猪传染性胃肠炎病毒核衣壳N蛋白基因的克隆与鉴定

根据文献已发表的猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）cDNA基因序列，设计和合成1对引物，以TGEV TH-98强毒株基因组mRNA为模板，通过RT-PCR技术扩增其N基因：将RT-PCR产物按正确的阅读框架（ORF）定向克隆到载体pProEXHTb上，重组质粒PHN转化进大肠埃希氏菌DH5a株，通过酶切分析及序列测定表明已成功获得了TGEVN基因的无性繁殖体系。TH-98强毒株的N基因的Purdue-115株、FS772/70株、TO14株、96-1933株及TF I株的核苷酸序列的同源性分别为99%、97%、975、95%和96%，氨基酸序列的同源性分别为99%、97%、98%、96%和97%。     

猪传染性胃肠炎病毒南京株纤突S蛋白基因的克隆与序列分析

参考 Genbank收录的 TGEV- Miller株的基因序列 ,自行设计合成 1对引物 (TGEVP5 /P6 ) ,对不同代次的 TGEV疫苗弱毒 STC3及种毒 、种毒 进行了 RT- PCR扩增 ,产物经琼脂糖凝胶电泳分析 ,均出现 1条大约 12 6 2 bp的目的条带 ,经 Eco R 酶切 ,都产生了 871bp和391bp左右的两个片段 ,与预期大小相符。将种毒 RT- PCR扩增目的条带回收纯化后克隆入PMD18- T载体中 ,转化宿主菌 DH5 α,挑选阳性克隆 (命名为 PTs) ,提取重组质粒 ,用 Hpa 、Eco R 对重组质粒进行酶切鉴定以及 PCR扩增 ,然后进行序列测定 ,并进行了序列分析 ,证实与国外标准毒株 Miller、Fs772 / 70、Purdue、TO14等有较高的同源性     

猪传染性胃肠炎病毒核衣壳(N)蛋白基因的克隆与表达

以猪传染性胃肠炎病毒亚基因组mRNA为模板根据文献设计一对引物，通过RT－PCR技术，扩增其核衣壳（N）蛋白基因的cDNA；将其按正确的阅读框架定向克隆到表达载体pProEXHTb中特异酶切位点；将重组质粒PHN转化进大肠杆菌TG1株，在浓度为1.0mM IPTG和37℃条件下诱导，PHN基因融合蛋白获得了表达；经SDS－PAGE，Western-blot试验，确定其表达的融合蛋白产物大小为预期的47kD。试验结果证明，在大肠杆菌中表达的TGEV N基因的融合蛋白产物的确具有天然蛋白的抗原性。     

猪传染性胃肠炎华毒弱毒株纤突蛋白B、C抗原位点片段基因的克隆与序列分析

猪传染性胃肠炎华毒（TGEV H）是我国分离的代表毒株,H弱毒株是我国自行培育成功的具有良好免疫原性的疫苗株。应用RT－PCR方法扩增出1．3kb的目的片段,包括S基因的编码的B、C两个主要抗原位点的片段,目的片段与pUC19质粒载体进行连续,转化,鉴定后得到阳性重组质粒,命名为pTS1,将重组质粒插入的目的基因片段进行序列分析和比较,其结果表明TGEV H株和S基因5’端B、C位点片段1190bp的核苷酸序列与国外的TGEV毒株Miller、Purdue-115、FS772／70及台湾省TFI毒株序列均具有很高的同源性,达94．72以上。推导的氨基酸序列同源性为94．70％以上。编码抗原位点C的序列与其它毒株完全一致,但在B位点发生改变,即第97个氨基酸发生改变,由Trp突变为Ser。该核苷酸该片段全长1261bp,包括起始密码子ATG及基因间的共同序列ACTAAAC。本研究首次报道了国内的TGEV分离株－H弱毒株S基因的RT－PCR扩增及其编码的B、C抗原位点片段的分子克隆及序列分析,为进一步揭示TGEV强弱毒差别的分子机制、开展新型疫苗及进行分子诊断的研究奠定了重要基础。     

