基于转录组测序的黄麻SSR分子标记开发与初步验证

为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。     

甜椒品种对炭疽病抗性鉴定及抗源筛选方法研究

在吉林省内采集甜椒炭疽病病样,经分离、纯化、观察,确定Colletotrichum nigrumEll.et.Halst(黑色炭疽病)为主要病原菌,并以此作为接种源,对接种液浓度、接种时期、接种方法、接种后温度、湿度及调查时间、调查标准等进行了一系列研究。最后确定用3×106个/mL的孢子悬浮液,在成熟红果期采用离体果针刺法接种,接种后温度(27±1)℃,遮光保湿3 d,保持相对湿度(RH)为95%~100%,7 d后调查病情指数,进行品种抗病性评价。用此抗性鉴定方法对21份甜椒材料进行了筛选鉴定,5份材料表现抗病,10份表现耐病,6份表现感病。     

不结球白菜品种（株系）对炭疽病抗性的鉴定与筛选

报道不结球白菜对炭疽病 (Colletotrichumhigginsianum) 抗性的苗期鉴定方法和抗病品种 (株系 )的筛选结果。在 2片真叶期 ,以 1× 10 6个·mL-1孢子浓度喷雾接种 ,2 5℃、RH >10 0 %保湿 2 4h ,2 5℃光照培育 7d ,可快速地将不同抗性的品种 (株系 )鉴别出来。用该方法所获得的品种 (株系 )抗性鉴定结果与田间苗期 (5片真叶期 )和成株期抗性鉴定结果基本一致。将该方法与田间抗性鉴定相结合 ,从 2 6个品种 (株系 )中筛选出 4个高抗材料 ,可供生产上使用或作为抗病育种的抗源材料     

豫玉22玉米杂交种子纯度的SSR和SNP分子比较鉴定

为研究豫玉22玉米杂交种子的SSR和SNP两种分子标记纯度鉴定方法,为快速有效鉴定玉米种子纯度提供依据。采用SSR荧光标记法和SNP分子标记的KASP技术对豫玉22玉米杂交种子进行基因组DNA提取、引物筛选、基因型分析、纯度鉴定。豫玉22的SSR特异性引物为umc2007y4和bnlg161k8,纯度鉴定结果为97.92%。SNP特异性引物MaSNP64和MaSNP245纯度鉴定结果是98.44%。SSR和SNP分子标记鉴定豫玉22玉米杂交种子纯度的最佳方法,为拓展玉米杂交种纯度鉴定方法具有指导意义。     

西瓜枯萎病抗性分子标记筛选与应用

西瓜是一种重要的园艺作物,经济效益显著,但枯萎病的发生严重限制了西瓜的生产。为了解决这一难题,利用简单、方便、实用性强的分子标记技术辅助选育抗性强的西瓜品种对于西瓜产业的优质发展具有重要意义。以父本sugarlee、母本伊选、F₁代、F₂代及F₃代遗传群体为材料,通过苗期接种鉴定,对父本的抗性遗传规律进行研究,发现父本sugarlee对枯萎病生理小种1的抗性遗传为单基因显性性状遗传;然后利用CAPS、InDel、SCAR、dCAPS和RAPD等多种分子标记技术,筛选了22个与西瓜枯萎病抗性基因相关的分子标记,获得了与西瓜枯萎病紧密连锁的抗性标记3个,分别为indel04、indel05、indel06,位于抗病基因的一侧,连锁距离分别为7.5、10.7、13.7 cM,将这3个分子标记对20份西瓜材料进行分子检测,结果与实验室接种鉴定的结果基本一致。结果表明,分子标记indel04、indel05、indel06可应用于西瓜材料枯萎病抗性的分子辅助选择,这对于西瓜的抗性育种具有重要意义。     

抗黑斑病核桃SSR标记筛选与应用研究

[目的]通过开发和筛选与核桃黑斑病抗性相关的SSR分子标记实现对不同核桃品种黑斑病高效准确的抗性鉴定.[方法]基于核桃转录组测序(RNA-Seq)结果,开发出可能与抗性相关的SSR标记,在抗感差异材料中验证与核桃黑斑病抗性相关的SSR引物.[结果]以12份抗病株系和感病株系基因组DNA为模板,获得1个与核桃抗黑斑病相关...     

