pep_pattern.pl,搜索蛋白质序列模体的Perl脚本

用Perl语言编写了一个pep_pattern.pl脚本,可从一组相关序列中搜索非常相似的序列片段,通过匹配所有可能的氨基酸片段的排列,统计每个匹配模体在序列中的出现频率和位置,搜索蛋白质序列中的2~4个多肽的模体。     

大豆皂苷提取工艺的优化

大豆皂苷是大豆中的一种生理活性成分,广泛应用于医药行业中。传统的方法往往采取甲醇作为溶剂进行提取,其具有毒性。本研究使用无毒的食用乙醇和水作为大豆皂苷的提取剂,利用正交试验得到最佳提取条件,结果显示食用乙醇的提取率要高于水提取;食用乙醇提取大豆皂苷的最适条件为:食用乙醇浓度为70%,提取温度控制在80℃,提取4 h,固液比是1/18(W/W),收集2次提取后的滤液。     

两种转基因大豆基因组DNA提取方法的比较

转基因大豆基因组DNA的提取是进行大豆油脂代谢研究的必要环节之一,所以提取质量好、数量多的基因组DNA是进行转基因研究最基础的一步.本研究采用CTAB法和SDS法分别从大豆幼嫩叶片中提取其基因组DNA,并用1％琼脂糖凝胶电泳进行观察比较,建立了快速、有效提取大豆叶片基因组DNA的方法.本研究发现,CTAB法分离的DNA...     

辣椒质膜水通道蛋白CaPIP1基因全长cDNA的分离及序列分析

通过对辣椒均一化cDNA文库的筛选分离获得了一个与烟草水通道蛋白NtAQP1高度同源的aquaporin基因全长cDNA,命名为CaPIP1。序列分析结果表明该cDNA包含有858 bp的完整开放阅读框,编码286个氨基酸,具有6个跨膜区,2个NPA模序以及植物质膜水通道蛋白高度保守的序列。氨基酸同源性及进化分析同样表明CaPIP1为辣椒水通道蛋白家族新成员。     

大豆基因组DNA提取纯化方法研究

[目的]通过逐步富集的方法,提高大豆DNA的纯度和质量,为其他动植物基因组DNA的提取纯化提供参考。[方法]以梅桥大豆为试验材料,在CTAB法提取大豆基因组DNA的基础上,对大豆基因组DNA进行了纯化,对纯化后的DNA进行了光密度、紫外光谱、琼脂糖电泳和RAPD-PCR等的检测。[结果]光密度和紫外光谱检测表明A260/A230介于1.678~1.722,平均为1.697,A260/A280介于1.733~2.022,平均为1.844;琼脂糖电泳检测证实DNA分子量较大、完整性好、RNA残留少;RAPD-PCR检测得到了谱带清晰、多态性丰富的电泳谱带。DNA的得率为66.969μg/g。该试验的研究方法具有DNA质量高、操作简便、试验条件要求不高的特点。[结论]该方法可以应用于其它动植物的DNA提取纯化。     

大豆疫霉基因组SSR标记开发

 【目的】开发大豆疫霉基因组SSR标记,为从分子水平深入研究大豆疫霉及其近缘种提供一种理想的分子标记。【方法】用FPCR软件从大豆疫霉全基因组序列中查询SSRs,选择合适的SSR序列用Primer5.0软件设计引物。【结果】从发现的1 234个含有2～4个碱基重复单元的完全SSRs中选出260段设计引物,经10个大豆疫霉分离物基因组DNA检测,有213对(81.9%)扩增出SSR特征条带,其中114(53.5%)对引物扩增出多态性。通用性检测表明,14.6%～28.6%引物分别在选择的8个疫霉种中有效扩增。基于10个SSR标记数据进行聚类分析,结果表明表明这些标记可以完全区分大豆疫霉及其它疫霉。【结论】大豆疫霉基因组SSR标记具有高多态性,是大豆疫霉遗传变异、遗传多样性、及遗传图谱构建等研究理想工具。部分大豆疫霉基因组SSR标记在其近缘种中具有通用性,可以用于疫霉菌的系统进化、鉴定、区分及开发近源种的SSR标记。特别开发的SSR标记,在大豆疫霉基因组中具有准确的位置,将极大地方便大豆疫霉菌功能基因的定位和克隆,以及进行疫霉菌的比较基因组的研究。     

