静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2（elongation of very-long-chain fatty acids 2,ELOVL2）基因的遗传特性,确定核苷酸的变异位点,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示,静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性,内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型：A₂A₂、B₂B₂、C₂C₂、D₂D₂和A₂C₂,4种等位基因：A₂、B₂、C₂和D₂,其中A₂为优势等位基因（0.62）,A₂A₂基因型为优势基因型（0.54）;3个SNPs位点：g.63372228+4918G > A的转换、g.63372228+5024T > C的转换和g.63372228+4928C > A的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型：A₁A₁、B₁B₁和A₁B₁,2种等位基因：A₁和B₁,其中A₁为优势等位基因（0.67）,A₁A₁基因型为优势基因型（0.54）,等位基因B₁存在g.63388000+748G > C的颠换。群体遗传学分析发现,静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高,且偏离了Hardy-Weinberg平衡（P < 0.05）。本研究结果表明,静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高,且呈中度多态,表现出纯合子优势,外显子6上无突变。     

静原鸡ELOVL2基因内含子4多态性分析

为了明确静原鸡ELOVL2基因的遗传特性,试验采用PCR-SSCP技术对静原鸡ELOVL2基因内含子4遗传多样性进行检测。结果表明:在ELOVL2基因内含子4扩增片段上共检测到4种基因型、3种等位基因、2个SNPs位点。其中A和B为优势等位基因(0.47),基因型AB为优势基因型(0.42);静原鸡ELOVL2基因内含子4遗传纯合度与杂合度基本相同,且偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。说明静原鸡ELOVL2基因内含子4序列突变程度较高且呈中度多态,杂合子或纯合子无明显优势。     

静原鸡

静原鸡是甘肃省的一个地方鸡品种,是黄土高原耐高寒干旱气候的优良蛋肉兼用鸡种.因主产区在甘肃省静宁县及宁夏回族自治区固原县,又名静宁鸡、同原鸡,在1984年出版的《中国家禽品种志》中正式命名为静原鸡.外貌特征:静原鸡体格中等,公鸡头颈昂举,尾羽高耸,胸部发达,背部宽长,胫粗壮;母鸡头小清秀,背宽腹圆.     

静原鸡FOXL2基因PCR扩增及生物信息学分析

为研究FOXL2基因对鸡的性成熟及产蛋性能的影响,试验以优良地方品种静原鸡为研究对象,利用PCR技术成功克隆了静原鸡心脏FOXL2基因的CDS区,其序列长度为918 bp。生物信息学方法分析结果显示,静原鸡FOXL2基因编码了305个氨基酸,分子式为C1491H2267N425O432S15。FOXL2蛋白是亲水性蛋白质,但不存在跨膜区域,不含信号肽。FOXL2蛋白含有28个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,含有4个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,含有16个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。FOXL2蛋白在第46～132位氨基酸之间只有1个Forkhead结构。FOXL2蛋白二级结构主要的结构形式为α-螺旋与无规则卷曲。在SWISS-MODEL中建立FOXL2蛋白的三级结构,模型以2ef0.1.A(Ornithine Carbamoyltransferase)蛋白为模板,模板的序列同源性高达99.34%。与其他禽类FOXL2基因CDS区序列进行多序列比对,使用MEGA 7.0软件构建进化树。静原鸡与环颈雉亲缘关系较近,与原鸡的亲缘关系最近。     

静原鸡屠宰性能研究

为保护甘肃省静原鸡种质资源和遗传多样性,研究其肉用价值,本试验对静原鸡的屠宰性能进行了测定。结果表明,静原鸡180日龄公鸡平均宰前重为2.85 kg,母鸡2.22 kg,差异显著(P0.01)。180日龄母鸡的腹脂率高于公鸡,而宰前重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿肌重、屠宰率、全净膛率、腿肌率等性状公鸡优于母鸡,差异均达显著水平(P0.01)。总之,静原鸡具有较好肉用性能,有较大开发价值和发展前景。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究

【目的】分析2-脱氧-D-核糖-5-磷酸醛缩酶(2-deoxyriboaldolase, DERA)CDS区序列特征及其在静原鸡不同组织和不同生长发育时期的表达水平,为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉中的调控机制提供参考。【方法】以42日龄静原鸡胸肌cDNA为模板,克隆DERA基因完整CDS区,测序并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测DERA基因在静原鸡不同生长发育阶段(7、42、126、180日龄)胸肌、腿肌和42日龄不同组织(心脏、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌)中的表达水平。【结果】静原鸡DERA基因CDS区全长699 bp,编码232个氨基酸,与环颈雉的相似性最高,为99.1%,表明DERA蛋白氨基酸序列在进化过程中保守性较高。DERA属于稳定蛋白,平均亲水系数为0.175,属于疏水性蛋白;存在跨膜结构,没有信号肽,属于跨膜蛋白。蛋白结构域是一种deoC/LacD家族醛缩酶域,二级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲。蛋白互作网络分析表明,DERA蛋白与PGM2、TPI1、TKT等蛋白存在互作关系。DERA基因在静原鸡肾脏、胸肌、腿肌、心脏、肝脏、肺脏、脾...     