基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发

【目的】基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙（Quasipaa spinosa）遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑。【方法】采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序,通过MISA对棘胸蛙转录组测序数据进行SSR检索,并以SAMtools和VarScan v.2.2.7进行SNP查找。【结果】棘胸蛙转录组测序共获得93887条非冗余基因（Unigenes）,序列总长度达91352712 bp,且所有转录组Q30均超过95.00%。在93887条Unigenes中发现33019个SSRs,其中21966条Unigenes含有SSR,6688条Unigenes含有超过1个SSR;以单核苷酸重复型SSR数最多,达25788个,且出现频率最高（27.47%）。SSR的平均长度以四核苷酸重复型最长,达35.47 bp;棘胸蛙SSR以（A/T）n为绝对优势重复基元,占总SSR的65.51%,然后依次为（C/G）_n、（AT/AT）_n、（AC/GT）n、（AG/CT）_n、（AAT/ATT）_n、（AGG/CCT）_n,分别占总SSR的12.59%、5.66%、5.55%、3.31%、1.55%和1.30%。在33019个SSRs中,核苷酸重复次数主要集中在5~25次,占总SSR的99.91%,且大部分SSR位于非编码区,仅有1633个SSRs位于编码区;长度≥12 bp的SSR共计17244个,占总SSR的58.53%。挑选120对SSR引物进行引物有效性验证,发现有57对引物扩增出单一条带,且条带大小与预期结果一致。对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索,共发现87634个SNPs,其中,56300个SNPs属于转换位点、31334个SNPs属于颠换位点,转化/颠换比达1.80,碱基的转换频率明显高于颠换频率。【结论】利用高通量转录组测序开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法,能开发出通用性较高、数量较多、覆盖性较广的分子标记。棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性,可作为种质材料进一步开发利用。     

辣椒炭疽病抗性鉴定方法研究

比较了离体果实接种和苗期喷雾接种两种方法在辣椒炭疽病抗性鉴定中的效果。苗期喷雾接种,供试8个品种发病率在3.0%~28.4%、病情指数在0.8~12.5之间,品种之间差异不显著,无法区分抗、感病品种间的抗病性差异。而离体果实接种发病率在0%~92.5%,抗病品种发病轻,果实上无病斑或只形成一些小病斑,没有孢子产生;感病品种发病重,果实上形成典型的凹陷病斑,并产生大量的橙色孢子;抗、感病品种之间的发病程度差异显著。结果表明,离体果实接种法更适合用于辣椒炭疽病抗病性鉴定。     

一种鉴定山杨性别的SSR分子标记的筛选

为了对山杨的幼苗进行早期的性别鉴定,通过寻找与杨属性别染色体相关的分子标记,试着鉴定山杨的雌雄。采用SSR结合BSA技术对96个山杨个体(雌性各48个)进行性别差异标记的筛选,发现1对引物(BPCA90)在雄基因池扩增出差异条带。利用引物BPCA90检测待测样品的微卫星标记基因型,若检测得到长度约550 bp的单一片段为雄性,未检测到长度约550 bp的单一片段为雌性,从而完成对山杨的雌雄性别的鉴别。整个鉴定过程操作简单,方法鉴别率为100%,且得到条带结果清晰、鉴定过程特异性高、重复性好、稳定性强。     

梅花杂种鉴定中SSR分子标记引物的筛选

利用SSR分子标记技术对以‘淡丰后’(或‘丰后’)为母本,分别与其他梅花品种及近缘种杂交的F1代及其亲本进行杂种鉴定。用47对从梅花近缘种(包括桃、李、杏、酸樱桃、甜樱桃)中已开发出的SSR引物和3对梅花EST-SSR引物对亲本进行SSR-PCR扩增,其中8对引物(aprigms18、BPPCT001、BPPCT002、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)对23个父本中的21个有稳定、特异扩增(相对于母本),包括12个梅花品种和9个近缘种,有效扩增率为91.3%。再用以上8对引物对10个杂交组合进行扩增,有6对引物(BPPCT001、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)能够初步鉴定出其中7个杂交组合中21个杂种F1代的真实性(父本分别为江梅、‘变绿萼’、‘白须朱砂’、‘小红朱砂’、‘辽梅’山杏、毛樱桃、‘寿红’桃),鉴别率为77.8%。证明梅花近缘种基因组SSR引物及梅花EST-SSR引物在梅花杂种鉴定中的适用性,拓宽了SSR分子标记技术在梅花杂交育种中的应用。     

甜瓜抗白粉病基因的SSR标记

以甜瓜抗白粉病品种'PMR5'、感病品种'黄河蜜3号'及其杂交的F2代群体为材料,采用SSR标记和分离群体分组分析法(BSA)对抗病基因进行DNA分子标记.结果表明:引物CSAT425在抗、感亲本间和F2代抗、感基因池间能扩增出1条大小约为98 bp的多态性片段.经F2代180个单株验证后,该多态性条带与'PMR5'抗...     

