大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

大白猪群中HDAC1基因多态性与重要经济性状的相关性研究

该研究利用PCR-RFLP技术检测343头法系大白猪HDAC1基因酶切位点多态性,并对乳头数、达100 kg体重日龄、校正背膘厚、初生重和体长等性状进行关联分析。结果显示:在法系大白群体中检测到HDAC1基因3种基因型(分别为AA、AG和GG基因型)的存在。HDAC1基因HinfⅠ位点与大白猪达100 kg体重日龄显著相关,G等位基因具有显著降低达100 kg体重日龄的遗传效应,而GG基因型个体的初生重要高于AA基因型个体,GG基因型个体的生长性能有着明显优势。     

PRLR基因多态性与深县猪繁殖性能的关联分析

实验旨在研究催乳素受体（PRLR）基因多态性对深县猪繁殖性能的影响。通过PCR-RFLP技术结合混合池一代测序技术检测基因多态性，并与71头深县猪的繁殖性能进行关联分析，结果显示PRLR基因外显子8有2个突变位点，分别为A394G和A44G位点。A394G位点上存在AA、AG和GG 3种基因型，其中AG基因型个体的初生窝重显著高于GG基因型个体；A44G位点上存在AA、AG和GG3种基因型，其中AG基因型个体的总产仔数显著高于GG基因型个体。各位点皆为错义突变，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。因此，PRLR基因多态性与深县猪的繁殖性状显著相关，可作为深县猪分子遗传育种的候选基因。     

大白猪ESR基因多态性与繁殖性状的相关性研究

猪产仔数是重要的经济性状,提高产仔数可以增加猪肉的产量,为养猪业带来巨大的经济效益。该研究以美系大白猪(633头)和法系大白猪(963头)为研究对象,利用PCR-RFLP技术对ESR基因的多态性进行检测,并进行关联分析。研究结果表明:在美系和法系大白猪中均检测到ESR基因存在3种基因型(AA、AB和BB基因型);在美系和法系大白猪中,初产和经产母猪ESR基因BB基因型个体的总产仔数、健仔数和初生窝重均显著高于AB基因型和AA基因型个体(P0.05)。综合来看,ESR基因变异对美系和法系大白母猪的产仔数和初生窝重具有显著的遗传效应,可以应用于大白母猪产仔数的标记辅助选择。     

松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。     

梅山猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的关联分析

试验旨在研究梅山猪白细胞分化抗原14(cluster of differentiation antigen 14,CD14)基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的遗传效应。采用PCR-RFLP方法对梅山猪CD14基因-61bp处多态性进行分析,同时对部分重要细胞因子(IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN-γ、TNF-α和TGF-β1)水平及繁殖性能(总产仔数、断奶仔猪数、初生窝重和断奶窝重)进行测定,并分析CD14基因多态性与部分免疫指标和繁殖性能的相关性。结果显示,梅山猪CD14基因-61bp处经BamHⅠ酶切后共检测到3种基因型,分别定义为:AA、AG和GG;χ2适合性检验显示,梅山猪处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);多态信息含量(PIC)分析显示,梅山猪群体处于中度多态。关联分析结果表明,AA和AG基因型个体的IL-10水平显著高于GG基因型个体(P0.05);在初产母猪中,3种基因型间的繁殖性能均无显著差异(P0.05),而在经产母猪中,AA和AG基因型个体的断奶窝重显著高于GG基因型个体(P0.05)。本试验结果表明,基于CD14基因-61bp处多态性对梅山猪进行分子选育时,无论是一般抗病力还是繁殖性能,GG基因型可能均为不利基因型,可以将CD14基因-61bp处作为一个潜在的遗传标记进行深入系统的验证和分析。     