猪传染性胃肠炎病毒TH-98株S基因5′端部分片段克隆及序列分析

本研究扩增出猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV) TH- 98株 S基因 5′端 6 72 bp片段 (TS1) ,包括 B、C两个主要抗原位点。将该片段克隆到 p MD 18- T载体上 ,经鉴定 TS1片段正确插入 p MD 18- T载体上。序列测定和分析表明 ,该片段的核酸序列与国外 TGEV毒株 Miller,Purdue15 ,FS772 /70等有很高的同源性 ,达 96 .88%以上 ,氨基酸同源性为 95 .0 9%以上 ,抗原位点 C(S蛋白第 4 8位氨基酸 )的丝氨酸变为脯氨酸。本研究首次克隆国内分离株 TH- 98株 S基因含有抗原位点 B、C且在 PRCV中缺失的片段。为进一步揭示 TGEV强弱毒株差别的分子机制和分子诊断的研究奠定了重要基础。     

猪传染性胃肠炎病毒SC-1株的分离与基因7的克隆分析

从四川某猪场采集疑似病例的腹泻粪样中分离到1株病毒,该病毒经过ST细胞传代培养盲传至第4代时出现病变。通过荧光抗体染色、病毒中和试验、TCID50试验、核酸类型鉴定,结合样品正染后在电镜下的观察结果,确定该毒株为猪传染性胃肠炎病毒,命名为TGEV SC-1株。参照GenBank中收录的TGEV基因7的序列设计了1对特异性引物,以SC-1株的细胞增殖毒的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得了大小约为303 bp的基因片段,包括完整的基因7序列片段（237 bp）,在GenBank上的登录号为DQ437507。核苷酸和推导的氨基酸序列比较分析结果表明,该毒株与其他毒株的同源性均在92.4%以上,TGEV SC-1株与美国的PURDUE和中国的TH-98毒株亲缘关系最近;与日本各分离毒株、中国TS株、美国Miller株、中国台湾TFI株和英国96-1933株的同源性较低。TGEV基因7在密码子使用的选择上,存在较大的偏向性;基因7编码蛋白在两端存在有明显的疏水性区域,在2～24和56～75位氨基酸残基处存在跨膜结构。     

猪传染性胃肠炎病毒Sa基因的克隆与序列分析

将猪传染性胃肠炎病毒接种ST细胞进行增殖,待细胞出现明显的病变后,将细胞反复冻融3次收获病毒。根据GenBank中已发表的猪传染性胃肠炎病毒S基因的序列,设计合成了1对扩增S基因包含A抗原位点724bp基因片段（Sa）的引物,引物两端分别有BamHⅠ和HindⅢ的酶切位点。以感染细胞提取的病毒RNA为模板,经RT-PCR扩增得到目的片段,然后将其克隆到pMD18-T载体上,经蓝白斑筛选和酶切鉴定选择阳性克隆进行序列测定,构建成功的重组质粒命名为pMD18-T-Sa。用DNAstar软件将其与GenBank上的序列进行同源性比较,结果表明,核苷酸同源性为97%以上,氨基酸同源性为93%以上。根据猪传染性胃肠炎病毒Sa基因核苷酸序列绘制的系统进化树,结果表明,试验株与TH-98株亲缘性最近。     