柱花草炭疽病菌初步鉴定及柱花草抗性分级研究

对采自广东地区的柱花草炭疽病菌进行分离、纯培养后鉴定,经形态学观察、致病性、症状描述比较结果表明,该病菌在PDA培养基上的菌丝有隔,分生孢子在菌落上直接产生桔红色的孢子团;分生孢子梗无色,集生于分生孢子盘内,栅栏式排列,顶生分生孢子.分生孢子一般长椭圆形,两端钝圆,有时一端稍尖,单胞,无色,内含1～3个油点,大小为12.4～22.5 μm×3.2～6.3 μm,初步被鉴定为盘长孢状刺盘孢菌.试验结果还表明,4个不同柱花草品种的病情指数差异显著.     

我国75份小麦品种SNP和SSR指纹图谱构建与比较分析

联合利用Illumina 90K SNP芯片和毛细管高通量SSR检测技术,构建75份育成品种384个SNP和42个SSR位点的指纹图谱,比较两种标记在遗传多样性、遗传相似系数和鉴别能力等方面的特征。结果显示,SNP标记揭示的遗传多样性指数明显低于SSR标记,但能较好地反映品种间的遗传多样性;SNP标记揭示的遗传相似系数明显高于SSR标记,但两者呈极显著线性相关;384个SNP位点鉴定近等基因系的能力低于42个SSR位点,但去除近等基因系后,仅需8个SNP或4个SSR位点组合即可区分剩余的74份品种,表明最优位点组合具有较高的鉴定效率,在品种鉴定时可先采用少量标记进行初鉴,对于极近似品种可加大标记密度。首次结合SSR和SNP标记构建指纹图谱,证实了两者之间的一致性,提出了分子身份鉴定技术标记数量的选择思路,为小麦品种DNA身份鉴定技术标准制定提供了重要的参考依据。     

A genetic linkage map with 178 SSR and 1901 SNP markers constructed using a RIL population in wheat (Triticum aestivum L.)

The construction of high density genetic linkage map provides a powerful tool to detect and map quantitative trait loci(QTLs) controlling agronomically important traits. In this study, simple sequence repeat(SSR) markers and Illumina 9K i Select single nucleotide polymorphism(SNP) genechip were employed to construct one genetic linkage map of common wheat(Triticum aestivum L.) using 191 recombinant inbred lines(RILs) derived from cross Yu 8679×Jing 411. This map included 1 901 SNP loci and 178 SSR loci, covering 1 659.9 c M and 1 000 marker bins, with an average interval distance of 1.66 c M. A, B and D genomes covered 719.1, 703.5 and 237.3 c M, with an average interval distance of 1.66, 1.45 and 2.9 c M, respectively. Notably, the genetic linkage map covered 20 chromosomes, with the exception of chromosome 5D. Bioinformatics analysis revealed that 1 754(92.27%) of 1 901 mapped SNP loci could be aligned to 1 215 distinct wheat unigenes, among which 1 184(97.4%) were located on o ne single chromosome, and the rest 31(2.6%) were located on 2 to 3 chromosomes. By performing in silico comparison, 214 chromosome deletion bin-mapped expressed sequence tags(ESTs), 1 043 Brachypodium genes and 1 033 rice genes were further added onto the genetic linkage map. This map not only integrated genetic and physical maps, SSR and SNP loci, respectively, but also provided the information of Brachypodium and rice genes corresponding to 1 754 SNP loci. Therefore, it will be a useful tool for comparative genomics analysis, fine mapping of QTL/gene controlling agronomically important traits and marker-assisted selection breeding in wheat.     