MC4R基因遗传变异与猪生长性状的相关性分析

为了揭示猪生长性状分子辅助选择标记在不同群体中的遗传效应,本研究采用PCR-RFLP技术,在杜洛克猪、大白猪、长白猪和豫南黑猪群体中对生长性状相关候选基因MC4R的遗传多样性进行检测,并分析其与猪平均日增重、平均日采食量和料重比的相关性。本研究结果显示:MC4R的D298N变异位点在4个猪群中均存在多态性,其中G等位基因为优势等位基因;性状关联分析结果显示,在杜洛克猪群体中,GG基因型个体的平均日增重显著高于AA基因型(P0.05)、料重比显著低于AA基因型(P0.05);在长白猪群体和大白猪群体中GG基因型个体的平均日增重具有高于AA、AG基因型的趋势,料重比有低于AA、AG基因型,但均未达到显著水平(P0.05)。     

松辽黑猪RBP4基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性(SNP),分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.01);C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为:GGGAAA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型(P0.05);GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型(P0.05);GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型(P0.05);各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异(P0.05)。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异(P0.05)。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。     

大白猪FSHβ和RBP4基因多态性与繁殖性状的相关性研究

分子标记辅助选择(Marker-assisted selection,MAS)相对于传统的育种技术,在早期选择、选择准确性等方面具有显著的优越性。该研究以633头美系大白猪和963头法系大白猪为研究对象,利用PCR-RFLP技术对fSHβ和RBP4基因的多态性进行检测,并进行关联分析。研究结果表明:在美系和法系大白猪中均检测到FSHβ和RBP4基因存在三种基因型(AA、AB和BB基因型);在美系初产和经产大白母猪中,FSHβ基因BB基因型个体的总产仔数、健仔数和初生窝重均显著高于AA基因型个体(P0.05);在美系和法系大白猪中,初产和经产母猪RBP4基因BB基因型个体的总产仔数、健仔数和初生窝重均显著高于AA基因型个体(P0.05)。然而,FSHβ和RBP4基因研究结果与现有报道不尽一致,其用于大白母猪育种工作还有待进一步验证。     

梅山猪CD14基因-61位点的多态性及其与繁殖性能的关联分析

为了探讨将白细胞分化抗原14(Cluster of differentiation antigen 14,CD14)作为繁殖性能遗传标记的可行性,试验采用PCR-RFLP方法对64头梅山猪种猪CD14基因-61位点的多态性进行检测,同时利用广义线性模型(GLM)分析其与繁殖性能间的关系。结果表明:梅山猪CD14基因-61位点经Bam HⅠ酶切后可检测到AA、AG、GG 3种基因型,其频率分别为0.406,0.500,0.094;遗传多态性分析表明,梅山猪CD14基因的多态信息含量(PIC)为0.349,介于0.25~0.5之间,表现为中度多态;关联分析结果表明,在初产母猪中,GG基因型个体的总产仔数显著低于AA基因型和AG基因型(P0.05),且GG基因型个体的产活仔数、断奶仔猪数、初生重和断奶重均低于AA基因型和AG基因型,但差异均不显著(P0.05);在经产母猪中,各性状之间差异不显著(P0.05)。CD14基因-61位点的多态性对梅山猪初产母猪的繁殖性能有显著的遗传效应,但其对经产母猪的繁殖性能没有显著影响。说明梅山猪CD14基因-61位点并不能作为繁殖性能的分子遗传标记,但如果基于梅山猪CD14基因-61位点对于梅山猪的一般抗病力进行分子选育,不会对梅山猪的繁殖性能产生显著的不利影响。     

香梅F1代猪PRKAA1基因对肉品质和屠宰性能的影响

为了探究单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMPK)家族PRKAA1基因多态性对香梅F1代猪(从江香猪♂×梅山猪♀)肉品质和屠宰性能的影响,以PRKAA1基因为候选基因,运用PCR扩增结合直接测序法,对香梅F1代猪PRKAA1基因外显子区域SNP位点进行筛选,并分析不同基因型与肉用性状间关联性。结果显示:在试验群体中第7外显子75 bp处存在A/G突变,命名为g.75AG;遗传学分析发现,AG为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,g.75AG属于中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态;关联性分析显示,AG型个体胴体重、棕榈酸指标均显著高于AA、GG型(P0.05),AG和GG型个体瘦肉重显著高于AA基因型(P0.05)。结果表明:PRKAA1基因第7外显子g.75AG位点突变对香梅F1代猪胴体重、瘦肉重及棕榈酸具有一定调控作用。     

