SSR 标记荧光毛细管电泳在种子检测中常见问题分析

SSR 分子标记荧光毛细管电泳在农作物种子质量检测中常用于种子真实性检测、种子纯度鉴定和指纹数据库的构建。试验过程中模板 DNA 浓度、特异峰型的统计分析以及仪器设备运行和维护、试验结果与指纹数据库的比对等关键环节都直接影响待测样品的结果判定。就检测中遇到的问题进行分析,并提出相应的解决方法,以期为农作物种子质量检测荧光毛细管电泳技术平台提供参考。     

毛细管电泳荧光检测中的异常电泳类型及原因分析

采用毛细管电泳荧光检测技术进行玉米SSR标记的片段分析.利用峰型、峰面积和其它荧光干扰峰等方面的特征对特异峰和非特异峰进行甄别.分析了特异峰的具体表现类型及原因:包括N 1峰、稀有峰、连续多峰、三峰和高低峰等.探讨了片段扩增产物大小与异常峰型的关系.为保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,提出了数据统计规范化的解决方案.     

SSR标记DNA检测玉米种子纯度PAGE银染应注意的几个问题

SSR（微卫星标记）分子检测方法已在玉米品种纯度及真实性检测方面广泛应用,银染作为最后一个环节在检测中起到举足轻重的作用。如果银染出来的带型明亮、清晰,说明以前的各个环节技术操作完成得准确无误。反之,若银染出现无带、带弱、缺失等现象,说明既可能是前面哪个环节出了差错,也可能是因染色环节的失误所致。因此种子检验员在SSR标记DNA检测玉米种子纯度时能否做到一次染色成功,不仅是对本实验的成功肯定,也是实现高效、快捷、降耗以及提高服务质量的方法。     

马铃薯SSR标记变性聚丙烯酰胺凝胶银染干胶的简易制备

通过对马铃薯SSR标记变性聚丙烯酰胺银染凝胶及简易制备干胶结果的比较分析,提出了简易的干胶制备方法。     

利用SSR标记进行玉米品种一致性检测研究

为了评估SSR标记在玉米品种一致性鉴定中的应用价值及确定基于SSR标记的玉米一致性鉴定标准,利用13个SSR标记对213份来自2004年国家区域试验的玉米单交种(包括16份重复材料)进行了一致性分析,每个品种取20个个体,除在染色体6和8上各选取了2个和3个标记外,其他染色体上均各选取1个SSR标记.结果显示:一致性检测中异型带的类型有7种,每种出现的概率不同;不同品种在不同引物位点的一致性分布情况差别较大.比较位于同一染色体的引物一致性检测结果,发现在相同染色体上位置较近的不同引物一致性检测结果具有较高的相关性,因此提出在选用一致性检测的引物时应遵循均匀分布的原则,减少引物间的相关性.通过剔除自交个体对品种一致性比率进行校正(仅有7个品种),校正值可反映品种真实的遗传一致性和稳定性.综合考虑品种在单个引物位点的一致性和在所有位点的平均一致性,提出了划分玉米品种一致性级别的标准.     

吉林省主推玉米品种的SSR分子标记纯度鉴定

针对吉林省主推玉米品种,构建了一套科学高效的纯度鉴定体系。以吉林省主推的50个玉米品种为研究材料,从GB/T 39914-2021公布的40对SSR引物中筛选出9对用于吉林省主推玉米品种的纯度鉴定。筛选出的9对引物杂合度在82%~100%,平均杂合度为91.5%,PIC值在0.44~0.75,平均PIC值为0.63。该组引物多态性高、稳定性强、分辨率高且非特异扩增片段少。将9重扩增体系进行优化,形成吉林省主推玉米品种纯度鉴定体系。用这9对引物对吉林省主推的6个品种进行纯度鉴定,可准确检测出品种的典型株、自交苗和异型株,共检测出10个自交苗和7个异型株,6份样品最高纯度为98%,最低纯度为96%,鉴定结果与田间鉴定结果相关性系数为0.766,相关性较高,结果可靠。     

黔东南地方玉米品种SSR分子标记指纹图谱构建

利用SSR分子标记技术研究了黔东南地方玉米品种,筛选出48对引物,共检测出309个等位基因变异,每对引物检测出3～12个,平均为6.44个。每个位点的SSR多态信息量(PIC)变化为0.37～0.88,平均为0.70,标记索引系数平均为4.68。21个材料间的遗传相似性系数变化为0.57～0.90,平均为0.68。利用4对多态信息量高的引物建立了21个地方品种的DNA指纹图谱。     

