金边也门铁花叶性状差异表达基因的 cDNA-AFLP分析

[目的]筛选金边也门铁花叶性状相关差异表达基因,为深入探索也门铁叶色形成的分子调控机制打下基础.[方法]基于cDNA扩增片段长度多态性分析技术(cDNA-AFLP),利用64对EcoR I和Mse I选择性扩增引物组合分析金边也门铁叶片绿色与黄色部分组织cDNA,经筛选、回收、克隆、测序和BLAST比对分析获得差异表达基因.[结果]利用64对引物组合共扩增出1726条可分辨的条带,并获得58条差异表达的转录衍生片段(TDFs),其中12条TDFs为特异性表达.12条特异性TDFs中,5条TDFs具有同源序列,另外7条TDFs无同源序列,为未知功能基因.在叶片黄化部位特异表达同源性为96%的TDFs序列M8E3B-2和M8E3B-3与大丽花花叶病毒Holland包涵体蛋白基因、紫茎泽兰明脉病毒基因、洋丁香黄化卷叶病毒基因等花椰菜花叶病毒科病毒基因具有较高的同源性.[结论]M8E3B-2和M8E3B-3两条TDFs序列或来源于一种花椰菜花叶病毒科病毒基因,且有可能参与了金边也门铁花叶叶色性状的形成过程.     

利用cDNA-AFLP分析大白菜、萝卜及其杂交种差异表达基因

为更好地理解十字花科蔬菜杂种优势的分子机理,对大白菜(Brassica rapa L.ssp.pekinensis)、萝卜(Raphanus sativus L.)及其杂交种的差异表达基因进行了初步研究.利用cDNA-AFLP技术对杂种F1及其双亲进行基因差异表达分析,共得到44个在杂种F1特异表达的差异片段,分属40...     

6个小麦抗叶锈病近等基因系的cDNA-AFLP差异表达分析

应用cDNA-AFLP技术对小麦抗叶锈病近等基因系TcLr9、TcLr15、TcLr19、TcLr25、TcLr38、TcLr45和感病亲本Thatcher间的表达差异进行分析,共选用226对引物组合对其进行筛选,检测出7 554条条带,平均每对引物可获得33条扩增条带。筛选出68对引物能够在小麦抗叶锈病近等基因系TcLr9、TcLr15、TcLr19、TcLr25、TcLr38、TcLr45和感病亲本Thatcher之间扩增出特异表达条带,特异表达检出率为30.1%。68对引物共扩增出84条特异表达条带,并根据基因表达与否及表达量划分为9种不同的特异表达类型(I~IX)。其中,I、V和VII型特异表达类型为组成型表达,共49条;II、IV、VI和VIII型特异表达类型表达上调,共21条;III和IX型特异表达类型表达下调,共14条。有5种特异表达类型(IV、V、VI、VII、VIII型)可能与小麦的抗病反应相关,并且这5种特异表达类型又分为两类亚型,第一类亚型是小麦抗叶锈病近等基因系与小麦叶锈菌互作时特异表达(I V型)或者表达量明显增加(VI、VIII型),为诱导性特异表达类型;第二类亚型为组成型特异表达类型(V、VII型)。     

胡萝卜DcBMT基因的克隆及其在根发育过程中的表达

为培育具有药用保健的胡萝卜品种提供参考,以黑田五寸胡萝卜为材料,克隆胡萝卜DcBMT基因,并分析其进化和表达情况。结果表明：克隆得到的胡萝卜DcBMT基因,其ORF框长为1 080 bp,可编码359个氨基酸,该蛋白酶分子质量为39.25 kD,等电点pI为6.31,含有5个保守的Box结构和3个保守基序。胡萝卜和白芷的BMT氨基酸序列属同一分枝,而与其他伞形科植物存在一定距离。胡萝卜DcBMT基因在根发育3 d和60 d的表达量最高,在收获时（90 d）表达量最低。DcBMT基因在胡萝卜肉质根发育过程中均有表达,胡萝卜肉质根中可能有佛手酚及佛手柑内脂合成及物质的积累。     

明尼2761抗秆锈病相关基因的cDNA-AFLP分析

【目的】分析中国重要辅助鉴别寄主明尼2761经小麦秆锈菌诱导后的基因表达谱,寻找与其抗病基因表达相关的片段。【方法】运用cDNA-AFLP技术研究明尼2761和感病对照Thatcher分别接种小麦秆锈菌后的基因表达差异,对与明尼2761抗病相关的特异表达片段进行分析。【结果】140对AFLP引物组合能够检测到约7 000多条差异表达转录衍生片段（TDF）,平均每一对引物可以获得50条条带,其中有86对引物能够在明尼2761和Thatcher之间扩增出差异条带。对可能与抗病相关的35条特异TDF进行克隆测序,经BLASTx比对,30条TDF在数据库中能够找到同源序列,其中24条TDF功能已知,6条TDF功能尚未明确。【结论】8条与编码激酶结合蛋白、NBS-LRR抗病蛋白、类肉桂酰-CoA还原酶2b、类肉桂酰辅酶A还原酶2c、蔗糖磷酸合成酶7、类蛋白酶metacaspase 1、类锌指蛋白、假定的类RGA4抗病蛋白基因有较高同源性的TDF应与明尼2761的抗秆锈性相关。     

