绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因在绵羊中的遗传多态性,并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊（250只）及滩羊×湖羊杂交F1代（174只）为试验动物,利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因（GenBank登录号：AY157617）的多态位点进行单核苷酸多态性（SNP）分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示：①检测到9个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G],其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。②939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666,PIC为0.2688~0.3577;2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272,PIC为0.0279~0.1191,为低度多态;1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0,PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0;9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。③5个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁（D'>0.99）,将H-FABP基因分为3个单倍型：AA、AB和BB。④在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中,BB单倍型在各生产性状上具有最大值,但各单倍型间差异不显著（P>0.05）。结果表明,绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性,939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁,BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

不同绵羊群体间心脏型脂肪酸结合蛋白基因第2外显子单核苷酸多态性的研究

以东北细毛羊、小尾寒羊、杜泊和道赛特4个群体为研究对象,采用PCR-SSCP方法对心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因第2外显子单核苷酸多态性进行检测。结果发现,H-FABP基因第2外显子存在939(A/G)、980(G/A)、1013(A/C)和1018(T/C)4个SNP位点,表现出AA、AB、BB 3种基因型;在东北细毛羊、小尾寒羊和杜泊群体中,BB型为优势基因型,在道赛特群体中,AB型为优势基因型;经χ²检验后,4个绵羊品种群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析结果表明,东北细毛羊、杜泊和道赛特3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间,为中度多态,小尾寒羊为低度多态(PIC＜0.25);进一步分析结果表明,各个群体存在不同程度的遗传变异。     

动物心脏脂肪酸结合蛋白基因研究进展

肌内脂肪含量与肉的风味和嫩度等有关。H-FABP基因作为影响肌内脂肪含量的候选基因之一,已引起国内外科研人员的关注。论文就动物H-FABP基因的结构,功能与定位、遗传变异及其与IMF的关系研究状况等方面做一综述,并提出今后研究前景,为深入研究该基因提供参考。     

心脏型脂肪酸结合蛋白基因研究进展

肌内脂肪含量(intramuscular fat,IMF)是度量肉质品质的一个重要指标.具有较高的遗传力,但与其它生产性状(背膘厚)呈负相关[1-2].IMF含量影响着肉质的嫩度、风味和多汁性.由于活体测定IMF含量存在很大的难度,利用DNA标记进行辅助选择成为改进IMF含量行之有效的方法翻.即利用分子生物学手段寻找控制IMF含量的主效基因,通过选育提高IMF含量,进而改善肉质.     

4个绵羊品种LHCGR基因单核苷酸多态性分析

为探究绵羊LHCGR基因在4个绵羊品种之间的多态性与基因功能,本研究以杜泊羊、滩羊、小尾寒羊、滩羊和小尾寒羊杂交羊4个绵羊品种为研究对象,利用Sequenom MassARRAYSNP技术对4个绵羊品种LHCGR基因g.75747421A>C、g.75748200T>A 2个位点进行检测,并利用相关生物信息学软件预测分析2个位点突变前后mRNA二级结构与其编码蛋白的理化性质、结构和蛋白互作等。结果表明,LHCGR基因g.75747421A>C位点在4个品种中存在3种基因型,分别是CC、CA和AA;g.75748200T>A位点在4个品种中存在AA、AT和TT 3种基因型;χ²适合性检验表明,g.75747421A>C、g.75748200T>A 2个位点在4个绵羊品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。生物信息学分析表明,该基因编码蛋白的相对分子质量为73 599.70,理论等电点为8.30,脂肪系数为98.90,总平均亲水性为0.191,推测该蛋白为疏水性蛋白;突变前后LHCGR基因的mRNA二级结构、编码蛋白二级结构及三级结构均发生了变化;蛋白互作的结果表明,与LHCGR蛋白相互作用的蛋白质主要包括骨形态发生蛋白15（BMP15）、嗜铬粒蛋白A （CGA）、甲羟戊酸激酶（MVK）、胆固醇侧链裂解酶（CYP11A1）、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α亚基（GNAS）等。本研究成功筛选出4个绵羊品种LHCGR基因多态位点,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供一定的理论依据。     

高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

猪心脏脂肪酸结合蛋白基因多态性检测及与肉质性状的关联分析

随着人们生活水平的提高,对肉品质的要求也越来越高。在影响猪肉品质的众多因素中,遗传因素起到了很重要的作用。心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)作为影响猪肉质性状的重要候选基因,曾在多个猪种上进行研究。本实验以3个安徽地方品种和1个杂交品种为材料(圩猪、皖南花猪、皖南黑猪、皖南黑猪与巴克夏的二元杂),将各品种的DNA分别混池,通过PCR扩增H-FABP基因的5′端调控区和全部4个外显子,进行测序检测SNPs,分别在5′端调控区和第2外显子各检测到1个SNP。这两个SNP位点与粗蛋白质、总脂肪、游离脂肪和16种氨基酸含量表型值关联分析表明,5′端调控区的SNP多态性与全部19个性状的关联结果未达显著水平(P0.05),第2外显子处SNP多态仅与谷氨酸含量显著关联(P0.05)。     

