基于SSR标记的浙江地方柚类种质资源遗传关系分析

【目的】对浙江地方柚类种质资源进行遗传多样性分析,为其搜集保护和合理利用提供参考。【方法】利用23对SSR引物进行遗传多样性分析并构建种质鉴定图。【结果】23对引物共检测到91个等位变异位点,变异范围为2~7,平均每对SSR引物可检测到4.0个等位位点;23个SSR位点的观察杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.51、0.54和0.47。UPGMA聚类结果显示:18份供试材料在遗传相似性系数为0.71时分成A1~A3、B1、C1和D1共6个组群,其中A1组包括‘四季柚’‘红肉四季柚’和‘佛香柚’等7份种质,A2组包括‘永嘉红心柚2号’‘青田红心柚’和‘木兰柚’3份果肉颜色为粉红色的种质,A3组包括‘处红柚’‘永嘉红心柚1号’‘古磉柚’和‘官南红柚’4份果肉颜色为红色的种质,‘官南土柚’和‘文成红心柚’自成B1和C1组,‘常山胡柚’和‘槾文柑’2个杂种柚类型聚为D1组。【结论】浙江地方柚类种质资源有丰富的遗传多样性,基于AG14、CAG01、CMS-16和CMS-26 4对引物组合构建浙江地方柚类资源的种质鉴定图,可将18份柚类种质进行区分。     

湖南省柚类种质资源的花粉形态研究

应用扫描电镜观察了湖南省47份柚类和5份其他柑橘类的花粉形态,统计了花粉表型性状,结果表明其花粉形态具有十分丰富的多样性。花粉大小和形状差异很大,最大花粉的体积(极轴长×赤道轴长)是最小的2.04倍,大部分材料的花粉为椭球形。除道县野橘花粉表面沟壑满布,无明显网眼和网脊外,其他材料的花粉均呈网状分布,网眼近圆形,大小不一,不同材料的网眼大小和分布密度存在较大差异。除山下红温州蜜柑的花粉多为瘪粒,不易观察外,其他材料的花粉大部分具有4条萌发沟,少数有5条萌发沟,萌发沟沿极轴方向以等距环状分布,沟长直达两极。花粉为长椭球形的材料多为酸柚、酸橙或柠檬等酸度较高的类型,其网眼较大,网脊较宽,萌发孔多嵌在萌发沟内,不太明显;反之亦然。按照花粉表型性状对52份材料进行了聚类分析,在遗传距离1.2处大致分为5个组群。讨论了花粉形态对于湖南省地方柚类分类和遗传多样性研究的参考价值。     

建兰种质资源遗传多样性分析及核心种质构建

研究记录了311份建兰(Cymbidium ensifolium)种质资源的萼片、花瓣、唇瓣颜色以及叶艺、瓣型和唇瓣斑点等质量性状的表型特征,并对其进行赋值和统计分析;利用22对SSR荧光引物对311份建兰种质资源进行PCR扩增,分析其遗传多样性;利用Structure软件分析建兰种质资源的群体结构,采用主成分分析和聚...     

应用SSR荧光标记法构建22个柚类品种的分子身份证

【目的】应用荧光SSR分子标记构建柚类种质分子身份证,用于品种资源鉴定。【方法】收集22份柚类材料,筛选SSR荧光标记引物,采用荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子质量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每份柚材料进行标记。采用个位阿拉伯数字和小写英文字母对不同等位基因分子质量大小进行编码,再按照引物扩增带型数由大到小顺序将各位点赋值编码的数字串联排序,构建供试样品的分子身份证。【结果】筛选出4对多态性较好的引物,使用这4对引物共检测到49个扩增带型和41个SSR等位位点,平均每对引物的有关带型数12.25个、位点数10.25个。【结论】通过扩增带型分析,构建了22份柚类种质的分子身份证,包括12条信息独特的身份证。遗传聚类与分子身份证分析结果一致,为柚类品种鉴定和保护提供了重要依据。     

