水产动物源嗜水气单胞菌药物敏感性及QRDR基因突变分析

为了解临床分离的59株嗜水气单胞菌对喹诺酮类药物的耐药性及其靶基因gyrA和parC编码的喹诺酮类耐药决定区(QRDR)的突变情况。采用纸片琼脂扩散法测定15种抗菌药物对水产动物源嗜水气单胞菌的耐药情况,采用PCR法扩增gyrA和parC,并通过测序分析其靶基因突变情况。结果表明:24株(40.7%)嗜水气单胞菌对喹诺酮类药物耐药,其中对萘啶酸、诺氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星的耐药率依次为40.7%、16.9%、20.3%、8.5%。敏感菌株QRDR靶位点未发生突变,24株喹诺酮类耐药菌株中gyrA基因编码的第83位氨基酸均存在Ser→Ile突变;19株菌parC基因编码的第87位氨基酸也发生突变,其中18株为Ser→Ile突变,1株为Ser→Arg突变,有5株未检测到突变;ParC亚基氨基酸突变的菌株其GyrA亚基均同时发生氨基酸突变。表明临床分离的嗜水气单胞菌对喹诺酮类药物耐药程度不一,其中萘啶酸的耐药最为严重,诺氟沙星、氧氟沙星和环丙沙星敏感性较高。喹诺酮类耐药菌株GyrA亚基QRDR氨基酸突变,可能是引起萘啶酸耐药的主要原因。临床分离嗜水气单胞菌QRDR区域的突变具有随机性,但靶位点GyrA的Ser83→Ile以及ParC的Ser87→Ile是最主要的突变方式,另外喹诺酮类药物耐药性的产生可能还与其他耐药机制存在关联。     

嗜水气单胞菌对氟喹诺酮类药物的敏感性及耐药相关基因分析

为明确嗜水气单胞菌临床分离株对常用氟喹诺酮类药物的敏感性和耐药菌株中gyrA和parC基因的突变情况。试验采用自动化细菌药敏分析仪测定4种常用氟喹诺酮类药物对23株鱼源嗜水气单胞菌的最低抑菌浓度,并依据耐药数目的不同选取9株嗜水气单胞菌,PCR扩增其gyrA及parC基因的喹诺酮抗性决定区(QRDR),直接测序后进行多序列比对分析。结果显示:嗜水气单胞菌对诺氟沙星、氧氟沙星、恩诺沙星和环丙沙星的耐药率依次为8.7%、30.4%、73.9%和43.5%;序列分析发现gyrA基因编码的第83位氨基酸存在Ser→Ile、Ser→Val的突变,parC基因编码的第87位氨基酸同样存在Ser→Ile的突变。表明临床分离的嗜水气单胞菌对恩诺沙星耐药最为严重,氧氟沙星、环丙沙星次之,对诺氟沙星较为敏感;尽管绝大多数耐药菌株的药物靶位基因QRDR区域有突变发生,但是菌株的耐药性与药物靶位基因QRDR区域有无发生突变并不存在线性关联,提示我们药物靶位的变化并非是氟喹诺酮类耐药菌株唯一的抗性机制。     

连翘酯苷A对嗜水气单胞菌耐恩诺沙星的延缓效果及其外排作用

[目的]明确连翘有效成分延缓嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)对恩诺沙星的耐药性及其对药物主动外排作用中耐药节结化细胞分化家族(RND)相关基因表达的影响,为明确连翘延缓氟喹诺酮类药物耐药性的有效成分及揭示其延缓机制提供参考依据.[方法]观测连翘提取液及其与恩诺沙星联合作用对嗜水气单胞菌耐药菌株生长的影响,测定连翘有效成分(连翘苷、连翘酯苷A和连翘酯苷B)作用于嗜水气单胞菌前后的最小抑菌浓度(MIC),并利用实时荧光定量PCR检测连翘脂苷A作用于嗜水气单胞菌耐药菌株后RND相关基因(aheA、aheB和aheC)的表达变化.[结果]连翘提取液与64μg/mL恩诺沙星联合作用下,连翘提取液对嗜水气单胞菌耐药菌株的MIC为3.12μg/mL;在MIC和2MIC的条件下,连翘提取液与恩诺沙星联合作用能有效抑制嗜水气单胞菌耐药菌株的生长,24 h内未见明显的生长趋势.连翘的3种有效成分对嗜水气单胞菌耐药菌株均表现出抑制作用,在1.00μg/mL浓度条件下,连翘脂苷A的整体抑制效果较连翘苷和连翘脂苷B的效果更好.以1.00μg/mL连翘脂苷A作用于嗜水气单胞菌耐药菌株后,aheA、aheB和aheC基因均呈不同程度的下调表达,其中aheA基因的相对表达量较连翘脂苷A作用前显著下降(P<0.05).[结论]连翘提取液与适宜浓度的恩诺沙星联合使用对嗜水气单胞菌有明显抑制效果,同时能延缓嗜水气单胞菌的耐药性,其中又以连翘脂苷A对RND主动外排系统的抑制作用最明显.     

