基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异1）

通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1556684条序列,平均读长446 bp,共计695．34 Mb数据,其中1492289条高质量序列经拼接后得到22762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP／InDel分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9836个SNP和1550个InDel位点。在SNP位点中,转换占62．55％、颠换占37．45％,A／G的变异最为丰富,C／G的变异最少。在InDel位点中,有34．71％的位点为单核苷酸插入、缺失突变。     

基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析

为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征,采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序,并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释.结果表明,家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格,分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点.脂肪体的SNP位点数量...     

基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析

[目的]温带臭虫(Cimex lectularius)是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个(20.68%)和764个(16.06%),四核苷酸重复有195个(4.10%),而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次(0.42%)。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有2 757个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91%,颠换类型29 928个,占39.09%。碱基转换类型比例高于颠换类型。6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69%,其次为A-G,比例为30.22%。[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富。     

基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析

【目的】基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析。【方法】对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析。【结果】黄地老虎转录组数据库包含66 469条Unigene序列。利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4 438个,分布于4 048条Unigene序列上,占总序列的6.09%。其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73%和29.29%。A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元。SSR基元包含4～24次重复,以5次重复（21.67%）为主。SSR位点序列长度为12～127 bp,包含3 493个中等多态性位点、820个高度多态性位点。利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型（237 619个）和颠换类型（133 529个）共371 148个。C/T占SNP位点总数的18.61%,比率最高;G/A位居其次（18.28%）,均属于转换类型。转换类型（64.02%）显著高于颠换类型（35.98%）。【结论...     

基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析

为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以AAG/CTT类型为主的三核苷酸重复(5 402个,占12.87%)和以AAAG/CTTT类型为主的四核苷酸重复(500个,占1.19%)。在转录组得到的unigene中共发现SNP 405 685个,发生频率为1/253bp。6种单核苷酸变异中,转换类型发生频率显著高于颠换类型,转换类型中的C/T(31.51%)和A/G(31.41%)发生频率最高,在颠换类型中A/T发生频率最高。柿SSR和SNP的位点是非常丰富的,可为柿遗传图谱构建、遗传多样性和亲缘关系研究提供丰富的基础数据信息。     

中生菌素水剂对芒果细菌性角斑病的田间防效

试验通过测试中生菌素对芒果细菌性角斑病田间药效,验证5%中生菌素水剂和5%中生菌素可湿性粉剂对芒果细菌性角斑病的田间效果及其对芒果植株的安全性,为该药剂防治芒果细菌性角斑病提供技术支撑。田间试验结果表明,3%中生菌素可湿性粉剂与5%中生菌素水剂对芒果细菌性角斑病的田间防治效果存在差异;其中,3%中生菌素可湿性粉剂的防治效果更佳,符合田间生产的需要,与4%春雷霉素水剂无显著性差异。     

芒果炭疽病抗感品种全基因组重测序分析

为挖掘芒果基因组上抗病性遗传信息,本研究以芒果炭疽病高抗品种金煌、高感品种爱文为材料进行全基因组重测序,分别获得5.58 Gb和4.73 Gb原始数据量,测序深度为15.01×和13.73×,基因组覆盖度分别为92.23%和92.27%。以“红象牙”品种的基因组为参考基因组,爱文和金煌分别检测到3 316 161、3 075 003个单核苷酸多态性(SNP)位点,244 686、201 520个插入缺失(InDel)位点。对2个样本间DNA水平变异基因进行KEGG、KOG、NR、SwissProt数据库注释,分别发现28 981、17 151、30 013、22 910个变异基因,其中信号转导途径、植物-病原互作代谢途径、水杨酸代谢过程及其他次级代谢物的生物合成存在变异基因。对2个样本间变异基因进行筛选发现与植物抗性相关的重要基因存在变异,其中包括RGA2、RPM1、DSC1、NBS-LRR、At4g27190等抗病蛋白基因的变异以及含NB-ARC结构域的蛋白质、含BTB/POZ结构域和锚蛋白重复序列的NPR1蛋白基因的变异等。本研究结果在一定程度上反映了芒果抗感炭疽病品种在基因组水平...     

