奶牛plgR基因5'侧翼区SNP检测及其与IgA和IgM含量的相关性研究

本试验研究了pIgR基因5'侧翼区的多态性及其对IgA和IgM含量的影响.从NCBI上的MaP Viewer数据库下载牛pIgR基因的5'侧翼区的序列(NW_174143),长度为3.2 kb,设计4对引物进行PCR扩增,通过对25头奶牛的PCR产物直接测序发现并确定SNP位点,并用SNP Stream标签微列阵基因分型系统对189头牛进行基因分型,将其与牛奶和血液中的IgA和IgM的含量进行关联分析.结果表明,pIgR基因在-3128、-3072、-2834、-2348和-515位发现了5个SNP位点,其中SNPI和SNP2为A/G突变,SNP3、SNP4和SNP5为T/C突变.方差分析结果表明,SNPI对牛奶IgM和血液IgA含量有显着的影响(P<0.05),SNP3和SNP5对血液IgM含量有显着影响(P<0.05),其他SNP位点与单倍型组合对乳及血液中IgA和IgM的含量均没有显著影响(P<0.05);多重比较分析表明,SNPl位点的基因型AB个体与BB个体的牛奶IgM和血液IgA含量的最小二乘均数差异显著(P<0.05),SNP3和SNP5的不同基因型对血液IgM含量的最小二秉均数分别达到了显著水平(P<0.05).因此得出,牛pIgR基因5'侧翼区的多态性影响牛奶和血液中的IgA和IgM的含量,这为进一步研究牛奶中IgA和IgM分泌转运机理提供了理论依据.     

肌苷酸合成酶系2个基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的遗传效应

采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联.结果表明,ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区的多态位点C3484T、C-179T与IMP含量显著相关(P0.05),TT为2种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.108和0.067 mg.g-1,显性效应分别为-0.065和-0.136 mg.g-1.2种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其他基因型聚合个体(除TTCC型),且在聚合基因型中2种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平(P0.05),但两者间的互作效应并不显著(P0.05).     

中国荷斯坦奶牛IL-8基因SNP-180A/G显著影响体细胞评分

【目的】通过研究IL-8基因5′侧翼区多态性与体细胞评分（somatic cell score,SCS）的相关性,获得与低体细胞计数（somatic cell counts,SCC）性状相关的遗传标记,为低SCC性状的选育提供借鉴。【方法】采用PCR-SSCP技术检测来自30个公牛家系的610头中国荷斯坦奶牛的IL-8基因5′侧翼区的多态性,并采用混合动物模型分析多态位点与主要泌乳性状及SCS的相关性。【结果】IL-8基因5′侧翼区存在1个SNP位点,即-180 A/G;定义了3种基因型,即GG、GA和AA,频率分别为0.41、0.43和0.16。该SNP位点对SCS具有显著效应,对SCS指标来说,GG极显著低于GA或AA（P＜0.01）,而该SNP位点对测定日产奶量、测定日乳脂率、测定日乳蛋白率和305 d校正产奶量的影响不显著（P＞0.05）。【结论】IL-8基因5′侧翼区SNP-180 A/G显著影响体细胞评分。     

草原红牛H-FABP基因单核苷酸多态性及其对肉质的影响

通过选择对肉质性状有影响的优势基因型作为遗传标记,为草原红牛的继续选育提供理论依据。运用PCR-SSCP方法对草原红牛H-FABP基因5′-调控区进行研究,分析其与肉质性状的相关性。草原红牛H-FABP基因5′-调控区136位点一个T碱基的插入突变,142位点发生了G-A转换。相关分析结果表明剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著（P〈0.01）,AB与BB基因型间差异不显著（P〉0.05）,其余肉质性状不同基因型间差异均不显著（P〉0.05）。H-FABP基因对草原红牛嫩度有显著影响。     

