阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

人工饲料对柞蚕幼虫肠道菌群多样性的影响

为研究人工饲料对柞蚕幼虫肠道菌群组成、多样性特征及菌群功能的影响,收集从收蚁开始分别饲育柞树叶和人工饲料至2龄时期的柞蚕肠道样品,通过高通量测序技术对其肠道微生物进行分析,并采用Tax4Fun软件预测菌群潜在功能。结果发现,不同饲育组柞蚕幼虫肠道菌群结构存在显著差异,人工饲料组柞蚕幼虫肠道菌群多样性低于柞树叶组。肠道菌群功能预测结果显示,人工饲料组肠道菌群中翻译、复制和修复、能量代谢、辅助因子和维生素代谢等功能基因丰度显著升高,在碳水化合物代谢、膜运输等功能基因丰度显著降低。结果表明人工饲料显著改变了柞蚕肠道的菌群结构组成,并影响其代谢功能,这些变化可能与柞蚕幼虫生长缓慢、体质量减轻有关。     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。     

基于16S rRNA基因序列分析家蚕肠道细菌的多样性

家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类群,共发现5 578个分类操作单元(operational taxonomic units),包括14个门、21个纲、30个目、71个科、120个属的细菌,雌、雄个体在上述分类阶元共有的肠道细菌菌群分别为8、9、20、38和46种。在属水平上对细菌菌群构成的分析显示,雄蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、肠球菌属Enterococcus、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、青枯菌属Ralstonia、台湾温单胞菌属Tepidimonas、假单胞菌属Pseudomonas、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas、甲基杆菌属Methylobacterium和葡萄球菌属Staphylococcus;雌蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、假单胞菌属Pseudomonas、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、佩特罗菌属Petrobacter、肠球菌属Enterococcus、台湾温单胞菌属Tepidimonas、狭义的梭菌属Clostridium sensu stricto、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas。其中,雄蚕肠道中有23个属的细菌丰度是雌蚕的1.5倍以上,在雌蚕肠道中有7个属的细菌丰度是雄蚕的1.5倍以上,表明雌性与雄性家蚕肠道细菌类群的组成和比率存在明显差异。基于16S rRNA基因序列的聚类分析显示,家蚕肠道中的优势细菌属可分为2个大类。家蚕肠道细菌的多样性研究结果可作为探讨雌蚕和雄蚕经济性状差异的新线索。     

不同饲料育条件下家蚕幼虫中肠细菌的多样性分析

为研究不同饲料饲育对家蚕幼虫中肠细菌多样性的影响,以家蚕品种秋丰×白玉为研究对象,分别以桑叶、NOSAN饲料和自制饲料饲育至5龄盛食期,取家蚕中肠样品进行16S rDNA高通量测序。结果发现,不同饲料育家蚕中肠的细菌菌群存在显著差异,NOSAN饲料育家蚕中肠的菌群丰度较高,而桑叶饲育组与自制饲料饲育组的菌群丰度相当。不同饲料育家蚕中肠菌群的功能基因在代谢途径上存在显著差异,且自制饲料饲育组与桑叶饲育组之间的差异明显大于NOSAN饲料饲育组与桑叶饲育组之间的差异。研究结果为开发优质家蚕人工饲料和探究肠道菌群对寄主的适应机制提供了参考。     

末端限制性片段长度多态性分析技术在鸭肠道微生物群落结构研究中的应用

本研究采用T-RFLP技术，基于末端限制性片段长度多态性分析，对鸭肠道微生物群落结构进行研究。结果表明，鸭肠道微生物群落具有较高的多样性和复杂性，其中包括了多种细菌和古菌。同时，不同饲养模式和饲料类型对鸭肠道微生物群落结构有一定影响，但这种影响并不明显。此外，本研究还发现鸭肠道微生物群落中存在着一些特定的菌群，这些菌群可能对鸭的生长和健康状态有一定的影响。本研究为深入了解鸭肠道微生物群落结构及其功能提供了重要参考。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

