苹果炭疽菌DNA改良提取法及PCR体系的优化

以苹果炭疽病胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)为试材,采用改良的SDS法、改良的CTAB法和改良的尿素法等对基因组DNA进行了提取和比较,并对ITS1-5.8S-ITS2区基因PCR扩增体系中模板的添加量以及退火温度进行了调整和优化。结果表明:采用这3种方法均能提取得到目的 DNA,但采用改良的SDS法提取的基因组DNA产率最高、质量最好;当在25μL PCR体系中添加0.75μL粗提DNA 10倍稀释液以及退火温度设定为51℃时PCR产物的质量最高。     

茄子基因组DNA提取及RAPD-PCR体系的优化

在CTAB基础上,系统地比较了提取缓冲液主要成分浓度的变化对提取茄子基因组DNA的质量及得率的影响,并以SDS法为对照,提出了一种适用于茄子基因组DNA的提取方法。进一步利用梯度PCR比较了BAPD-PCR反应体系中几个重要成分的浓度对PCR产物的影响,优化茄子BAPD-PCR反应体系,建立了茄子基因组适用的简单、稳定和重复性较好的BAPD-PCR方案。     

苹果黑星病菌DNA提取方法研究

采用CTAB法、SDS法、Parker法及改进的SDS法提取苹果黑星病菌的DNA,经紫外分光光度计测定,改进SDS法提取的DNA得率较其他3种方法高,约为Parker法的2倍。改进SDS法提取的DNAA260nm/A280nm值为1.700～1.900,DNA纯度较高,而其他3种方法提取的DNAA260nm/A280nm值均高于1.900,DNA中所含RNA的量较高。4种方法提取的DNA在230nm波长处的吸收值分别为0.658,0.257,0.926和0.208,说明DNA不同程度地被酚类物质所污染,但改进的SDS法提取的DNA受污染程度最小。     

单头赤眼蜂DNA提取方法比较及其PCR反应体系优化

为了探明有效的基因组DNA提取方法和PCR反应体系,从而得到符合分子生物学实验要求的基因组DNA模板的数量和质量,以单头松毛虫赤眼蜂为材料,应用CTAB法、SDS法和Chelex法进行基因组DNA提取效果的比较,并将核酸助沉剂用于赤眼蜂DNA的提取中,然后将提取的基因组DNA采用L16(45)正交设计试验,对影响赤眼蜂基因组DNA PCR反应体系的5因素(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、DNA模板、Taq聚合酶)4水平进行筛选。结果表明:CTAB法优于SDS法和Chelex法,且核酸助沉剂的加入明显增强了模板DNA提取效果。同时确立的ITS2的PCR优化反应体系为:总体积为25mL,Mg2+浓度为1.50mM,dNTPs浓度为0.25mM,引物浓度为0.30μM,DNA模板取2.00μL,Taq聚合酶量为2.00U。     

槟榔基因组DNA提取及ISSR反应体系的优化

以槟榔为试验材料,用改良的CTAB法提取基因组DNA,并设置不同梯度分别对每个PCR反应因子做了相应的试验.结果表明:改良的CTAB法提取的槟榔基因组纯度高、质量好;同时,建立了适合槟榔ISSR-PCR反应体系,即20μL PCR反应体积中,模板DNA浓度为30 ng/μL,浓度为2.5 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U,dNTPs浓度为0.4 mmol/L,引物为浓度为0.8μmol/L.     

苹果轮纹病菌DNA提取方法的比较

采用尿素提取法、氯化苄提取法以及SDS-CTAB提取法对苹果轮纹病菌的基因组DNA进行了提取和比较.结果表明,3种方法均能提取到苹果轮纹病菌的基因组DNA.其中,SDS-CTAB法效率最高,提取的DNA质量最好,但是耗时较长;尿素提取法操作简单快速,但是提取的DNA质量较低;氯化苄提取法提取的DNA纯度最低,蛋白质污染严重.将所提取的DNA经ITS试验检测与电泳检测,证明3种方法提取的DNA扩增效果良好,均可满足该真菌rDNAITS分析的要求.     