辣椒水通道蛋白基因CaAQP的克隆与序列分析

 【目的】分析辣椒水通道蛋白基因CaAQP的序列特征,并研究其在抗寒品种P70中经4℃低温胁迫处理后的表达模式,为探讨辣椒的耐寒机理及辣椒品种耐寒性改良积累资料。【方法】利用RACE 技术进行cDNA全长克隆,采用生物信息学软件分析克隆基因的编码蛋白特性,并以4℃低温胁迫处理不同时间的抗寒品种P70为材料,利用Real time-PCR分析所克隆基因在辣椒低温胁迫前后的表达模式,以25℃处理为对照。【结果】在4℃低温胁迫处理后的耐寒辣椒品种P70叶片中分离到与水通道蛋白基因相关的差异表达片段,并利用RACE技术克隆得到该基因的全长cDNA,命名为CaAQP,登录号为GU116569。序列分析表明,该基因大小为1 032 bp,含5′非编码区为69 bp,3′非编码区为210 bp,CDS长753 bp,编码250个氨基酸, 蛋白分子量为25.7 kD。应用生物信息学软件对CaAQP分析表明,CaAQP含有6个跨膜区,有2个NPA单元,其氨基酸残基与MIP家族蛋白保守区序列完全一致。氨基酸序列比对发现,该序列与其它物种TIP类液泡膜水通道蛋白氨基酸序列有很高的同源性。聚类分析表明,CaAQP与番茄液泡膜水通道蛋白遗传距离最近,与禾本科的玉米和大麦遗传距离相对较远。Real time-PCR分析结果证实,该基因在低温胁迫下呈现下调表达的趋势。【结论】利用cDNA-AFLP并结合RACE技术首次在耐寒辣椒品种中克隆了水通道蛋白基因CaAQP,该基因属于MIP蛋白家族的一员,具有其典型的功能域,表达模式分析表明,该基因在低温胁迫过程中具有重要的调控作用,该研究结果为进一步探讨辣椒逆境胁迫过程中基因表达调控机制提供了重要信息。     

大豆铁结合蛋白基因cDNA的克隆、序列分析和表达载体的构建

根据已报道的植物铁结合蛋白基因的保守序列设计引物，用RT－PCR方法，成功地从大豆总RNA中扩增出一大小为0.771kb的cDNA片断。将该片段克隆到pUCm-T载体上，测序和序列的同源怀分析表明该片断与Proudhon等（1996）报道的大豆铁结合蛋白基因的氨基酸序列同源性达95％。利用pUCm-T和pBI121载体上共同的XbaI和SacI双酶切位点，构建了克隆片段的植物表达载体pSFKna。该载体含CaMV35S启动子、NOS终止子和NPT－Ⅱ基因，在遗传转化中可用基因枪导入受体，并通过卡那霉素抗性筛选转化子。     

大豆不同组织材料的DNA提取

以大豆叶片、愈伤组织和干种子为材料进行大豆基因组DNA提取的比较试验.结果表明:从以上3种组织材料中均能提取到较高质量的DNA,利用愈伤组织为材料提取的DNA质量比叶片和种子略好,从愈伤组织中可以提取到质量较高的模板DNA.     

大豆异黄酮提取方法的研究进展

文章综述了大豆异黄酮的各种提取方法,列出溶剂萃取法、超临界流体提取法、超声波和微波提取法的原理及目前应用状况,并对各种提取方法的特点给出了评价。     

野生大豆和栽培大豆的根尖细胞核型与进化

对野生大豆和栽培大豆根尖细胞核型的研究结果表明，二者的染色体数目均为２ｎ＝４０，但在核型上有差异，并有从野生大豆的较对称核型向栽培大豆的不对称核型过渡的趋势；从二者的核型推出试验中各大豆材料的进化程度由低到高排列顺序为：野１０５２、野１０５５、野１０５７＜野１０５８＜野１０６０＜苏８５－６，这一结果与根据种子性状得出的进化顺序相一致     

