狗枣猕猴桃胚胎发育晚期富集蛋白的生物信息学分析

胚胎发育晚期富集蛋白(LEA)是目前最受关注的逆境胁迫响应蛋白,在植物受到多种胁迫时LEA蛋白大量表达,从而减轻了植物受到的逆境伤害。利用生物信息学方法对狗枣猕猴桃胚胎发育晚期富集蛋白(AkLEA)进行结构及功能预测。结果表明:狗枣猕猴桃AkLEA的cDNA全长为1 292 bp,CDS为657 bp,编码蛋白由221个氨基酸构成、具有AkLEA的保守序列,是LEA蛋白(PLN03160)超家族的一员,是一个亲水性、稳定的蛋白。与其他17种植物的LEA氨基酸序列进行对比,结果表明,狗枣猕猴桃AkLEA基因与中华猕猴桃变种亲缘关系较近,而与杨树、石榴等植物亲缘关系较远。本研究结果可为狗枣猕猴桃AkLEA基因功能的进一步研究提供参考。     

狗枣猕猴桃AkKCS蛋白的生物信息学分析

为深入研究狗枣猕猴桃AkKCS蛋白功能,利用生物信息学方法,对其蛋白质的理化性质、亲水/疏水性和功能结构域进行分析。结果表明：AkKCS蛋白cDNA全长为1693bp,共编码496个氨基酸,为亲水性、不稳定蛋白质,具有KCS超家族的保守结构域(ID:PLN03212),AkKCS与中华猕猴桃原变种亲缘关系较近,与烟草等12种其他植物亲缘关系较远。     

狗枣猕猴桃AkHSP20基因的生物信息学分析

为探明狗枣猕猴桃AkHSP20的功能,利用生物信息学工具和方法,对其蛋白质的理化性质、亲水/疏水性、跨膜结构、结构功能域、二级结构、三级结构、蛋白质修饰位点及同源性等进行分析和预测。结果表明:AkHSP20的cDNA全长为922bp,CDS为582bp,编码蛋白是由194个氨基酸构成的亲水性非稳定蛋白,属于HSP20蛋白家族(ID 10157978),主要构件为α-螺旋和不规则卷曲,与其他15种植物的HSP氨基酸序列进行对比,表明其与中华猕猴桃变种亲缘关系较近。     

狗枣猕猴桃AkMYB5基因的生物信息学分析

为研究狗枣猕猴桃[Actinidia kolomikta(Maxim. et Rupr.)Maxim.]AkMYB5的功能,利用生物信息学工具和方法,对其编码蛋白质的理化性质、亲水/疏水性、跨膜结构、结构功能域、二级结构、三级结构、蛋白质修饰位点及同源性等进行分析和预测。结果表明,AkMYB5的cDNA全长为1 339 bp,CDS为1 053 bp,编码蛋白由351个氨基酸构成的亲水性非稳定蛋白,属于MYB5蛋白家族(PLN03212),主要构件为α-螺旋和不规则卷曲,与其他18种植物的MYB氨基酸序列进行比对发现,其与中华猕猴桃变种(Actinidia chinensis var. chinensis)AkMYB5的亲缘关系较近。     

狗枣猕猴桃花芽分化的观察

对狗枣猕猴桃花芽分化的形态特征进行了观察。结果表明 ,狗枣猕猴桃花芽为混合芽 ,分化时期为当年的 3月中旬至 4月上旬 ,且具有分化时间短、速度快的特点。其形态分化可分为 5个时期 ,即未分化期、花芽分化始期、花被原基分化期、雄蕊原基分化期、雌蕊原基分化期。雌、雄花形态差异出现在雌蕊原基开始化时期。     

狗枣猕猴桃离体培养和快速繁殖研究

[目的]研究狗枣猕猴桃离体培养和快速繁殖技术。[方法]以狗枣猕猴桃幼嫩带芽茎段、幼嫩叶片及叶柄作为外植体,研究其组织培养整个过程,建立快速高效的狗枣猕猴桃快繁体系。[结果]器官发生途径最适宜的外植体为幼嫩叶片。筛选出最适宜腋芽一步成苗的培养基配方为MS+1.25 mg/L 6-BA+0.250 mg/L NAA,腋芽萌发率达92.90%,通过对无菌苗进行生根诱导试验,筛选出最佳生根培养基为1/2MS+0.2 mg/L NAA,生根率100%,平均根数12.5条。[结论]该研究为狗枣猕猴桃产业化生产及优良种质资源的保存工作提供了理论和技术支撑。     

