云南花生丛枝植原体secY基因序列分析及结构预测

目的 确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。 方法 通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此外还对secY蛋白的蛋白特性及其结构进行了分析和预测。 结果 本研究获得了基因片段长度分别为1 248 bp的16S rRNA基因(nested PCR)、1 171 bp 的rp基因和1 425 bp的secY基因。基于rp和secY基因核苷酸序列的同源性比对及构建的进化树推断的植原体遗传分化关系几乎与16S rRNA基因的推断相一致,均与植原体16S rII-A亚组各株系的遗传进化关系最为接近,但rp和secY基因序列比16S rRNA基因序列能够呈现出更大的遗传变异程度;此外,对secY蛋白进行了生物信息学分析和初步探讨,发现它具有10个明显且分布相对均匀的跨膜螺旋区域,无信号肽。 结论 小驳骨丛枝病(Gendarussa vulgaris witches’-broom phytoplasma,GvWB-YNym)是由植原体侵染而发生,该植原体株系被划分到16S rII-A亚组,相关的候选种为Candidatus Phytoplasma aurantifolia;secY蛋白生物信息参数的分析表明：secY蛋白在感病小驳骨植株中以疏水性稳定跨膜蛋白的形式存在,含10个明显的疏水跨膜区域,该蛋白不存在信号肽。     

山东桑萎缩植原体secY基因序列分析

对采自山东宁阳的表现萎缩症状的桑树植株总DNA进行secY基因PCR扩增,得到约1.4 kb的特异片段,将该片段克隆后进行序列测定,结果表明,该片段长1 361 bp,包含secY基因1 242 bp,编码414个氨基酸。通过构建系统进化树、同源性比对及利用9种限制性内切酶进行模拟RFLP分析,初步确定该分离物属于secYⅠ-B亚组,在亚组水平上进一步明确了桑萎缩植原体的分类地位。     

secY和nusA基因在泡桐丛枝植原体亚组分类中的应用

【目的】利用分子生物学方法分析泡桐丛枝植原体转运蛋白secY基因及转录延伸因子nusA基因,从亚组水平上确定陕西泡桐丛枝植原体的分类地位。【方法】采集陕西杨凌、彬县、旬邑、永寿、周至和宝鸡等6个泡桐栽培区的泡桐丛枝样品,提取病样总核酸;设计引物对secY-F/R和nusA-F/R,对泡桐丛枝植原体secY、nusA基因进行PCR扩增及核苷酸序列测定与系统发育分析。【结果】获得了泡桐丛枝病植原体secY基因序列的全长,大小为1 358bp,编码414个氨基酸;获得了部分nusA基因序列,大小为946bp,编码315个氨基酸。序列同源性分析结果表明,陕西各县区泡桐丛枝植原体的secY、nusA基因序列均一致。一致性分析和系统发育分析表明,陕西泡桐丛枝植原体与台湾泡桐丛枝植原体的亲缘关系最近,secY、nusA基因序列的同源性分别为99.9%和99.6%。【结论】首次报道了泡桐丛枝植原体转运蛋白secY基因及转录延伸因子nusA基因的序列,并以其作为分类标准,将陕西泡桐丛枝植原体归属到16SrⅠ-D亚组。     

基于secY基因对山东临沂枣疯病植原体的分子鉴定

利用FD9f／r引物对采自山东临沂的枣疯病样品进行secY基因的PCR扩增,并进行了序列测定,结果表明,该特异片段大小为1421bp。对获得的序列与NCBI数据库中相关植原体序列进行同源性分析、构建系统进化树和模拟RFLP分析,结果显示山东临沂枣疯病植原体属于secYV—C亚组,与secYV—B亚组的樱桃致死黄化株系（CLY5）和secYV—N亚组的桃树致死黄化印度分离株系（PY—IN）的亲缘关系最近,在亚组水平上进一步明确了山东临沂枣疯病植原体的分类地位。     

泡桐E2基因家族分析及对丛枝植原体的响应

泛素结合酶(UBC)E2是泛素蛋白酶体系统的组成部分,在植物生长发育、形态建成和病原互作中扮演着重要角色.为研究E2基因家族在泡桐丛枝病幼苗形态变化中的作用,利用生物信息学方法对白花泡桐E2基因进行家族成员鉴定、染色体定位及分析其在泡桐丛枝病发生过程中的作用.结果表明,白花泡桐基因组中含有56个E2基因家族成员,分别属...     