家蚕肠道微生物的研究进展

家蚕肠道中存在着丰富的微生物群体,肠道微生物在家蚕消化吸收和抵御外界病原菌等方面都扮演着重要的角色,随着家蚕的生长发育,其肠道微生物也不断的变化,优势菌群的分布与家蚕的正常生长息息相关.文章从家蚕肠道微生物的组成、功能、影响因素和昆虫肠道微生物研究进展进行了阐述,以期为今后的家蚕乃至昆虫肠道微生物研究提供参考.     

微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响北大核心

研究旨在探索微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响。利用从小龙虾肠道中分离得到的枯草芽孢杆菌CP-3,制备CP-3菌剂,结合乳酸菌菌剂、酵母菌菌剂制备微生物制剂;采用含微生物制剂的饵料投喂小龙虾,高通量测序分析小龙虾肠道菌群结构变化。结果显示,与未添加微生物制剂组相比,微生物制剂组的小龙虾肠道内细菌生物多样性和物种丰富度均明显增加,肠道内菌群结构也改变较大。各组小龙虾肠道的优势菌群均为变形菌门,微生物制剂组小龙虾的厚壁菌门细菌含量由6.10%提高至14.21%,有害菌群弧菌属数量由10.11%降低至4.68%。研究表明,投喂微生物制剂饵料可影响小龙虾肠道细菌群落的生长,小龙虾肠道菌群更趋向丰富和稳定。     

不同品种鹅肠道发育及肠道微生物菌群结构的比较

试验旨在比较不同鹅品种肠道发育及肠道微生物菌群结构差异,选取28日龄四川白鹅、浙东白鹅、扬州鹅和霍尔多巴吉鹅各10只为研究对象,圈养全程舍饲精料与黑麦草,于70日龄屠宰进行肠道发育和肠道微生物多样性检测。结果显示：四个品种鹅中浙东白鹅对牧草采食量最大,四川白鹅对牧草的转化利用率最高。扬州鹅肠道表观形态发育和组织形态发育显著优于其他三个品种鹅（P<0.05）。门水平上四个品种鹅的优势菌属相同,都是拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）。α多样性比较,霍尔多巴吉鹅的肠道菌群丰度及多样性都显著高于其他三个品种鹅（P<0.05）,β多样性分析发现四个品种鹅的菌落结构差异不显著。根据Venn图筛选各品种鹅的盲肠特有菌,从门水平比较,霍尔多巴吉鹅的盲肠内微生物物种最丰富,其次为浙东白鹅>扬州鹅>四川白鹅,四个品种鹅都具有数量不等的分解消化纤维功能特有菌拟杆菌门和厚壁菌门,而扬州鹅盲肠特有菌还含有分解纤维菌放线菌门。进一步使用皮尔森相关系数分析特有菌群数量与饲草转化率等相关性,发现梭杆菌门和厚壁菌门与饲草分解消化利用率极强相关（Px,y>...     

赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌人工感染雏鸡的肠道菌群多样性的影响

为了解不同浓度赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌（Escherichia coli）感染的雏鸡肠道菌群多样性的影响,本研究对240只15日龄健康雏鸡随机编号后分为空白对照组（CON）、感染组（BC）、低剂量治疗组（TL）和高剂量治疗组（TH）4个组,除对照组外,其余各组（BC、TL、TH）均使用致病性大肠杆菌进行感染,感染0.5 d后,分别用不同浓度的赤芍黄柏制剂对TL组（4 mL·L^-1灭菌水）和TH组（12 mL·L^-1灭菌水）进行饮水治疗,治疗5 d后统计各组发病率及死亡率,采用高通量测序技术检测雏鸡十二指肠肠道菌群多样性。结果显示,与感染组相比,TH组显著降低了雏鸡的发病率和死亡率（P<0.05）。菌群分析显示,赤芍黄柏制剂处理改变了雏鸡肠道菌群多样性组成,提高了乳杆菌属的丰度。CON组优势菌群以厚壁菌门、肠球菌属为主;BC组肠道优势菌群主要为厚壁菌门、变形菌门、肠球菌属、大肠杆菌属及葡萄球菌属;TL组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属、肠球菌属及葡萄球菌属为主;TH组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属为主。热图分析显示,乳杆菌属与发病率和死亡率呈负相关,大肠杆菌属与发病率和死亡率呈正相关（P<0.05）。综上,大肠杆菌感染及赤芍黄柏制剂治疗改变了雏鸡肠道菌群多样性及组成,而这种肠道菌群的变化可能对雏鸡腹泻发病及抗病力产生重要影响。     