猪传染性胃肠炎病毒四川株的分离鉴定及其S基因的克隆和序列分析

通过核酸类型试验、脂溶性敏感试验，鉴定了1株分离自四川某猪场腹泻病猪粪便的猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）。经电子显微镜观察，可以看到大小约90nm的病毒粒子；通过中和试验，将病毒细胞液与TGEV超免疫血清进行中和反应，显示较高的中和抗体效价。根据GenBank中的TGEV序列，设计了1对包含TGEVS基因1760bp部分片段的引物，经RT-PCR扩增获得了1条约1．8kb的条带，通过低熔点琼脂糖凝胶纯化回收该片段后，将其连接在pMD18-T载体上，转化DH5a大肠埃希氏菌。用双酶切和PCR对重组质粒进行鉴定并测序，经用DNAStar软件进行同源性分析和多重序列比较，TGEV四川株（SC-A）与国外报道的部分TGEV分离株具有高达98．8％的同源性。     

猪传染性胃肠炎病毒TH-98株M蛋白基因的克隆及原核表达

构建了TGEV TH-98株M基因序列的原核表达载体，利用RT-PCR方法从TGEV TH98株中扩增出M蛋白基因，并亚克隆至原核表达载体pGEX-6P-1上，转化大肠埃希氏菌BL21（DE3）pLysS，用IPTG诱导重组菌株表达了融合蛋白。结果表明，从TGETH-98株克隆到了M基因cDNA，该基因全长789bp，与T014株、Purdue株、TFI株和96-1933株的M基因同源性分别为92．37％、98．35％、99．87％和96．96％。SDS-PAGE电泳结果显示，重组表达质粒获得了约57ku的目的带，其中M蛋白的分子质量约为31ku，与预期的结果一致；Western-blotting分析表明，融合表达产物可与TGEV全病毒制备的阳性血清发生反应。证实，TGEV的M基因高度保守，构建的M基因原核表达载体pGEX-6P-TM能在大肠埃希氏菌中获得高效表达。     

猪传染性胃肠炎病毒TH-98株M基因的克隆及序列分析

本研究首次扩增出TGEV国内分离株TH-98株M基因(882bp)，将该片段克隆到pMD18-T载体上，经限制性内切酶鉴定M基因正确插入pMD18-T载体上，命名为pMD18-T-THM。序列测定和分析表明，该片段的核苷酸序列与国外发表的猪传染性胃肠炎病毒T014株、Purdue15株、TFI株、96-133株M基因同源性达到98％以上，氨基酸序列同源性高达97％以上，表明不同来源毒株M基因保守性较高。     

猪传染性胃肠炎病毒陕西株的分离鉴定

从陕西省某猪场临床上表现为腹泻症状的病死仔猪肠道内容物及粪便材料中分离获得1株病毒,采用PK-15细胞培养、理化试验及中和试验鉴定后,证实该分离株为猪传染性胃肠炎病毒(TGEV).克隆分离株N基因,并将该基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他不同来源的TGEV毒株进行比较分析.结果表明,分离株N基因与其他毒株核苷酸的同源性为94,3％～98.3％,氨基酸同源性为95.6％～99.4％.系统进化树结果表明,分离株与TGEV HN2002株(河南株)亲缘关系最近.     

猪轮状病毒GD1株VP7基因的克隆及序列分析

参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD1株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP7基因全长1 062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与国内外已知的13个毒株VP7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,相似性分别为77.4%～100%和78.6%～99.7%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD1毒株与轮状病毒A2,JP3-6毒株亲缘关系较近,为一个进化群。     

猪传染性胃肠炎病毒S基因B和C抗原位点片段克隆序列分析及原核表达

猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S蛋白可诱导中和抗体，是主要保护性抗原，N端抗原位点B和C在猪呼吸道冠状病毒(PRCV)中缺失。体外扩增TGEVS基因B、C抗原位点357bp片段(TS)。核苷酸序列与氨基酸同源性分析表明该片段较为保守。将TS克隆到原核表达载体pGEX-6P-1中，转化大肠杆菌中。经IPTG诱导后，SDS—PAGE分析目的蛋白与谷胱苷肽硫转移酶(GST，大小约为26ku)融合后大小约为40ku，目的蛋白分子量约为13．2ku，优化表达条件后表达量达37．9％。     