云南蔓草虫豆丛枝植原体16S rDNA和secY基因序列分析

【目的】为确定在云南元谋地区蔓草虫豆上发生的疑似丛枝病的病原种类。【方法】利用植原体16S rDNA基因及secY基因通用引物对蔓草虫豆感病植株总DNA进行直接PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,分别获得1.8 kb和1.7 kb的16S rDNA、secY基因片段。【结果】16S rDNA片段i PhyClassifier在线虚拟RFLP及系统进化分析表明:蔓草虫豆丛枝植原体属于16SrII-A亚组成员(相似系数为1.00),与候选种Candidatus Phytoplasma australasiae相关。基于secY基因同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于云南、台湾的花生丛枝植原体组各株系的亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII-A亚组成员。该分类结果与基于16S rDNA基因的分析结果一致。【结论】本研究首次采用分子生物技术确定了云南元谋蔓草虫豆丛枝病的病原是植原体,明确了其分类地位,该结果可为该病害的早期诊断、检测提供理论依据。     

北京地区枣疯病植原体16SrDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段.对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%.序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组.     

北京地区枣疯病植原体16S rDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段。对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1 248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%。序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组。     

广州桑树矮缩病植原体secE基因序列分析与蛋白结构预测

[目的]预测广州桑树矮缩病植原体secE蛋白的抗原性。[方法]应用PCR技术从典型矮缩症状的桑树植株总DNA中扩增到约400 bp的特异片段,将此片段克隆后与GeneBank中已报道的5种植原体的secE基因进行序列同源性分析,并对克隆基因所编码的蛋白进行理化性质、二级结构、跨膜区以及前导信号序列分析。[结果]该片段长411 bp,编码136个氨基酸的蛋白。桑树矮缩植原体与洋葱黄化植原体同源性最高,核苷酸和编码的氨基酸序列同源率分别为100%和99%。secE蛋白理化性质预测其理论等电点为9.33;二级结构主要为螺旋,其次为折叠和无规则卷曲,无转角;有3个明显的疏水区,易形成跨膜螺旋;有4个明显的抗原区域。[结论]该secE蛋白具有良好的抗原性。     

云南小驳骨丛枝植原体的分子鉴定及相关基因序列分析

【目的】确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。【方法】通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此外还对secY蛋白的蛋白特性及其结构进行了分析和预测。【结果】本研究获得了基因片段长度分别为1 248 bp的16S rRNA基因(nested PCR)、1 171 bp的rp基因和1 425 bp的secY基因。基于rp和secY基因核苷酸序列的同源性比对及构建的进化树推断的植原体遗传分化关系几乎与16S rRNA基因的推断相一致,均与植原体16S rⅡ-A亚组各株系的遗传进化关系最为接近,但rp和secY基因序列比16S rRNA基因序列能够呈现出更大的遗传变异程度;此外,对secY蛋白进行了生物信息学分析和初步探讨,发现它具有10个明显且分布相对均匀的跨膜螺旋区域,无信号肽。【结论】小驳骨丛枝病(Gendarussa vulgaris witches’-broom phytoplasma,GvWB-YNym)是由植原体侵染而发生,该植原体株系被划分到16S rⅡ-A亚组,相关的候选种为Candidatus Phytoplasma aurantifolia;secY蛋白生物信息参数的分析表明:secY蛋白在感病小驳骨植株中以疏水性稳定跨膜蛋白的形式存在,含10个明显的疏水跨膜区域,该蛋白不存在信号肽。     

海南苦楝丛枝病植原体核糖体蛋白基因片段序列分析

【目的】利用分子生物学方法分析采自海南儋州的苦楝丛枝病植原体核糖体蛋白(rp)基因,从亚组水平上确定苦楝丛枝病植原体的分类地位。【方法】利用植原体核糖体蛋白基因通用引物对rpF1/rpR1,应用PCR技术对苦楝丛枝病植原体的核糖体蛋白基因进行扩增,对其核苷酸序列进行测定并分析。【结果】通过PCR扩增得到约1.2 kb的特异片段,测序结果表明该片段长1 240 bp,包括rps19基因的3′区域,rpl22和rps3基因的全部区域。进一步分析发现,该片段与苦楝丛枝病贵州株系(Chinaberry witches’-broom,CWB-GZh)的亲缘关系最近,核苷酸同源性达99.9%。基于核糖体蛋白基因核苷酸序列,构建了海南苦楝丛枝病植原体与其他18个已知分类地位植原体的系统分类树状图,结果表明,引起海南苦楝丛枝病的植原体与16SrⅠ-B亚组植原体越南苦楝黄化、苦楝丛枝贵州株系和苦楝丛枝云南株系在同一条进化枝上。【结论】报道了海南苦楝丛枝病植原体的核糖体蛋白基因序列,海南苦楝丛枝病植原体属于16SrⅠ-B。     