GHRL基因5′侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

 【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关（P＜0.05）,AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著（P＜0.05）;C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关（P＜0.05）,C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著（P＜0.05）。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关（P＜0.05）;与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关（P＜0.01）,单倍型组合H3H4（CCAAAC\CCAACDel）是各个显著相关性状中均值最高的优势单倍型组合。EMSA电泳发现含A等位基因的DNA片段能与转录因子特异的结合,初步证实本试验扩增片段对基因的转录存在一定作用。【结论】GHRL基因与鸡生长和屠体性状存在显著相关性。     

鸡OVR基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联分析

【目的】分析鸡卵母细胞卵黄生成受体(OVR)基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【方法】以丝羽乌骨鸡为研究对象,测定936枚丝羽乌骨鸡蛋黄和全蛋胆固醇含量,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法结合PCR产物测序技术,对丝羽乌骨鸡OVR基因5′侧翼区进行多态性检测,并分析其多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【结果】丝羽乌骨鸡蛋黄胆固醇含量为13.411mg/g,全蛋胆固醇含量平均为456.502mg/hg。在鸡OVR基因5′侧翼区检测到g.9511GA和g.10428TC 2个突变位点,其与鸡蛋蛋黄和全蛋胆固醇含量显著或极显著相关,胆固醇含量较低的基因型分别是GG和TT(P0.05)。【结论】鸡OVR基因5′侧翼区多态性对鸡蛋胆固醇含量有一定影响。     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。     

GHRL基因5'侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P...     

中国荷斯坦牛FADS2基因3′端SNP突变对乳中脂肪酸组成的影响

【目的】FADS2是多不饱和脂肪酸合成中关键的限速酶之一,可催化食物中亚油酸(LNA,C18:2n6)合成γ-亚麻酸(GLA,C18:3n6)、二十碳五烯酸(EPA,C20:5n3)、二十二碳六烯酸(DHA,C22:6n3)等长链脂肪酸。试验旨在探讨中国荷斯坦牛FADS2基因3′端非编码区SNP突变对乳中脂肪酸含量的影响。【方法】随机选择20头无亲缘关系的中国荷斯坦牛样本,用直接测序列法检测FADS2基因3′端非编码区SNP突变位点。再以江苏某大型奶牛场551头中国荷斯坦牛为材料,用飞行时间质谱法对前期发现的2个SNP位点进行检测,同时利用最小二乘模型分析了SNP突变及其单倍型对乳中脂肪酸含量及其不饱和指数的影响。【结果】中国荷斯坦牛FADS2基因3′端非编码区存在3个SNP突变位点:c.1571 AG、c.2743 AG、c.2776 AG。c.1571 AG位点GG型为优势基因型,基因型频率为0.800,G为优势等位基因,基因频率为0.887。c.2776 AG位点AA为优势基因型,基因型频率为0.673,A为优势等位基因,基因频率为0.819。χ~2检验表明:c.2776 AG位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),而c.1571 AG位点基因型分布均偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。FADS2基因c.1571 AG位点与c.2776 AG位点间连锁不平衡系数r2为0.028,未达到显著水平(P0.05)。c.1571AG位点与c.2776 AG位点有3种单倍型,GA、GG和AA频率分别为0.705、0.181和0.114。多因素方差分析表明:FADS2-1571对C14:1含量、C14和C18不饱和指数的影响达到极显著水平(P0.01),对C18:0、SFA和MUFA含量的影响达到显著水平(P0.05)。GG型个体乳中C14:1含量、C14和C18不饱和指数显著高于AG型(P0.05)。FADS2-2776位点对C16:1含量、C16和C20不饱和指数的影响达到极显著水平(P0.01),对C14:1含量的影响达到显著水平(P0.05),GG型个体乳中C16:1含量、C16和C20不饱和指数显著高于AG型和AA型(P0.05)。同时,FDAS2-1571-2776单倍型对C16:1含量和C20不饱和指数的影响达到显著水平(P0.05),单倍型GG型个体乳中C16:1含量和C20不饱和指数显著高于GA型和AA型(P0.05)。【结论】FADS2基因3′端非编码区SNP突变对中国荷斯坦牛乳中脂肪酸组成有重要影响。在进一步验证其功能情况下,可作为影响中国荷斯坦奶牛乳脂肪酸组成的主效基因加以利用。     