我国耐喹诺酮类嗜水气单胞菌毒力基因及耐药基因检出情况的系统评价

【目的】了解我国耐喹诺酮类致病性嗜水气单胞菌主要毒力基因及引起耐药基因的突变情况,为致病性嗜水气单胞菌的防治及毒力基因和耐喹诺酮类药物机制的研究提供参考依据。【方法】通过计算机检索中国知网(CNKI)数据库、万方数据库、维普(VIP)中文科技期刊数据库、读秀知识库等,检索时限均从建库至2016年4月,查找收集有关嗜水气单胞菌对喹诺酮类药物耐药机制研究及其毒力基因、致病机理的相关文献,采用Cochrane协作网发布的RevMan 5.3进行常规Meta分析,以加拿大卫生药品技术总署编写的ITC软件进行间接比较Meta分析。【结果】最终纳入31篇文献,其中有19篇检测了致病菌株的毒力基因,含457株菌株;11篇检测了致病菌株的耐药基因,共101株菌株;8篇检测了耐药菌株的耐药基因突变位点,共88株菌株。我国致病性嗜水气单胞菌毒力基因的检出率为:astA基因91.30%、altA基因80.42%、aerA基因72.77%、hlyA基因66.85%、actA基因62.13%、ahpA基因56.18%、ahaI基因53.04%。淮河以北地区主要以hlyA基因为主,检出率(67.31%)显著高于淮河以南地区(P<0.05,下同),且高于全国平均检出率;淮河以南地区主要以actA基因为主,检出率(93.59%)显著高于淮河以北地区,也高于全国平均检出率。质粒介导的耐药基因检出率为:qnrB基因50.00%、qepA基因32.00%、qnrS基因27.91%、qnrA基因6.98%、qnrC和qnrD基因未检出。 gyrA83位点单突变检出率显著高于gyrA83、parC87双位点突变检出率[OR=0.49,95% CI(0.08,3.09),P=0.008]。【结论】我国致病性嗜水气单胞菌的分子检测方法为:淮河以南地区以毒力基因actA和aerA为致病性强的判断标准,淮河以北地区以毒力基因hlyA和aerA为致病性强的判断标准。目前我国耐喹诺酮类嗜水气单胞菌的基因突变位点主要是gyrA83单位点突变和gyrA83、parC87双位点突变。     

嗜水气单胞菌临床分离菌对抗菌药物的耐药性调查

摘[目的]了解嗜水气单胞菌的耐药性。[方法]从不同水生动物体内分离、鉴定出120株嗜水气单胞菌,采用纸片扩散法研究其对18种药物的耐药性。[结果]120株嗜水气单胞菌对阿米卡星和多西环素的耐药性较低,而对其他药物的耐药性均较强,其中,对p内酰胺类药物的耐药率为38％～90％;氨基糖苷类药物中,嗜水气单胞菌对阿米卡星的耐药率小于100k,而对其他药物的耐药性均较强;其他类药物中,对多西环素、环丙沙星和氧氟沙星的耐药率小于50％,而对其余药物的耐药率均在50％～77％〈之间;嗜水气单胞菌对阿米卡星、多西环素、环丙沙星和氧氟沙星的中介率较高。[结论]水生动物嗜水气单胞菌对抗菌药物具有较强的耐药性。     

水产养殖过程中嗜水气单胞菌对喹诺酮药物的敏感性及耐药基因分析

对养殖水体中的嗜水气单胞菌进行选择性分离,分析其对不同抗生素药物的敏感性。采用PCR方法对耐药株的耐药基因gyrA、qnrA和qnrS进行检测。结果表明,嗜水气单胞菌对喹诺酮药物的敏感性最强,这与喹诺酮药物的过度使用密切相关。通过对耐药性嗜水气单胞菌和敏感性嗜水气单胞菌的耐药基因扩增结果对比,发现耐药基因gyrA的检出率最高。该研究结果可为水产养殖过程中嗜水气单胞菌的耐药性检测及抗生素的合理使用提供分子生物学依据。     