企鹅系统发育分类与肠道菌群组成差异的相关性

除了环境和食物因素外,宿主的系统发育同样被认为会影响动物的肠道菌群,但对于鸟类,特别是极地企鹅不同种属的系统发育分类学差异对其肠道菌群的影响尚未清楚。本研究利用在相同环境和食物条件下馆养的王企鹅（Aptenodytes patagonicus）、帽带企鹅（Pygoscelis antarctica）和巴布亚企鹅（P.papua）分析宿主系统发育分类学差异对企鹅肠道菌群的影响。结果表明：不同企鹅的肠道菌群多样性、组成和功能均具有显著差异（P<0.05）,王企鹅肠道菌群具有最高的多样性,其次为帽带企鹅,巴布亚企鹅肠道菌群多样性最低。多种细菌在王企鹅的肠道菌群中出现特异性富集,包括类谷氨酸杆菌属（Paeniglutamicibacter）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、肉杆菌属（Carnobacterium）、狭义的梭菌属（Clostridiumsensu stricto 1）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、戈特沙尔克氏属（Gottschalkia）和蒂西耶氏菌属（Tissierella）;巴斯德氏菌属（Pasteurella）和鲸杆菌属（Cetob...     

一例组合益生菌中微生物群落多样性研究

通过提取目标微生物基因组DNA,使用16S rRNA高通量测序法分析,获得一例人用益生菌16S rRNA高通量测序结果及其群落组成、Alpha多样性、Beta多样性、差异物种及其它物种间的相关性的具体信息。结果显示,此菌群主要分属于3个菌门,其中变形菌门(Proteobacteria)是主要菌群,占比84.79%,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)分别占7.8%、6.35%。这些菌群的主要功能有调节肠道功能,而且与宿主的脂肪代谢有很大关联,同时变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门等菌群可能与肠道炎症的缓解相关。     

PCR-DGGE的原理及在动物肠道菌群分析中的应用

肠道菌群是机体常在菌群的重要组成部分,机体的健康和疾病的发生和发展与其多样性及种群的变化有着密切关系。因此,对肠道菌群进行研究具有重要意义。变性梯度凝胶电泳(DGGE)主要是基于突变型和野生型核酸序列的不同而导致其变性浓度的差异,利用变性梯度胶进行分离。它是一种分析微生物群落的有效工具,可以用于研究肠道菌群结构多样性和种群结构的变化。作者对PCR-DGGE的原理、优缺点及在动物肠道菌群分析中的应用和前景作一简要综述。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。     

鸡肠道微生物研究进展

定植于宿主肠道的复杂菌群结构对宿主健康具有非常重要的作用。非培养分子技术的发展使人们越来越深入了解肠道微生物菌群组成和多样性。在分析相关文献和生物信息数据基础上,本文旨在概述不同日龄鸡肠道微生物菌群组成和多样性、肠道菌群作用、饲粮与肠道菌群的关系,并总结饲喂抗生素对鸡肠道微生物的影响,讨论益生菌对鸡肠道菌群以及使用抗生素所造成的微生物生态失衡的调节潜能,为鸡肠道菌群研究提供参考。     