hspA9基因5′侧翼区SNPs对矮脚黄羽肉鸡耐热性的影响

对矮脚黄羽肉鸡纯系hspA9基因5′侧翼区进行PCR测序和PCR–RFLP检测,将检测到的突变位点与矮脚黄羽肉鸡纯系5个耐热性状(T3、皮质酮、异嗜性粒细胞与淋巴细胞比率(H/L)、CD3+T细胞和CD4+T细胞)进行关联分析。结果表明:矮脚黄羽肉鸡纯系hspA9基因5′侧翼区有3个单核苷酸多态性(SNP)位点(C.–85CA、C.–485GA和C.–568GA),根据C.–85CA的酶切位点,这个基因可分为AA、AC、CC型;根据C.–485GA的酶切位点,这个基因可分为GG、GA、AA型;根据C.–568GA的酶切位点,这个基因可分为GG、GA、AA型;热应激状态下,C.–485GA位点与皮质酮极显著相关(P0.01),GG基因型个体的皮质酮值极显著高于GA基因型个体;常温状态下,C.–485GA位点与T3显著相关(P0.05),GA基因型个体的T3值显著高于AA基因型个体,C.–568GA位点与T3显著相关(P0.05),GG基因型个体T3值显著高于GA和AA基因型个体,C.–568GA位点与CD4+T细胞极显著相关(P0.01),GG基因型个体CD4+T细胞值显著高于AA基因型个体。C.–485GA位点和C.–568GA位点对鸡热耐受性有较大的影响,可望用于鸡抗逆性的分子标记辅助选择。     

猪脂联素基因启动子克隆及多态性研究

[目的]为脂联素基因作为脂肪沉积候选基因的研究提供依据。[方法]通过猪BAC文库筛选及primer—walking的测序方法获得脂联素基因的启动子序列,采用PCR—RFLP技术对蓝塘猪、大花白猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个品种共290头猪的脂联素基因启动子区的多态性进行了分析。[结果l脂联素基因的5’侧翼区-1010bp（G／A）的SNP位点,本地猪种中GG基N型频率明显高于外来猪种;-394bp（T／C）的SNP位点,本地猪种基因型分布较为丰富,而在外来猪种申却没有检测到CC基因型,且外来猪中T等位基因频率较高。[结论]脂联素基因上游-1010bp（G／A）的SNP位点突变可能会引起该基因转录水平的改变,而-394bp（T／C）的SNP位点与基因转录水平及与脂肪沉积可能无关．     

宣和猪PLIN2基因5′-UTR和3′-UTR多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】揭示PLIN2基因对宣和猪生长性状的影响。【方法】以357头宣和猪为试验材料,采用PCR产物直接测序法检测了PLIN2基因的5′-UTR和3′-UTR多态性,分析了各SNP位点不同基因型的生长性状差异。【结果】在5′-UTR检测到2个SNP位点(G158A、T491G)、3′-UTR检出1个SNP位点(G5689A),上述3个SNP位点分别以GG、TT和GG基因型频率最高,G、T和G为优势等位基因;除G158A位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)外,其余2个突变位点均处于平衡状态(P0.05),且杂合度较高、遗传多样性较为丰富。在6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重上,G158A位点的GG型、T491G位点的TT型和G5689A位点的GG型均显著高于同位点其他基因型(P0.01或P0.05);且3个SNP位点不同单倍型组合对生长性状的影响呈现了明显的协同作用,即GTG/GTG组合的6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重最高(P0.01或P0.05)。【结论】研究结果从PLIN2基因多态性角度印证了宣和猪新品种选育工作的有效性,初步证实PLIN2基因与宣和猪生长性状间存在显著关联。     