一株新型嗜水气单胞菌拮抗菌的筛选及鉴定

从草鱼养殖池塘的水样及底泥样品中筛选对嗜水气单胞菌有拮抗作用的菌株,初步研究其抑菌效果,为水产养殖过程中嗜水气单胞菌的生物防治提供菌株资源.以嗜水气单胞菌为指示菌,采用点喷法进行拮抗性菌株初筛,采用牛津杯法进行复筛;通过细菌形态观察、生理生化特性试验、16SrDNA基因测序和系统发育分析,对筛选菌株进行分类鉴定.得到1株对嗜水气单胞菌有明显抑制作用的拮抗菌株WM-1,抑菌圈直径达21.8mm,经鉴定为甲基营养型芽孢杆菌(Bacillus methylotrophicus).该菌筛选得到的拮抗菌WM-1,对嗜水气单胞菌抑制效果显著,为进一步研究其抑菌机理提供了菌种资源.     

嗜水气单胞菌ERIC-PCR指纹图谱多样性研究

对采集自江苏、河南、福建等地淡水养殖区域的105株嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了基因分型,并探讨嗜水气单胞菌的基因型与区域分布及生态位的关联性。该实验以ERIC-PCR技术进行分型,应用Quantity one 4.6对电泳图谱进行分析,采用非加权配对法(UPGMA法)做遗传分析的树状图。结果表明,105株嗜水气单胞菌可分为28个基因型。其中,XV基因型的菌株相对最多,Ⅳ、Ⅺ、ⅩⅫ、ⅩⅩⅤ、ⅩⅩⅥ、ⅩⅩⅦ和ⅩⅩⅧ基因型的菌株相对最少。生态位背景来源相似的菌株有聚类趋势。此外,不同地域、不同生态位的嗜水气单胞菌也可能聚为同一种基因型。由此推断嗜水气单胞菌的基因型可能与生态位及地理位置有一定的关联性。     

三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验

选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。     

体外药动模型中恩诺沙星对嗜水气单胞菌的药动及药效研究

为降低嗜水气单胞菌耐药菌株的产生速度,延长恩诺沙星在水产动物上的应用年限,通过建立体外模型的方法,研究恩诺沙星对嗜水气单胞菌的药动-药效(PK-PD)参数。在消除半衰期为100h的模型内,2MIC(最小抑菌浓度)的恩诺沙星对嗜水气单胞菌能够抑制6h,6h后细菌出现再生长;4、8和16MIC对嗜水气单胞菌能够起到持续的抑制作用。在消除半衰期为168h的模型内,2MIC的恩诺沙星对嗜水气单胞菌能够抑制6h,6h后细菌出现再生长;4、8和16MIC对嗜水气单胞菌能够起到持续的抑制作用。结果表明,当AUC0→24/MIC>75.24±13.24,Cmax/MIC>4.10±0.12时,恩诺沙星对嗜水气单胞菌能够起到持续的抑制作用。     

7株猪圆环病毒2型福建分离株全基因组序列分析

根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年从福建省部分发病猪场分离鉴定的7株PCV2的全基因序列并进行比对分析.结果表明:7株PCV2基因组全长1767 bp,与GenBank上发表的17株PCV2参考毒株的同源性为94.7%-99.5%;7株PCV2分离株之间的全基因同源性高达98.4%-99.5%;7株PCV2 ORF2编码蛋白均具有很强的亲水性和抗原性,其核苷酸及推导的氨基酸同源性高达98.9%-99.7%和97.9%-99.6%,与参考毒株的同源性分别为91.1%-99.7%和85%-100%,存在一定的差异.可见,7株PCV2在基因水平上差异不显著,在地域分布上也没有明显差异.     