cDNA-AFLP法筛选红树植物盐应答基因

 【目的】分析红树植物盐胁迫下基因表达谱,分离识别耐盐相关基因。【方法】分别对红树植物-秋茄进行海水和淡水处理。分时提取总RNA进行等量混合,获得两种不同处理的样品池。采用cDNA-AFLP技术进行表达差异分析。【结果】256对引物组合共筛选了约15 000个cDNA片段,获得差异片段61个。差异基因表达模式分为2类,即海水处理诱导上升和下调表达,其中上升表达的基因片段为36个,下调表达的基因片段为25个;其中38个可视为已知基因。按照其功能分类可分为8大类：基础代谢、跨膜蛋白、信号转导、蛋白质代谢、转录因子、细胞骨架、抗病蛋白、假想蛋白,而其中又以基础代谢相关基因所占比重最大。【结论】构建了红树植物-秋茄在盐胁迫下的基因表达谱,从基因组水平上识别了一批受盐胁迫诱导或抑制表达、与耐盐相关的基因,这些新基因可用于耐盐的分子机理研究。     

利用cDNA-AFLP分析铜胁迫下紫鸭跖草基因差异表达(英文)

[目的]探讨紫鸭趾草在铜胁迫下部分基因的生物学功能,从分子生物学的角度研究植物的耐铜机理,拟通过该研究解决铜污染问题。[方法]以具有铜离子富集能力的植物紫鸭跖草(Setcreasea purpurea Boom)为试验材料。通过cDNA-AFLP以及银染技术,获得90个差异表达片段,扩增得到其中17个片段,经纯化鉴定最终获得6个差异片段的序列,并对其进行了BLASTX比对。[结果]6条差异表达片段可能在铜离子对紫鸭趾草的胁迫中产生作用。其中编号为E5MG-3的差异序列与拟南芥mRNA序列(登录号为AAM62956.1)同源性达49%;E4MB-2与马铃薯mRNA序列(登录号为A5A7I7.1)同源性达53%;E6MG-1与芋mRNA序列(登录号AAO62313.1)同源性达65%。由此推测差异表达基因与细胞信号传导、抗氧化、新陈代谢以及蛋白质修饰等有关。[结论]该研究为进一步揭示紫鸭趾草铜胁迫响应的调控网络奠定基础。     

用cDNA-AFLP技术研究茶树种子在低温贮藏过程中差异基因的表达

以茶树无性系龙井43种子为材料,利用cDNA-AFLP差异显示方法,分析它在低温贮藏后的基因表达,为顽拗性植物种子的中长期保存提供理论依据。从64对引物筛选出的差异片段中克隆出10个低温差异表达片段,有7个在GenBank数据库中与小分子量热激蛋白、MYB类转录因子、衰老相关蛋白、F-box家族蛋白、蛋白激酶、磷酸二酯酶等基因有较高同源性。     

cDNA-AFLP技术及其在基因差异表达中的应用

cDNA-AFLP技术是一种在转录水平上研究基因差异表达的分子生物学实验技术,由于其具有起始材料量少、假阳性低、重现性、灵敏度高且不需预先知晓序列信息等优点,被广泛应用于各类生物差异表达基因的研究。就cDNA-AFLP技术的基本原理、发展历史和技术特点以及在微生物研究尤其是乳酸菌发酵研究中的潜在应用价值进行了综述。     

番鸭cDNA-AFLP体系的建立

以番鸭脑垂体为材料,用Trizol法提取总RNA,用Superscipt Ⅱ-RT合成第一链cDNA,RNase H和DNA Polymerase合成第二链cDNA,最后用EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ分步酶切cDNA各2h,经T4连接酶合成双链cDNA,预扩增反应后产物稀释40倍进行选择性扩增反应.经1％琼脂糖电泳及6％变...     

红叶芥叶色性状的cDNA-AFLP研究

利用cDNA-AFLP技术分析红叶芥叶片变红前后的基因表达差异, 共发现60条目标条带, 随机选取5 条差异片段进行了克隆测序. 结果发现其中TDFV1T2(149 bp)属于芥菜叶绿体基因片段, 另外4条序列分别与拟南芥中编码二酰基甘油激酶、半胱氨酸肽酶、肽基脯氨酰顺反异构酶亲环型家族蛋白、阿拉伯糖苷酶/木糖苷酶等具有一定的同源性.     