茄子SSR多态性标记筛选及杂交种纯度鉴定

[目的]建立一套快速、准确、高效的茄子杂交种纯度鉴定方法,为其制种过程中除伪存真及大面积推广应用提供技术支持.[方法]挑选已公布的48对SSR引物对2个茄子杂交种15-16和1-7的亲本进行多态性标记筛选,选取有效引物对茄子杂交种进行纯度鉴定,并结合田间植株纯度鉴定,验证SSR分子标记纯度鉴定的有效性.[结果]在48对SSR引物中,有12对引物在杂交种15-16亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有8对(SM14、SM15、SM17、SM20、SM29、SM30、SM34和SM45);有5对引物在杂交种1-7亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有4对(SM15、SM20、SM24和SM29).分别选取2对呈互补带型的SSR引物进行杂交种纯度鉴定,结果显示杂交种15-16和1-7的纯度分别为99%和100%,与田间种植鉴定结果一致.[结论]采用SSR分子标记检测茄子杂交种纯度具有准确、高效的特点,可为茄子杂交制种过程中真假杂种鉴定提供技术支持.     

团头鲂低氧耐受相关SNPs标记的开发

为寻找耐低氧相关SNPs分子标记辅助团头鲂优良品种选育,利用团头鲂低氧耐受和敏感群体的转录组数据,进行SNPs位点的开发和鉴定,获得52 623个可能的SNPs位点,其中碱基转换和颠换型位点分别占57.4%(30 192个)和31.9%(16 802个);同义SNPs占编码区总SNPs的99.7%,非同义SNPs仅有32～35个;使用PCR-RFLP技术对筛选出的5个非同义的多态性SNPs进行耐低氧性状关联分析。结果显示,Plin2-A1157G和Hif-3α-A2917G位点的SNPs在团头鲂亲本群体中与低氧耐受性状显著相关,但在子代群体中却与低氧耐受性状无显著相关性。这说明亲代中筛选出的分子标记并不一定适用于子代群体,在利用分子标记辅助育种时需要考虑标记在子代中的有效性。     

辣椒炭疽病抗性资源筛选

调查了46份辣椒(Capsicum annuum L.)材料对辣椒炭疽病(Collectotrichum sp.)的田间抗性表现.结果表明,19份材料对辣椒炭疽病有较强的抗性.以成都及近郊县的主要致病菌胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)为接种菌源,采用针刺接种法对绿色成熟果(青熟果)和红色成熟果(红熟果)的23份辣椒资源进行辣椒炭疽病抗性筛选.结果表明,9份材料表现为抗病,6份材料表现为耐病,8份材料表现为感病.室内抗性筛选结果与田间抗性表现基本一致.     

基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析

旨在对甘薯耐盐转录组中潜在的SSR和SNP位点进行挖掘及特征分析,以完善甘薯分子标记。试验以不同耐盐甘薯品种的转录组序列为基础,利用MISA、GATK软件分析了转录本中的SSR和SNP信息。结果显示,研究共获得SSR位点33192个,分布在24323条Unigenes中,出现频率为21.11%。其中,6271条Unigenes含有超过1个以上的SSR位点。SSR类型以单核苷酸重复SSR和双核苷酸重复SSR为主。在重复基元中,A/T和AG/CT所占的比例最高,为优势基元。在157252条Unigenes中共挖掘到SNP位点7691906个,分布密度为0.08个/bp。其中转换类型有4729922个,颠换类型有2961984个。在所有突变类型中,C/T和A/G含量最高,分别为占总数的32.34%和29.15%。综上所述,甘薯转录组具有较丰富的SSR和SNP标记,多态性较高,可为甘薯抗逆品种筛选、种质培育等研究奠定理论基础。     

用SSR分子标记定位普通小麦品种正科1号中的抗麦蚜基因

通过对抗蚜小麦品种正科1号×感蚜品种石4185的F2分离群体(495株)进行田间自然抗蚜调查,发现正科1号的抗蚜虫性状受显性单基因控制,鉴定出的这个显性抗蚜基因,暂定名为dnY。运用分离群体分组法(BSA)筛选到3个在抗感亲本间表现多态性的SSR标记(Xwms350、Xgwm437、Xgwm44);进一步将该基因定位于7DS上,距离该基因最近的标记为Xgwm44,遗传距离3.29 c M。同时讨论了基因dnY在小麦遗传改良以桨标记在抗蚜基因标记辅助选择中的作用。