蒿属植物叶绿体基因组特征及进化

蒿属植物具有重要的药用和经济价值,开展蒿属物种叶绿体基因组研究,为我国蒿属植物的分类鉴定和资源利用提供借鉴。基于29个蒿属物种叶绿体基因组序列,采用REPuter、MISA、DNASP和IQ-TREE等生物信息学软件,比较叶绿体基因组特征、序列重复和结构变异,并对蒿属物种系统发育进行分析。结果表明,蒿属叶绿体基因组均由大单拷贝(LSC)区、小单拷贝(SSC)区和1对反向重复(IRs)区构成,基因组序列长度150 858～151 318 bp, GC含量相近。所有蒿属叶绿体基因组均注释到114个unique基因,包含80个蛋白编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。蒿属叶绿体基因组长重复序列主要由正向重复和回文重复构成,长度30～49 bp。简单重复序列(SSR)主要由A/T碱基构成,其中单碱基重复最多,其次为四碱基重复。RSCU(相对同义密码子使用度)值大于1的30个高频密码子中,13个以A结尾,16个以T结尾。蒿属植物叶绿体基因组结构高度相似,未检测到基因重排或倒置事件。检测到11个核苷酸变异值P_i>0.007的高变区,其中8个位于LSC区,3个位...     

乳苣叶绿体基因组特征及其系统发育分析

乳苣（Mulgedium tataricum）为菊科（Compositae）乳苣属（Mulgedium）植物,该物种含有天然黄酮类化合物,具有清热解毒、抗肿瘤、抗氧化等作用。叶绿体基因组中含有大量功能基因,在物种鉴定及系统发育中具有重要作用。采用高通量测序技术获得乳苣全长叶绿体基因组序列,并与NCBI已公布的32个菊科物种及拟南芥（Arabidopsis thaliana）的叶绿体基因组进行了系统发育分析。结果显示,乳苣叶绿体基因组大小为152 401 bp,呈现出典型的环状四分体结构,其包含有一对反向重复序列区（IRa和IRb）、大单拷贝区（LSC）和小单拷贝区（SSC）,它们的长度分别为25 010、83 833和18 548 bp。共注释得到132个基因,其中包含8个rRNA基因、37个tRNA基因和87个mRNA基因;SSR位点分析发现,基因组序列中含有21个散在重复序列和197个串联重复序列。边界分析表明,乳苣与其他5个菊苣族物种在边界基因上存在一定差异,且6个菊苣族物种在IR/SC区出现明显扩张和收缩。系统进化分析将菊科14个属的33个物种被聚为两个分支：第一分支包括乳苣属（Mulgedium）、莴苣属(Lactuca)、蒲公英属(Taraxacum)、苦苣菜属(Sonchus)、香青属(Anaphalis)、火绒草属(Leontopodium)、茼蒿属(Chrysanthemum)、蒿属(Artemisia)、紫菀属(Aster)和向日葵属(Helianthus),其中乳苣属和莴苣属的亲缘关系最近;第二分支包括蓟属（Cirsium）、红花属（Carthamus）、风毛菊属（Saussurea）和苍术属（Atractylodes）。研究结果为乳苣属植物的物种鉴定、系统进化及资源开发利用等奠定新的证据和材料基础。     

动物双歧杆菌基因组的研究进展

动物双歧杆菌是一种常用的益生双歧杆菌菌株,常以益生菌的形式添加到乳制品和其他食品中。该研究就动物双歧杆菌基因组的最新研究进展、重要功能基因和比较基因组进行了综述,以期进一步推广应用该菌株。     

The Trypanosoma cruzi proteome

To complement the sequencing of the three kinetoplastid genomes reported in this issue, we have undertaken a whole-organism, proteomic analysis of the four life-cycle stages of Trypanosoma cruzi. Peptides mapping to 2784 proteins in 1168 protein groups from the annotated T. cruzi genome were identified across the four life-cycle stages. Protein products were identified from >1000 genes annotated as "hypothetical" in the sequenced genome, including members of a newly defined gene family annotated as mucin-associated surface proteins. The four parasite stages appear to use distinct energy sources, including histidine for stages present in the insect vectors and fatty acids by intracellular amastigotes.     

基于ovine SNP 50K芯片对策勒黑羊繁殖和抗逆性状的遗传性分析

为筛选出策勒黑羊种质资源繁殖和抗逆性状分子标记和相关基因，本研究以100只无亲缘关系的策勒黑羊为研究对象，基于Illumina ovine SNP 50 K bead chip进行基因分型；用Plink1.90对基因组数据进行质量控制；对有效SNPs计算哈代-温伯格值，选择从小到大排列后前1%的分子标记，参考绵羊基因组(Oar＿v4.0)进行注释，对注释到的基因进行GO和KEGG分析。结果表明：1)共获得480个SNPs, 417个候选基因，其中，繁殖性状基因13个、抗逆性状相关基因30个；2)繁殖性状相关的基因有SOX9、GTF2A1、GNAQ等，抗逆性相关的基因有TMEM154、ZNF70、CREB3L2等。综上，本研究解析了策勒黑羊繁殖和抗逆性状基因的遗传规律，特别是对抗逆性相关候选基因研究，发现策勒黑羊群体携带抗肺炎相关的分子标记，为策勒黑羊保种和改良提供了分子水平的参考。     

