滇陆新品系猪血清蛋白（酶）多态性的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳方法,分别对云南省滇陆新品系猪（N1）4个世代120头猪5个基因座（Tf、Pa、Po、AmⅡ、AKP）的遗传多态性进行了测定,计算了各世代的平均基因杂合度以及对第五世代进行了遗传平衡性检验。结果表明,滇陆系所测的5个基因座均表现出多态性;平均基因杂合度逐代降低,由零世代的0.386降低到第五世代的0.303,降低了27%;第五世代除AmⅡ基因座外,其余均符合Hardy--Weinberg平衡定律,处于遗传平衡之中。     

滇陆新品系猪血清蛋白(酶)多态性的研究

试验采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳方法,分别对云南省滇陆新品系猪(N1)4个世代120头猪5个基因座(Tf、Pa、Po、AmⅡ、AKP)的遗传多态性进行了测定,计算了各世代的平均基因杂合度以及对第5世代进行了遗传平衡性检验.结果表明,滇陆系所测的5个基因座均表现出多态性;平均基因杂合度逐代降低,由零世代的0.386降低到第5世代的0.303,降低了27%;第5世代除AmⅡ基因座外,其余均符合Hardy-Weinberg平衡定律,处于遗传平衡之中.     

中国地方猪种微卫星和血清蛋白基因座的遗传多样性

采用FAO-ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记和8个常用血清蛋白多态性标记对55个中国地方猪品种和3个引入猪品种（杜洛克猪、长白猪、大白猪）进行遗传多样性分析。通过计算基因频率、平均遗传杂合度、多态信息含量,F-统计量、Hardy-Weinberg平衡检验和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以两种标记的联合聚类结果为基础。将55个中国地方猪种分为9类。探讨了各猪种之间的遗传关系,本研究为我国地方猪品种资源的保护和合理利用提供了科学的依据。     

IGF-1和Pit-1基因多态性与淮猪新品系生长性状的相关性分析

以淮猪新品系Ⅱ系一世代（190头）、二世代（244头）为试验材料,采用PCR-RFLP方法分别检测IGF-1基因的HhaⅠ酶切位点、Pit-1基因的RsaⅠ酶切位点的多态性,并与生长性状进行相关性分析。结果表明：30~90kg平均日增重、达90kg校正日龄在一世代、二世代、两个世代合并中,IGF-1基因的AA型个体均有优于AB、BB型个体的趋势,但差异都不显著（P＆gt;0.05）;Pit-1基因的DD型个体均有优于CD、CC型个体的趋势,但差异都不显著（P＆gt;0.05）。虽然IGF-1基因、Pit-1基因的不同基因型个体在一世代、二世代的达90kg校正背膘厚的趋势不一致,但是在两个世代合并中以IGF-1基因的AA型个体、Pit-1基因的DD型个体最薄,但差异不显著（P＆gt;0.05）。若将IGF-1基因、Pit-1基因作为生长性状的遗传标记用于淮猪新品系的选育,需要在淮猪新品系Ⅱ系后续世代中扩大样本含量并进行进一步的验证。     

基于SNP芯片挖掘伍隍猪新遗传材料

为进一步了解伍隍猪与内江猪在群体结构、基因组信息、遗传进化上的差异，本研究主要利用50K SNP基因芯片，分别对131头伍隍猪个体和156头内江猪个体进行基因分型。结果表明：2个品种群体间的亲缘关系相对较远但存在一定的遗传联系。伍隍猪保种群的多态性标记比例（0.641 9）大于内江猪保种群（0.506 0）；且伍隍猪的LD衰减速度大于内江猪；群体有效含量分析表明2个品种在219世代内相对缩减了96.68%；进化树显示出伍隍猪、内江猪与四川其他猪种分离，但在2个群体内部有明显区分；ROH鉴定与选择信号分析发现伍隍猪在繁殖性能与耐受性等方面受到了正向选择。该结论为伍隍猪种质资源开发、利用提供了重要理论依据。     

