中国地方猪种微卫星和血清蛋白基因座的遗传多样性

采用FAO-ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记和8个常用血清蛋白多态性标记对55个中国地方猪品种和3个引入猪品种（杜洛克猪、长白猪、大白猪）进行遗传多样性分析。通过计算基因频率、平均遗传杂合度、多态信息含量,F-统计量、Hardy-Weinberg平衡检验和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以两种标记的联合聚类结果为基础。将55个中国地方猪种分为9类。探讨了各猪种之间的遗传关系,本研究为我国地方猪品种资源的保护和合理利用提供了科学的依据。     

应用21个微卫星标记监测马身猪遗传多样性变化趋势

本研究旨在通过对不同年份马身猪群体遗传多样性变化趋势分析,评价马身猪保种效果,制定有效的保种措施。选用FAO-ISAG联合推荐的21个微卫星标记分析不同年份马身猪群体的遗传多样性。结果表明,在马身猪群体中,共检测到105个等位基因,平均等位基因数为5个,平均有效等位基因数为2.244 0,平均观察杂合度和PIC分别为0.317 6和0.391 9。从1999年到2007年,平均等位基因数从4.285 7下降到3.428 6,平均有效等位基因数从2.509 5下降到1.977 0,平均观察杂合度从0.311 6下降到0.298 1,平均多态信息含量从0.441下降到0.341。马身猪群体基因纯度较高,遗传多样性有逐年降低趋势,在今后的保种和利用工作中,应对马身猪群体的遗传多样性进行实时监测,在世代更替中注意低频率等位基因的保护。     

利用微卫星标记对波尔山羊遗传多样性的研究

利用5个微卫星位点对波尔山羊进行了遗传多样性研究，通过检测，除INRA0023外均呈现多态，基因杂合度在0.2062～0.7368之间，多态信息含量在0.3743～0.6770之间；并对不同微卫星与生产性状的关系进行了分析。     

12个微卫星DNA标记在江口萝卜猪群体中的遗传多样性研究

采用12对微卫星引物对江口萝卜猪群体的遗传多样性进行研究。结果发现12个微卫星位点在江口萝卜猪群体中均具有多态性,平均基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数分别为0.760 1、0.707 9和4.173 7。实验结果表明,江口萝卜猪群体具有较高的遗传多样性,群体内部变异较大,若通过家系育种有较大的选育潜力。     

利用微卫星标记分析北京油鸡遗传多样性的研究

采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群192个个体进行了遗传多样性检测,通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分析了群体内的遗传变异。共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的观察等位基因数在2~14个之间,观察等位基因数平均为5.90个,多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0.53和0.59,均大于0.50,表现为高度多态性;除MCW0069、ADL0112、MCW0183、LEI0234和MCW0016 5个位点,其余微卫星位点都处于基因平衡状态。说明北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性,北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存,研究结果对该品种的保种工作具有指导意义。     

高邮鸭微卫星DNA标记遗传多样性的研究

利用9个微卫星标记分析了高邮鸭群体遗传多样性。结果9个微卫星座位共检出42个等位基因，基因频率分布在0．0135—0．6216之间，平均每对引物可检测4.7个等位基因，9个微卫星座位的平均杂合度为0．7375，平均多态性含量为0．6707，表明高邮鸭群体遗传变异大，遗传多样性丰富。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

利用微卫星标记分析4个食蟹猴群体的遗传多样性

利用7个恒河猴源微卫星标记和4个人源微卫星标记共11个标记,分析了来源于束埔寨(Pop1)、老挝(Pop2)、越南1(Pop3)和越南2(Pop4)共4个群体食蟹猴的遗传多样性.研究结果显示,所选择的11个微卫星位点表现出很高的多态性,群体内的多态性较低,存在较严重的近亲交配.Hardy-Weinberg平衡检测说明4个群体在这11个位点上均处于不平衡状态,可能存在较严重的人工选择繁育.亚群体内的固定指数平均为0.526 2,说明群体内存在近亲交配;亚种群间的固定指数均值为0.016 6,说明各群体间的遗传分化很小;各位点上的基因流均值为14.814 2,说明其交流很活跃,可有效地防止因遗传漂移而产生的遗传分化.从基于Nei氏标准遗传距离的UPGMS聚类图看出,先是Pop3和Pop4聚为一类,再和Pop1聚在一起,最后和Pop2聚在一起,其结果和其地理分布所表现的遗传差异一致.     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

朝鲜鹌鹑遗传多样性微卫星标记分析

选用鹌鹑上的12个微卫星位点,对随机选取朝鲜鹌鹑的40个个体进行多态性检测,共检测到55个等位基因,每个座位平均等位基因数为4.583个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.6945和0.7111,表明朝鲜鹌鹑属多态性较丰富的群体。     