小麦SSR指纹图谱及品种身份证的构建——基于毛细管电泳分析

为解决小麦品种区分难的问题,以黄淮海和长江中下游地区160个小麦主栽品种为试验材料,经初筛和复筛,从分布于小麦21个连锁群的105对SSR引物中,筛选出21对稳定、多态性高的引物(每条染色体上各选取1对)。对供试小麦品种进行SSR荧光标记的毛细管电泳分析,获取其SSR分子指纹信息,并与品种基本商品信息结合,进行数字化编码,构建了160个小麦的品种身份证,实现小麦品种信息唯一性、通用性、可识别性和可追溯性的统一,为小麦种子的质量追溯和管理提供便利,同时为种子市场的知识产权保护提供科学依据。     

玉米自交系遗传关系的SSR标记分析

选用系谱明确的和系谱来源复杂的38个玉米自交系为材料,在玉米基因组上均匀选取62个SSR引物进行遗传关系分析：(ⅰ)分析SSR引物在这些自交系中的差异程度;(ⅱ)进行自交系的类群划分;(ⅲ) 明确SSR标记在不同来源类型玉米自交系的类群划分和遗传关系分析上的应用价值。62对SSR引物共检测到238个等位基因变异,平均每个位点的等位基因数4.08个,平均多态性信息量(PIC)0.612,平均标记索引系数(MI)2.58,三个指标对标记多态性的分析不完全一致。UPGMA聚类分析将38个玉米自交系分为瑞德、旅大红骨、塘四平头、兰卡斯特、P1、P2和热带素湾7个类群,划群结果与系谱基本吻合,同时对系谱来源复杂的自交系进行分析,明确了它们的归属。     

60个玉米自交系的SSR标记分析

利用SSR标记研究了60个山西省主要玉米(Zea maysL.)自交系的遗传变异。用23对扩增带型稳定的引物,从供试自交系中检测出91个等位基因变异,每对引物检测出等位基因2~7个,平均为3.96个,平均多态性信息含量为0.600。UPGMA聚类分析将60个自交系划分为唐四平头,旅大红骨,PN,BSSS,Lancaster,Suwan等6个类群,化群结果与其系谱关系和育种家经验基本一致。     

毛细管与聚丙烯酰胺凝胶电泳检测甜菜SSR位点的比较研究

为了探究毛细管与聚丙烯酰胺电泳方法的适用情况,比较其优缺点。本研究以8个甜菜栽培种资源为材料,选择8个SSR位点,分别使用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测和毛细管电泳荧光检测每个位点的多态性,并对这两种方法的检测结果进行了比较。毛细管电泳荧光标记法可以准确的知道DNA片段的分子大小;PAGE电泳只能用肉眼与Marker比较估测得出大致分子量,不能得出准确分子量。8对引物两种检测方法的匹配比率分别是75%、87.5%、50%、75%、25%、100%、37.5%、50%。研究结果证明,两种检测平台数据整合存在较大差异。检测结果与引物是否是单拷贝、引物多态性,稳定性等因素有直接关系。测序检验结果表明,样品较少时利用PAGE电泳的方法来检测SSR位点的多态性,既能节省成本又能节省时间,还能保证检测结果的准确性。     

利用盐溶蛋白PAGE电泳法检测玉米种子的研究

应用玉米盐溶蛋白PAGE电泳方法检测了10个玉米品种的纯度及其杂交种的真实性。通过品种间的盐溶蛋白谱带的对比,发现其中有2条蛋白带是各品种所共有的,而除这些共有的蛋白带以外,各品种还具有一些特异条带。根据每个品种特有的蛋白条带,建立其特征条带图谱,可应用于该品种的相关鉴定工作。     

毛细管电泳技术检测有机杂环类除草剂方法的研究

毛细管电泳技术(CE),经过几十年的不断发展与改进,已经在农药残留领域被广泛应用,但是有关有机杂环类除草剂的毛细管电泳检测未见报道,其检测的方法技术体系有待研究。为此,通过筛选和优化CE技术的相关检测参数,建立了五种有机杂环类除草剂(西玛津、氰草津、西草净、扑草净、特丁津)的毛细管电泳检测方法(以10 mmol/L硼砂做为运行缓冲液,其PH为9.5;以30 mmol/L十二烷基硫酸钠,7.5%甲醇溶液为最佳分离介质;运行条件的设置为：进样压力为0.5 psi,进样时间为5s,分离电压为15 KV,毛细管柱温为：25 ℃,检测波长为221 nm),最终可以实现一次性对五种有机类杂环类除草剂进行高效、快速和准确的检测。     