杜梨叶片转录组分析

杜梨(Pyrus betulifolia Bunge)抗逆性强,叶色随季节变化而改变,被广泛用于沿海滩涂景观改造,是园林绿化中常用树种。为了解杜梨色叶相关基因调控途径,对杜梨叶片进行转录组测序,共获得67.7 Gb测序数据,通过组装共得到60 611个基因,其中包含1 059个新基因;与8个功能数据库进行比对分析,共57 669个基因得到了功能注释,注释效率为95.15%;GO分析发现,已注释的差异表达基因共涉及49个功能组,主要集中在膜(细胞组分)、催化活性(分子功能)、代谢过程(生物学过程)等中;KEGG分析发现,差异表达基因主要富集在碳代谢和植物-病原体相互作用等生物学过程中;共筛选出10个与类黄酮相关的基因,分别属于UDPGT等6个基因家族;在杜梨叶片转录组中共筛选出452 501个SNP位点,碱基转换类型所占比例远远高于颠换类型,表明杜梨具有丰富的SNP位点信息。本研究结果可为探究杜梨色叶分子机制等提供理论依据。     

基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发

【目的】基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙（Quasipaa spinosa）遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑。【方法】采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序,通过MISA对棘胸蛙转录组测序数据进行SSR检索,并以SAMtools和VarScan v.2.2.7进行SNP查找。【结果】棘胸蛙转录组测序共获得93887条非冗余基因（Unigenes）,序列总长度达91352712 bp,且所有转录组Q30均超过95.00%。在93887条Unigenes中发现33019个SSRs,其中21966条Unigenes含有SSR,6688条Unigenes含有超过1个SSR;以单核苷酸重复型SSR数最多,达25788个,且出现频率最高（27.47%）。SSR的平均长度以四核苷酸重复型最长,达35.47 bp;棘胸蛙SSR以（A/T）n为绝对优势重复基元,占总SSR的65.51%,然后依次为（C/G）_n、（AT/AT）_n、（AC/GT）n、（AG/CT）_n、（AAT/ATT）_n、（AGG/CCT）_n,分别占总SSR的12.59%、5.66%、5.55%、3.31%、1.55%和1.30%。在33019个SSRs中,核苷酸重复次数主要集中在5~25次,占总SSR的99.91%,且大部分SSR位于非编码区,仅有1633个SSRs位于编码区;长度≥12 bp的SSR共计17244个,占总SSR的58.53%。挑选120对SSR引物进行引物有效性验证,发现有57对引物扩增出单一条带,且条带大小与预期结果一致。对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索,共发现87634个SNPs,其中,56300个SNPs属于转换位点、31334个SNPs属于颠换位点,转化/颠换比达1.80,碱基的转换频率明显高于颠换频率。【结论】利用高通量转录组测序开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法,能开发出通用性较高、数量较多、覆盖性较广的分子标记。棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性,可作为种质材料进一步开发利用。     

砂梨品种对黑斑病的抗性鉴定和评价

对引进的85份砂梨(P.pyrifaliaNakai)种质资源进行抗梨黑斑病田间鉴定,初选出24份综合性状优良的抗性资源,然后进行人工接种鉴定,结果表明:砂梨高抗黑斑病材料,仅占鉴定总数的4.71%,但不同品种对梨黑斑病的抗性差异很大;中国砂梨品种资源对梨黑斑抗性普遍较差,日本砂梨品种资源抗性最强,韩国砂梨品种资源居中;筛选出抗性较高有5份早熟梨、5份中熟梨和4份晚熟梨品种,“圆黄”、“黄金梨”“丰水”、“秋黄”和“秋荣”,不仅抗性强,而且丰产性、农艺性状均优。     

阿克苏枣黑斑病的病原分析与药剂防治效果研究

采用组织分离法,对阿克苏地区周边枣园具有典型枣(Ziziphus jujuba Mill.)黑斑病症状的病果进行病原鉴定,测定戊唑醇、吡唑醚菌酯、氟硅·嘧菌酯、苯醚甲环唑、多菌灵和多抗霉素对枣黑斑病的防治效果。结果表明,根据其形态特征鉴定其致病病原菌为细极链格孢菌(Alternaria tenuissima)。多抗霉素1 500倍稀释液对枣黑斑病发病率的防治效果最好,为91.2%;其次是43%戊唑醇5 000倍稀释液,防治效果为89.5%;再者是25%苯醚甲环唑1 500倍稀释液,防治效果为75.4%。     