利用微卫星标记分析五个家兔群体的遗传多样性

利用15个微卫星座位,分析了新西兰白兔、德系安哥拉兔、美系獭兔、齐卡G系肉兔、福建黄兔5个家兔群体的遗传多样性。结果表明：15个微卫星位点的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为7．400±1．639个和5．694±1．470个;5个家兔群体的平均基因杂合度和平均多态信息含量分别为0．7367和0．6994;新西兰白的平均基因杂合度和平均多态信息含量最高,福建黄兔最低。5个家兔群体的平均总近交系数（F_is）为-0．03,群体内平均近交系数（F_is）为-0．151,群体平均分化系数（F_is）为0．105（P〈0．001）。采用UPGMA法进行聚类分析,5个家兔群体聚为三类：新西兰白兔和德系安哥拉兔聚为一类;齐卡兔G系和美系獭兔聚为一类,福建黄兔独自为一类。     

四川三个藏猪群体的微卫星遗传多样性分析

本研究利用已开发的18对微卫星引物,分析了四川境内阿坝、稻城和德格三个藏猪群体共143个个体18条常染色体上的微卫星遗传多样性。结果表明:阿坝藏猪群体多态信息含量和观测杂合度比其他两群低,群体遗传变异较小;三个群体Nei氏标准遗传距离均在0.6以上,平均基因流值大于1,表明三个群体各有特点,群内基因交流频繁。     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。     

利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性

利用30个微卫星DNA标记对3个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明：江苏的3个品种在30个微卫星上共发现196个等位基因，其中96个等位基因为三个品种共有，47个等位基因为各品种所特有；3个地方鸡品种的平均杂合度：狼山鸡为0．655，鹿苑鸡为0．681，溧阳鸡为0．687；狼山鸡与溧阳鸡的遗传距离较小，而两鸡与鹿苑鸡的遗传距离较远。     

基于SSR分子标记的药用黄芪遗传多样性与遗传结构分析

为了能更好的了解药用黄芪（Astragali Radix）遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平（I=2.112,H=0.781）,其中蒙古黄芪遗传多样性水平（I=2.241,H=0.804）要高于膜荚黄芪（I=1.982,H=0.757）,且两种黄芪的遗传变异主要发生在居群内;UPGMA聚类分析及STRUCTURE居群遗传结构分析可将其分为3组,即膜荚黄芪为单独一组,蒙古黄芪分为两组,其中来自山西产区的大部分居群分为一组,来自内蒙产区及部分山西产区的居群分为另一组。本研究结果对药用黄芪种质资源的有效利用、遗传多样性的保护、育种及开发优质黄芪种质资源提供一定的理论基础。     

湘西黄牛遗传多样性的初步研究

利用6个微卫星标记对湘西黄牛的遗传多样性进行了初步分析.6对微卫星引物在湘西黄牛中共检测到65个等位基因,平均每对引物上检测到9.3个等位基因;平均有效等位基因7.8759个,等位基因在湘西黄牛群体中的分布很均匀;平均观测杂合度为0.8669,平均期望杂合度为0.8829.6个微卫星座位在湘西黄牛中平均多态信息含量(PIC)为0.8297,均大于0.5,都是高度多态性的.湘西黄牛杂合子的比例较大,基因纯合率都偏低,群体的遗传变异度高,表明湘西黄牛遗传多样性丰富,具有较大的选择潜力,可承受的选择压比较大,这是开展新品种培育工作的有利条件.     

微卫星标记分析5种鹿类动物群体遗传多样性

利用15个微卫星标记对麋鹿、黇鹿、梅花鹿、黄麂、马鹿5种鹿类动物群体DNA多态性进行测定,共检测到95个等位基因,平均等位基因数和群体有效等位基因数分别为6..3333±2.7946个和4.7089±1.8355个,平均期望杂合度为0.5790±0.1025,平均多态信息含量为0.4483±0.1050。群体间的平均遗传分化为29.4%（P〈0.001）,构建5种鹿类动物群体的系统聚类图,结果基本一致,黄麂、马鹿和梅花鹿聚为一大类,黇鹿和麋鹿为一类或各自成为一类。     

中国地方猪种血液蛋白遗传多样性的研究

采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳检测了38个地方猪种和3个外来猪种的10个血液蛋白座位,并计算了遗传杂合度(h)、F-,统计量,用probabilitytest进行Hardy-Weinberg平衡符合度的检验,以及用Nei氏标准遗传距离DS、Nei氏遗传距离DA、UPGMA和NJ分析了猪群间的遗传关系。结果表明,Alb为单态,Pa-2、Pa-1、Po-1、Po-2、Cp、Am、Akp和Hpx9个血液蛋白座位分别受2、2、2、3、3、3、4和7个等位基因所调控;41个猪种的平均遗传杂合度范围为0.230～0.447;一些座位在某些种群中处于不平衡状态(P<0.05)或极不平衡状态(P<0.01);中国地方猪种间的遗传距离差异较大(P<0.011≤Ds≤0.616;0.014≤DA≤0.343);聚类结果将38个地方猪种分为3类。     

北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析

为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。