蛇莓RAPD与ISSR-PCR反应体系优化

采用单因素试验结合正交试验,对PCR反应体系中的5种主要反应因子Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度进行优化筛选,确立了适合蛇莓基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系,RAPD反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶1 U、引物0.2μmol/L、DNA模板60 ng;ISSR反应体系(20μL):Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶0.5 U、引物1μmol/L、DNA模板60 ng。利用确立的体系对24份蛇莓种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好。     

滑叶藤ISSR PCR反应体系建立及优化

 为建立和优化滑叶藤 ISSR PCR反应体系,运用正交试验和单因子试验分析模板DNA,TagDNA聚合酶,Primer,Mg2+和dNTPs 5个因子对滑叶藤ISSR PCR反应影响。结果表明了滑叶藤 ISSR PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平：DNA模板为84ng,TagDNA聚合酶为20u,Primer浓度为08mmol/L,dNTPs浓度为068mmol/L,M2+浓度为24mmol/L。该反应体系为利用ISSR分子标记技术研究铁线莲属植物提供了可靠方法。     

华山松SRAP-PCR反应体系的优化

为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

假臭草ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用单因子试验、L16(45)正交试验设计,以假臭草DNA为模板,研究了PCR反应体系中的5种主要成分,即Mg2+、dNTPs、Taq酶、引物及模板,对假臭草ISSR-PCR扩增结果的影响,并对引物退火温度进行了筛选和优化.建立了假臭草ISSR最佳反应体系:在20 μL的反应体系中,Mg2+为2.0 mmol/L,模板DNA用量为60 ng,TaqDNA聚合酶为1.5U,dNTPs浓度为0.2mmol/L,引物浓度为0.3μmol/L.假臭草ISSR反应体系的建立为利用该技术分析假臭草遗传多样性及探索防控措施提供良好的基础.     

麻疯树SRAP-PCR反应体系的优化

采用L9(45)正交设计对影响麻疯树SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用SPSS13.0进行分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+dNTPs引物Taq酶DNA模板。对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度)进行单因素试验,确立麻疯树SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.5 mmol/L、引物0.4μmol/L、dNTPs150μmol/L、DNA模板60 ng、Taq酶0.5 U。将该体系用于麻疯树的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

宁夏枸杞ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交试验和单因子梯度优化相结合的方法,建立和优化枸杞稳定的ISSR - PCR的反应体系和扩增程序.结果表明,适用于枸杞的25 μL ISSR - PCR反应体系中各因素的最佳浓度分别为:dNTPs 0.25 mmol/L,Mg2+2.0 mmol/L,引物0.4μmol/L,模板DNA 50 ng,Taq酶1.0U.对于枸杞ISSR - PCR试验,一次正交试验完全可以建立满足要求的PCR体系.     

长蛸ISSR-PCR优化反应体系的建立及优化研究

以长蛸DNA为模板,利用单因子试验分别对影响长蛸ISSR-PCR反应的DNA浓度、Taq DNA聚合酶、Mg2＋、dNTPs和引物的浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定最适退火温度,最终确定长蛸最佳反应体系和PCR扩增程序为：25μL体系,其中包括Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg2＋2 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.4μmol/L,DNA模板量约50 ng确立退火温度为52℃。利用所建立的ISSR-PCR反应体系,通过对24份野生长蛸样本的检验,获得了清晰、重复性好、多态性高的条带,研究结果对于把ISSR标记技术引入研究长蛸不同地理群体遗传多样性和遗传结构具有重要意义。     

香蕉ISSR反应体系的建立

以35份香蕉品种为材料,采用正交设计L25(56)对PCR反应中的DNA质量浓度、TaqDNA聚合酶用量、Mg2+浓度、引物浓度、退火温度及甲酰胺浓度等6个因素在5个水平上进行了优化试验.建立了稳定的、可重复的香蕉ISSR最佳反应体系和PCR扩增参数.确定在25μL的反应体系中,DNA模板质量浓度为0.8 ng/μL,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.2μmol/L,Taq酶为1.25 U,退火温度为52℃.     

一品红ISSR反应体系的建立与优化

运用L16(45)正交设计对一品红ISSR反应的5个因素(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、TaqDNA酶浓度)在4个水平上进行优化试验,通过不同反应体系扩增效果比较,建立了优化的一品红ISSR反应体系:50μL的PCR体系中含有DNA模板100 ng、Mg2+2.5 mmol·L-1、dNTPs 0.20 mmol·L-1、引物300 pmol·L-1、TaqDNA聚合酶1.0 U.     

盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增条件研究

以盾叶薯蓣的叶片制备ISSR-PCR DNA 模板.通过单因子试验分别研究了模板DNA质量和浓度、Mg2 浓度、Taq酶用量、dNTPs浓度以及退火温度对盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增的影响,建立了适宜于盾叶薯蓣的ISSR反应体系和扩增参数,即15μL反应体系中包括:20 ng/L模板DNA,1×Taq酶缓冲液,1.0 U Taq聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.2 μmol/L引物和0.3 mmol/L dNTPs.并从46个ISSR引物中筛选出10个带纹清晰、多态性丰富的引物,并确定了这些引物的适宜退火温度.     

侧耳RSAP-PCR体系的建立和优化

采用单因素试验和正交设计相结合进行了侧耳(Pleurotus ostreatus)RSAP-PCR反应体系的建立和优化,并对优化后体系的稳定性进行了验证.讨论了Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶用量和模板DNA含量对侧耳RSAP-PCR反应的影响,最终得出总体积为25μL的反应体系:30 ng模板DNA,2.0 μL 10倍PCR buffer,Mg2+ 2.5 mmol/L,dNTPs o.25 mmol/L,引物0.32 μmol/L,Taq DNA聚合酶2U,ddH2O 13.2 μL.     