基于高通量测序技术对三种太岁样品细菌组成的分析

利用Illumina公司Mi Seq技术,检测3种太岁样品细菌群落的差异性,分析太岁样品的细菌多样性和群落结构,揭示细菌在太岁构成中的作用和在不同太岁间的内在联系。结果表明,3种太岁样品的高通量测序分析共得到有效序列64 114条,归为4 033个OTU,属于35个门、61个纲、89个目、201个科及625个属,还有一些未有明确的分类学信息。变形菌门和厚壁菌门为优势门,在2、8、9号太岁样品中所占比例分别是63.95%、79.65%、76.82%。2、8、9号太岁中的最优势属及所占比例分别为Edaphobacter(23.84%)、梭菌属(12.94%)、芽孢杆菌属(17.60%)。3种太岁样品各自的优势属不尽相同,没有共有且占比均大的属。3种太岁样品的细菌群落的多样性丰富,且三者的细菌组成差异较大,不能建立起明显的内在联系。     

基于转录组测序分析牛不同脂肪组织的脂肪沉积差异研究

为了更好地了解肉牛(Bos taurus)的脂肪沉积机制，以安格斯牛（Aberdeen Angus）和西门塔尔牛（Simmental cattle）为模型，通过对2种脂肪组织（肾周脂肪和背皮下脂肪）进行RNA测序，确定转录组图谱。分析4个组织中共同的高表达基因，以及2个组织之间的差异表达基因。结果显示，每个样品获得约10.99 Gb数据，并注释总共23 472个基因。在50个高度表达的共同基因中，发现脂肪酸结合蛋白4（Fatty Acid Binding Protein4, FABP4），脂肪形成调节因子(Adipogenesis Regulatory Factor,ADIRF)和硬脂酰辅酶A去饱和酶(Stearoyl-CoA Desaturase,SCD)是与脂肪沉积相关的基因，表明这3个基因可能在脂肪沉积中发挥作用。在安格斯牛和西门塔尔牛的肾周脂肪与皮下脂肪组织之间分别鉴定出1 678个和1 955个差异表达基因。GO分析表明，一些DEG与代谢有关。KEGG途径分析显示，PPAR信号途径、甘油酯代谢和ECM-受体相互作用途径富集丰富。在背皮下脂肪中，PPAR信号途径和甘油脂代谢中的3个基因：视黄酸X受体α(retinoid X receptor alpha,RXRA)、C1q肿瘤坏死因子相关蛋白7(C1q and TNF related 7, C1QTNF7)和单酰甘油-O-酰基转移酶2(Monoacylglycerol O-acyltransferase 2, MOGAT2)上调；6个基因：肉碱脂酰转移酶1B(Carnitine Palmitoyltransferase 1B, CPT1B) 、解偶联蛋白1(Uncoupling Protein 1, UCP1)、 脂肪酸结合蛋白3(Fatty Acid Binding Protein 3, FABP3)、 脂肪酸转位酶(Fatty Acid Translocation enzyme, CD36) 、脂蛋白1( LPIN1) 和甘油-3-磷酸酰基转移酶3(Glycerol-3-phosphate Acyltransferase 3, GPAT3)表达量下调。在ECM-受体相互作用中，发现Ⅰ型胶原Α1(Collagen Type I alpha 1 Chain, COL1A1)、III型胶原Α1(Collagen Type III alpha 1 Chain, COL3A1) 、Ⅰ型胶原Α2(Collagen Type I alpha 2 Chain, COL1A2)和II型胶原Α1(Collagen Type II alpha 1 Chain, COL2A1)在牛的背皮下脂肪中上调，而层粘连蛋白γ3(Laminin Subunit gamma 3 , LAMC3) 和粘连蛋白γ2(Laminin Subunit gamma 2, LAMC2)的表达量下调。为验证转录组的准确性，对差异基因 COL1A1、 COL3A1、RXRA、 LPIN1和 GPAT3进行qPCR验证，结果显示qPCR结果与转录组测序数据基本一致。本研究揭示了肉牛不同脂肪组织中复杂的转录组图谱，发掘了参与脂肪沉积的候选基因。     