梅花星猪Orexin基因多态性与其生长性状的关联分析

本研究旨在探索猪增食欲素（Orexin）基因的遗传多态性与梅花星猪各品系生长性状的相关性,以期为猪的高产选育提供一种新的分子标记,进而提高养殖场实际生产经济效益。使用PCR-RFLP方法对安系、梅系和蕲系共59头猪Orexin基因的第G516A位点进行了基因多态性检测,并分析其多态性与平均日增重、采食量、饲料转化效率等重要生长性状的相关性。结果表明,猪Orexin基因第G516A位点存在GG、GA和AA 3种基因型,在3个品系里均属于中度多态（0.250.05）。关联分析结果表明,Orexin基因GG、GA基因型对梅花星猪采食量和平均日增重有极显著影响。说明Orexin基因可作为一个潜在的分子标记。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

猪IGFBP2基因遗传多态性及其与肉质性状的关联分析

试验旨在探究胰岛素样生长因子结合蛋白2（insulin-like growth factor binding protein 2,IGFBP2）基因遗传变异对猪肉质性状的影响,为猪品种选育提供遗传学依据。参考GenBank中猪IGFBP2基因序列（登录号：BV727778）设计1对引物,采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、长白猪中的遗传多态性,并分析基因座多态性与猪肉质性状的相关性。结果发现,3个猪种IGFBP2基因内含子3均具有Msp Ⅰ酶切多态性,分别检测到3种基因型：AA、AB和BB;χ²适合性检验显示,3个猪种IGFBP2基因基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）;多态信息含量（PIC）分析显示,3个猪种均为中度多态。IGFBP2基因不同基因型与肉质性状关联分析显示,3个猪种不同基因型肉色、肌内脂肪含量、大理石纹差异显著,AA基因型肉色（姜曲海猪除外）、肌内脂肪含量均显著高于AB、BB基因型（P < 0.05）;AA、AB基因型大理石纹显著高于BB基因型（P < 0.05）,其余指标间差异不显著（P > 0.05）。综上,苏姜猪、姜曲海猪、长白猪IGFBP2基因内含子3多态性对肉质性状影响显著,可作为潜在影响猪肉质性状的候选基因。     

PRLR基因多态性与深县猪繁殖性能的关联分析

实验旨在研究催乳素受体（PRLR）基因多态性对深县猪繁殖性能的影响。通过PCR-RFLP技术结合混合池一代测序技术检测基因多态性，并与71头深县猪的繁殖性能进行关联分析，结果显示PRLR基因外显子8有2个突变位点，分别为A394G和A44G位点。A394G位点上存在AA、AG和GG 3种基因型，其中AG基因型个体的初生窝重显著高于GG基因型个体；A44G位点上存在AA、AG和GG3种基因型，其中AG基因型个体的总产仔数显著高于GG基因型个体。各位点皆为错义突变，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。因此，PRLR基因多态性与深县猪的繁殖性状显著相关，可作为深县猪分子遗传育种的候选基因。     

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵和分析连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH），采用Gmatix软件构建G矩阵，分析保种群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析保种群体的家系结构。结果显示，39头保种马身猪中共检测到43 832个SNPs位点，平均基因型检出率为0.980 1；通过质控的SNPs位点有28 859个，其中72.4%具有多态性，该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性。有效等位基因数为1.563 4，多态信息含量为0.412，最小等位基因频率为0.258，表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富；平均观察杂合度为0.354 1，平均期望杂合度为0.349 9，说明马身猪保种群体出现了分化；平均IBS遗传距离为0.284 2，其中公猪为0.285 2，IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系；ROH共有8 131个，其中46.15%的长度在400～600 Mb之间，平均近交系数为0.237，说明保种群体的近交程度高；群体进化树结果表明，马身猪保种群体来源于3个家系，各家系的个体数量差异明显。马身猪保种群体的遗传多样性较丰富，但近交程度高，家系少，各家系的个体数量差异大，容易引起遗传多样性的丢失，因此，需从原种场引入新的血统，扩大保种群体数量，降低近交系数。     

培育中的淮猪新品系ECI1基因多态性及其与背膘厚的相关性研究

为分析ECI1基因多态性与背膘厚性状的遗传关系,采用PCR-RFLP技术,检测286头淮猪新品系Ⅱ系Ⅱ世代个体ECI1基因的遗传变异,统计分析ECI1基因型与背膘厚性状的关联性。结果表明:培育中的淮猪新品系猪群中存在丰富的ECI1基因多态性,CC型个体的活体背膘厚显著高于TT型个体(P0.01),TC型个体处于中间。该研究进一步验证了ECI1基因对淮猪新品系育肥性状的影响效应,为ECI1基因作为淮猪新品系的分子遗传标记提供理论依据。     

