利用荧光SSR标记分析中国油橄榄品种遗传多样性

为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用SSR荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的等位基因数在9～26之间,平均为14.7个;多态性信息量PIC值平均为0.73(0.33～0.89)。基于Jaccard系数的NJ法聚类分析结果表明,参试材料分为2大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一组中,无论是选育品种还是引种品种均具有高水平遗传多样性。对来自5个国家的油橄榄品种群体进行分子方差分析(AMOVA)结果表明,品种内遗传变异(86.61%)远远超过了群体间和群体内不同品种间的遗传变异(13.39%),大规模引种过程中对品种的起源和来源地等信息并不完全,以及在长期引种栽培和苗木繁育过程中品种混淆和同名异种等,都是造成品种内遗传变异水平高的原因。     

锥栗主栽农家品种遗传多样性的SSR分析

为给锥栗杂交育种和遗传作图的亲本选配提供参考,应用SSR分子标记技术,分析了福建省建瓯市17个锥栗主栽农家品种的遗传多样性。结果表明:不同农家品种遗传多样性丰富,利用筛选出的12对引物组合扩增的片段大小主要在50~2 000 bp之间,共扩增出180个位点,多态位点163个,占90.56%;17个锥栗主栽农家品种的遗传相似性系数在0.509 2~0822 1之间,乌壳长芒和牛角仔(晚熟)的相似性系数最大,中尖嘴与白露仔的相似性系数最小,且在相似性系数为0.60处,大尖嘴和中尖嘴单独聚为I类,在相似性系数为0.77处,第II类又被分为A~H共8个组;SSR引物组合Cs CAT33和Cm TCR4共同构建了17个锥栗主栽农家品种的DNA指纹图谱。     

锥栗基因组SSR开发及农家品种的遗传多样性分析

本文对锥栗SSR富集文库进行Illumina MiSeq高通量测序,利用生物信息学对得到的序列进行SSR特征分析,开发锥栗基因组SSR并对农家品种进行了遗传多样性分析。在2051475条序列中,总共搜索到2117345个SSR,以复合形式存在的SSR数量为640155个。二核苷酸为重复单元的SSR数量最多,占总数的73.22%,之后依次为三核苷酸(12.61%)、单核苷酸(12.56%)、四核苷酸(1.33%),单碱基重复、二碱基重复和三碱基重复的优势重复单元分别为:A/T、AC/GT、AAG/CTT。对SSR的长度多态性进行了评价。以8个农家品种为材料,在100对基因组SSR引物中筛选出多态性和特异性较好的引物10对。对25个锥栗农家品种进行了遗传多样性分析观测等位基因和期望杂合度分别为6.3和0.705,有效等位基因数为3.628,Shannon信息指数为1.441,表明锥栗农家品种具有较高的遗传多样性水平。     

油橄榄品种表型和SSR标记的多样性及聚类分析

[目的]利用表型性状和分子标记,对我国油橄榄品种进行鉴定和遗传多样性研究,有利于种质资源保存和利用,对了解油橄榄品种的组成结构及未来的引种和育种工作都具有重要意义。[方法]以甘肃省陇南市17个油橄榄品种为研究材料,利用表型上15个数量性状、18个质量性状和8个SSR荧光标记分别进行多样性和聚类分析。[结果]各性状在品种间存在显著差异,数量性状和质量性状的表型多样性指数分别介于1.579 2.089和0.3621.091,8个SSR位点共检测到51个等位基因变异,平均每个位点等位基因数为6.375个,利用表型性状和SSR标记可以将17个品种完全区分开。[结论]17个油橄榄品种具有较丰富的表型和遗传多样性,基于表型数量性状、质量性状和SSR标记的聚类分析结果,判别品种间遗传关系的结果有一致的,也存在一定差异。对于表型性状相似的品种,需结合SSR标记进行品种鉴定。     

天山樱桃野生居群遗传多样性SSR分析

为给天山樱桃种质资源的保护和开发利用提供参考,应用SSR标记技术对新疆天山樱桃4个居群44份种质的遗传多样性进行分析。结果表明:筛选的14对SSR引物共检测到191个位点,包含148个多态性位点。Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.239 8和0.367 6,各居群遗传分化系数为0.193 5,基因流为2.084 3。天山樱桃遗传分化水平较低,各居群间基因交流频繁,遗传变异主要存在于居群内。由基于遗传距离的聚类结果可知,裕民县与大西沟居群遗传关系最近,与特克斯居群遗传距离较远,4个天山樱桃居群中大西沟居群遗传多样性最高。     

