暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析

采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。     

3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析

由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。     

贵州省东方蜜蜂微卫星DNA遗传分化与遗传多样性分析

利用31个微卫星位点对贵州全省的东方蜜蜂进行分析.结果表明:贵州省东方蜜蜂遗传分化系数(FST)为0~0.03,没有发现贵州省东方蜜蜂发生遗传分化.贵州省东方蜜蜂微卫星平均期望杂合度为0.434 5±0.055 0,平均观察杂合度为0.419 6±0.011 4,平均等位基因数为5.56±4.34,平均有效等位基因数为2.693 0±2.113 5,平均香农指数为0.873 5±0.797 1.贵州省东方蜜蜂微卫星遗传多样性高于全国东方蜜蜂的平均水平.本文研究结果对了解我国东方蜜蜂遗传结构、遗传分化和遗传多样性水平具有重要的价值,对指导贵州省东方蜜蜂遗传资源保护与利用提供理论依据.     

咸淡水培育暗纹东方纯仔鱼试验研究

利用已处理的池塘水、地下水混合成盐度为4～6的咸淡水培育暗纹东方纯仔鱼,通过静水充气法培育,发现刚出膜3d的仔鱼能忍受从淡水至盐度6的突然变化,平均全长12mm的稚鱼能忍受从盐度6至淡水的突然变化,培育的稚鱼无毒或弱毒,处理后的咸淡水对河纯仔鱼和稚鱼无毒、安全,且提高其成活率,使稚鱼间的相互残食习性推迟和减轻.     

文昌鸡群体遗传多样性的微卫星分析

利用10对来自鸡不同染色体的微卫星引物序列,对文昌鸡46个样本（雌雄各半）进行了遗传多样性检测。结果表明：该群体平均多态信息含量为0．808,平均观察杂合度为0．351,平均期望杂合度为0．841,平均等位基因14．6个,表明海南文昌鸡群体遗传变异较大,遗传多样性较为丰富。研究结果为文昌鸡品种资源合理保护与开发利用提供了科学依据。     

利用微卫星标记分析云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体遗传多样性及遗传分化

利用21对微卫星标记对来自于腾冲、无量山、迪庆、武定、泸水、西双版纳6个云南东方蜜蜂Apis cerana群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各东方蜜蜂群体遗传多样性和各群体间遗传分化.各座位的等位基因数为4(AP313)至18(AT003).除迪庆群体外,其余群体均显示较高水平的期望杂合度,其中,武定群体最高,为0.696;迪庆群体最低,为0.367.各东方蜜蜂群体间存在极显著的遗传分化,平均分化系数Fst为0.264.云南6个东方蜜蜂群体的遗传分化显著,除迪庆群体外,其余5个群体遗传多样性较高;分析遗传分化与地理距离的关系发现,云南6个东方蜜蜂群体间的遗传分化与地理距离不存在显著相关.     

暗纹东方中BAFF基因相关序列的性质探讨

[目的]为探索暗纹东方基因组中是否存在BAFF基因。[方法]通过比对人、小家鼠、野猪、原鸡的BAFF基因cDNA序列,获取高度保守的同源片断。根据红鳍东方基因组文库序列设计引物,从野生暗纹东方肌肉样品中提取总DNA进行PCR扩增,并进行PCR产物的克隆与测序。[结果]通过PCR扩增获得3条特异性条带,大小分别为542、349、221 bp。在红鳍东方基因组文库中未找到与542 bp序列匹配的片段。349和221 bp序列在暗纹东方和红鳍东方中是保守的。暗纹东方与红鳍东方序列比对结果表明,碱基突变的主要方式为插入或缺失。[结论]3个扩增条带为BAFF基因相关序列的可能性较小。在鱼类生物体中很可能不存在与哺乳类、鸟类BAFF同源基因。     

暗纹东方魨中BAFF基因相关序列的性质探讨

[目的]为探索暗纹东方魨基因组中是否存在BAFF基因。[方法]通过比对人、小家鼠、野猪、原鸡的BAFF基因cDNA序列,获取高度保守的同源片断。根据红鳍东方魨基因组文库序列设计引物,从野生暗纹东方纯肌肉样品中提取总DNA进行PCR扩增。并进行PCR产物的克隆与测序。[结果]通过PCR扩增获得3条特异性条带,大小分别为542、349、221bp。在红鳍东方魨基因组文库中未找到与542bp序列匹配的片段。349和221bp序列在暗纹东方能和红鳍东方纯中是保守的。暗纹东方魨与红鳍东方魨序列比对结果表明,碱基突变的主要方式为插入或缺失。[结论]3个扩增条带为BAFF基因相关序列的可能性较小。在鱼类生物体中很可能不存在与哺乳类、鸟类BAFF同源基因。     