梅山猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的关联分析

试验旨在研究梅山猪白细胞分化抗原14（cluster of differentiation antigen 14，CD14）基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的遗传效应。采用PCR-RFLP方法对梅山猪CD14基因-61 bp处多态性进行分析，同时对部分重要细胞因子（IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN-γ、TNF-α和TGF-β1）水平及繁殖性能（总产仔数、断奶仔猪数、初生窝重和断奶窝重）进行测定，并分析CD14基因多态性与部分免疫指标和繁殖性能的相关性。结果显示，梅山猪CD14基因-61 bp处经BamHⅠ酶切后共检测到3种基因型，分别定义为：AA、AG和GG；χ²适合性检验显示，梅山猪处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；多态信息含量（PIC）分析显示，梅山猪群体处于中度多态。关联分析结果表明，AA和AG基因型个体的IL-10水平显著高于GG基因型个体（P<0.05）；在初产母猪中，3种基因型间的繁殖性能均无显著差异（P>0.05），而在经产母猪中，AA和AG基因型个体的断奶窝重显著高于GG基因型个体（P<0.05）。本试验结果表明，基于CD14基因-61 bp处多态性对梅山猪进行分子选育时，无论是一般抗病力还是繁殖性能，GG基因型可能均为不利基因型，可以将CD14基因-61 bp处作为一个潜在的遗传标记进行深入系统的验证和分析。     

商品瘦肉猪杂交配套系选育及杂种优势利用研究报告

本项目3个新品系（N1、N2和N3系）猪基础群选用苏钟猪（长白、太湖各半血）和DⅢ－2系（杜洛克25％，长白、喜兴黑猪各37.5%）公猪分别也约乌二元杂、新乌二元杂和本地乌金母猪交配，采用群体继代选育法，分别完成了3个新品系猪0－5世代的横交固定和继代选育，现已分别获6世代。3－5世代初产分别为11.18,10.54和9.81头；经产分别为12.54、12.21和12.89头；5世代达90kg体重日龄184、194和195d；日增重640、612和590g；料重比3.25：1、3.26：1和3.19：1；胴体瘦肉率51.25%、50.51%和48.21%。与大约克杂交，杂种优势显著，杂优猪达90kg体重日龄151、155和167d；料重比3.21:1、2.89:1和3.01:1；日增重842、893和723g；胴体瘦肉率57.45%、55.06%和53.83%，且肉质优良，主选性状产仔数和瘦肉率遗传性基本稳定，已全面完成合同规定各项主要技术经济指标，并分别于1999年6月和2000年6月通过了省内外专家组的鉴定。8年来，累计示范推广到本县以外县市3个新品系各世代母猪12322头（N14849头、N24350头、N3系3123头），生产两系杂优猪393569头，取得了显著的社会经济效益。     

淮猪新品系I系生长性能世代选育进展

经过4个世代的选育,淮猪新品系I系生长性状均达到或超过了选育目标,日增重、活体背膘及料肉比基本达到稳定状态。25～90kg日增重四世代（699．66g／d）比零世代（670．00g／c）提高了近30g;达90kg体重活体校正背膘厚,四世代（12．64mm）比零世代（13．77mm）降低1．13mm;料肉比四世代（2．97：1）与零世代（3．06：1）差异不显著,但基本稳定在3．00：1左右。淮猪新品系I系在生长性能方面的选育取得了一定的进展。     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

粟羽、白羽和黄羽鹌鹑红细胞和血浆酯酶的遗传多态性研究

利用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳法对蛋用朝鲜龙城系栗羽鹌鹑及其突变系白羽和黄羽鹌鹑的红细胞和血浆酯酶的遗传多态性进行了研究。结果表明：红细胞酯酶Es-Ⅰ、Es-Ⅲ和血浆酯酶Es-3、Es-4均存在遗传多态性，其中Es-Ⅰ和Es-Ⅲ、Es-3分别受常染色体上的一对等位基因A和B控制，各出现3种表型A、AB和B。Es-4出现2种表型即有带型和无带型，受显性基因Es-4^A和隐性基因Es-4^a控制。经适合性x^2检验，3群体在红细胞酯酶Es—Ⅰ位点的基因分布均显著偏离Hardy—Weinberg平衡（P〈0．01）。黄羽和白羽鹌鹑的红细胞酯酶Es-Ⅲ和血浆酯酶Es-3两个位点，均处于遗传平衡状态。     