水稻PIN家族的生物信息学分析

作为植物中最重要的生长素外输载体,PIN家族在各种植物中都拥有众多成员。对水稻基因组的BLAST搜索获得了12个PIN家族成员,分析发现:水稻PIN基因不均衡地分布在基因组染色体上;其内含子、外显子结构类似;PIN蛋白质拥有典型的载体蛋白序列特征,即亲/疏水性反复变化,存在多次跨膜结构域;几乎所有PIN蛋白都有一个NPNXY的内化结构域和7个功能未知的基序;PIN在早期即分化为两组成员,主要区别在于中间亲水环的部分缺失;并且在后来发生了支系特异的复制事件,从而形成了众多旁系同源基因。     

番茄CKX基因家族生物信息学分析

植物细胞内的细胞分裂素受到细胞分裂素脱氢酶/氧化酶(Cytokinin oxidase/dehydrogenase,CKX)的调节,来维持植物体内细胞分裂素动态平衡。为探究番茄基因组中CKX基因(SlCKX)家族成员的信息,本研究通过现代生物信息学分析,对番茄中CKX基因家族进行鉴定和分析。结果表明,在番茄全基因组中鉴定出9个CKX基因家族成员,蛋白长度在453~553氨基酸之间,编码蛋白分子量在51660.72~52493.64kDa之间,为亲水性蛋白;番茄CKX基因分在4个亚族内,并且SlCKX家族成员中含有3~5的内含子以及4~6外显子;9个番茄CKX家族基因不均匀的分布在5条染色体上,番茄CKX基因家族包含11种顺式作用元件,其中分布最广的为脱落酸响应元件。该研究将为番茄CKX基因家族的功能和应用研究提供一定的理论依据。     

苹果SBP基因家族生物信息学分析

首先利用生物信息学方法对苹果42条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了苹果与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示着42条蛋白序列与拟南芥16条SBP蛋白序列一起被分成了7个亚族,拟南芥与苹果SBP基因间具有较高的保守性。基因组定位结果显示42条SBP基因分布在12条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列疏水性存在一定的差异;二级结构预测分析发现,42条氨基酸序列以随机卷曲和α-螺旋为主要组成部分,而且42条氨基酸序列三维结构相似。     

葡萄GRAS基因家族生物信息学分析

为研究葡萄中GRAS基因家族的特征,本文首先利用生物信息学方法对葡萄91条GRAS蛋白序列的系统发生和GRAS基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了葡萄与拟南芥的GRAS基因家族之间的联系。结果显示这91条蛋白序列与拟南芥35个GRAS基因蛋白序列一起分成了8个亚族,说明拟南芥与葡萄GRAS基因间具有较高的保守性。基因组定位结果发现91条GRAS基因分布在17条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;而二级结构预测结果发现,91条氨基酸序列以α-螺旋和随机卷曲为主要组成部分,且91条氨基酸序列三维结构相似。     

小麦YABBY基因的生物信息学分析

[目的]对小麦YABBY基因家族成员TaYAB1与TaCRC基因进行生物信息学分析。[方法]利用相应的计算机软件及数据库,对这2个基因的理化性质、结构与功能进行分析预测,同时构建其同源基因的系统进化树。[结果]TaYAB1与TaCRC蛋白为不稳定亲水性蛋白,其蛋白结构中无跨膜区,属于非分泌性蛋白。TaYAB1与TaCRC蛋白亚细胞定位于细胞核,有多种二级结构形式。功能分析预测这2个蛋白具有转录与转录调控功能。[结论]在小麦背腹极性建立中,小麦TaYAB1与TaCRC基因可能在转录调控过程中发挥重要作用。     

长白山3种猕猴桃化学成分及生物活性研究进展

猕猴桃具有抗肿瘤、抗辐射及提高免疫功能等生物活性,已引起国内、外学者的重视。本文对长白山产软枣猕猴桃、葛枣猕猴桃及狗枣猕猴桃的化学成分及生物活性研究进展进行了综述,为进一步开发利用该类植物提供理论依据。