bp。群体分布结果显示,猪群中WIF1-I8-sv889位点呈现出丰富的多态性,检测到3种基因型:正常的II型、杂合的DI型和缺失的DD型,皱皮香猪中未检测到II型;与正常香猪和大白猪相比,皱皮香猪中D等位基因占优势(94.44%);经卡方检验,皱皮香猪D等位基因显著或极显著高于正常香猪和大白猪(P0.05;P0.01)。结果提示,WIF1基因中的WIF1-I8-sv889结构变异可能与皱皮香猪毛囊的形态发生有关。     

皱皮香猪WIF1基因结构变异WIF1-I8-sv889的研究

为探究WIF1（Wnt inhibitory factor 1）基因中WIF1-I8-sv889结构变异位点变异与皱皮香猪躯干被毛形成的关系,本试验采用冰冻组织切片观察皱皮香猪皮肤毛囊的组织学形态,采用PCR方法分析WIF1-I8-sv889位点在猪群中的分布频率,并通过在线软件UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。组织学研究显示,与正常香猪和大白猪皮肤相比,皱皮香猪毛囊毛根鞘伸入真皮层,形成棘突,且皱褶凹陷处毛囊聚集,相反皱褶凸起处毛囊较少;皱皮香猪皮肤毛囊中的毛球宽度显著增大（P<0.05）,单个毛囊中的毛干数极显著增多（P<0.01）。在WIF1-I8-sv889结构变异断点两端设计特异性引物,扩增片段长1383 bp,与参考基因组比,1383 bp中889 bp为结构变异区间,缺失581 bp,倒置308 bp。群体分布结果显示,猪群中WIF1-I8-sv889位点呈现出丰富的多态性,检测到3种基因型：正常的Ⅱ型、杂合的DI型和缺失的DD型,皱皮香猪中未检测到Ⅱ型;与正常香猪和大白猪相比,皱皮香猪中D等位基因占优势（94.44%）;经卡方检验,皱皮香猪D等位基因显著或极显著高于正常香猪和大白猪（P<0.05;P<0.01）。结果提示,WIF1基因中的WIF1-I8-sv889结构变异可能与皱皮香猪毛囊的形态发生有关。     

7个猪品种IBSP基因结构变异SV13的群体分析

应用Hiseq 2000平台测定了香猪的全基因组序列,从中发现整合素结合涎蛋白(IBSP)基因内含子4中存在结构变异,命名为SV13,为了进一步探究SV13在猪群体中的分布,采用PCR技术检测了7个猪品种的SV13基因型。7个猪品种群体中均存在DD、DA和AA三种基因型,对纯合的DD和AA基因型测序,明确D等位基因缺失了227 bp。香猪、可乐猪和糯谷猪群体以DD为优势基因型,大白猪以AA基因型为主,6个地方猪品种群体中D的基因频率明显高于大白猪品种(P0.01),香猪和大白猪群体基因型频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。SV13可以作为辅助鉴别6个地方猪品种和大白猪的分子标记。     

高产从江香猪资源调查及其FSH基因型分析

对贵州省从江县养殖的从江香猪资源进行了全面的调查,发现当地存在特殊的高产从江香猪群体。对同龄的高、低产香猪的体尺进行对比,同时采用PCR分析2个群体的促卵泡激素β亚基(follicle stimulating hormone,FSHβ)的基因型,结果表明,高产从江香猪群体的产仔数明显高于低产群体,同时,从江香猪高产群体的体长、体重、胸围、腰围4项指标明显较高(P<0.05),纯合的AA基因型频率也较高。结果表明:高产从江香猪不仅产仔数多,同时生长速度较快,基因更为纯合。从江香猪高产群体的深入研究将为香猪资源的多方位开发利用奠定基础。     

