1株基因Ⅶ型新城疫病毒的生物学特性研究及全基因组序列分析

为研究当前流行的新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株（La Sota等）的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验（HA）和红细胞凝集抑制试验（HI）初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段（登录号：JF950510.1）设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDV F基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）、1日龄鸡脑内致病指数（ICPI）和6周龄鸡静脉致病指数（IVPI）判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列（登录号：JF950510.1）设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500 bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8 h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192 bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。     

6株K亚群禽白血病病毒分离株的全基因组测序及遗传进化分析

为研究目前中国临床流行的ALV毒株特征,我们采集临床上ALV P27阳性的鸡的血浆,接种DF-1细胞进行病毒分离,分离出6株外源性ALV毒株,并进一步对分离毒株进行前病毒全基因组测序。结果表明,6个ALV分离株的基因组结构均为典型的复制完整型C型逆转录病毒,缺乏病毒致癌基因,分离株DT190901基因组全长为7473 bp;DT190902和DT190905为7467 bp;DT190903和DT190906为7481 bp;DT190904为7493 bp,分离株间基因组序列同源性较高（98.6%～99.9%）。对6个ALV分离株与其他ALV毒株进行序列比较和遗传进化分析,结果表明,分离株的LTR、gag、pol及gp37基因与内源性ALV相比具有较高同源性（>93.8%）,gp85基因与ALV-K一致性较高（>95.4%）,属于新型ALV亚群（K亚群）遗传分支。分离株的LTR序列与内源性ALV相似,比其他外源性ALV亚群缺少一个CAAT Box、PRE Box、Y Box及CArG Box等转录调控元件。结果表明这6个分离株属于ALV-K亚群,为ALV-K与内源性ALV...     

两株不同宿主来源的基因VII型新城疫病毒的生物学特性比较及全基因组序列分析

为研究不同宿主来源的新城疫病毒(NDV)的生物特性及分子特征,本研究比较了两株(Ch/CH/SD/2008/128和Du/CH/SD/2009/134)同属ClassⅡ基因VII型的NDV分离株的生物学特性,并采用RT-PCR方法扩增及测定两株病毒的全基因组序列。结果显示,两株病毒对雏鸡具有相同的高致病性,但鸡源分离株Ch/CH/SD/2008/128对雏鸭致死率高达70%,而鸭源分离株Du/CH/SD/2009/134对雏鸭致死率仅为20%。全基因组序列比较分析显示:两株病毒的基因组长度均为15 192 nt,裂解位点为112RRQKQF117,属于典型的强毒特征,并且两者之间同源性超过96%。Ch/CH/SD/2008/128的F和HN蛋白中某些氨基酸位点与其他VII型病毒存在差异,这可能是导致该病毒对鸭具有高致病性的原因。结果表明两株不同宿主来源的ClassⅡ基因VII型NDV在遗传信息方面差异不大,但对鸭的致病力具有明显差异。     

Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046的基因组特性

对1株Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046进行了全基因组序列测定和遗传进化分析.结果表明,该分离株基因组长度为15 198 nt,符合"六碱基原则".与Ⅱ类新城疫病毒的基因组序列相比,该分离株在基因组P基因的2 381～2 382 nt的位置(根据La Sota株的基因组序列,包含15 186 nt)有12 nt的插入(TGGGAGACGGGG).NDV08-046株F蛋白裂解位点的序列为112-ERQERL-117,具有典型的新城疫弱毒株特征.全基因组的遗传进化分析显示,所有的新城疫毒株能够被分为2个明显不同的分支,即Ⅰ类和Ⅱ类,NDV08-046分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因2型.     

2014—2018年我国5株基因VII型新城疫病毒的基因组特性

为了解我国基因VII型新城疫病毒的分子生物学特性,对2014—2018年分离的5株基因VII型新城疫病毒代表株进行了基因组测序和生物信息学分析。序列分析显示：5株病毒F蛋白裂解位点为112RRQKR/F117或112RRRKR/F117,具有强毒株的典型特征;病毒基因组长度均为15 192 nt,其F蛋白融合肽、七肽重复区和跨膜区,以及HN蛋白跨膜区、中和抗原表位等功能区有多处氨基酸变异。病毒F基因遗传进化分析显示：2014—2015年分离的2株病毒属于基因VII.1.1亚型;2016—2018年分离的3株病毒属于基因VII.2亚型,暗示此亚型毒株可能已逐步取代基因VII.1.1亚型,成为家禽中的优势流行毒株。本研究进一步掌握了我国基因VII型新城疫病毒的遗传特性,从而为科学防控该病提供了参考。     