吉安市柚类种质资源调查初报

吉安市柚类种质资源十分丰富,发展蜜柚生产的气候、土壤等自然条件得天独厚,交通区位优势明显,蜜柚市场前景乐观。通过多年的观察,筛选了丰产稳定、经济性状良好、适宜在吉安市大面积推广种植的桃溪蜜柚、金沙柚、金兰柚和适当发展种植沙田柚、琯溪蜜柚等柚类品种,实现柚类种质的多元化,促进全市柚类产业健康可持续发展。     

中国部分古银杏资源遗传多样性的AFLP分析及核心种质的构建

利用AFLP技术,对来源于全国20个省(区)的180份银杏古树种质进行遗传多样性分析,在此基础上,利用逐步聚类的方法构建核心种质。结果表明,8对AFLP引物组合共扩增出1 646条谱带,多态条带百分率(PPB)为100%;平均观测等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Nei’s基因多样度(H)和平均Shannon’s信息指数(I)分别为2.0000、1.2575、0.1662和0.2746;各种质间的遗传相似系数在0.6904~0.9115之间,平均值为0.7919。建立的银杏古树核心种质保留了原始种质的35%的样品。t检验结果表明,所构建的核心种质遗传多样性指数与原始种质差异不显著,能够最大程度的代表原始种质资源。     

利用SSR结合表型性状构建寒地梨资源核心种质

 遵照核心种质构建的原则,采用SSR分子标记手段,对201份砂梨、白梨、秋子梨和西洋梨资源进行分子标记核心种质构建研究,最终确定核心种质36份。其中包括秋子梨26份,占秋子梨原种质的16.9%;白梨5份,占白梨原种质的50%;砂梨4份,占砂梨原种质的21.1%;西洋梨1份,占西洋梨原种质的11.1%。     

基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质

采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数(I)为0.2036,Nei’s基因多样性指数(H)为0.1168,有效等位基因数(N_e)为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种(种)分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种(种)核心种质,其中Shannon’s信息指数(I)保留率为117%,Nei’基因多样性指数(H)保留率为118%,有效等位基因数(N_e)保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲...     

云南芋种质资源遗传多样性的AFLP分析

 采用荧光标记引物的AFLP分子标记技术, 用筛选出的“3 + 2”引物组合, 对48份云南芋种进行遗传多样性分析, 3对引物共扩增出184个DNA位点, 平均每对引物可检测出56.3个多态性位点,多态性位点高达91.8% , 云南芋种质资源在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。聚类分析表明: 野生种质和栽培种质的亲缘关系较远, 栽培种质基于AFLP标记的分类结果与形态性状基本一致, 少数材料差异较大。     

引进豌豆种质资源遗传多样性分析

以引进的34份豌豆种质资源为试材,采用19个表型性状对其变异性、多样性和主成分分析进行了研究,结合SSR分子标记对其开展遗传多样性分析,以期加速豌豆种子资源研究进程。结果表明:19个性状在不同材料之间存在显著差异,平均变异系数为45.05%,平均遗传多样性指数为0.95;前7个成分占表达信息量的74.807%,其中第1主成分占表达信息量的18.350%,且第1主成分在脐色、粒色、叶面积、茎粗和花色等性状呈现较高的载荷量;表型性状分析将34份材料分成8类;分子标记研究结果显示,118对SSR引物共筛选出25对具有稳定多态性条带,共检测115个差异位点,每对引物平均4.6个,有效等位变异数为1.6944,有效等位变异所占比重为40.17%,Shannon信息指数为0.5941。运用NTSYS软件进行聚类分析,34份材料遗传相似系数(GS)为0.461~0.860,平均0.661,SSR标记分析引进的34份材料也被分为8类,2种分类方法呈现显著正相关(R=0.9013,P=0.1011>0.050)。该研究利用SSR分子标记从分子水平上揭示豌豆种质资源遗传背景和亲缘关系,可为今后豌豆资源的利用提供重要参考依据。     

Construction and evaluation of a primary core collection of apricot germplasm in China