香猪ADCY2基因结构变异鉴定及其与生长性状的关联分析

为了探究香猪腺苷酸环化酶2(Adenylate Cyclase,ADCY2)基因结构变异与香猪生长性状的关系，本研究以233头断奶香猪为实验动物，定期测量体尺指标，采集耳组织提取基因组DNA，利用PCR技术分析香猪ADCY2基因结构变异的遗传多样性，并与香猪体尺指标进行相关性分析。结果显示，香猪ADCY2基因中存在1个长度为305 bp的结构变异位点(ADCY2-I2-SV305)，该位点检出3种基因型：纯合缺失DD型、正常的II型和杂合的ID型，其中II基因型频率(67.09%)显著高于ID和DD基因型；I等位基因为优势等位基因。ADCY2-I2-SV305位点与香猪多个日龄的体宽、胸围和腹围显著相关，且II基因型的香猪个体各项体尺指标均显著高于ID和DD型个体，提示该结构变异的缺失型不利于香猪生长发育。对ADCY2-I2-SV305变异位点的功能元件分析发现，该位点中含有1个简单重复元件和1个SINE元件，以及5个miRNA结合位点，推测该位点的缺失突变将导致这些重复元件的丢失，不利于ADCY2基因的表达，进而影响香猪生长发育。综上，ADCY2基因的ADCY2-I2-SV305结构...     

从江香猪两个群体的血液基因组甲基化水平比较研究

收集32头雌性贵州从江香猪的生长繁殖指标,同时测定其血液基因组的甲基化水平,探讨贵州从江香猪基因组甲基化修饰对其生长繁殖的影响。结果表明:(1)从江香猪基因组的甲基化水平比柯乐猪和大白猪的相应甲基化水平低;(2)从江香猪基因组的总甲基化水平、全甲基化水平与香猪的最高产仔数和第三胎产仔数显著正相关(P0.05),结果提示在一定范围内从江香猪血液基因组的总甲基化和全甲基化水平越高,其产仔数越多;(3)将香猪高产群和低产群甲基化的PAGE分析图谱分析并扩大样本量验证,发现香猪低产群基因组中ATP10A基因第六内含子中甲基化位点的甲基化频率明显较高。根据研究结果,香猪基因组的甲基化水平与其繁殖性状存在相关性。     

4个不同品种猪A-FABP基因多态性及其与IMF相关性研究

研究利用PCR-RFLP方法对三江白猪、东北民猪、长白猪和大白猪A-FABP基因第1内含子区域的多态性进行检测。结果表明:在检测区域内,存在2处多态位点,在Bsu36Ⅰ酶切位点上,4个品种猪均存在多态(基因型CC、CD和DD);而在BsmⅠ酶切位点上,各群体间基因型分布差异较大。东北民猪和三江白猪中,存在EF和FF2种基因型,而长白和大白群体中存在EF和EE2种基因型;在Bsu36Ⅰ位点上,东北民猪PIC=0.2424为低度多态,其余猪种为中度多态;而在BsmⅠ位点上,4个品种猪PIC均为中度多态;长白猪、大白猪、三江白猪和东北民猪IMF最高的基因型组合依次为CC-EE、CC-EE、DD-FF和DD-FF,IMF的最小二乘均值分别为1.766、1.968、3.468和4.195。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

贵州从江香猪基因组中CNVR36的多态性与产仔数和体尺相关分析

为了研究拷贝数变异与香猪生长及产仔数之间的关系,采用荧光定量PCR方法,测定香猪高、低产群体基因组中CNVR36的拷贝数变化,并与柯乐猪、荣昌猪、大白猪和糯谷猪4个猪品种相比较,进而分析拷贝数变异与香猪生长及产仔数性状之间的关系。结果显示,从香猪基因组中检测到CNVR36的拷贝数存在多态性变化:高产群体中以拷贝数增加为主,低产群体中以拷贝数缺失为主,经卡方检验,两个群体间的拷贝数变异频率差异极显著(P0.01)。柯乐猪、荣昌猪、大白猪和糯谷猪4个猪品种的CNVR36拷贝数以增加为主,相关性分析结果表明,香猪CNVR36拷贝数与胸围之间存在弱的负相关关系,糯谷猪CNVR36的拷贝数与其体宽和胸围有一定的相关关系,荣昌猪的CNVR36拷贝数与体高有一定的负相关关系。推测香猪CNVR36的拷贝数变异可能与生长发育有一定的联系。     

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR—RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′—端上游区(HinfI—RFLP)和第二内含子内(HinfI—RFLP、HaeⅢ—RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明：(1)在5′—端上游区的：HinfI—RFLP位点上，所有的品种都有变异，但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh)；(2)在第二内含子内的HinfI—RFLP位点上，二花脸只有BB基因型，而其它品种都表现出多态性；(3)在第二内含子内的HaeⅢ—RFLP位点上，只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在，等位基因D的频率分别为0．86，0．98和0．68，其余8个猪种均表现为DD型。     