2株狂犬病街毒株全基因组测序及分子进化研究

利用RT-PCR方法,对梅花鹿源(DRV)和鼠源(MRV)2个狂犬病毒街毒株进行全基因组测序,获得2个毒株全基因组序列(GenBank登录号分别为DQ875051和DQ875050).DRV和MRV毒株全基因组分别与具有代表性的毒株全基因组进行N、P、M、G、L基因的核苷酸和氨基酸同源性比较.不同毒株的全基因组构建的分子系统进化树表明,DRV和MRV分属2个进化支.DRV与Ni-CE、RC-HL和SRV9的亲缘关系最近;MRV与HEP-Flury的亲缘关系最近,并与HHV-RAB-H街毒株同属一个进化支.     

嗜水气单胞菌对盐酸多西环素的耐药性获得与消失速率研究

在离体条件下测定了从人工养殖的斑点叉尾蛔患病鱼体上分离的嗜水气单胞菌（Aerowtonas hydrophila）的4个菌株对盐酸多西环素耐药性获得与消失的速率。结果表明：以25℃条件下培养72h为1代,在含有盐酸多西环素的药物培养基中连续传代9次后,盐酸多西环素对A．hydrophila的最小抑制菌浓度（MIC）上升了31倍,MIC由0．05mg／L上升至1．56mg／L;而将已经获得高耐药性的菌株以穿刺法接种在不合药物的BHI（Difco）琼脂培养基中,以4℃条件下保存20d为1代,连续传代5次,供试菌株的耐药性呈现逐渐消失的趋势,至第5次传代后,其MIC由1．56mg／L下降至0．10mg／L。     

天蓝冰草和八倍体小冰麦对大麦黄矮病毒抗性的研究

 本文对天蓝冰草的两个变种——蓝色变种、茸毛变种，6种八倍体小冰麦——中1、中2、中3、中4、中5（中4无芒）和苏联多年生小麦及其亲本进行了抗大麦黄矮病毒（BYDV）的研究。试验中使用了GAV、GPV和PAV等3个BYDV株系。试验分别在温室和田间进行。结果表明，天蓝冰草的两个变种对BYDV免疫；6种八倍体小冰麦对BYDV都有抗性，其中中3、中4、中5和苏联多年生小麦高抗BYDV，中1和中2的抗性低于上述4种。在相同条件下，八倍体小冰麦的亲本小麦对BYDV均无抗性，说明八倍体小冰麦的抗性均来自天蓝冰草。 由于已知八倍体小冰麦中1和中2带有基本相同的天蓝冰草染色体组，而中3、中4和中5带有相同的天蓝冰草染色体组，苏联多年生小麦携带的天蓝冰草染色体组既不同于中2的，也不同于中3的，可能是另一个天蓝冰草染色体组。所以可以推测天蓝冰草对BYDV的抗性是由分布在3个染色体组中的多基因控制的。但3个染色体组所决定的抗性水平不同，其中的两个染色体组，即中3、中4、中5所携带的天蓝冰草染色体组和苏联多年生所携带的天蓝冰草染色体组抗性水平较高。另一个染色体组，即中1和中2所携带的天蓝冰草染色体组抗性水平较低。     

河南省鸡致病性大肠杆菌耐药性质粒的研究

对河南省32个县市的93株鸡致病性大肠杆菌进行耐药性质粒的分析,并对其中12株100%耐庆大霉素(GM)的菌株进行耐药质粒的转化试验,成功获取了2个转化子。质粒检测结果表明:93株鸡致病性大肠杆菌可以分为49种质粒图谱类型,质粒电泳条带最多6条,最少1条,其中质粒图谱为1条条带的菌株占测试菌株的45.16%;同一地区、同一鸡场菌株的质粒图谱相同或相似,不同地区菌株的质粒图谱不同,但它们之间会有相同或相近的少量流行质粒存在。质粒转化结果表明:同一质粒可编码1个至数个抗药性基因,不同质粒可以携带相同或不同的抗性基因,证明了质粒可以传递多种耐药性,细菌的抗药性与抗药性质粒的转移有很大关系。