人工养殖条件下暗纹东方纯的生长发育特性

对连续3年人工养殖的暗纹东方纯的体重、体长、肝重、肝体系数、性腺系数和肥满度等指标进行分析,并用体长、体重相关式W=aL^b进行拟合,研究其生长、发育情况．结果表明：池养暗纹东方鲍体长与体重的相关式为w=O．0557 L2.9029,性成熟前肝脏与体长的相关式为W=O．0033L3.1875,肥满度为O．05&#177;0．01,明显高于野生暗纹东方鲍．通过对性腺系数和肝体系数的分析得出,池养暗纹东方鲍如果培育良好,性腺能较好地发育．     

东北地区东方蜜蜂遗传分化和多样性分析

调查我国东北地区东方蜜蜂Apis cerana,分析其遗传分化并探讨隔离机制,明确东北东方蜜蜂种群遗传特征和多样性水平,探究蜜蜂种群遗传分化和遗传多样性相关规律,建立并完善东方蜜蜂种群遗传学。利用33个形态标记和38个微卫星DNA标记,对东北7个样点共461群东方蜜蜂及北京平谷、浙江金华、四川平昌、海南儋州外群作遗传分化、遗传特征和遗传多样性分析。形态标记、微卫星DNA标记分析结果均显示,分布于长白山山脉抚松、安图、敦化、本溪、宽甸东方蜜蜂聚为同一种群。长白山种群肘脉指数、翅长、第五背板绒毛带长、第四腹板长等形态指标数值较高。微卫星各位点等位基因以1、2种为主,频率达80%以上的21个。遗传多样性结果显示,长白山种群的观察杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等数值较低。东北地区东方蜜蜂主要分布在吉林、辽宁长白山山区,形成长白山东方蜜蜂种群。该种群与北京、四川、浙江、海南东方蜜蜂发生明显遗传分化,遗传多样性水平较低。分化主要原因为辽宁省长白山以西平原地区,东方蜜蜂逐渐消失,基因流阻断。长白山东方蜜蜂种群遗传多样性水平较低,环境和人为因素导致种群数量减少。     

感染后暗纹东方纯补体组分C3、C4表达分析

通过用不同浓度(0、1×106、2×106、4×106 CFU/ml)的嗜水气单胞菌感染暗纹东方纯,利用RT-PCR技术检测感染后不同时间肝脏以及不同组织补体组分C3和C4的表达量,以了解和比较补体组分C3和C4在鱼体正常和患病状态以及感染后不同时间、不同组织内的表达差异.结果表明,补体组分c3的表达量在用2×106CFU/ml嗜水气单胞菌感染9 h时达到最大,补体组分C4表达量在用4×106 CFU/ml嗜水气单胞菌感染10 h时最大;在不同组织中补体组分C3和C4均是在肝脏中的表达量最大.由此可见,补体组分C3和C4在介导病原体清除及创伤修复过程中起着重要作用.     

大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析

通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证.     

暗纹东方鲀SRAP-PCR体系的建立与优化

以暗纹东方鲀基因组DNA为材料,利用正交设计L16(45)对影响暗纹东方纯SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物)在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系为:20 μL的PCR体系中含有Mg2+ 1.5 mmol·L-1、Taq酶0.5U、模板DNA 75 ng、dNTPs 0.15 mmol·L-1、引物0.2 μmol·L-1.利用30个暗纹东方纯样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠.     

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。     

利用微卫星标记分析湖羊群体遗传多样性

利用微卫星标记技术分析湖羊群体遗传多样性。结果表明:31个湖羊样本共检测出等位基因210个,Shannon指数I为1.416,多态信息含量PIC为0.634,观察杂合度Ho为0.692,期望杂合度He为0.685,Ewens-Watterson检测所有位点都处于置信区间内。公羊Ho为0.694,He为0.643,I为1.190,PIC为0.564;母羊Ho为0.676,He为0.693,I值为1.403,PIC为0.636,表明群体遗传多样性丰富,变异程度高。等位基因频率分布呈L型,各位点均值处于Hard-Weinberg平衡,表明湖羊群体未出现瓶颈效应。研究结果为湖羊育种奠定了一定基础。     

大额牛群体遗传多样性的微卫星标记分析

 利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2~6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.0385±0.9999,3.1393±0.9507,0.6490±0.1246和0.5904±0.1334,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。     

暗纹东方Tun人工催产研究

通过对暗纹东方Ｔｕｎ培育,人工催产,人工孵化,已获受精卵,表明河Ｔｕｎ人工催产是可行的。     

利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配

为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P<0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11⁰.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。     

利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配

为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11~0.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。