As the origin center of apricots, China has the richest apricot germplasm resources. The establishment of core collections is very important for a better evaluation and utilization of apricot germplasm. In this study, 1501 apricot accessions from the initial collections in China were used to sample and establish a primary core collection. Data of 18 traits including both quantitative and qualitative were collected and used to design sampling strategy. The overall sampling strategy includes principles for grouping, sampling proportion within group and sampling method from each group. Three sampling proportions 5%, 10% and 15% were used in the study. Our results suggest that 10% was the best entire sampling ratio for primary core collection of apricots. With 10% entire sampling ratio, the optimal sampling strategy was to group samples based on their growing regions, in combination with logarithmic sampling proportion within each group. Using this sampling strategy, we have established a primary core collection with 150 accessions, and the primary core collection can well represent the genetic diversities of the entire collection. The genetic diversity of the apricot primary core collection was further analyzed using Simple Sequence Repeats (SSRs) molecular marker technique. A total of 22 polymorphic specific primers were developed and 196 alleles were detected. The average number of alleles in each locus was 8.9, suggesting that there were very rich genetic variances among the prime core collection. This also confirms that our primary core collection is a good representation of the genetic diversities of the whole collections at DNA level.     

梨抗黑星病基因的AFLP分子标记

为了解梨黑星病抗性遗传规律并为梨黑星病抗性育种早期选择提供理论依据,以新苹梨(梨黑星病抗性品种)×雪花梨(梨黑星病易感品种)的杂交后代为试材,进行了田间自然感病和棚内接种梨黑星病(Venturia nashicolaTanak et Yamamota)病菌后的抗性调查,并进行了AFLP分子标记的研究。结果表明,棚内接种梨黑星病菌后,杂交后代抗感分离规律符合双假测交的遗传规律;研究建立的AFLP分子标记体系可以用于梨黑星病的抗性基因标记,并初步找到了与梨黑星病抗性基因相关的分子标记。     

甜瓜分子标记纯度鉴定研究

以2个甜瓜品种西域雪1号、西域雪2号及其亲本为试材,建立并优化了单粒种子DNA快速提取法和适合甜瓜的RAPD、SSR分子标记杂交种纯度鉴定体系。从100条随机引物中筛选出G17用于西域雪2号纯度鉴定,可有效区分母本和杂交种。从19对SSR引物中筛选出9对稳定扩增、多态性丰富的引物构建西域雪1号、西域雪2号的SSR指纹图谱。SSR分子标记用较少引物即可扩增出品种特异性条带,且多数F1代带型呈双亲互补,非常适合种子纯度鉴定。同时,使用高浓度、非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,条带更清晰,可区分只相差1个碱基的扩增片段,同RAPD相比,SSR分子标记更适合甜瓜杂交种纯度快速鉴定。     

SSR与AFLP标记在甜瓜连锁图谱上的分布

利用3-2-2×TopMark杂交组合,得到152株重组自交系群体,构建甜瓜分子遗传图谱。该图谱包括71个SSR标记和94个AFLP标记,由17个连锁群构成,覆盖基因组总长度1 222.9 cM,标记之间平均距离为7.41 cM。筛选了428对SSR分子标记（其中360对为EST-SSR引物,68对为g-SSR引物）,得到94对具有多态性的SSR标记,其片段大小在150～300 bp之间,多态性比例占21.29 %;筛选了256对EcorI/MseI AFLP引物组合,得到22对AFLP多态性引物,共含有146个AFLP多态性位点,其片段大小在100～600 bp之间。SSR标记较平均的分布在染色体上,AFLP标记在LG1、LG12及LG14上出现聚集现象。     

DNA标记技术在梨属植物研究中的应用

综述了几种常见的DNA标记如RFLP、RAPD、SSR、AFLP和SCAR在梨属植物研究中的应用以及所取得的进展。DNA标记技术主要在梨属植物的品种鉴别、亲子关系鉴定、分类和系统关系研究、遗传图谱构建与标记辅助育种等研究领域中得到了广泛的应用。还对各种标记的特点和在梨属植物研究中的应用范围做了总结,期望为今后研究中合理选择适宜的标记技术提供参考。     