不同季节圈养岩羊肠道微生物的多样性分析

为研究不同季节岩羊肠道菌群的多样性,选取同一圈养条件下的5只岩羊作为实验对象,收集新鲜粪便,提取总DNA,PCR扩增后,利用Illumina Miseq测序平台,对16S rRNA基因V3-V4区域序列进行测定。结果显示:在岩羊肠道中检测到的微生物共属于25个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(72.73±5.84)%和拟杆菌门(Bacteroidetes)(16.61±4.37)%为优势菌门;岩羊肠道微生物中含有264个菌属,以Clostridium_XIVa(5.99±2.10)%、Bacteroides(2.62±0.96)%、Clostridium_IV(2.42±1.00)%和Alistipes(1.80±0.78)%为主;通过综合各种不同的多样性指数发现,夏季的肠道菌群丰富度高于其他季节;从不同季节岩羊肠道优势菌群的趋势图可知,夏秋两季岩羊肠道优势菌属变化最大。本研究结果表明,季节变化与岩羊肠道微生物丰富度、多样性及优势菌群组分的变化密切相关。     

鹿茸多肽对小鼠肠道菌群的影响

为了了解鹿茸多肽对小鼠肠道菌群结构和数量的影响,笔者对小鼠灌胃不同剂量和不同天数的鹿茸多肽,利用T-RFLP及荧光定量方法观察肠道菌群结构和优势菌属变化。结果表明,鹿茸多肽能够促进肠道菌群结构的稳定,对肠道优势菌属(拟杆菌属、梭菌属)以及有益菌属(乳杆菌属)具有促进作用。表明鹿茸多肽能够调节小鼠肠道菌群,有益于优势菌和有益菌的定植,有助于机体的健康生长。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

高通量测序研究慢性肾衰竭对宠物犬肠道菌群多样性的影响及基因功能预测分析

旨在通过高通量测序研究慢性肾衰竭（chronic renal failure,CRF）对宠物犬肠道菌群多样性的影响,并预测分析菌群的基因功能。本研究选取30只2岁健康犬,随机等分为慢性肾衰竭模型组（CRF,肾动脉结扎法制备）、假手术对照组（Sham）和健康对照组（HCG）,常规饲养,试验周期56 d。试验过程中,定期检测血肌酐（Scr）、血尿素氮（BUN）和尿蛋白/肌酐比（UP/C）,无菌采集新鲜粪便进行细菌16S rDNA测序,分析慢性肾衰竭对犬肠道菌群结构、多样性与功能的影响,并以CRF组差异菌群为自变量进行主成分Logistic回归分析,构建菌群标志物综合指数（FMI）用于慢性肾衰竭预测。结果显示：1）从试验后第28天开始,CRF组Scr、BUN和UP/C分别显著高于自身试验前、HCG组和Sham组（P<0.05）。2） CRF组不同时间点肠道菌群有显著差异,第56天时的Chao 1指数、Shannon指数均降低,拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度增加,厚壁菌门（Firmicutes）数量减少,与0 d和28 d比较差异显著（P<0.05）,与同时间点HCB组及Sham组比较差异显著（P<0.05）。3）组间菌群LEfSe分析发现,CRF组富集了20个物种,主要包括假单胞菌属（Pseudomonas）、埃希氏菌属（Escherichia）和变形杆菌属（Proteus）等,这些物种与肠道其他菌属间多呈负相关关系;差异物种基因主要富集在氨基酸代谢、糖生物合成和代谢以及碳水化合物代谢等代谢途径。用这些差异物种构建的FMI,其ROC曲线AUC为0.788,可作为犬CRF的肠道微生物标志物。以上结果表明,慢性肾衰竭可以使犬肠道菌群多样性降低、菌群结构失调以及菌群功能改变,且CRF患犬肠道中富集的菌群可作为该病的肠道微生物标志物,以FMI预测效果最好。