中国荷斯坦奶牛BLF基因5′侧翼区PCR-SSCP多态性及其与乳房炎的相关性分析

采用PCR-SSCP技术,对中国荷斯坦奶牛乳铁蛋白基因(Bovine lactoferrin,BLF)5′侧翼区的多态性进行了分析,并用最小二乘法拟合线性模型分析各种基因型与奶牛乳房炎的相关性。结果发现,中国荷斯坦奶牛BLF基因5′侧翼区存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.8805,0.0299和0.0896;AA基因型在-148位缺失G;与AA基因型相比,BB基因型在-149位发生C→T变异,-135位发生G→A变异;BLF基因5′侧翼区的χ2值为7.992 4(P<0.01),说明BLF基因5′侧翼区的突变处于Hardy-Weinberg非平衡状态,样本群体中AA基因型的SCSLAW最大,BB基因型的SCSLAW最小,两者差异极显著(P<0.01)。表明BLF基因5′侧翼区BB基因型可能与乳房炎的抗性有关,AA基因型可能与乳房炎的易感性有关。     

秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。     

绵羊ADIPOQ多态性与生长性状的关联分析

【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X ²检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F₂代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F₂代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F₁代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H₁代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F₁代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F₁代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F₂代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H₂代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F₂代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F₂代、H₁代和H₂代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。     

中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性与乳房炎关联性分析

以273头中国荷斯坦牛为研究对象,利用CRS-PCR、PCR-SSCP及DNA测序技术检测糖基化依赖细胞粘附分子1（GlyCAM1）基因外显子3、内含子3的遗传多态性。结果表明：GlyCAM1基因分别在外显子3和内含子3的第2081（A/C）、2417（C/T）位存在突变,两位点在牛群中的等位基因频率A/B分别为0.752 5/0.2475,0.904 6/0.095 4;经χ^2适合性检验,
中国荷斯坦牛群2417位点的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）,但2081位点的突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.05）。采用最小二乘法拟合线性模型将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析,结果表明：胎次效应（P〈0.01）、场效应（P〈0.01）和泌乳月（P〈0.05）对乳房炎的影响较大。2081位基因型效应对SCCS的影响达到了显著水平（P〈0.05）,且AA基因型个体的SCS显著低于AB和BB基因型个体（P〈0.05）。     

湖北白猪及其杂交后代H-FABP基因型与相关性状关系研究

 【目的】对湖北白猪及其杂交后代H-FABP基因多态性以及与生产性状的相关进行分析,为在湖北白猪优质系培育过程中进行分子标记辅助育种提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP（HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ）方法分析湖北白猪及其杂交后代共计282头猪的H-FABP基因5′-上游区域和第二内含子遗传多态性,利用最小二乘模型分析杂交后代H-FABP基因型对相关生产性能的影响。【结果】湖北白猪在HinfⅠ-RFLP位点表现为单态,在HaeⅢ- RFLP和MspⅠ-RFLP位点上呈现多态,杂交一代、杂交二代在三个酶切位点均呈现出多态;湖北白猪在HinfⅠ-RFLP、HaeⅢ-RFLP位点均表现为低度多态,在MspⅠ-RFLP位点表现为中度多态,其杂交一代、杂交二代均表现为中度多态;不同基因型对IMF（Intramuscular fat,肌内脂肪）含量的影响,HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,aa＞Aa＞AA,dd 基因型IMF含量显著高于DD、Dd基因型（P＜0.05）,aa、Aa基因型IMF含量极显著高于AA型（P＜0.01）。HH基因型20日龄重显著高于hh基因型（P＜0.05）。其它生产性能在不同基因型间差异不显著（P＞0.05）。【结论】在选育群体中可以通过选择H-FABP的优势基因型（aa- dd- HH）提高IMF含量而不影响其它生产性状。     