我国核桃组(Sect.Juglans)种质资源的SSR标记分析

为从基因水平对我国核桃组资源的遗传多样性进行分析,用9对SSR引物对核桃组中29份核桃(Juglansregia L.)样品、2份铁核桃(J.sigillata D.)样品、4份J.sigillataD.×J.regiaL.样品进行扩增,共检测出等位基因47个,每个位点扩增3～9个等位基因,平均5.2个。9个SSR位点的PIC值在0.3188～0.7902,平均为0.6357。35个样品在9个SSR位点上有杂合位点1～6个,样品的杂合度在0.11～0.67,平均0.35。采用UPGMA方法进行聚类分析,35个样品可以分为4组。其中陕西晚实核桃与华北核桃聚为一类,陕西早实核桃聚为一类再与新疆核桃聚为一组,表明秦巴山地核桃可能属于华北和新疆2个地理生态型。铁核桃与西藏核桃聚为一组,说明铁核桃与西藏核桃的亲缘关系较近,认为铁核桃和西藏核桃作为核桃种下的一个生态类型可能更为合适。     

Exploitation of SSR,SRAP and CAPS-SNP markers for genetic diversity of Citrus germplasm collection

The present study was to assess informativeness and efficiency of three different molecular markers for genetic diversity among 24 Citrus and its relative species. Sixty one SSR, 33 SRAP and 24 CAPS-SNP markers were used to evaluate the level of polymorphism and discriminating capacity. A total of 596, 656 and 135 polymorphic amplicons were observed in SSR, SRAP and CAPS-SNP markers with average polymorphism information content (PIC) of 0.97, 0.98 and 0.89, respectively. High levels of polymorphism were recorded for SSR and SRAP compared with CAPS-SNP markers. The highest correlations (r = 0.930) were obtained between SSR and SRAP markers, whereas SSR and CAPS-SNP were poorly correlated (r = 0.833). Cluster analysis was performed to construct dendrograms using UPGMA. And the dendrogram from SSR data was most congruent with the general dendrogram. These findings provide basis for future efficient use of these molecular markers in the genetic analysis of Citrus and its relatives.     

AFLP分子标记在果树上的应用

AFLP（扩增片段长度多态性）是一种新的DNA分子标记技术。该文主要对其基本原理进行了简要介绍,并从果树种质资源、果树遗传育种等方面,概述了AFLP标记在果树上的应用进展,评述了其存在的问题和应用前景。     

Comparative analysis of genetic diversity in Tunisian apricot germplasm using AFLP and SSR markers

Eighty-one accessions representing apricot germplasm in Tunisia were collected from different areas of cultivation and fingerprinted using amplified fragment length polymorphism (AFLP) and microsatellites (SSR) markers. A total of 339 polymorphic markers were revealed using 5 AFLP primers combinations and 24 SSR loci. AFLP and SSR markers expressed a high level of polymorphism allowing the distinction of the accessions with an efficiency coefficient of discrimination of 100% for AFLP and 97% for SSR markers. Genetic diversity structure was assessed with AFLPs and SSRs markers separately then with combined matrix data by the help of hierarchical clustering elaborated using Wards method based on Nei and Li (1979) distances. Comparison of the obtained dendrograms revealed a phylogeographic structure into two major groups with significant conservation between the observed subgroups in relation with the geographic origin of the accessions. The relative efficiency of the markers in determining the genetic relationships among apricot accessions has been assessed and a combination of AFLPs and SSRs markers was the most effective. In addition, Mantel test based on genetic distances indicated highly significant correlation between AFLP-SSR data and each of the AFLP and SSR ones, with Pearson correlation values of r = 0.873 and r = 0.692, respectively, revealing the higher efficiency of the combination of both molecular techniques (AFLP and SSR) to estimate the levels of genetic variability among apricot germplasm.     

菠萝种质鉴定及亲缘关系的AFLP分析

从FISH-AFLP试剂盒(PSTI/MseI型)64对引物中,筛选出8对AFLP选择性引物P-GAA/M-CTA、P-GAC/M-CTG、P-GAC/M-CTT、P-GAG/M-CAT、P-GAG/M-CTA、P-GAT/M-CAT、P-GAT/M-CTA、P-GAT/M-CTC,对39份菠萝种质进行了AFLP分析,都得到了清晰的多态性指纹图谱。8对引物共获得454个遗传位点,其中多态性位点332个,多态性比例平均为73.1%。UPGMA聚类表明,各种质间的相似系数为0.73～0.98,说明39份菠萝种质遗传关系相对较近。依相似系数0.80的水平,将供试的39份菠萝种质分为4类。研究结果可以作为菠萝分类的理论依据和基础。