正交设计优化油松ISSR-PCR反应体系

采用正交设计的方法对油松ISSR-PCR反应体系5因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物的浓度)在4水平上进行优化试验,PCR结果用SPSS数据软件分析。结果表明:各因素不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,且除dNTP因素外其他4因素影响均较大;筛选出各反应因素的最佳水平,建立油松ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL)为:Taq DNA聚合酶1 U、模板5μg/μL、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.20 mmol/L、引物0.4μmol/L;进行梯度退火试验,筛选出针对不同引物的最适的油松ISSR退火温度。该优化体系的建立为油松及其近缘种的系统学和种质资源鉴定及遗传多样性的研究奠定基础。     

薄壳山核桃ISSR-PCR反应体系的优化

采用正交试验设计,对薄壳山核桃ISSR - PCR反应体系的主要影响因子(TaqDNA聚合酶、dNTP、引物、Mg2+和模板DNA)进行了优化,并得到了适合薄壳山核桃的ISSR - PCR扩增体系.结果表明,在20μL的ISSR - PCR反应体系中,1.0U的Taq酶、0.4 mmol/L的dNTP、0.2 μmol/L的引物、2.0 mmol/L的Mg2+和40ηg的模板DNA为适合薄壳山核桃的最佳反应条件.     

巴旦杏RAPD-PCR反应体系的正交优化

以巴旦杏DNA为模板,利用L25(56)正交设计,研究了dNTPs、DNA模板、Mg2+、Taq酶和随机引物5种RAPD反应组分浓度变化对扩增结果的影响.量化的分析结果表明,正交试验的方法可以较为准确地反映各个因素在不同水平上对RAPD-PCR的影响.试验研究建立的巴旦杏RAPD-PCR最佳反应体系为:25 μL PCR反应体系中, 10×Taq Buffer 2.5 μL, 2.0 mmol/L Mg2+,0.25 mmol/L dNTPs,模板DNA为30 ng,随机引物0.8 μmol/L,Taq聚合酶1.5 U.     

牡丹SRAP反应体系的建立及正交设计优化

采用L16(45)正交试验设计,对牡丹SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的Mg2+浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度5因素4水平正交优化,建立了适合于牡丹基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs为0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.4μmol/L,模板DNA 1.0 ng/μL,总体积20.0μL。     

早熟马铃薯 ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为得出马铃薯ISSR-PCR最佳的反应体系,采用正交试验设计,对rTaq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs和引物进行5因素4水平筛选.结果表明,马铃薯ISSR-PCR的最佳反应体系为:总体积25 μL的反应体系中含有rTaq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、模板DNA用量为75 ng、dNTPs浓度为200 μmol/L、引物浓度为0.8 μmol/L.这些因素对PCR反应的影响大小顺序为Mg2+浓度＞rTaq DNA聚合酶用量＞dNTPs浓度=引物浓度＞模板DNA用量.应用该最佳反应体系对39条ISSR引物进行筛选,得出15条条带清晰、条带数多、重复性好的引物.并通过退火温度梯度试验得出筛选引物的最佳退火温度.     

单雌蓖麻ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以单雌蓖麻提取的基因组DNA为材料,采用单因子试验方法,分别研究了Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶以及模板DNA用量5种因素对ISSR-PCR反应的影响;建立了适合单雌蓖麻IS-SR-PCR扩增的反应体系,即在20μL反应体系中,10×PCR buffer 2.5μL(Mg2+free),模板DNA 20 ng,2.0mmol/L MgCl2,引物浓度1.0μmol/L,dNTP 0.4 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U。     

蝴蝶兰RAPD反应体系的建立

为建立一个稳定的蝴蝶兰RAPD反应体系,对RAPD反应体系中模板DNA、Taq DNA聚合酶用量、随机引物浓度、Mg2+浓度和dNTPs浓度等各项参数进行筛选比较。结果表明,最佳反应体系为:25μl反应体系中,其中含模板DNA(20 ng/μl)1.5μl,Taq DNA聚合酶(5 U/μl)0.4μl,随机引物(20μmol/L)1μl,Mg2+(25 mmol/L)2.5μl,dNTPs(10 mmol/L)0.5μl,10×PCR Buffer2.5μl,ddH2O 16μl。     

玉米自交系SSR技术反应体系的优化

以玉米自交系为材料,研究了PCR反应体系的Mg(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、模板DNA浓度及退火温度对玉米自交系SSR扩增结果的影响,确定适合玉米自交系SSR分子标记研究的优化体系.最终确定总反应体系为20μmol/L,Mg(2+)浓度3.0mmol/L、dNTPs 0.1mmol/L、引物0.45μmol/L、Taq DNA聚合酶0.4U、模板DNA 50ng.PCR扩增条件:94℃预变性5 min;94℃ 45s,56℃ 45s,72℃ 1 min,35个循环;最后72℃5 min.     

中药艾总DNA的提取及ISSR-PCR反应体系的优化

为探索艾的遗传多样性,采用正交试验方法 L16(45)与单因素分析法相结合对其PCR反应的5个主要因素(Mg2+、引物、模板DNA、dNTPs以及Taq酶)在4个水平上分别进行优化。结果表明:得到最佳的反应体系(20μL)为模板DNA 60ng,Mg2+2.5mmol/L,引物0.8μmol/L,dNTPs 0.15mmol/L,Taq酶1.0U。通过统计数据分析,对艾ISSR-PCR反应的影响程度依次为Mg2+浓度引物模板DNAdNTPs浓度Taq酶。