明清板栗古树遗传多样性的SSR分析

正板栗(Castanea mollissima Blume)属于壳斗科(Fagaceae)栗属(Castanea Miller)植物,广泛分布于全国23个省(区、市)[1],年产量约213.2万吨,是我国的传统木本粮食树种和优势经济林树种。北京是华北品种群的主要分布区,板栗主要分布于怀柔、密云、昌平、延庆、房山等地,其中怀柔地区板栗栽培历史非常悠久,分布着丰富的古板栗资源,据专家考     

新疆野生山楂资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

为给新疆野生山楂资源的保护与利用提供理论依据和技术支持,采取新疆3种野生山楂共计63份材料,利用ISSR标记技术,对其遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,12条引物共扩增出233条带,其中多态性条带221条,多态性位点率为94.4%,平均每个引物获得19.42个扩增带。POPGENE1.32分析结果表明:3种野生山楂材料的多态性位点率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数,均为准噶尔山楂最高,阿尔泰山楂次之,红果山楂最低。3种新疆野生山楂进行两两比较,其Nei’s遗传相似度为0.862 2~0.904 4,平均值为0.890 2;遗传距离为0.100 5~0.148 3,平均值为0.1166。3种野生山楂中,准噶尔山楂存在较为丰富的遗传变异,其次是阿尔泰山楂,红果山楂的遗传变异较小。阿尔泰山楂和红果山楂的亲缘关系较近;准噶尔山楂和红果山楂间亲缘关系较远。     

基于SSR标记的黑龙江省茖葱天然种群遗传多样性分析

研究采用简单重复序列(SSR)分子标记方法,对黑龙江省24种茖葱进行遗传多样性分析,计算不同茖葱种质遗传多样性相关性数值,并通过一系列软件对上述相似性数值进行聚类分析。结果表明：黑龙江省不同茖葱种质间遗传距离较远,存在较丰富的遗传多样性。通过UPGMA软件可以将黑龙江省24份茖葱种质聚类分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅰ类群和第Ⅱ类群又各分为2个亚类群,聚类结果反映的不同种质间亲缘关系与其种植地点有一定关联。SSR聚类分析结果显示：亲缘关系近的品种有伊春五营翠北林场和伊春新春林业局北沟林场,另外,鹤北金矿林场、同江前进农场和伊春红星林业局汤北林场品种间亲缘关系较近。SSR分子标记技术揭示黑龙江省主要野生茖葱种源群体的遗传多样性,为黑龙江省茖葱种质资源的保护与高效利用提供理论基础。     

基于松属不同树种EST序列的马尾松SSR引物开发

利用松属5个树种的EST序列,分别树种查找SSR位点,采用Primer3．0软件进行引物设计。设计的5个树种的EST-SSR引物中：所占比例最高的均为三核苷酸重复,其次是六核苷酸重复,两者之和都达到了64％以上;四核苷酸重复所占比例均为最低。从设计的引物中分别不同树种各选取20对进行引物合成和通用性检测以及马尾松群体检测,结果表明：松属5个树种的EST序列开发的马尾松SSR引物,其在马尾松中的扩增成功率为60％-80％;最高的是辐射松,最低的是海岸松,平均为72％。通用性最好的为辐射松,属内的通用性为94％;属间和科间通用性也分别达到75％和44％。不同树种序列来源的EST-SSR引物,其扩增成功率在10％-30％;最高的是北美短叶松,其次是辐射松,最低的是扭叶松和火炬松;平均为17％。     

利用S-RNase基因序列研究山楂品种间的杂交亲和性

山楂为我国原产特有的果树资源,杂交育种是品种选育的重要方向,而研究品种间的杂交亲和关系对于亲本选配具有重要意义。本研究利用梨亚科S-RNase基因的通用引物对21个山楂品种的基因组DNA进行PCR反应,每个品种得到1～2个特异性DNA条带。对扩增片段进行测序,并根据S-RNase基因序列进行聚类分析,推测了山楂品种的杂交亲和关系,而且田间杂交试验验证了推测结果。本研究对于山楂杂交育种具有重要的参考价值。     