枣疯植原体rp基因和secY基因序列分析

【目的】基于核糖体蛋白基因(rp)和运输蛋白基因(secY),明确了陕西、山西及山东3省枣疯植原体的亚组分类地位。【方法】采集陕西、山西及山东3省枣产区的枣疯病样品,提取样品总DNA;设计引物对rpF1、rpF2、rpR1和secF1、secF2,对枣疯植原体的rp基因和secY基因进行PCR扩增及核苷酸序列测定与系统发育分析。【结果】获得枣疯植原体的rp基因和secY基因,大小分别为1 196和1 421bp。序列比对结果表明,陕西、山西及山东3个省枣疯植原体的rp基因和secY基因序列均一致;系统发育分析表明,这3省的枣疯植原体与樱桃致死黄化植原体(CLY5)和桃树黄化植原体印度株系(PY-In)的亲缘关系最近。【结论】以rp和secY基因作为植原体16SrRNA基因分类系统的辅助分子证据,将陕西、山西、山东的枣疯植原体归属到16SrⅤ-B亚组,明确三省内枣疯植原体的亲缘关系。     

泡桐WPR基因家族鉴定及其对丛枝植原体的响应

为研究WPR基因家族在泡桐丛枝病叶片黄化中的作用,在泡桐全基因组水平上,采用生物信息学方法对WPR基因家族成员进行鉴定、进化分析、染色体定位、共线性、基因结构、蛋白性质、顺式作用元件和表达量的研究.结果表明,白花泡桐基因组中共存在16个WPR基因,分布在9条染色体上,其中,12个基因具有种内共线性,9个基因与拟南芥具有...     

野生豆科牧草种子发芽条件筛选与标准化的研究

\t\t\t\t\t目的\t\t\t\t\t为确定在云南元谋地区蔓草虫豆上发生的疑似丛枝病的病原种类。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t方法\t\t\t\t\t利用植原体16S rDNA基因及secY基因通用引物对蔓草虫豆感病植株总DNA进行直接PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,分别获得1.8 kb和1.7 kb 的16S rDNA、secY基因片段。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结果\t\t\t\t\t16S rDNA 片段iPhyClassifier在线虚拟RFLP及系统进化分析表明：蔓草虫豆丛枝植原体属于16SrII-A亚组成员(相似系数为1.00),与候选种Candidatus Phytoplasma australasiae相关。基于secY基因同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于云南、台湾的花生丛枝植原体组各株系的亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII-A亚组成员。该分类结果与基于16S rDNA基因的分析结果一致。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结论\t\t\t\t\t本研究首次采用分子生物技术确定了云南元谋蔓草虫豆丛枝病的病原是植原体,明确了其分类地位,该结果可为该病害的早期诊断、检测提供理论依据。\t\t\t\t     

枣疯病和酸枣丛枝病植原体16S rDNA和tuf基因的序列同源性分析

 【目的】枣疯病是枣树上由植原体引起的一种毁灭性病害，遍布于中国华北、西北、华东、华南等25个省(市)的枣区，造成了巨大的经济损失。【方法】经PCR扩增，分别对中国陕西的彬县、阎良、武功、佳县、杨凌，河北沧州和山东德州7个枣区的枣疯病样品和杨凌4个酸枣丛枝病样品植原体16S rDNA基因保守序列和延伸因子tuf基因进行克隆和测序。【结果】获得枣疯病和酸枣丛枝病植原体的16S rDNA基因片段均为1 239 bp，tuf基因均为851 bp。通过序列同源性比较，结果表明中国陕西、河北、山东的枣疯病的病原一致，归属于植原体16S rⅤ-B组。由于枣疯病和酸枣丛枝病的植原体16S rDNA有5个碱基的差异，tuf基因的同源性为99.6%，推测为同一个种的不同寄主生物学型。【结论】首次报道了中国枣疯病和酸枣丛枝病植原体16S rDNA和延伸因子tuf基因的序列，确定了枣疯病和酸枣丛枝病植原体的分类地位，为研究枣疯病植原体的致病分子机理、遗传本质提供理论依据。     

水稻橙叶病植原体16S rDNA基因的序列分析

利用植原体16S rDNA通用引物对水稻橙叶病发病植株的DNA进行了PCR扩增和基因克隆.序列测定表明,PCR扩增的片段全长为1 853 bp,包括1 527 bp的水稻橙叶病植原体(RYL)的16S rDNA基因全序列、234 bp的邻近间隔区的序列及部分(92 bp)23S rDNA基因序列.序列比较结果表明,RYL的16S rDNA全序列与其他植原体的相似性在88%～95%,其中与America aster yellows(AAY,GenBank登录号X68373)最高相似性为95%.利用最大简约法构建的16S rDNA系统演化树结果表明:RYL与AAY亲缘关系最近,同被聚类为翠菊黄化组(16Sr Ⅰ).     