猪传染性胃肠炎病毒吉林株的分离鉴定及S基因的克隆与序列分析

利用PK-15细胞从临床上表现为腹泻症状的病死仔猪肠系膜淋巴结材料中分离获得1株病毒,对该病毒进行病毒形态学、PCR检测与动物回归试验等系统鉴定后,证实该分离株为猪传染性胃肠炎病毒(TGEV),命名为TGEVJL。利用PCR方法克隆出其S基因部分片段,并将该基因序列和推导的氨基酸序列与7个不同来源的TGEV毒株进行同源性和亲缘关系的比较分析,结果表明,各毒株间核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.3%～99.3%和94.8%～98.8%;系统进化树结果表明,TGEVJL株与日本分离的TQ14毒株和西班牙分离的TOY56-165毒株亲缘较近,表明不同地区分离毒株的S基因差异不大。     

山羊痘病毒反向末端重复序列的克隆与序列分析

应用PCR方法扩增山羊痘病毒QL、LD、Y、B-株反向末端重复序列片段,将其克隆至pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18-ITR,再将该重组质粒转化DH5α感受态细胞进行培养,对通过PCR、酶切鉴定为阳性的重组菌进行序列测定,并将所得序列与GenBank收录的2株山羊痘病毒、3株绵羊痘病毒全基因序列进行比较分析。结果:所测4个毒株序列与GenBank上收录的山羊痘病毒该片段核苷酸序列的同源性均为100%,与绵羊痘病毒该片段核苷酸序列的同源性均为98.3%。研究结果表明,山羊痘病毒反向末端重复序列与已收录的羊痘毒株之间该片段的同源性非常高,为今后兽医临床上应用PCR方法检测羊痘病毒提供了另一更为特异、保守的基因片段。     

禽流感病毒H9N2亚型分离株HA基因的克隆及序列分析

以禽流感病毒地方株A/chicken/Mudanjiang/ 0 82 3/ 2 0 0 0 (H9N2 )的总RNA为模板 ,用通用反转录引物和自行设计的一对特异性引物 ,采用RT PCR方法扩增了HA基因。测序及序列分析结果表明 :HA基因全长 1 70 7bp ,编码 560个氨基酸残基 ,与GenBank收录的H9N2亚型的核苷酸同源性最高达 99% ,最低为 87 2 3 % ;氨基酸同源性最大达 98 0 4 % ,最低为 88 57%。经HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明 ,CMJ/ 0 0毒株为低致病力毒株     

猪流感病毒H9N2亚型济南株HA、NA基因的克隆与序列分析

根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%～98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%～99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。     

PRRSV缺失变异毒株JL/07/SW M基因克隆与原核表达

根据PRRSV VR-2332毒株核苷酸序列,设计针对M基因的特异引物,以PRRSV JL/07/SW毒株细胞培养物为模板,利用RT-PCR方法,成功扩增出M基因,将该基因与原核表达载体pGEX-4T-1连接,转化大肠杆菌BL-21,经IPTG诱导表达.测序结果表明:M基因全长525 bp,编码175个氨基酸,经同源性比较及进化树分析该毒株属于美洲型.表达产物经SDS-PAGE及Western blot结果证实;PRRSV JL/07/SW毒株GP5基因成功地进行了原核表达,分子量约为43 000,表达的目的蛋白占菌体总蛋白含量的19.8%.     

内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株pol基因的克隆与序列分析

参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株pol基因序列设计了2对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的pol基因片段,将其克隆到PMD19-T载体后测序。应用计算机软件将测定序列与内源性南非代表毒株enJS56A1(AF153615)的pol基因序列比较,核苷酸同源性为99.3%,推导出的氨基酸同源性为95.0%。与外源性南非代表株JSRV-SA(M80216)的pol基因序列比较,核苷酸同源性为99.0%,氨基酸同源性为99.3%。这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒pol基因序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。