新城疫流行株GX-08全基因序列分析及其对鸭的致病性研究

2008年从患病免疫鸡群中分离到1株新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）流行株,经致病指数测定为强毒株,编号为GX-08。致病性试验表明,GX-08株对鸭具有感染性和致病性。参照GenBank发表的NDV基因序列设计10对特异性引物,采用RT-PCR方法对GX-08株全基因组序列分段进行扩增。拼接后序列分析表明GX-08株的全基因组序列总长为15192 nt,包含6个开放阅读框,分别编码6种蛋白质NP、P、M、F、HN和L。F基因裂解位点处的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列特点。F基因第47—420位片段基因分型分析结果表明,该流行株属于基因Ⅶ型。     

狂犬病毒GSQY-Dog-China-2013株全基因组序列测定和遗传进化分析

为了全面分析我国狂犬病病毒遗传进化情况,本试验使用反转录PCR(RT-PCR)方法将狂犬病病毒GSQY-Dog-China-2013分为10个片段进行扩增,回收目的片段并与pMD20-T simple载体连接,转化JM109感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序;使用DNASTAR软件中的Edit Seq通过拼接相邻片段之间的重叠序列获得GSQY-Dog-China-2013全基因组序列,构建系统进化树进行遗传进化分析。结果显示,GSQY-Dog-China-2013全长11 924核苷酸(nt),包含5个开放阅读框,分别编码核蛋白(N)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、糖蛋白(G)和转录大蛋白(L);基于全基因组序列的进化树分析显示,GSQY-Dog-China-2013株和国内分离株形成一个分支,在国内分离株中与SXYL15株和SXBJ15株形成一个分支,亲缘关系最接近,提示GSQY-Dog-China-2013可能源自我国陕西省。本试验系甘肃省首次报道狂犬病病毒全基因组序列,进一步丰富了我国狂犬病病毒遗传进化数据,为狂犬病全面防治以及疫苗研发提供了数据支持。     

北京地区1株鸽圆环病毒全基因组测定及遗传进化分析

[目的] 了解北京地区流行的鸽圆环病毒（Pigeon circovirus,PiCV）的基因组特征及变异规律。[方法] 以3只发病鸽的肝脏和脾脏组织为模板,采用PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织DNA为模板,应用PCR技术分段扩增PiCV的全基因序列。应用DNAStar和Mega 7.0软件对扩增得到的全序列进行拼接和核苷酸序列比对,并构建系统进化树,对病毒基因组的2个开放阅读框分别进行核苷酸和氨基酸序列比对,并构建系统进化树。[结果] 经PCR检测,3只病鸽中有1只病鸽的组织中检测到PiCV阳性,并未检出其他病毒。采用PCR分段扩增成功获得了1株PiCV的全基因组序列,命名为PiCV BJ,该病毒基因组大小为2 034 bp,包含有2个主要的开放阅读框（ORFs）,ORF-V1编码Rep蛋白,ORF-C1编码Cap蛋白。相似性比对结果显示,PiCV BJ株基因组序列与GenBank上登录的其他参考序列的核苷酸相似性在86.0%~97.0%之间,与2011年分离自波兰的PL53相似性为97.0%。遗传进化结果显示,PiCV BJ株与2014年分离自波兰的PL124在同一分支,亲缘关系较近;与其他禽源圆环病毒不在同一分支,亲缘关系较远。PiCV BJ株Cap基因的起始密码子为ATG,与2011年分离自比利时的11-08304株核苷酸、氨基酸序列相似性高达95.8%和85.2%;Rep基因与2011年分离自波兰的PL53相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别高达94.6%和96.2%;Cap和Rep基因的进化树分析结果也显示,PiCV BJ株均与PL53和11-08304株在同一分支,亲缘关系较近,这与相似性分析的结果一致。[结论] PiCV BJ株来自国外,可能由赛鸽引种传入中国,提示在外部引种时要做好病毒监测。本研究丰富了PiCV的遗传学研究资料,为进一步探究PiCV的遗传变异及传播机制提供了参考依据,也为PiCV的防控提供了重要的理论基础。     

两株ClassⅠ新城疫病毒的分离鉴定及遗传进化分析

采集送检实验室的鸡和鸭的咽拭子及泄殖腔拭子,处理后进行新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的RT-PCR检测以及病毒分离鉴定,对获得的分离株进行F基因高变区测序分析并构建遗传进化树.结果显示,采集的样本经RT-PCR扩增得到NDV特异性目的条带,接种鸡胚获得的病毒分离株具有血凝活性,两株...     

