山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

葡萄种质遗传多样性的SSR分析及指纹库构建

以取自郑州果树研究所的45个葡萄品种为试材,利用SSR标记技术对其进行了遗传多样性分析.结果表明:利用19对基本核心引物对位于不同染色体上的SSR位点进行PCR扩增,共扩增出76条带,其中包括74条多态性条带.每对引物可检测到等位位点数为2～5个,多态率为66.7％～100％.通过聚类分析结果表明,在遗传距离为0.41处,45份葡萄材料可分为三大类群.对供试葡萄品种的不同引物的扩增产物进行检测,得到了每个品种在一组位于不同染色体的SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立一个供试葡萄品种的SSR基因型指纹库.这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据.     

河南境内桑叶葡萄种内形态和遗传多样性分析

对河南省境内桑叶葡萄(Vitis ficifolia Bge.)的形态变异水平、遗传变异水平以及分布进行了研究。形态学分析结果表明,新梢、幼叶和成龄叶的17个性状中有10个性状在居群间存在显著或极显著差异,所有性状的变异系数在2.6%～54.7%,表明形态变异较丰富。SSR分析检测到69个位点,其中多态位点64个,多态位点比率(PPB)为92.75%,表明桑叶葡萄遗传多样性水平较高。居群间的遗传分化系数(GST)和Nei’s基因多样性指数分析显示,大部分遗传变异存在于居群内(分别为24.05%、11.83%)。     

基于SSR分子标记的葡萄品种遗传多样性分析

以15份葡萄品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了15份葡萄品种资源的遗传多样性。结果表明:从245对引物中筛选出49对清晰、稳定性好的多态性引物。49对引物在15份材料中共扩增出235条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。每对引物扩增的等位位点数为2~9个,相似性系数分析结果表明,供试的15份葡萄材料的遗传相似系数为0.660~0.860,其平均遗传相似系数为0.760。聚类分析表明,在遗传相似系数0.672处,15份葡萄材料可分为三大类群。第一大类包括2份欧美杂种(V.vinifera L.×V.labrusca L.)和1份美洲种(V.labrusca L.)品种;第二大类为8份欧亚种(V.vinifera L.)葡萄品种;第三大类包括2份山欧杂种(V.amurensis Rupr.×V.viniferaL.)和2份山葡萄(V.amurensis Rupr.)品种。可见,欧亚种和美洲种葡萄亲缘关系相对较近,而山葡萄与二者亲缘关系相对较远。这些引物中,VMCNG4B9、VMC3G9能将15个葡萄品种区分开,为今后开展葡萄品种指纹图谱构建奠定基础。     

寒地李和杏遗传多样性SSR分析

以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

甜瓜种质资源遗传多样性的SSR 分析

利用SSR 分子标记技术对72 份甜瓜种质资源及育种材料进行DNA 指纹分类及亲缘关系研
究,20 对SSR 引物共扩增产生76 个多态性位点,平均每对引物产生3.8 个多态性位点。聚类结果将72 份
甜瓜种质资源分为7 个类群,其中类群I 包括新疆本地资源及几乎全部自育甜瓜种质资源64 份材料,这
说明本试验所选用的新疆厚皮甜瓜种质资源遗传背景比较狭窄。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析.结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2?10个之间,平均为5.17个,多态...     

20份葡萄种质亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对20份葡萄材料进行了基因组多态性分析,从245对引物中筛选出19对用于葡萄的SSR扩增。共扩增出144条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,20份葡萄材料的遗传相似系数为0.630～0.900,平均遗传相似系数...     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

沙田柚多倍体遗传差异的SSR分析

应用21对柑橘SSR引物对7份有沙田柚血缘的不同倍性材料进行了基因组的遗传差异分析。平均每对引物扩增出3个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数目为2～5个不等,多态性带纹为62.5%。NTSYS软件进行相似系数计算,7份材料的相似性系数为0.763～0.892。UPGMA法聚类分析,在相似性系数为0.83处可划分为3类,即3株天然四倍体为第Ⅰ类;2株人工同源四倍体与1株天然三倍体为第Ⅱ类;二倍体母株为第Ⅲ类。天然三倍体与二倍体的遗传相似性较四倍体与二倍体的遗传相似性更高。4对引物(CAT01,TAA33,AG14 and TC26)可以区分天然四倍体与人工同源四倍体。与亲本二倍体母本相比,所试三倍体和四倍体均发生了DNA水平变异,表现为带纹缺失同时又增加了新的带纹。这些多倍体试材可为培育无核三倍体柑橘提供丰富变异的亲本材料。     

利用SSR技术鉴定西葫芦杂交种子纯度

为了建立一套快速、简单、准确、高效的西葫芦种子纯度检测方法,以西葫芦'福美1号'及其亲本为试验材料,利用SSR分子标记技术鉴定杂交种子纯度。从114对SSR引物中筛选出了1对引物(SGSSR25),在杂交种和父、母本之间存在显著差异的条带,且杂交种含有父、母本的特异互补带型。利用该引物对23株'福美1号'杂交种进行纯度鉴定,结果为91.30%,与大田种植鉴定结果一致,表明该引物可用于'福美1号'杂交一代种子纯度的快速检测和准确鉴定,SSR分子标记技术应用于西葫芦杂交种子纯度检测具有可行性。     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

Comparative analysis of genetic diversity in Tunisian apricot germplasm using AFLP and SSR markers