苹果轮纹病菌DNA提取方法研究

由贝氏葡萄座腔菌梨专化型引起的苹果枝干轮纹病是苹果生产上发生最严重的病害之一,致病菌基因组DNA提取是其分子生物学研究的基础。针对其菌丝富含多糖、纤维素及其他次生代谢物质而且菌丝培养缓慢的特点,用采自辽宁兴城的6个苹果轮纹病菌菌株为试材,进行菌丝的液体和PDA平板培养,然后采用改良的CTAB法从菌丝中提取DNA。通过752型紫外光栅分光光度计检测,所提取的DNA的0D260nm／OD280nm比值介于1．80—2．07之间,最后将所提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳得到了较清晰的图谱。证明这两种菌丝培养方法都可用于苹果轮纹病菌DNA提取,但是PDA平板培养是一种更快捷地获得病原菌菌丝的方法;本试验采用的改良CTAB法是提取苹果轮纹病菌DNA的一种有效方法。     

白木香基因组DNA提取与ISSR反应体系的优化

白木香为瑞香科沉香属植物,是中国特有的珍贵药用植物,也是国产沉香药材唯一资源植物,现已濒临灭绝,被载入<中国植物红皮书>采用改良CTAB法提取白木香DNA较传统方法简单高效.通过琼脂糖凝胶电泳和OD260/OD280比值测定,所得基因组DNA纯度高,可作为ISSR等以PCR为基础的DNA多态性标记.通过优化影响白木香ISSR-PCR的主要参数,确立了适用于白木香的ISSR反应体系和扩增条件.结果表明在20μl反应体中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和Taq DNA聚合酶5种主要成分的最适浓度分别为25 ng、0.8 μmol/L、2.5 mm01/L、0.2 mmol/L、1.0 U,扩增出足量产物至少需要35个循环.     

树莓基因组DNA的提取及ISSR反应体系的正交优化

以树莓优良野生种质插田泡(Rubus coreanus)为材料,比较了SDS法、CTAB法和改良CTAB法提取树莓基因组DNA的效果,结果发现三种方法均能提取到树莓DNA,但改良CTAB法优于CTAB法和SDS法,其所得的DNA质量最好,杂质最少.通过正交试验设计,对Taq酶,primer,dNTP和DNA用量进行了筛选,建立了树莓ISSR技术最优反应体系,即25μl反应体系中含有1 ×PCR Buffer,2 mmol/LMg2+,1.5 U Taq酶,0.2 μmol/L primer,0.4 mmol/L dNTP和20 ng DNA.采用引物UBC835和UBC873分别对10个树莓品种和8个树莓野生资源进行检验发现,该体系工作效果良好.     

槟榔基因组DNA提取及ISSR反应体系的优化

以槟榔为试验材料,用改良的CTAB法提取基因组DNA,并设置不同梯度分别对每个PCR反应因子做了相应的试验。结果表明：改良的CTAB法提取的槟榔基因组纯度高、质量好;同时,建立了适合槟榔ISSR-PCR反应体系,即20μLPCR反应体积中,模板DNA浓度为30ng/μL,Mg2＋浓度为2.5mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,dNTPs浓度为0.4mmol/L,引物为浓度为0.8μmol/L。     

莲雾RNA提取方法的比较

用莲雾成熟的果实作为实验材料,选用方法 1(试剂盒法)、方法 2(改良的CTAB法1)、方法 3(改良的SDS法1)等5种不同的方法提取莲雾果实的RNA,并且比较了它们的提取效果。实验结果表明:方法 4(改良的CTAB法2)对莲雾果实RNA的提取效果最好,不仅能够有效地抑制多糖、多酚以及次生代谢产物对莲雾果实RNA提取的影响,而且所提取的RNA完整性较好且纯度较高。     

莲雾RNA提取方法的比较

用莲雾成熟的果实作为实验材料,选用方法 1(试剂盒法)、方法 2(改良的CTAB法1)、方法 3(改良的SDS法1)等5种不同的方法提取莲雾果实的RNA,并且比较了它们的提取效果。实验结果表明:方法 4(改良的CTAB法2)对莲雾果实RNA的提取效果最好,不仅能够有效地抑制多糖、多酚以及次生代谢产物对莲雾果实RNA提取的影响,而且所提取的RNA完整性较好且纯度较高。     

小麦DNA提取方法的比较

以小麦幼叶为材料,采用CTAB法1、CTAB法2、CTAB法3和NaOH法提取小麦基因组DNA,通过对小麦DNA提取方法的比较,为满足大批量材料进行SSR分子标记的检测寻找最优方法.结果表明,NaOH法提取DNA用时短、方法简单,但常有DNA样品扩增不出PCR产物的情况;CTAB法提取的DNA质量较高,而且CTAB法3省略了65℃温浴,并将两次氯仿:异戊醇抽提改为1次抽提,既缩短了试验时间和降低了成本,提取的DNA又可以满足进行分子标记检测的需要.     