猪ELOVL6基因多态性与表达差异分析

为探究ELOVL6基因在猪肌肉生长、脂肪沉积等性状的分子调控机制中所发挥的作用,本实验对藏猪、滇南小耳猪、大约克猪的背脂、背最长肌和肝脏组织的ELOVL6基因进行了RT-qPCR检测,并对ELOVL6基因Intron 3区域进行了多态性分析。结果表明:ELOVL6基因在3个猪种背脂和背最长肌中的趋势完全一致,即藏猪滇南小耳猪大约克猪,两两之间差异极显著;在肝脏组织中,藏猪、滇南小耳猪与大约克猪ELOVL6基因的表达量与在背脂和背最长肌中一致,但藏猪与滇南小耳猪差异不显著。在ELOVL6基因Intron3区域,'G~(99954)A、'T~(99793)C、'C~(99650)T3个位点存在连锁突变,且国内脂肪型藏猪、滇南小耳猪均与外来瘦肉型大约克猪呈极显著差异,而藏猪与滇南小耳猪差异不显著。综上可知,ELOVL6基因'G~(99954)A、'G~(99793)A、'G~(99650)A位点的多态性与mRNA表达差异性显著相关,推测这3个连锁突变位点可能是调控ELOVL6基因表达的关键功能位点,为下一步开发肉质性状的遗传标记及利用分子标记实现优质猪肉的选育提供参考。     

ELOVL6基因研究现状

ELOVL6基因是超长链脂肪酸延伸酶(ELOVLs)家族成员之一,可以催化饱和和单不饱和脂肪酸的延伸,主要参与脂肪酸延伸和脂酰CoA的生物合成。目前对ELOVL6基因的研究主要集中在脂肪酸代谢、氧化应激、炎症反应等多种代谢性疾病方面,其在抑制某些肿瘤细胞中也发挥着重要的作用。ELOVL6作为牛的重要的脂肪酸代谢调控基因,国内外的研究相对较少,文章对国内外关于该基因的结构、表达情况和生理功能以及牛ELOVL6基因的研究进展进行了较为详细的综述。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控镀区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D—loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13．6％、43．2％、4．3％和38．9％,A＋T含量高于G＋C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0．13,没有观测到插入／缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0．250和0．695,平均核苷酸差异数分别为3．750和10．833,核苷酸多样度分别为0．954％和2．757％。泰国红色原鸡中性检验的Tajima＇s D值为-1．800（P〈O．05）,不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度（Dxy）为2．847％,核苷酸净遗传距离（Da）为0．991％。序列群体间的方差组分（Va）占总变异的47．31％,Fst=0．473,差异极显著（P〈0．01）;群体间mtDNAD—loop Rf值也差异显著（P=0．035）。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

碱地黑牛ELOVL2和ELOVL5基因的克隆测序及表达分析研究

超长链脂肪酸延长酶（Elongation of Very Long Chain Fatty Acids,ELOVLs）是合成脂肪酸过程中的关键酶,与脂类的合成以及脂肪酸的代谢密切相关。本实验旨在研究碱地黑牛ELOVL2、ELOVL5基因CDS区序列及其在机体各组织中的表达情况,探讨ELOVL2、ELOVL5基因理化性质及表达规律。通过克隆获得的碱地黑牛ELOVL2和ELOVL5基因CDS区分别为885、900 bp,编码294、299个氨基酸,均为疏水性蛋白;进化树显示碱地黑牛ELOVL2、ELOVL5基因与牛、山羊、绵羊同源性最高。α-螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构,对二者三级结构及氨基酸序列进行对比,发现ELOVL2氨基酸序列中第234位的半胱氨酸等同于ELOVL5中第231位的色氨酸,ELOVL2 C234和ELOVL5等效位置的W231对底物结合的特异性有影响,若将ELOVL5 W231替换到ELOVL2中的等效位置,ELOVL2将DPA转化为24:5n-3的能力丧失。亚细胞定位结果显示ELOVL2、ELOVL5蛋白主要定位在内质网上,荧光定量PCR实验结果显示二者均在肝脏中...     