欧洲黑杨育种基因资源SSR多态性比较研究

本研究利用13对SSR引物对120份(105份国外引进、15份我国新疆)欧洲黑杨基因资源进行了遗传多态性分析,共检测出171个等位基因,每个多态性位点检测到7～19个等位基因,平均为13.2,多态信息指数为0.396～0.909,平均为0.808;遗传距离为0～0.456 4.欧洲黑杨基因种源具有丰富的遗传多样性.通过UPGMA等类分析,将120份材料划分为8类,地理分布较近的材料基本聚在一起,表明遗传距离与地理距离相关性强.     

落叶松杂种F_1代群体遗传多样性的RAPD、SSR分析

为给落叶松杂种F1代进化潜力的研究提供资料,利用RAPD、SSR标记分析了日本落叶松×兴安落叶松杂种F1代147个个体的遗传多样性。RAPD遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.669 1,Nei遗传多样度平均值为0.395 5,Shannon多样性指数平均值为0.583 1;SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.689 2,Nei遗传多样度平均值为0.399 8,SSR标记的Shannon多样性指数平均值0.587 0。SSR标记和RAPD标记所揭示的杂种F1群体遗传多样性水平各指数值基本一致,且都表明与日本落叶松杂交后,杂种F1群体在遗传多样性上高出兴安落叶松。     

微卫星（SSR）分子标记应用于濒危植物保护的研究进展

简要阐述了微卫星（SSR）的基本概念和特点,并从濒危植物遗传多样性和遗传结构分析、探索物种起源与进化历史、揭示物种濒危机制和确定优先保护单元等方面对SSR分子标记在濒危植物保护研究中的应用进行了概括和总结。     

山楂主要品种果实品质分析比较

山楂主要品种果实品质分析比较何钢，吴若炎，赵思东，周少林（中南林学院，株洲，４１２００６）（水利部长办库区处）山楂属于蔷薇科、山楂属植物，原产我国北方广大地区，自８０年代开始，我们陆续从各主产区引入主要山楂品种至湖北丹江库区栽培，并建立了山楂品比园，...     

利用荧光SSR标记鉴别杨树品种

世界上天然杨树约100多种,我国有50多种。杨树作为重要造林树种,多用于水土保持、防风防沙和园林绿化,也是造纸、建筑及木材工业的重要经济树种。杨树易繁殖,生长速度快,生产周期短,在我国广泛栽培,我国也是世界上杨树人工林面积最大的国家(Carleetal.,2005)。我国杨树引种和育种的历史可追溯到新中国建立时期,杨树种质资源十分丰富,我国已培育了许多优良杨树品种(马常耕,1995)。随着育种技术的发展,新品种产生的速度与日俱增。然而,由于杨树品种繁多,形态相似,容易出现品种混淆。特别是近年来杨树种苗市场的迅速发展,为了追逐经济效益,杨树种苗市场上出现了以次充好,甚至出现造假的现     

EST—SSR标记在松树中的开发和应用

概述了松树EST-SSR的开发、遗传连锁图谱构建、遗传多样性分析以及种质资源鉴定的应用现状，并讨论了EST-SSR标记的应用前景。     

EST—SSR标记在松树中的开发和应用

概述了松树EST-SSR的开发、遗传连锁图谱构建、遗传多样性分析以及种质资源鉴定的应用现状,并讨论了EST-SSR标记的应用前景。     

红刺玫DNA提取及SSR引物筛选

本文通过两种方法提取红刺玫的基因组DNA,结果表明最适合的方法为磁珠法提取。以红刺玫基因组DNA为模板,优化SSR反应体系并确定反应条件,从22对SSR引物中筛选出扩增性强和稳定性好的有用引物12对;以有用引物进一步对红刺玫月季植物进行SSR,5对引物具有多态性,百分率为67～100%。该研究结果为红刺玫和月季亲缘关系分析、杂交亲本选择、以及杂交品系的鉴定奠定基础。     

基于SSR荧光标记的白蜡核心种质构建

白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。