绿头鸭线粒体12SrRNA基因序列测定及分析

对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示:4只绿头鸭125 rRNA基因序列完全一致,其全长为9SSbp。碱基A、G、T、C含量分别为31.47%、21.12%、19.09%和28.32%。以白额雁和潜鸭为外群,分别用邻近法和最小进化法构建了系统进化树,结果表明:绿头鸭与斑嘴鸭和北京鸭关系密切,三者共享1个单倍型,它们之间可能存在较为广泛的基因交流。除此之外,绿头鸭与绿翅鸭关系较近,与琵嘴鸭关系较远,罗纹鸭与赤颈鸭关系较近,河鸭属与潜鸭属的亲缘关系要近于与雁属的亲缘关系。     

3个群体小家鼠Sry基因序列分析

[目的]研究小家鼠3个群体间Sry基因序列。[方法]对来自临沂、漠河、云梦的33只雄性小家鼠个体进行基因组DNA提取,设计引物,对其Sry基因进行扩增和序列测定,并使用分子处理软件定义单倍型,分析碱基组成,构建系统发育树。[结果]33个样品全部测序成功,经过数据分析后得到以下结果:33个样品的Sry基因片段大小均在856 bp左右。对33个序列对比分析,共定义了7个单倍型,Sry基因碱基的平均含量分别为A 27.5%、T 30.7%、G 22.5%、C 19.3%,不同个体之间碱基无明显差异,遗传距离小。以大家鼠(KC215142)为外群,小家鼠(AF068054)为参照序列构建系统发育树,7个单倍型与小家鼠共处同一分支。[结论]南北群体的小家鼠Sry基因无明显差异,基因突变率极低,具有极强的保守性。     

花生过敏蛋白分离提取及结构预测分析

花生是较常见的重要食物过敏原之一。本研究采用石油醚对花生进行脱脂处理,利用硫酸铵盐析、透析、葡聚糖凝胶（Sephadex G-150）分离纯化花生蛋白,通过十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）法确定花生主要蛋白分子量为15、20、35和60 ku左右,Western–Blotting免疫印迹试验确定花生过敏原性蛋白分子量为63.5 ku;通过质谱测序得到31条有效蛋白肽段,其中5条肽段的谱图数较高,占总谱图数的49.6%,分别是KLEYDPRCVYDTGAT、AFNAEFNEIRRVLLEE、DNVIDQIEKQAK、PYSPSQDPDRRDPY和QDPYSPSQDPDR,并以此推断这些肽段为花生致敏蛋白Ara h 1和Ara h 2的主要肽段过敏序列,成功运用蛋白肽段推断与之对应的蛋白质种类,为进一步明确花生过敏原的致敏机理奠定基础。但花生过敏蛋白构象结构复杂,需要通过其他手段进一步开展研究工作。     

小麦蓝矮病植原体延伸因子(EF-Tu) tuf基因序列的同源性分析

 【目的】利用分子生物学方法分析小麦蓝矮病植原体延伸因子tuf基因，从亚组水平上确定小麦蓝矮病植原体的分类地位。【方法】电镜观察自然发病的小麦蓝矮病病叶；用引物fTufu/rTufu对小麦蓝矮病植原体延伸因子tuf基因进行PCR扩增；核苷酸序列测定及分析。【结果】经电镜超微结构观察，在韧皮部观察到大量典型植原体。通过PCR扩增得到约850 bp的特异片段。感受态转化后，进行测序，结果表明小麦蓝矮病植原体tuf基因片段长842 bp，编码280个氨基酸。分析比较15种植原体延伸因子tuf基因的同源性，结果表明小麦蓝矮病植原体与三叶草绿变（KVF）亲缘关系最近，核苷酸同源性为99.9％，氨基酸同源性为100％。【结论】从亚组水平上确定了小麦蓝矮病植原体的分类地位，为研究小麦蓝矮病植原体的来源及致病分子机理提供理论依据。