玉米蛋白质组研究中双向电泳技术条件的优化

为了优化玉米叶片双向凝胶电泳技术条件,通过比较3种总蛋白提取方法对玉米双向电泳结果的影响,并对蛋白质上样量、IEF等电聚焦条件及SDS-聚丙烯酰胺凝胶浓度等参数进行探索、优化;结果发现,与酚提取法和磷酸缓冲液法相比,采用改进的TCA/丙酮法提取总蛋白操作简单、方便,所得的2-DE图谱中蛋白质点数量多、背景清晰,是一种适用于提取玉米苗期叶片总蛋白的有效方法;同时筛选出:第一向IEF等电聚焦样品上样量为800μg,聚焦条件为20 000 V/h,在浓度为12.5%的SDS-聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳,能够在17 cm的IPG胶条上获得背景低、分辨率较高、重复性好的双向电泳图谱,该优化体系适用于玉米叶片蛋白质组双向电泳分离,对玉米蛋白质组学研究具有重要参考价值。     

利用毛细管电泳法测定牛乳中乳铁蛋白含量

将样品经缓冲液处理,选择直径为50μm,有效长度为400mm的涂层中性毛细管柱,缓冲溶液为柠檬酸缓冲液(pH值为3.0±0.2),工作电压为21kV,检测波长为214nm,进行检测。结果显示,乳铁蛋白平均回收率为75%￣91%,相对标准偏差(RSD)为1.1%￣2.8%,最低检出限为0.003mg/mL。该方法简便、准确、灵敏度高,是快速检测乳品中乳铁蛋白含量的最适合的分析方法。     

玉米籽粒蛋白质双向电泳技术体系的优化

为了获得玉米籽粒双向电泳中蛋白质提取的最佳方法,建立最佳的玉米籽粒蛋白双向电泳技术体系,对酚抽提法、三氯乙酸/丙酮沉淀法(TCA/丙酮沉淀法)和可溶性蛋白提取法3种不同提取方法得到的蛋白质进行了分析,并在相同条件下进行双向电泳比对分析,结果表明:可溶性蛋白提取法获得的蛋白纯度高、浓度适中、双向电泳蛋白质点最丰富,最适合双向电泳研究;利用可溶性蛋白提取法获得的蛋白,对第一向等电聚焦参数等条件,以及不同p H值范围的IPG预制凝胶条进行了比较分析,结果表明:采用p H值3~10的IPG预制凝胶条时,采取电压梯度上升的方式,总聚焦70 000 Vhs、上样量800μg效果最佳,采用p H值4~7的IPG预制凝胶条时,总聚焦80 000 Vhs、上样量900μg效果最佳,并且采用p H值4~7的IPG预制凝胶条相比p H值3~10的凝胶条能分离到更多的点,最后结合蛋白质点MALDI-TOF-TOF质谱鉴定分析,建立了一套适用于玉米籽粒的蛋白质双向电泳技术方法,即采用可溶性蛋白提取法提取蛋白,采用24 cm、p H值4~7的IPG干胶条,上样900μg电泳效果最佳,等点聚焦程序:500 V、1 h,1 000V、1 h,2 000 V、1 h,4 000 V、2 h,8000 V、4 h,8 000 V、80 000 Vhs,500 V保持。试验研究为后续玉米籽粒发育差异蛋白研究奠定了技术基础。     

SSR荧光标记和银染技术的比较分析

应用多重PCR简单重复序列（SSR）荧光标记分析技术和常规的SSR银染技术，对北方冬麦区451份材料（中国小麦初选核心种质的一部分）进行分析，用相同材料和引物，对这两种方法的检测效果进行评价。用24对引物扩增，银染法共检测出235个等位变异，每个位点检测到的等位变异为3～20，平均为9.8个，多态性信息指数PIC为0.22～0.93     

利用SSR分析玉米群体的遗传变异

以6个玉米群体为材料，利用SSR标记分析其遗传多样性并进行聚类分析。结果表明，在6个玉米群体中检测到了丰富的遗传变异，平均每SSR位点的变异等位基因数达到7．79。依据SSR标记的遗传距离将供试材料分为4大类：第Ⅰ类为黄综群、金皇后综合种，第Ⅱ类pob21，第Ⅲ类为豫综5号、BSSS，第Ⅳ类为辽旅综。