番木瓜不同性别基因表达cDNA-AFLP分析

在番木瓜幼苗期,利用cDNA-AFLP技术鉴定植株性别并分析不同植株性别基因表达的差异;通过对差异表达基因进行序列和功能分析,探讨调控番木瓜性别分化的分子机理.结果表明,每次反应扩增获得的稳定条带总数为25～75条,番木瓜3种植株性别基因表达存在明显差异,每种性别植株都有特异性条带,其中雄性株14条、雌性株13条、两性株9条.将获得的部分差异TDFs序列与GenBank数据库中的所有序列进行Blastx和Blastn比对,其中一部分差异片段为未知功能基因序列,另一部分差异片段序列与谷胱甘肽转移酶基因、植物甾醇类激素合成相关基因、分裂原活化蛋白酶基因、与端粒相连的核酸序列、杨树叶中克隆的未知功能基因及拟南芥花和花蕾中克隆的未知功能基因等具有较高的同源性.因此,cDNA-AFLP技术可在幼苗期鉴定番木瓜的植株性别,不同番木瓜植株性别基因的差异表达可能是其植物体一系列功能基因调控植株性别发育及生长发育的综合反应.     

板栗花序与叶的cDNA-AFLP的差异表达分析

为给板栗的分子遗传育种工作提供重要的分子数据参考,作者通过cDNA-AFLP的方法,以同株板栗幼年花序和叶片为实验材料,在转录水平上进行差示分析。结果显示:64对引物组合共产生了2131条PCR产物,对其中的110条克隆测序,发现有28条基因与已知功能基因相关,其中包括参与植物转运﹑代谢﹑能量产生相关的蛋白,从而证明这些基因在板栗生长发育中的重要作用。     

芥菜cDNA-AFLP反应体系的优化

选用红叶芥和青叶大头菜为试材,对cDNA-AFLP反应体系中的几个关键影响因素进行优化,建立了适合于芥菜的cDNA-AFLP反应体系.结果表明:在20 μL PCR反应体系中,预扩增产物稀释30倍,Mg2+浓度1.2mmol/L,dNTP浓度0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶加入0.8 U时,选扩的效果最佳.     

用cDNA-AFLP技术分析山核桃嫁接过程中的CcARF基因表达

利用cDNA-AFLP（互补脱氧核糖核酸．扩增片段长度多态性）技术．在山核桃Carya carthayensis嫁接过程中分离得到1个与山核桃嫁接相关的cDNA片段。与美国国家生物技术信息中心（NCBI）同源性比较分析表明,该cDNA片段与小麦生长素响应因子部分区段有81％的同源性。命名为CcARF。荧光定量实时聚合酶链式反应（RT-PCR）分析表明：该基因在山核桃嫁接前砧木和接穗中都有强烈表达,但在嫁接后3d急剧下降,在这之后砧木中的表达增强不大,而接穗中嫁接后7d表达开始增强。到嫁接后14d表达明显。比嫁接后3d增强了4．7倍。该CcARF片段可能对山核桃嫁接起到基因表达调控的作用．图3表1参21     

cDNA-AFLP技术及在差异表达基因克隆上的应用

cDNA-AFLP技术是在AFLP技术基础上发展起来的主要用于研究基因差异的技术,具有高效可靠的优点,受到研究者的青睐,被广泛应用于包括植物在内的各类生物的基因表达的研究中。简要阐述了cDNA-AFLP技术的原理,重点讨论了操作过程中可能出现的问题和技术关键,并就该技术与其他差异表达技术进行了比较,以说明其在克隆差异表达基因上的优势,还简要列举了一些在抗病育种等领域的应用实例。     

枣cDNA-AFLP技术体系建立与优化

建立了枣(Ziziphus jujuba Mill.)cDNA-AFLP分析的优化体系和反应程序。提取获得的总RNA以人工合成的Oligo(dT)18为引物,利用鼠源反转录酶(M-MLV RT)合成cDNA第1链,合成双链cDNA后用限制性内切酶EcoRⅠ(识别6个碱基位点)与MseⅠ(识别4个碱基位点)酶切,酶切连接后,使用与接头序列互补的预扩引物对cDNA片段池进行PCR扩增,扩增后的cDNA池定量至1 ng/μL,作为选择性扩增的模板,优化得到的选扩反应体系为:20μL的反应体系中含5μL模板,2μL 10×PCR buffer,2μL MgCl2(25 mmol/L),EcoRⅠ特异性引物(50 ng/μL)1μL,MseⅠ特异性引物(50 ng/μL)1μL,10 mmol/L dNTP0.4μL,5 UTaqDNAPolymer-ase 0.12μL。选扩程序:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,65℃退火30 s(每个循环降0.7℃),72℃延伸1 min,13个循环;94℃变性30 s,56℃退火30 s,72℃延伸1 min,31个循环;72℃7 min。     

沙冬青cDNA-AFLP体系的建立及引物筛选

[目的]建立适合于沙冬青cDNA—AFLP的反应体系。[方法]以对照、3种逆境处理的沙冬青为材料,采用Trizol法和改良CTAB法提取总RNA。[结果]改良的CTAB法可抽提到较高质量的总RNA,适于沙冬青总RNA的提取。采用EcoRI/MseI酶切体系,64对选择性扩增引物中有35对适合沙冬青cDNA-AFLP分析。[结论]该研究为利用cDNA-AFLP标记对沙冬青抗逆基因进行深入研究奠定基础。