一株Asia 1型口蹄疫病毒的全基因组序列测定及比较分析

参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒（FMDV）全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对1株Asia1型（简称As01）FMDV进行分段克隆及序列测定,将测序结果利用软件进行拼接。结果表明,该毒株的FMDV基因组[不合poly（C）]全长8180nt,其中编码区为6987nt,5’和3’非编码区（UTR）分别为1078nt和95nt,3＇UTR之后为20nt的poly（A）尾巴。将As01株与其他FMDV参考毒株利用分子生物学软件进行多序列比对分析表明,As01株与Asia 1／Jiangsu／China／2005、Asia 1／Isr 1／3／63、ZB／CHA／58等Asia 1型FMDV遗传进化关系较为密切,而与O型和A型FMDV遗传关系较远。     

鸽新城疫病毒中等毒力株感染的实验室诊断

将临床初诊为新城疫的送检病鸽组织匀浆 ,接种SPF鸡胚。用致死鸡胚的尿囊液做血液凝集试验 ,并用鸡新城疫阳性血清进行血凝抑制试验。结果含毒尿囊液的血凝反应可以被新城疫阳性血清抑制 ,鸡胚半数感染剂量 (EID50 )为 1 0 - 3/ 0 1mL ,鸡胚平均死亡时间 (MDT)为 72 8h ,证明所分离的病毒为具中等毒力的鸽新城疫病毒     

一株鸵鸟源新城疫病毒的分离及其分子生物学特性

从2005年山东省某鸵鸟饲养场发病鸵鸟分离出1株新城疫病毒，命名为SD01，采用一步法R-PCR扩增了该分离株F基因的重要功能区片段（535bp），并将其克隆到pMD18-T载体中，进行序列测定，研究了其分子生物学特性。序列分析结果表明，该分离株F基因裂解位点的氨基酸组成与NDV强毒株的特征性结构一致（^112R—R—Q-K—R-F^117）；遗传进化分析表明，该分离株在分类地位上属于基因Ⅶd型，与目前报道的鸵鸟源和其他禽类NDV毒株基因型一样，说明目前我国流行的仍然是NDV基因Ⅶ型。提示，对于鸵鸟新城疫的防治，除进行疫苗免疫之外，采取生物安全措施也是非常重要的。     

新城疫病毒基因组与基因演化

新城疫在世界范围内出现了4次大流行,造成了极大的经济损失和贸易影响。虽然新城疫病毒仅有1个血清型,但不同毒株生物学特性和毒力相差很大。近来,病毒宿主谱扩大,开始感染水禽,造成鹅的大规模发病。经典的新城疫病毒基因组长度为15 186个核苷酸(nt),如La Sota和V4毒株等,而我室报道的鹅源毒株ZJ1全长为15 192 nt。我们对基因组进行比对分析,发现新城疫病毒是在基因组水平上整体演化的。     

Unique hemagglutination activity of an isolate of Newcastle disease virus

The MET95 strain of a lentogenic Newcastle disease virus (NDV) isolated from a broiler in Japan, showed unique hemagglutination (HA) activity. The MET95 strain failed to show HA when examined by rapid glass plate method although they showed HA titer of 1:1,024 by micro-plate method. This unique HA was also observed after the MET95 strain was passaged ten times in chickens. The failure of HA by rapid glass plate method was not shown in any other NDVs examined.     