5种杀菌剂对猕猴桃黑头病的室内抑菌活性及田间防效研究

为筛选对猕猴桃黑头病有效的杀菌剂,以猕猴桃黑头病病原菌Diaporthe eres为试验对象,采用菌丝生长速率法测定5种杀菌剂对其抑制作用,并进一步开展田间防效试验。结果表明,5种杀菌剂对病原菌菌丝生长均有较好的抑制作用,并且对猕猴桃黑头病的田间防效显著（P<0.05）。因此,这5种杀菌剂均可作为病害防治的有效药剂,特别是10%苯醚甲环唑水分散粒剂、25%吡唑醚菌酯悬浮剂和40%腈菌唑可湿性粉剂3种杀菌剂田间防效均达到85%以上,可作为优选药剂。     

两株番茄细菌性斑点病拮抗放线菌的鉴定及功能基因筛查

本研究从分离自新疆巴里坤盐湖的放线菌中筛选到两株抗菌活性放线菌GWB1-7和ZW2-11,该菌株对番茄细菌性斑点病致病菌(丁香假单胞杆菌番茄致病变种,Pseudomonas syringae pv.tomato)具有显著的抗菌活性。采用平板对峙法对上述菌株进行菌株拮抗分析,并对其进行菌株形态观察、系统进化树分析及抗生素合成相关功能基因筛查。结果表明：放线菌GWB1-7和ZW2-11不仅对丁香假单胞杆菌番茄致病变种具有显著抗菌活性,而且对大肠杆菌(Escherichia coli)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的拮抗作用明显;放线菌GWB1-7在进化关系上与拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)放线菌最相近,而放线菌ZW2-11同链霉菌属(Streptomyces)放线菌聚类在相同的分支;这两株菌均携带有Nrps和Aph基因,另外GWB1-7菌株中还含有I型Pks基因,而ZW2-11菌株还含有II型Pks基因。放线菌GWB1-7和ZW2-11的鉴定及抗生素合成相关功能基因的筛查,为后期分离这些菌株中的活性代谢产物奠定理论基础。     

基于转录组测序筛选鸡蛋绿壳性状相关基因

【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱,蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控,蛋壳绿色深浅不一,其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序,挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路,探究影响蛋壳颜色遗传性,以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础,并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选,以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解,并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象,屠宰产浅绿色蛋（QL）和深绿色蛋（SL）的母鸡各3只,采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析,筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs,有59个基因在深绿组中显著上调,34个显著下...     

冬枣黑斑病菌拮抗菌株的筛选鉴定及其对该病的防治作用

为给冬枣(Ziziphus jujube Mill.)黑斑病的生物防治提供优良菌株资源,以冬枣黑斑病菌为靶标,从冬枣健果中进行拮抗微生物资源的筛选。利用梯度稀释法从健康冬枣果实表面分离出细菌397株,其中K5-4对冬枣黑斑病菌的抑菌效果最为明显,抑菌带宽度为10.06 mm,该菌的无菌发酵液也具有良好的抑菌活性。活体防病试验发现,该菌能够有效地抑制冬枣黑斑病的发生,浓度为1×108cfu/m L时对黑斑病的防效为78.50%。该菌能够在冬枣果实中定殖,在接种后48 h内K5-4菌数增长为初始值的31.62倍,有无黑斑病病原菌存在对K5-4的定殖影响不大。通过形态学观察、生理生化试验以及16S r DNA序列同源性分析,鉴定该菌株为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens),其在防治冬枣黑斑病上有较好的应用前景。     

核桃黑斑病致病性泛菌的分离鉴定及壳聚糖抑菌的研究

为明确陕南地区核桃黑斑病病原菌种类,并筛选出无公害的有效抑菌剂,以陕南山阳县、丹凤县、商州区等地采集的发病核桃果实及枝条为研究对象,对其病原菌进行了系统分离和壳聚糖抑菌试验。根据致病性测定、菌体形态、培养特性、生理生化反应、16S rDNA及gyrB基因序列分析,对陕南核桃黑斑病病原进行鉴定;采用分光光度计测定OD₆₀₀下细菌受抑制的最低有效浓度。结果表明：陕南核桃黑斑病病原细菌为泛菌属的最后泛菌,可通过伤口侵染核桃的果实、嫩枝和叶片,发病时间短、致病性强;水溶性壳聚糖盐对该病原菌具有良好抑制效果,是防控核桃黑斑病的有效抑菌剂,对最后泛菌的最低抑制浓度分别为：壳聚糖盐酸盐3.5 g/L,壳聚糖乳酸盐0.5 g/L。