PPARγ基因5'侧翼区单倍型与鸡生长和体组成性状的相关研究

 【目的】研究PPARγ基因5'侧翼区多态性及其单倍型效应对鸡生长和体组成性状的影响,寻找影响肉鸡生长和体组成性状的QTL,为分子标记辅助选择提供相应依据。【方法】以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第8、9和10世代肉仔鸡为试验材料,采用测序、PCR-RFLP等方法进行多态性位点检测及基因型分析。利用基因型信息重构单倍型并分析不同单倍型与生长和体组成性状的关系。【结果】PPARγ基因5'侧翼区存在3个多态性位点（g.-1784_-1768del17,c.-1241G＞A及c.-75G＞A）,利用其构建的单倍型对腹脂重、腹脂率、肝脏重、肝脏比例、胫骨长、股骨重、龙骨长、跖骨围等性状有显著影响（P＜0.05）;对胸大肌重、胸小肌重、胸小肌率、跖骨长等性状具有一定的影响（P＜0.2）。最小二乘分析结果表明,对于腹脂重、腹脂率等性状,BGA单倍型个体显著高于其它单倍型个体（P＜0.05）;相对于其它单倍型个体,AAG单倍型个体有较高的肝脏重、肝脏比例、胸小肌重和胸小肌率（P＜0.05）;在股骨重、胫骨长、跖骨长、跖骨围、龙骨长等骨骼生长发育性状方面,AAG单倍型个体显著优于AGG单倍型个体（P＜0.05）。【结论】PPARγ基因5'侧翼区可能存在影响鸡脂肪性状的QTL,PPARγ基因可能是影响鸡骨骼性状的重要基因之一。     

荷斯坦种公牛HSFl和HSBPl基因多态性分析

[目的]研究荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因多态性。[方法]通过DNA测序技术对牛HSF1和HSBP1基因进行SNPs位点扫描,利用CRS-PCR和PCR-RFLP方法对4个单核苷酸多态性（SNPs）进行基因型分型,分析162头荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因的多态性。[结果]扫描结果表明,在HSF1基因1451（G/T）处发现1个新SNP。在HSBP1基因第2内含子上发现3个新SNPs,分别为324（G/C）、589（C/T）和651（C/G）。多态性分析结果表明,HSF1基因1451（G/T）位点的SNP的AA基因型频率最高,优势等位基因为A,而HSBP1基因3个SNP频率最高的基因型分别为AB、AA和BB,优势等位基因589（C/T）为A,而324（G/C）和651（C/G）均为B。χ2适合性检验表明,HSF1基因1451（G/T）位点在荷斯坦种公牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）,而HSBP1基因324（G/C）、589（C/T）和651（C/G）位点的突变在荷斯坦种公牛群体中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.05）。[结论]该研究可为HSF1和HSBP1基因的功能研究提供试验依据     

猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性分析

为探究猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性,在DNA水平上对藏猪、大白猪ARID5B(AT-rich interaction domain 5B)基因5′侧翼区进行了单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选;在mRNA水平上对两猪种的肝脏、背脂和背最长肌组织中的ARID5B基因表达量进行了RT-qPCR检测;并对两猪种的背膘厚和背最长肌组织中IMF(Intramuscular fat)含量进行测定。结果表明:在ARID5B基因5’侧翼区,存在T-2 216C和In-2 029Del缺失2个连锁突变位点,藏猪与大白猪呈极显著差异(P0.01);在相同组织不同品种间,ARID5B基因在肝脏、背脂和背最长肌中mRNA相对表达量趋势完全一致,且藏猪ARID5B基因表达量均极显著低于大白猪(P0.01);藏猪背膘厚和IMF含量均极显著高于大白猪(P0.01);经DNA、mRNA水平、背膘厚和IMF含量相关性分析发现,ARID5B基因mRNA相对表达量与背膘厚和IMF含量呈显著负相关(P0.05)。