Eighty-one accessions representing apricot germplasm in Tunisia were collected from different areas of cultivation and fingerprinted using amplified fragment length polymorphism (AFLP) and microsatellites (SSR) markers. A total of 339 polymorphic markers were revealed using 5 AFLP primers combinations and 24 SSR loci. AFLP and SSR markers expressed a high level of polymorphism allowing the distinction of the accessions with an efficiency coefficient of discrimination of 100% for AFLP and 97% for SSR markers. Genetic diversity structure was assessed with AFLPs and SSRs markers separately then with combined matrix data by the help of hierarchical clustering elaborated using Wards method based on Nei and Li (1979) distances. Comparison of the obtained dendrograms revealed a phylogeographic structure into two major groups with significant conservation between the observed subgroups in relation with the geographic origin of the accessions. The relative efficiency of the markers in determining the genetic relationships among apricot accessions has been assessed and a combination of AFLPs and SSRs markers was the most effective. In addition, Mantel test based on genetic distances indicated highly significant correlation between AFLP-SSR data and each of the AFLP and SSR ones, with Pearson correlation values of r = 0.873 and r = 0.692, respectively, revealing the higher efficiency of the combination of both molecular techniques (AFLP and SSR) to estimate the levels of genetic variability among apricot germplasm.     

Evaluation of the genetic diversity of Asian peach accessions using a selected set of SSR markers

A total of 94 peach accessions from the Zhejiang province of China were analyzed using 34 polymorphic single-locus simple sequence repeat (SSR) markers. Genetic distance analysis divided the accessions into two major clusters, one with mainly local accessions from the Fenghua region. Preselected lines from some crosses were exclusively clustered with the local ones, possibly related to maintaining the taste quality of the fruit. The number of alleles per locus at most loci was two or three, with an average of 2.85. The value of observed heterozygosity varied from 0.05 to 0.84 (average of 0.48). Diversity within the introduced accessions was higher than that of the Fenghua local accessions. Of the accessions analyzed in this study, 94% were individually identified. Those that could not be differentiated were all derived from the ‘Yulu’ cultivar, being either mutations or of identical origin.     

普通核桃(Juglans regia)3个群体遗传结构的SSR分析

以新疆伊犁野核桃、喀什实生核桃及部分栽培品种共80份种质材料为试材,利用来自黑核桃的7对SSR引物进行群体遗传结构分析。结果显示,7对引物多态性带比率为92.3%～100%,均具有较高的多态性;伊犁野核桃、喀什实生核桃及栽培品种3个群体的期望杂合度分别为0.2325、0.3085、0.305,香农系数分别为0.3361、0.4669、0.4646,多态性带百分率分别为56.52、95.83、86.84%,表明3个核桃群体具有较高的遗传多样性水平,3个指标均显示喀什群体的最高、伊犁的最低;从3个群体中随机选出10个株系或品种进行聚类分析,所有参试株系或品种相互交叉,说明伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种之间存在基因渗透和交流(基因流Nm=2.0934);讨论了伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种的亲缘演化关系,研究结果为"我国是世界栽培核桃的起源中心之一"的论断进一步提供了分子证据。     

香蕉A基因组品种间遗传关系的SSR检测

应用SSR技术,对32个香蕉A基因组类型品种(系)的遗传关系进行了检测。40对SSR引物在32个品种(系)中分别扩增带数在3～15个,平均每个SSR座位可检测2.99个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.00～0.88,平均0.62。依据SSR数据计算的品种间遗传距离在0.00%～34.27%,平均12.45%,大多数品种间的遗传变异非常有限,但也存在着遗传差异突出的品种:FHIA25、Yangambi KM5、Pisang Jari Buaya、Rose和皇帝蕉。依据26%的遗传距离,除了FHIA25和Pisang Jari Buaya单独化成1组外,其它30个品种可以分为2组:品种间遗传差异相对较高的组I和品种间遗传差异相对较低的组Ⅱ。Williams与引进的洪都拉斯3号、M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间,高脚青芽蕉和高脚顿地雷分别没有区分开来,这可能是同物异名,也可能是同一品种未能分辨的突变体。     

基于SSR标记的清凉峰地区三叶海棠遗传多样性研究

【目的】评价清凉峰地区三叶海棠的遗传多样性水平,为其保护提供理论依据。【方法】利用10对SSR引物,对清凉峰地区的36份三叶海棠样品进行了遗传多样性分析,并从中随机抽取6,9,12,15,18,27,34株大小不同的样本,组成7个群体进行遗传多样性特征比较。【结果】(1)10对引物在36份样品中的多态性等位基因数(Na)平均值为7.1(5.0~10.0),有效等位基因数(Ne)平均值为3.954(1.527～5.786),平均观察杂合度(Ho)为0.781(0.194～1.000),平均期望杂合度(He)为0.699(0.345～0.827),香农多样性指数(I)平均值为1.458(0.662～1.918);(2)采用UPGMA法构建的系统树中,很明显地将36份供试样品划分为两组,与用贝叶斯聚类方法得到的结果一致,对三叶海棠所有样品进行的主成分分析进一步证实了以上结果;(3)群体样本量≥15株时,样本量就不会对群体内遗传多样性水平、遗传一致度及群体内等位基因数目产生明显的影响。【结论】清凉峰地区三叶海棠的遗传多样性水平较高,其群体明显分化为2个基因源,三叶海棠群体遗传多样性研究和种质收集保存中的适宜样本量为≥15株,研究供试样品可以反映清凉峰地区三叶海棠遗传多样性的总体水平。