猪Leptin基因多态性及其与产仔性状的相关性分析

试验旨在探究Leptin基因对猪产仔性状的影响,为其新品种持续选育提供遗传学依据。参考GenBank发布的猪Leptin基因DNA序列（登录号:U66254、AF026976）设计3对引物,采用PCR-SSCP技术分析Leptin基因在苏姜猪和姜曲海猪中的单核苷酸多态性（SNP）,并用统计学方法分析基因座多态性与产仔性状的相关性。结果发现,Leptin基因在苏姜猪、姜曲海猪群体中均具有多态性,检测到3种基因型:AA、AB和BB;测序结果发现,编码区第3 469位碱基处发生单碱基突变（T3469C）,为同义突变。χ²适合性检验显示,2个猪种Leptin基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。多态信息含量（PIC）分析显示,苏姜猪为中度多态,姜曲海猪为低度多态。Leptin基因型与产仔性状关联分析显示,不同基因型间产仔性状差异不显著（P>0.05）,但T3469C位点AB基因型平均产仔数较AA和BB基因型高,初步推断Leptin基因T3469C位点可能是影响猪产仔性状潜在的遗传标记,建议做进一步的研究。     

不同遗传背景猪群体黏病毒耐药蛋白1基因多态性分析

为探讨不同遗传背景猪黏病毒耐药蛋白1（myxovirus resistance,Mx1）基因的遗传多态性,本试验采用RT-PCR方法扩增克隆出猪Mx1基因并进行生物信息学分析,采用高分辨率熔解曲线法（HRM）对民猪、长白山野猪与民猪杂交猪（简称野杂猪）和大白猪3个群体Mx1基因外显子2区多态性进行分析。结果显示,从民猪及野杂猪中成功克隆出4条Mx1基因mRNA序列。该序列含有1个1 992 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码663个氨基酸。比较发现4条Mx1基因序列中共含有30个SNPs位点,其中17个SNPs位点引起了氨基酸序列的变异。功能结构域分析发现,大部分氨基酸突变位点位于Mx1基因功能结构域两侧。HRM多态性分析显示,Mx1基因外显子2区DD基因型作为优势基因型在3个群体中具有最高的基因型频率,其中大白猪中DD基因型频率为100%,野杂猪为62.5%,民猪为56.2%。基因多态性分析还发现该区域存在更多的核苷酸及氨基酸突变位点,表明民猪和野杂猪Mx1基因存在更丰富的基因多态性。     

贵州白香猪群体遗传结构的微卫星分析

采用27对微卫星标记对贵州大学香猪育种场F₁₁、F₁₂世代贵州白香猪的2个品系进行遗传结构分析。试验结果显示,F₁₁世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的平均有效等位基因、平均期望杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.9281、1.8189,0.4582、0.4221,0.3664、0.3348和0.5418、0.5779;F₁₂世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的有效等位基因、平均杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.8289、1.7100,0.4315、0.3868,0.3430、0.3063和0.5685、0.6132。结果表明,经过多个世代的近交繁育,贵州白香猪群体的基因多态性低,近交程度高,已成为一个稳定的遗传群体。     

云南地方猪FATP1基因多态性分析

研究采用测序技术对云南地方猪杂交后代脂肪酸转运蛋白1(FATP1)基因进行了多态性遗传分析。结果显示：在云南地方猪杂交后代FATP1基因第一外显子上存在1个SNP(c.70 C>T)位点,该位点在杜藏猪（杜洛克×迪庆藏猪）群体中无多态性（仅CC型）,在杜小猪（杜洛克×滇南小耳猪）群体和杜小藏猪（杜洛克×滇南小耳猪×迪庆藏猪）群体中存在多态性（CC型和CT型）,均处于Hardy-Weinderg平衡（P>0.05）,且属低度多态（He<0.25,PIC<0.25）。