胶胞炭疽菌DNA的PCR特异性扩增

利用1对胶灰疽菌特异寡聚核苷酸引物，对31个来自于橡胶树，芒果树的胶胞炭疽菌菌株的全基因组DNA进行扩增，均扩增到约500bp的DNA片段，而芭蕉炭疽功，辣椒疽菌，菜豆炭疽菌，腐霉菌，镰刀菌则不能被扩增。这表明，通过种间DNA特异片段的PCR扩增，能将胶胞炭疽菌与其他炭疽菌种类区别开来。采用该方法鉴别胶胞炭疽菌，其结果与形态鉴别的相吻合。     

提取玫瑰基因组DNA几种方法的比较

为了找到一种方便、快捷且经济高效的玫瑰叶片基因组DNA提取方法,为玫瑰后期的分子生物学研究奠定良好基础,以不同品种的玫瑰幼嫩叶片为材料,分别利用CTAB法、SDS法、改良CTAB法、试剂盒法4种方法提取玫瑰基因组DNA,经过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法对所提DNA的质量和产量进行检测比较。结果表明：4种方法均可从玫瑰叶片中提取到DNA,改良CTAB法作为对常规方法的改进,在保证经济实用的前提下提取到的DNA质量最好,浓度最高;而试剂盒法作为一种快速提取植物基因组DNA的新兴方法,虽然产量略低,费用略高,但操作步骤简单,耗时短,毒害小,高效快捷。各实验室可根据实际情况选择适宜的方法。     

梨轮纹病和炭疽病病原菌PCR检测

为建立梨轮纹病原菌和炭疽病病原菌的分子检测方法,根据GenBank上炭疽病原菌和轮纹病原菌不同种的ITS序列差异设计2对引物TJ1/TJ2和LW1/LW2,对2种病原菌菌株进行扩增,比较了常规PCR和巢式PCR的检测灵敏度,并对果园中接种梨轮纹病原菌的梨果实进行检测。结果表明,建立的PCR体系可分别从炭疽病原菌和轮纹病原菌菌株扩增出317 bp和325 bp的特异性条带,对其他相似或相近的病原真菌则无扩增条带。巢式PCR技术的灵敏度比常规PCR提高了约105倍,且可以在接种较低浓度(1 ml 10个)轮纹病原菌孢子液7 d后的梨果实组织中检测到病原菌。说明使用巢式PCR技术,可以准确、灵敏地监测梨轮纹病原菌在果园的种群消长动态。     

几种土壤微生物总DNA提取方法的比较

采用Bourrain法、Beadbeating法和Martin-Laurent法提取土壤微生物总DNA,并以细菌16SrD-NA通用引物进行PCR扩增。结果表明,3种方法提取的DNA大小都在23.1kb以上。Bourrain法提取到的土壤微生物总DNA量最多,但是蛋白质和腐植酸含量等杂质含量也最高;而Martin-Laurent法提取的DNA量小于Bourrain法,并且含有较多的杂质;Beadbeating法提取的土壤微生物总DNA量较Bourrain法少,腐植酸及蛋白质等杂质含量最少。     

几种橡胶基因组DNA提取方法的比较

[目的]比较4种提取橡胶叶基因组DNA方法,为后续研究根据需要采用不同的DNA提取方法提供依据。[方法]分别采用TIANGEN新型植物基因组DNA提取试剂盒提取法、E.Z.N.A.TMHigh Performance（HP）Plant DNA Kit提取法、CTAB法、改良的CTAB法提取橡胶基因组DNA,通过紫外分光光度计测定不同方法所提取DNA的纯度和浓度,并通过电泳和酶切检测。[结果]采用改良的CTAB法提取的橡胶基因组DNA纯度最高,质量最好;采用其他方法所得的基因组DNA均有不同程度的多糖多酚以及蛋白的污染。[结论]采用改良的CTAB法所提取的橡胶基因组DNA因其完整性好、浓度高、纯度高可用于对DNA质量要求高的试验中。若是后续研究对DNA质量要求不高,则可以选择试剂盒,省时省力。