番茄 SSR 标记在茄子及其他茄科蔬菜作物上的通用性分析

【目的】利用已完成测序的番茄基因组发展大量的SSR标记,并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上,节省开发SSR标记的成本.【方法】本研究利用近缘物种转移法分析了番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性情况.【结果和结论】1 046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物,425对引物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高,标记的通用率为40.6%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为54.5%,后者为38.9%;414个通用SSR标记被电子定位到番茄染色体上,不同染色体来源的标记通用率明显不同;93对引物在2份用于遗传图谱构建的栽培茄子亲本间表现出多态性;获得的425对通用引物在马铃薯、辣椒、枸杞上通用率分别为96.2%、78.1%、54.1%.     

番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性分析

【目的】利用已完成测序的番茄基因组发展大量的SSR标记,并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上,节省开发SSR标记的成本.【方法】本研究利用近缘物种转移法分析了番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性情况.【结果和结论】1 046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物,425对引物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高,标记的通用率为40.6%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为54.5%,后者为38.9%;414个通用SSR标记被电子定位到番茄染色体上,不同染色体来源的标记通用率明显不同;93对引物在2份用于遗传图谱构建的栽培茄子亲本间表现出多态性;获得的425对通用引物在马铃薯、辣椒、枸杞上通用率分别为96.2%、78.1%、54.1%.     

茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性研究

[目的]研究茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性。[方法]选用来源于茶树EST序列的7对EST-SSRs引物,对山茶科植物的19份材料进行了扩增。[结果]7对EST-SSRs引物中有5对引物能对19个供试材料进行有效扩增,通用性比率为71.43%;扩增率最高的为云南山茶凤山茶、华东山茶彩霞和云南山茶菊瓣,最低的为川滇莲蕊茶和大花杨桐;有效扩增的5对引物对中有4对引物在供试材料中表现出丰富且差异明显的多态性。[结论]从茶树基因组上开发的SSR引物在山茶科植物不同种属植物间有较高的通用性,可用于山茶科植物比较基因组研究和分析标记研究。     

辣椒EST-SSR标记的开发与验证

从NCBI数据库下载118 900条辣椒相关EST,对其进行SSR位点搜索,共搜索出3 343条SSR,分布密度为1/17.20kb,共有287种重复基元。在辣椒EST-SSR中,二核苷酸(1 476个SSR)和六核苷酸(1 128个SSR)占主导地位,所占比例分别为44.15%和33.74%;出现最多的重复基元是GA/TC,占总数的14.30%,其次为CT/AG(94个,占8.11%)。针对3 343条含有SSR的EST设计合成了200对引物。用17份辣椒种质对200对引物进行筛选,196对引物有扩增产物,71对引物表现出多态性,共有220个多态性位点。利用71对多态性引物,对特定亲本P181-2-6和P230-2-5及其杂种一代F1的亲缘关系进行检测,结果说明从辣椒相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。     

茄子耐热相关EST-SSR分子标记的研究

本研究通过分析茄子热胁迫抑制性消减杂交(SSH-cDNA)上调表达文库中获得EST序列以及基因组数据库中收集到的与耐热相关的EST序列,对茄子耐热相关的EST-SSR分子标记进行了搜索分析.在茄子热胁迫SSH-cDNA文库中找到了9个SSR位点,结合收集到的耐热EST序列中的25个位点,共设计了32对SSR引物.进一步的引物筛选结果表明,引物对EG6靶向文库EST序列YP249,在不同茄子材料中扩增显示多态性.YP249经实时荧光表达验证确定为热胁迫上调表达序列,考虑EG6的扩增位点为茄子热胁迫相关的SSR多态性候选位点.     

茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性研究（摘要）

[目的]研究茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性。[方法]选用来源于茶树EST序列的7对EST-SSRs引物,对山茶科植物的19个种进行了扩增。[结果]7对EST-SSRs引物中有5对引物能对19个供试品种进行有效扩增,通用性比率为71.43%;扩增率最高的为云南山茶凤山茶、华东山茶彩霞和云南山茶菊瓣,最低的为川滇莲蕊茶和大花杨桐;有效扩增的5对引物对中有4对引物在供试材料中表现出丰富且差异明显的多态性。[结论]从茶树基因组上开发的SSR引物在山茶科植物不同种属植物间有较高的通用性,可用于山茶科植物比较基因组研究和分析标记研究。     

辣椒EST-SSRs分布特征及其应用

从NCBI数据库获得116 952条辣椒ESTs序列,通过软件除去赝象序列后得86 496条非冗余序列,利用SSRLoctor软件分析后共发现1 736个微卫星分布于1 658条ESTs序列中,EST-SSRs序列出现频率为1.92%。在辣椒EST-SSRs中,二核苷酸重复类型出现频率最高,占总SSR的56.4%,其次是三核苷酸重复类型,占总SSR的23.3%。共检测到149种基序重复类型,重复基序出现频率最高的为GA/TC,AG/CT次之。1 658条EST序列中可设计出引物810对,功能注释结果表明,具有生物进程、细胞组成和分子功能的EST序列分别为297条、271条和316条。随机选择100对EST-SSR引物对17份辣椒材料进行遗传多样性分析,结果表明,80对EST-SSR引物能够得到有效扩增,其中46对引物表现出多态性扩增,每对引物检测到等位基因数1~3个,平均1.9个。经由NT-SYS2.10软件聚类,在相似系数为0.718时,供试的17份辣椒种质资源分为6个亚类,表明开发的EST-SSR可用于辣椒种质资源遗传多样性分析。     

交链格孢菌EST-SSR信息分析与分子标记通用性评价

为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。     

辣椒EST-SSR标记的开发与应用

通过对数据库中32 295条非冗余的辣椒EST序列进行搜索,发现3 396个SSR分布于3 277条EST序列中,EST-SSR频率为10.52%,平均分布距离为4.46 kb.在辣椒EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复基元占主导地位,分别占总SSR的43.02%和37.84%.优势重复基元为GA/TC、AG/CT和AT,分别占15.99%、11.98%和11.37%.用Primer Premier 5.0软件设计了420对引物,对辣椒抗疫病自交系‘B072’和感疫病自交系‘B088’进行PCR扩增,403对引物有扩增产物,引物有效扩增率为95.96%,其中76对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的18.86%.试验证明,利用辣椒EST序列开发SSR标记是可行的.     

辣椒多态性ESTSSR标记开发及连锁图谱构建

采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每条连锁群含45.75个EST-SSR。对匹配到番茄基因组上的EST-SSR进行GO(gene ontology)分类,结果有481条EST序列被分类,其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主,分别占34.13%、28.35%、25.82%。在KEGG map中,91条EST序列共涉及到76条代谢途径(KEGG),约67条序列参与新陈代谢途径,32条序列参与次生代谢产物合成途径。     

植物提取物对黄瓜炭疽病的抑制作用及其苗期防治效果

采用菌丝生长速率法测定了10种植物不同部位的70％乙醇提取物对黄瓜炭疽病菌(Colletotrichum lagenarium)的抑菌效果,其中,茄子(Solanum melongena L.)茎叶与辣椒(Capsicum annuum Linn)茎叶的乙醇提取液均具有显著的抑菌作用.当浓度为20 mg/mL时,其抑制...     