大白猪、长白猪和杜洛克猪RBP4基因多态性及其与繁殖性能的相关分析

本试验通过PCR-RFLP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪的视黄醇结合蛋白4(retinol binding protein 4,RBP4)基因第4外显子Msp Ⅰ酶切位点进行多态性分析,并对各基因型母猪的第2、3胎次产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生窝重、21日龄的窝重及断奶成活率进行测定,进而分析RBP4基因多态性与繁殖性能的关系。结果表明,RBP4基因在3个品种中均存在多态位点;χ²适合性检验表明大白猪在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),而长白猪和杜洛克猪在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。其中,大白猪中优势基因型为BB基因型,而长白猪和杜洛克猪中优势基因型为AA基因型。在繁殖性能上,长白猪BB基因型群体第2胎总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生窝重、21日龄断奶窝重分别高于AA基因型0.97头、1.28头、0.92头、1.74 kg和4.42 kg,高于AB基因型0.92头、1.02头、0.98头、1.43 kg和4.98 kg;第3胎次中总体上BB基因型也为有利基因型。     

猪IGF2基因G3072A位点多态性及其与大白猪初生重和早期生长的关系

本研究采用PCR-SSCP技术对猪胰岛素样生长因子2（IGF2）基因G3072A位点在大白、长白和杜洛克猪群体的单核苷酸多态性（SNP）进行了检测，对其与大白猪初生重和早期生长的关系进行了分析。结果表明，在所分析的大白、长白和杜洛克猪群体的511个体中，IGF2基因在该位点均呈现多态性，大白、长白和杜洛克猪群体AA、AB和BB基因型均有分布，且大白和长白猪群体均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0．01），而杜洛克猪群未偏离Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。测序结果显示，等位基因A和B分别对应于核苷酸A和G，在A等位基因中，有（AG）二核苷酸的插入。关联分析表明，在大白猪群中，AA、AB和BB基因型个体的初生重差异显著（P〈0．05），AA和AB基因型个体的21、28和70日龄体重以及从出生～21日龄、21～28日龄、28～70日龄的日增重差异不显著（P〉0．1）。     

大白猪、长白猪和杜洛克猪催乳素受体基因多态性及其与繁殖性能的关系

本试验通过PCR-RFLP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪的催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因第10外显子AluⅠ酶切位点进行多态性分析,并对各基因型母猪的第1至第3胎次产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生窝重、21日龄窝重及断奶成活率进行测定,进而分析PRLR基因多态性与繁殖性能的关系。结果表明,PRLR基因在3个品种中均存在多态位点,且AA基因型都是其优势基因型。关联分析结果表明,大白猪AA基因型个体第1、2和3胎各繁殖性状均呈现出高于AB和BB基因型的趋势。在繁殖性能已经稳定的第3胎次AA基因型个体产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生窝重及断奶成活率比BB基因型个体平均分别高出0.31头、0.63头、0.02头、0.65 kg和0.43%,但差异均不显著(P>0.05)。     

嘉兴黑猪FSHβ和RFRP基因外显子多态性与繁殖性状的相关分析

本研究以128头嘉兴黑猪为实验群体,通过直接测序检测FSHβ和RFRP基因外显子单核苷酸多态性(SNP)位点,并探讨其多态性对母猪繁殖性状的影响。结果表明:在FSHβ和RFRP基因外显子中各检测到1个SNP位点。FSHβ基因在外显子2存在突变位点C1035T;RFRP基因在外显子3存在突变位点T4696C,且2个位点均存在AA、AB、BB 3种基因型;FSHβ-C1035T对嘉兴黑猪的初生窝重有显著影响(P0.05),RFRP-T4696C对初产母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重均有显著影响(P0.05)。综上所述,FSHβ、RFRP基因外显子多态性对嘉兴黑猪繁殖性状有一定的遗传效应,可作为潜在的遗传标记。     