Genetic characterization and evolutionary analysis of 4 Newcastle disease virus isolate full genomes from waterbirds in South China during 2003-2007

Complete genomes of four Newcastle disease virus (NDV) strains, isolated from ducks and wild birds in Guangdong province of China from 2003 to 2007, were sequenced and analyzed in this study. Pathogenicity tests in chicken embryos and chickens illustrate that D3 and R8 are lentogenic, and W4 and P4 are mesogenic strains. Phylogenetic analysis using all six genes provides a high resolution profile for genotype designation as genotype I for D3 and R8 strains and genotype VI for W4 and P4 strains. In addition, molecular dating based on different genes suggests that D3 and R8 diverged from their common ancestor at around 1998; W4 and P4 diverged from their common ancestor at around 1999. Subsequent selective pressure analysis displayed specific traits of genes evolution in all 4 strains since their divergence from the recent common ancestor. Furthermore, the geographic origins of 4 strains were deduced to be from Europe via two independent introduction events by phylogeographical analysis. This provides insights to the potential influence of waterfowl migration on NDV epidemiology.     

鹅源新城疫病毒JG97株HN基因的克隆与遗传分析

根据GenBank中公开的鸡新城疫病毒(NDV)血凝素-神经氨酸酶(HN)基因序列合成了1对引物,通过RT-PCR扩增出了鹅源NDV JG97分离株的HN基因.将扩增产物克隆到pGEM-T载体中,并进行了序列测定.结果表明,扩增的基因片段含1个完整的、长1 716 bp的HN基因阅读框(ORF),编码的571个氨基酸中含13个Cys残基和5个潜在的糖基化位点.同源性分析结果表明,JG97株与SF02、GD/1/98/Go、JS/1/97/Go、JS/2/98/Go、JS/5/01/Go、NA-1、SD/5/04/Go和ZJ/1/00/Go等8个毒株的HN基因和氨基酸同源性分别为96.3%～98.2%和97.0%～98.9%,而与F48E9株分别为84.8%和89.8%,与La Sota株分别为82.1%和86.9%,表明JG97株与我国其他鹅源NDV毒株的亲缘关系较近,它们可能具有共同的来源,但与经典NDV毒株间差异较大.此外,鹅源NDV毒株HN蛋白中有6个独特的氨基酸变异,另有14个仅与Taiwan95和VOL95毒株共有的氨基酸变异.     

实时荧光定量RT-PCR检测中、强毒力新城疫病毒RNA

根据新城疫病毒（NDV）核苷酸序列，设计针对中、强毒力NDVF基因编码融合蛋白裂解位点的核苷酸序列引物和TaqMan探针，建立了实时荧光定量反转录荧光定量PCR（RRT—PCR）检测中、强毒力NDVRNA的方法。该方法能从舍有NDVI系疫苗毒、NDV标准强毒株F48E9（基因Ⅸ型）、分离鸡源强毒株（基因Ⅶ型）和鸽源强毒株（基因VI型）样本中检出NDVRNA，不与NDV弱毒株（LaSota、Clone30、B1、V4）、传染性支气管炎病毒、传染性喉气管炎病毒、传染性法氏囊炎病毒及健康鸡组织RNA发生交叉反应，对NDV核酸的最小检出量为60个拷贝，具有检测速度快、特异性强、灵敏度高、重复性和稳定性好等特点。从9个临床样本中均检测出阳性信号（9／9），PCR产物经测序证明均舍有NDV强毒株F基因裂解位点；用其中8份病料接种SPF鸡胚分离病毒，分离率为5／8。     

Genome sequence of the thermostable Newcastle disease virus (strain I-2) reveals a possible phenotypic locus

The complete genome sequence of the Australian I-2 heat-tolerant Newcastle disease virus (NDV) vaccine (master seed stocks) was determined and compared to the sequence of the parent virus from which it had been derived after exposure of the parent stock at 56 degrees C for 30 min. Nucleotide changes were observed at a number of positions with synonymous mutations being greater than those observed for non-synonymous mutations. Sequence data for the HN gene of a parental culture of V4 and two heat-tolerant variants of V4 were obtained. These were compared with the data for the I-2 viruses and with published sequences for parental V4 and for a number of ND vaccine strains. Sequence analyses did not reveal the ARG(303) deletion in the HN protein, previously claimed to be responsible for the thermostable phenotype. No consistent changes were detected that would indicate involvement of the HN protein in heat resistance. The majority of alterations were observed in the L protein of the virus and it is proposed that these alterations were responsible for the heat-tolerant phenotype of the I-2 NDV vaccine.