绵羊BMP15基因外显子单核苷酸多态性研究

以控制Belclare和 Cambridge绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15( Bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-SSCP技术检测BMP15基因在中国部分绵羊品种 (蒙古羊、内蒙古细毛羊、呼伦贝尔羊、中国美利奴羊)中的单核苷酸多态性,同时研究突变位点对绵羊繁殖力的影响.结果表明:在4个绵羊品种中均检测到BMP15的突变,检测到的BMP15突变在4个绵羊品种中均呈现3种基因型.这表明BMP15基因外显子Ⅰ中虽然存在突变位点,但这一突变位点对绵羊繁殖力高低没有显著影响.     

高原型藏绵羊KAP 基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP 3.2、KAP 7基因部分序列和KAP 8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP 3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP 7和KAP 8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP 3.2和KAP 8基因座达中度多态,而在KAP 7基因座为低度多态,在KAP 3.2和KAP 8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP 3.2和KAP 8基因上分别存在1个C→T（271 bp）和1个T→C(1122 bp）的突变,均属于同义突变,KAP 7基因5′调控区存在1个T→C（102 bp）的突变。     

绵羊MyoG基因外显子的单核苷酸多态性群体遗传学分析

采用PCR—SSCP技术分析了肌细胞生成素（MyoG）基因外显子1、2在蒙古羊、无角陶赛特羊、德国肉用美利奴羊和白萨福克羊这4个绵羊品种的多态性。结果表明在在外显子1（exonⅠ）所扩增的片段中存在3种基因型（AA型、AB型和BB型），在外显子2（exonⅡ）所扩增的片段中不存在多态性。对于exonⅠ扩增片段，4个绵羊品种均检测到AA和AB基因型；BB基因型只在蒙古羊、陶赛特羊和白萨福克羊中检测到。在4个绵羊品种中，蒙古羊的AA基因型频率最高，而其它3个品种羊是AB基因型频率高；A等位基因频率明显高于B等位基因频率。exonⅠ的多态性片段测序分析表明：MyoG基因第305处发生了单碱基突变（T→C），并导致了所编码氨基酸由半胱氨酸变为精氨酸。     

鸭脂肪酸结合蛋白基因的克隆和序列多态性分析

根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增，将扩增出的475bp片段进行克隆和测序，序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列，与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84％、94％和77％的同源性。在此基础上又设计3对引物利用PCR—SSCP方法对获得的序列进行多态性研究。结果引物P3在樱桃谷鸭、山麻鸭等品种中发现4处单碱基突变，分别为：241处“A～T”突变；243处的“T—C”突变；258处的“T—C”突变；299处的“C—T”突变。这些点突变共产生了3种基因型，且基因型分布在各鸭品种间有显著差异。     

金华猪心脏脂肪酸结合蛋白基因的多态性分析及其与繁殖性能的关系

应用PCR-RFLP方法对金华猪Ⅰ系(164头)、金华猪Ⅱ系(41头)和金华猪Ⅲ系(52头)的心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的1125～1817bp和1401～2216bp段进行扩增,并用HinfⅠ、HaeⅢ和MspⅠ酶分别酶切,结果表明只有HinfⅠ存在RFLP。分析不同基因型对金华猪死产数和母仔猪初生重的影响,结果表明,H-FABP基因对经产母猪的死产数影响接近极显著(P=0.015),对头胎母仔猪初生重的影响不显著(P>0.05),对经产及所有胎次的母仔猪初生重影响极显著(P<0.01)。     

草地藏系绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因第二内含子的克隆和测序

采用PCR技术对草地藏系绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因第2内含子进行了扩增，扩增产物经克隆和测序显示，其长度为1893bp，该基因片段与GenBank中普通绵羊和猪的H—FABP基因第2内含子分别有99％和66．4％的同源性。实验还对22只草地藏系绵羊H—FABP基因第2内含子中174bp的序列进行了PCR—SSCP分析，结果未检测到多态性。     