猪3号染色体上与产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的标记鉴定

试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。     

河田鸡VIPR-1基因外显子2HpaⅡ位点多态性与产蛋性状的关联分析

为研究VIPR-1基因位点多态性与产蛋性状的相关性,寻找影响产蛋性状的分子标记。本研究以河田鸡为试验材料,利用PCR-HpaⅡ-RFLP技术,对VIPR-1基因外显子2进行了多态性检测和基因型分析,并对该多态位点与产蛋性状进行关联分析。结果表明:扩增产物用HpaⅡ酶切检测出AA,AG和GG 3种基因型。不同基因型对开产日龄和300日龄蛋重没有显著相关(P0.05),对240日龄产蛋数、300日龄产蛋数有显著影响(P0.05)。其中GG基因型的240日龄产蛋数和300日龄产蛋数显著高于AG基因型和AA基因型,表现为差异显著(P0.05),AG基因型的240日龄产蛋数和300日龄产蛋数高于AA基因型,但表现为差异不显著(P0.05)。3种基因型240日龄产蛋数、300日龄产蛋数呈现GG基因型AG基因型AA基因型的趋势。G等位基因为优势等位基因。     

猪β-防御素1基因单核苷酸多态性位点的鉴定

猪β-防御素1(PBD-1)基因在猪的先天免疫中起重要作用,由该基因编码的肽是一种抗菌肽,对大多数微生物具有直接活性,在猪口腔中形成第一道抗菌屏障。试验旨在分析猪(大白猪×约克夏猪×Ankamali猪)PBD-1基因外显子1、2的多态性。选取100头猪,采集血样,苯酚-氯仿法提取基因组DNA,琼脂糖凝胶电泳和分光光度计测定DNA质量及浓度,对PBD-1基因外显子1、2进行PCR扩增及SSCP分型。结果发现,PBD-1基因外显子1、2各存在3种基因型,外显子1的SNP位于5′-UTR区,外显子2的SNP位于成熟肽编码区。PBD-1基因外显子1的GG、GT和TT基因型频率分别为0.67、0.30和0.03,所有品种中GG基因型均为优势基因型,但在大白猪×约克夏猪群体中未检测到TT基因型;PBD-1基因外显子2的AA、AG和GG基因型频率分别为0.50、0.27和0.23,在大白猪×约克夏猪群体中AA基因型为优势基因型,在Ankamali猪群体中GG基因型为优势基因型。结果表明,PBD-1基因存在一个明显的遗传变异位点,进一步研究将着重于建立免疫猪群的基因分型PCR方法。     

MDR1基因多态性与母猪繁殖性状的关联分析

多药耐药基因1(multiple drug resistance gene 1,MDR1)编码的P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)可导致多种药物耐药。MDR1基因可能与繁殖器官有密切联系。本研究以长白、大约克、杜洛克和金华母猪为试验群体,通过直接测序的方法检测MDR1基因的多态性,并对母猪的繁殖性能指标进行了关联分析,探讨MDR1基因多态性对母猪繁殖性状的影响。结果表明:MDR1基因外显子1有一处G→A的突变,存在GG、AG、AA3种基因型,等位基因G为优势等位基因,GG基因型为优势等位基因;MDR1基因多态性对初产和经产长白、大约克、杜洛克和金华母猪群体的总产仔数、产活仔数和初生窝重有显著影响(P0.05)。综合结果分析,MDR1基因多态性对猪的繁殖性能存在影响,可作为潜在的遗传标记,为猪的分子育种提供参考。     

猪RBP4和ITGB1基因多态性对母猪繁殖性能的影响

用PCR-RFLP的方法检测了猪视黄醇结合蛋白4(RBP4)和整合素β1(ITGB1)基因在试验猪群中的多态性,同时分析其对大白猪产仔数、产活仔数、健仔数、初生窝重等性状的影响。结果显示:RBP4基因AA型产仔数、产活仔数、初生窝重显著高于AB、BB型(P0.05),AA型健仔数极显著高于BB型(P0.01),显著高于AB型(P0.05)。ITGB1基因TT型产仔数、产活仔数、健仔数高于TC、CC型,差异均不显著(P0.05)。RBP4与ITGB1基因9种合并基因型中AATT型产仔数、产活仔数、健仔数均高于其他合并基因型,差异均不显著(P0.05)。