FSHβ基因对从江香猪母猪繁殖性能的影响

以从江香猪母猪为研究对象,选取卵泡刺激素β亚基(FSHβ)基因作为影响从江香猪繁殖性能的候选基因,采用PCR-SSCP(单链构象多态性)和测序技术,对从江香猪母猪的FSHβ基因进行单核苷酸多态性研究,寻找与繁殖性状相关联的遗传标记。结果表明:在受试群体中,发现FSHβ基因第2外显子86 bp处发生C/T突变,该突变为同义突变,产生3种带型,分别命名为TT、CT、CC基因型。关联性分析显示:在初产母猪的产活仔数和经产母猪的总产仔数中,TT基因型均比CC、CT基因型多,均未达到差异显著水平(P0.05);但初产母猪总产仔数TT基因型比CC基因型多1.66头,差异显著(P0.05),经产母猪的产活仔数TT基因型比CC基因型多1.95头,差异显著(P0.05);对于乳头数,TT基因型比CC基因型多1.38对,差异显著(P0.05)。遗传效应分析发现,等位基因T对从江香猪母猪的繁殖性能表现为正效应,TT基因型对母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的估计育种值分别为0.87、1.03、0.72。总体上,TT基因型为有利基因型,对从江香猪母猪的繁殖性状数量值具有一定的促进作用,在选育过程中可注重TT基因型个体的选育。     

荣昌猪初产繁殖性状的全基因组关联研究

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数...     

从江香猪基因组中2个拷贝数变异区的多态性研究

为了研究从江香猪生长和繁殖差异与拷贝数变异拷贝数变异(copy number variation,CVN)之间的关系,采用实时荧光定量PCR方法,对从江香猪和大白猪基因组中的CNVR100与CNVR373的拷贝数进行了测定,并分析了从江香猪拷贝数与生长繁育性状之间的相关性。结果表明,从江香猪和大白猪基因组中都检测到CNVR100和CNVR373;与大白猪相比,从江香猪的CNVR100拷贝数较低,CNVR373拷贝数较高;相关性分析结果显示,从江香猪2个CNVRs与其体长和胸围有一定的负相关关系,表明这2个CNVRs的多态性可能对从江香猪的生长有一定的影响。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

6个猪品种PODXL基因中ALGA0105966位点多态性与体尺指标的关联分析

采用等位基因特异性PCR方法,对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪、大白猪6个中外猪品种足细胞标记蛋白(podocalyxin,PODXL)中的1个单核苷酸多态性位点ALGA0105966进行基因分型,研究该位点的多态性与猪的体尺指标之间的关联。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P0.05);关联分析结果表明:ALGA0105966位点的基因型与香猪的管围、柯乐猪的体高、体长、胸围、腹围、体重以及黔北黑猪的胸围、体重存在弱的正相关关系,与荣昌猪的体宽呈中度正相关。推测PODXL基因中ALGA0105966位点可能与地方猪的体尺和体重变化有关。     

陆川猪和大白猪LEPR基因对产仔数的效应分析

为了比较LEPR基因对猪产仔数效应大小,采用PCR-SSCP技术在陆川猪和大白猪群中进行了LEPR基因的基因型频率检测及不同基因型的总产仔数和产活仔数效应分析。结果表明,LEPR基因对陆川猪头胎和头4胎平均总产仔数（TNB）及产活仔数（NBA）影响差异显著(P<0.05),对大白猪头胎的总产仔数及产活仔数影响差异显著(P<0.05),而对大白猪头4胎平均总产仔数及产活仔数影响差异不显著(P>0.05)。     

香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究

为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。     

不同猪种TGFβ-RⅠ基因单核苷酸多态性分析

研究通过对猪TGFβ-RⅠ基因多态性与产仔数的关系的分析,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以期加快猪育种进程。本研究以大白猪和长白猪(共计329头)为实验材料,采用PCR-SSCP技术,共设计5对引物,对猪TGFβ-RⅠ基因的第7内含子的全序列进行多态性分析,发现2个多态性位点。经测序分析,在引物1的56bp处和引物4的148bp处均发现突变,分别为G→T和A→G。同时在不同猪群,利用最小二乘法对这2个突变位点的基因型进行组合构成的基因型与产仔数的相关性进行分析。结果表明:在大白猪中,2胎及以上的总产仔数(TNB)的AACC基因型组合显著高于AACD和ABCD(P<0.05);在所有胎次的TNB的AACC基因型组合显著高于ABCD(P<0.05),也高于AACD。