草地藏系绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因第二内含子的克隆和测序

采用PCR技术对草地藏系绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因第2内含子进行了扩增,扩增产物经克隆和测序显示,其长度为1 893bp,该基因片段与GenBank中普通绵羊和猪的H-FABP基因第2内含子分别有99%和66.4%的同源性。实验还对22只草地藏系绵羊H-FABP基因第2内含子中174 bp的序列进行了PCR-SSCP分析,结果未检测到多态性。     

三江白猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因多态性及多态片段的序列分析

利用PCR-RFLP方法测定80头三江白猪H-FABP基因的多态性并对其多态性片段进行了序列分析。结果表明,HinfⅠ-RFLP和MspⅠ-RFLP位点上没有表现多态性,基因型分别为HH和AA型;只存在HaeⅢ-RFLP和HinfⅠ＊-RFLP位点多态性,基因型分别为DD、Dd、dd和Bb、bb型,等位基因b的频率为0.95,等位基因d的频率为0.75。在HinfⅠ＊-RFLP位点上,PIC为低度多态（PIC〈0.25）;HaeⅢ-RFLP位点上PIC为中度多态（0.25     

布莱凯特黑牛心脏型脂肪酸结合蛋白基因的研究进展

肉质性状与肌内脂肪含量紧密相关。心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因作为影响肌内脂肪含量的候选基因之一,成为布莱凯特黑牛分子育种改善肉质性状的研究重点。作者就H-FABP对脂肪酸转运的调控机理、H-FABP基因定位和结构等方面进行阐述,并结合在不同畜禽上的研究进展进行比较分析,为利用现代分子生物技术培育布莱凯特黑牛新品种提供理论参考。     

牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因的分子克隆和进化分析

对牦牛心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因进行了克隆测序，并与GenBank中9个物种相应基因编码区核苷酸序列进行了比对分析，在此基础上采用邻接法、最大简约法和最小进化法构建了牦牛与其它物种间分子系统进化树。结果表明，牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成，外显子1、外显子2、外显子3和外显子4大小分别为73、173、102和54bp，内含子1、内含子2和内含子3大小分别为3460、1892和1495bp。CDS序列全长为402bp，前体氨基酸数为133个。不同物种间在该基因核苷酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99．8％、97．8％、97．0％、92．8％、88．8％、83．3％、83．1％、76．4％、68．7％。通过邻接法、最大简约法和最小进化法用H-FABP基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树，结果表明，3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致。系统树总体分为两支，斑马鱼为独立的一支，而牦牛与其它物种为另一大分支。牦牛与普通牛、绵羊与山羊先分别聚在一起，然后再聚为一类；后与猪、人依次聚为一类。小鼠和大鼠先聚为一类，再与人和其它物种聚类，然后再与鸡聚为一类。该系统聚类结果与动物学分类一致，表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。     

布莱凯特牛心脏脂肪酸结合蛋白基因的序列测定及分析

根据GenBank发表的牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因的序列设计13对引物,分13段扩增出布莱凯特牛H-FABP基因,采用PCR产物直接测序的方式对各个片段进行测序,使用生物信息学软件对各个片段的测序结果进行拼接,得到布莱凯特牛H-FABP基因的全序列,并对其进行序列分析。结果表明,布莱凯特牛的H-FABP基因(GenBank登录号:FJ756345)是由4个外显子(73、173、102和54 bp)和3个内含子(3463、1892和1494 bp)组成;布莱凯特牛与牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠和鸡等9个物种之间的核苷酸同源性大小依次为99.3%、99.0%、96.3%、92.5%、89.8%、88.3%、83.3%、82.8%、75.6%,其氨基酸的同源性为99.2%、99.2%、96.2%、93.2%、91.7%、88.7%、86.5%、86.5%、77.4%;系统发生树将这些物种总体上分成2支,鸡为独立的一支,布莱凯特牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支。因此,渤海黑牛H-FABP基因具有很强的保守性,其进化树符合物种进化规律。     

北京油鸡和矮脚鸡心脏型、脂肪型脂肪酸结合蛋白基因多态性的研究

根据不同物种间同一基因核苷酸序列的保守性及相似性,设计特异性引物,利用聚合酶链式反应技术(PCR),扩增鸡心脏型脂肪酸结合蛋白(H—FABP)基因第二内含子序列;根据已经发表的鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA序列,设计特异性引物,扩增鸡A-FABP基因第三内含子序列。选用Hha Ⅰ、Hae Ⅲ、Hinf Ⅰ、BamH Ⅰ、EcoR Ⅰ、Pst Ⅰ、Xmn Ⅰ和Hind Ⅲ8种限制性内切酶对扩增产物分别进行单酶切,发现H—FABP基因第二内含子Hha Ⅰ PCR—RFLP及A-FABP基因第三内含子Hinf Ⅰ PCR—RFLP。