家兔GHSR基因遗传多态性研究

GHSR基因编码促生长激素分泌素受体,被认为是生长性状的候选基因,但其在家兔上的研究甚少。本试验采用PCR产物直接测序法寻找GHSR基因遗传变异,应用HRM分型技术对新西兰兔、加利福尼亚兔和天府黑兔3个肉兔品种共176个个体进行基因型分析。结果表明:在GHSR基因外显子2中存在一个SNP多态位点,位于编码区918bp处(c.918C>T),该SNP为同义突变。c.918C和c.918T在3个品种中平均基因频率分别为0.704 5和0.295 5,3种基因型CC、CT和TT的频率分别为0.557、0.295和0.148。该位点在3个兔群体中均表现为中度多态(0.25相似文献   

甘肃静原鸡孵化性能测定

对静原鸡孵化性能进行了测定,静原鸡种蛋的受精率平均为94.36%,无精蛋率为5.64%,死胚率为7.51%,孵化率为87.27%,受精蛋孵化率为92.49%。与同类测定资料相比,静原鸡的孵化性能居于中上水平,说明静原鸡孵化性能良好,具有广阔的市场开发潜力。     

静原鸡产业发展现状及对策

静原鸡是我国优良地方品种,其肉质鲜美、口感细腻、营养价值丰富,是中华名小吃静宁烧鸡的主要原材料,随着改革开放的不断深入,许多外来品种的引进对静原鸡的养殖造成了严重的威胁,曾一度濒临灭绝的边缘,近年来随着人们生活水平不断提高,绿色、生态畜产品越来越受到广大消费者的关注,使以传统养殖方式为主的静原鸡再次受到重视,笔者通过详细的数据统计,将静原鸡产业发展的现状进行分析,并提出相应的对策,希望对静原鸡产业的进一步发展提供一定的帮助。     

鸡IGFBP-2基因的遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)第2内含子部分序列和第3外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性能的遗传效应。结果表明:在该区域中,共检测到4个等位基因,10种基因型。χ2检验结果表明,除边鸡外其余3个品种群体在该座位均达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果显示,除开产蛋重和12周龄体重外,其他生长和繁殖性状在不同基因型间均存在显著差异(P<0.05)。因此,推测IGFBP-2基因对个体的生长和繁殖性能有一定影响,将IGFBP-2基因应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快鸡的育种进程。     

静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析

为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径（microRNAs in cancer）、人乳头瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌症中途径（pathways in cancer）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）中（P<0.05）。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤（melanoma）中的表达水平最高,在扁桃体（tonsil）和肌肉（muscle）等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。     

静原鸡肌肉脂肪酸组成分析

为了研究静原鸡肌肉脂肪酸组成成分,试验以宁夏畜禽遗传资源保护品种静原鸡(第4世代)为研究对象,比较分析白、麻、黑羽三个群体的胸肌、腿肌肉主要脂肪酸相对含量,并与其他五个地方品种鸡肌肉中的饱和脂肪酸(SFA)、多不饱和脂肪酸(PUFA)和必需脂肪酸(EFA)进行比较分析。结果表明:静原鸡肌肉中的棕榈酸、硬脂酸、油酸、亚油酸、亚麻酸、二十碳四烯酸、二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸(DHA)含量较高,占所有脂肪酸含量的85%以上;静原鸡黑羽群体中的不饱和脂肪酸(UFA)和EFA含量高于白羽和麻羽群体,腿肌肉中的UFA和EFA含量高于胸肌;与其他五个地方品种鸡相比,静原鸡肌肉中的SFA相对含量较低,而PUFA和EFA的含量相对较高。说明静原鸡在长期的提纯复壮常规育种后其脂肪酸组成丰富,尤其含有对人体有益的多不饱和脂肪酸。     

新西兰兔BMPR-IB基因遗传多态性研究

本试验采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP技术对新西兰兔287个个体的BMPR-IB基因进行了多态性研究。结果表明:在BMPR-IB基因外显子1上检测到3个SNPs位点,分别为c.88 C>T、c.96 T>C和c.117 G>A。其中c.117 G>A位点GG基因型为优势等位基因型(0.5784),G等位基因为优势等位基因(0.7648)。多态性指标分析表明,c.117 G>A位点在新西兰兔中的杂合度(He)为0.3598,有效等位基因数(Ne)为1.5619,多态信息含量(PIC)为0.2950,表现为中度多态(0.25相似文献   

草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记,研究以草原红牛为试验群体,采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性,并对GH基因多态片段进行了克隆、测序,确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点,其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变,在1435处发生了T→C的突变,第4内含子1918处发生了C→A的突变;外显子5的2291处发生了碱基A→C突变;3’末端2639处发生了碱基C→G突变,并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加;同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较,草原红牛在1692处有C→T的突变,在2735处有碱基T→C突变,这些突变位点为草原红牛所特有。     

新西兰兔BMPR-IB基因遗传多态性研究

本试验采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP技术对新西兰兔287个个体的BMPR-IB基因进行了多态性研究。结果表明:在BMPR-IB基因外显子1上检测到3个SNPs位点,分别为c.88 C>T、c.96 T>C和c.117 G>A。其中c.117 G>A位点GG基因型为优势等位基因型(0.5784),G等位基因为优势等位基因(0.7648)。多态性指标分析表明,c.117 G>A位点在新西兰兔中的杂合度(He)为0.3598,有效等位基因数(Ne)为1.5619,多态信息含量(PIC)为0.2950,表现为中度多态(0.25相似文献