金叶女贞棒孢叶斑病菌的生物学特性、致病性及系统发育

对新见的金叶女贞Ligustrum×vicaryi棒孢叶斑病病原多主棒孢Corynespora cassiicola进行形态学、生物学特性、致病性及分子系统发育研究,为该病的诊断和防控提供理论基础。对病叶进行保湿培养,观察病原菌孢子形态和大小;采用菌丝生长速率法测定不同温度、pH值、光照及碳氮源对病原菌菌丝生长的影响;采用离体叶片接种方法测定其对不同寄主致病性;将病原菌的rDNA-ITS,β-tubulin基因和ef-1α基因扩增测序后,在GenBank进行序列比对,用MEGA软件进行系统发育进化分析,采用邻接法构建系统发育进化树。结果表明:多主棒孢在自然发病叶片上形成的分生孢子比马铃薯葡萄糖琼脂培养基上形成的分生孢子具有更多的隔膜且更长。多主棒孢生长的最适温度为25℃,5℃不能生长;多主棒孢在pH值为4~11时都能生长,适宜生长的pH值为6~8;光暗交替（12 h光照/12 h黑暗）有利于菌丝生长。多主棒孢能够利用多种碳氮源,对麦芽糖利用率最高,蛋白胨和酵母膏是最适合的氮源。致病性测定表明:金叶女贞上分离C.cassiicola除了侵染金叶女贞外,还可侵染黄瓜Cucumis sativus,番茄Solanum lycopersicum,辣椒Capsicum annuum和茄S.melongena,不同植物叶片上的显症时间及病斑大小存在差异,金叶女贞表现最感病。基于rDNA-ITS序列、β-tubulin基因序列和ef-1α基因序列构建的系统发育树显示金叶女贞上分离菌株与黄瓜上分离的菌株归在一个分支,自展支持率为100%。     

卫星搭载处理后辣椒突变系的分子生物学分析

[目的]为了从生化与分子水平上研究卫星搭载后辣椒突变后代的遗传变异性。[方法]对卫星搭载后的辣椒种子返地种植,经田间初步筛选,采集生长期顶端嫩叶,对SP1~SP4代进行蛋白质的SDS-PAGE电泳和RAPD检测分析。[结果]卫星搭载后辣椒叶片中的蛋白发生了变异,与对照有明显差异,SP2代起蛋白条带比对照增加了2条,分子量分别为15.0 kD和27.0 kD,且这种变异能够稳定遗传。RAPD分析表明,所用45个随机引物中有6个引物扩增出了条带,其中5个引物扩增出了特异条带。卫星搭载后的辣椒植株DNA突变程度为:S23=7.2%,S27=1.6%,S33=2.4%,S62=3.2%,S68=13.6%。突变后代在DNA水平上与对照存在差异,说明突变体基因发生了点突变或染色体互换、缺失。[结论]该研究对于辣椒空间育种具有重要的指导意义。     

茄子及其近缘野生种遗传多样性的SRAP分析

应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析.结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点..参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441.82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄.聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L.subsp.ovigerum Salis)在亚种水平上区分开来.由此可见,SRAP标记在茄子遗传研究中是一种经济、有效和可靠的分子标记手段.     

茄子SSR多态性标记筛选及杂交种纯度鉴定

[目的]建立一套快速、准确、高效的茄子杂交种纯度鉴定方法,为其制种过程中除伪存真及大面积推广应用提供技术支持.[方法]挑选已公布的48对SSR引物对2个茄子杂交种15-16和1-7的亲本进行多态性标记筛选,选取有效引物对茄子杂交种进行纯度鉴定,并结合田间植株纯度鉴定,验证SSR分子标记纯度鉴定的有效性.[结果]在48对SSR引物中,有12对引物在杂交种15-16亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有8对(SM14、SM15、SM17、SM20、SM29、SM30、SM34和SM45);有5对引物在杂交种1-7亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有4对(SM15、SM20、SM24和SM29).分别选取2对呈互补带型的SSR引物进行杂交种纯度鉴定,结果显示杂交种15-16和1-7的纯度分别为99%和100%,与田间种植鉴定结果一致.[结论]采用SSR分子标记检测茄子杂交种纯度具有准确、高效的特点,可为茄子杂交制种过程中真假杂种鉴定提供技术支持.     

盐胁迫对宇航四号朝天椒种子萌发和幼苗生长的影响

为耐盐辣椒新品种的选育和合理种植提供参考,采用单因素试验方法研究不同浓度NaCl胁迫对宇航四号朝天椒种子萌发和幼苗生长的影响。结果表明:1)低浓度(≤100mmol/L)NaCl溶液对宇航四号朝天椒种子萌发和幼苗生长具有促进作用,高浓度(≥200mmol/L)则显著抑制种子萌发和幼苗生长。其中,100mmol/L NaCl溶液处理种子的发芽率、发芽势、发芽指数、活力指数及幼苗鲜重等指标分别较CK(去离子水)提高13.67%、34.00%、30.07%、0.69和6.05mg;250mmol/L NaCl溶液处理种子的各指标分别较CK降低2.33%、60%、27.57%、1.13和22.45mg。2)处理14d后,幼苗丙二醛、可溶性糖及脯氨酸含量均有不同程度的升高,100 mmol/L NaCl溶液处理幼苗的各指标较CK分别提高1.02μmol/g、7.61mg/g和7.19μg/g。在生产中,低浓度NaCl溶液(≤100mmol/L)不仅可以促进种子萌发,提高发芽率,还可以促进幼苗保持较好的生长状态。     

辣椒NBS-LRR类型抗病基因同源序列的克隆及分析

为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01～CaRGA17)。多重序列比对显示这些序列都含有NBS-LRR类基因的6个保守结构域(P-loop、RNBS-A-nonTIR或RNBS-A-TIR、Kinase-2、RNBS-B、RNBS-C和GLPL)。与已知6个抗病基因(Gpa2、L6、M、N、Prf和RPM1)构建系统进化树,发现这17个序列被分为TIR-NBS-LRR和nonTIR-NBS-LRR2组,进一步划分为4个亚组(CaRGAⅠ～CaRGAⅣ)。其中,CaRGA01和CaRGA13分别与来自番茄Solanum lycop-ersicum抗细菌性斑点病基因Bs4和番茄Solanum sp.VFNT抗线虫基因Mi-1.4相似性最高,分别为90%和91%,推测这2个序列可能是相关抗病基因的一部分或与相关抗病基因属于同一家族。这些结果将为研究辣椒抗病相关基因提供理论依据。     

不同寄主作物对斜纹夜蛾分布和生长发育的影响研究

广东南雄烟区烟叶、莲藕、芋头、豆角、辣椒、茄子、花生等对斜纹夜蛾分布和生长发育的影响试验结果表明,斜纹夜蛾幼虫在不同作物上的分布数量多少依次为:莲藕>芋头>烟叶>花生>茄子>辣椒>豆角;斜纹夜蛾幼虫取食不同寄主植物的发育历期长短依次为:辣椒>花生>茄子>芋头>豆角>烟叶>莲藕,取食不同作物对幼虫质量、存活率、蛹质量均有明显的影响。     

HrpZ激发对几种植物防御相关酶活性的影响

[目的]测定HrpZ激发对黄瓜、番茄和茄子3种防御酶活性的影响情况。[方法]以盆栽黄瓜、番茄和茄子幼苗为材料,研究了15μg/ml的HrpZ激发黄瓜、番茄和茄子3种植株幼叶后,不同时间苯丙氨酸解氨酶(PAL)、过氧化物酶(POD)、多酚氧化酶(PPO)3种防御酶活性的影响变化。[结果]经HrpZ激发后,植株叶片中的3种防御酶活性均有不同程度的提高。HrpZ喷施黄瓜12、24和48 h后,PPO、PAL、POD活性相应比清水对照提高83.0%、54.1%和39.3%;HrpZ喷施番茄12、24和48 h后,POD、PPO、PAL活性相应比清水对照提高31.8%、44.6%和33.3%;HrpZ喷施茄子1和3 h,POD、PPO活性相应比清水对照提高228.4%和142.5%。[结论]HrpZ能诱导植物PAL、POD、PPO的表达,从而诱导植物防御反应和系统获得抗性,增强植物的抗病性。