大豆株高QTL定位及Meta分析

以溧水中子黄豆和南农493-1杂交衍生的504个正反交F2:4家系为研究对象,于2008年在江苏南京和山东临沂两地种植,鉴定其株高表型。采用多QTL联合分析方法进行QTL分析,检测到株高存在环境效应和细胞质效应,定位了15个主效QTL、2个与环境互作的QTL和6个与细胞质互作的QTL。将Soybase数据库中信息完全的90个株高QTL和本研究检测的株高QTL映射到大豆公共图谱soymap 2上,利用BioMercator 2.1软件进行Meta分析。结果表明:分布于C2、F、L和M染色体上的18个较小置信区间存在一致性QTL,其中包括本研究发现的C2染色体上的qPH-6-2、qPH-6-3和M染色体上的qPH-7-1、qPH-7-2、qPH-7-3共5个QTL。     

我国大豆根瘤内生菌资源多样性研究

植物内生菌已成为植物微生态系统中的重要组成部分,根瘤内生菌和根瘤菌普遍共存于特殊的根瘤生 境。比较了根瘤内生菌和根瘤菌与宿主间关系存在的区别,对大豆根瘤内生菌的种类、宿主和适应性、生物固氮、促 进植物生长、增强宿主抗逆、抗病能力以及联合修复环境污染等功能多样性进行论述,指出大豆根瘤内生菌研究的 发展方向,对进一步促进植物生长、发展可持续农业具有重要意义。 ）     

Identification and characterization of long-InDels through whole genome resequencing to facilitate fine-mapping of a QTL for plant height in soybean (Glycine max L. Merr.)

With the development of sequencing technology, insertions-deletions(InDels) have been increasingly reported to be involved in the genetic determination of agronomical traits. However, most studies have focused on the identification and application of short-InDels(1–15 bp) for genetic analysis. The objective of this study was to deeply deploy long-InDels(>15 bp) for the genetic analysis of important agronomic traits in soybean. A total of 13 573 polymorphic long-InDels were identified between ...     

大豆原生质体愈伤组织的体细胞胚胎发生(英文)

在改良MS培养基上从5个大豆品种成熟种子来源的幼苗未展开叶片上诱导出愈伤组织,利用2个月月龄的这些愈伤组织在摇床上建立了细胞悬浮培养系,细胞悬浮培养系每1至2周转培1次,并用于原生质体分离,转培后3到5天的细胞经酶解后原生质体的产量最高,纯化后的原生质体用3种方法进行培养,即液体培养法、琼脂包埋法和琼脂底层法,在琼脂底层法中,培养皿底层先浇上无甘露醇的琼脂培养基,而原生质体则悬浮在2到4毫升含0.45 mol甘露醇的培养基中,3种方法以琼脂底层法最佳,原生质体在培养后2到3天内能见到第1次细胞分裂,在适当的条件下1周内高达80％的原生质体发生分裂,置板频率一般在40％到60％之间,5个供试品种中4个的原生质体愈伤组织在固体和液体培养中出现体细胞胚胎发生,在液体培养条件下得到了大量子叶和胚根发育良好的体细胞胚,但由于这些胚未进一步萌发,故未能得到完整的再生植株。     

Studies on induction of chlorophyll mutations in soybean, Glycine max (L.) Merrill

The phenotypic response of two soybean cultivars to a chemical mutagen (ethyl methane sulphonate, EMS), physical mutagen (gamma rays) and their combinations were studied in M1 and M2 generations and the frequency and spectrum of chlorophyll mutations were worked out. Combined treatment was found to be more effective in inducing chlorophyll mutations compared to individual treatments of gamma rays and EMS in both the cultivars. As far as the spectrum of chlorophyll mutations is concerned, a wider spectrum in both the cultivars was observed in 45 kR + 0.2% EMS combined treatment.     

中国栽培大豆群体结构不同分类方法的比较

利用215个大豆品种的135个分子标记数据,用STRUCTURE软件、PowerMarker软件和地理生态类型3种分类方法研究了大豆品种的群体遗传结构,以探索适宜的分类方法.结果表明:用STRUCTURE软件分类时,亚群间成对分化系数(Fst)的平均值最大,为0.108 3,含有相同最高频率等位基因的位点数最小,为85,说明各亚群间遗传差异最大;亚群内遗传多样度(Hs)为0.491,多态性信息含量(P/C)为0.737 6,群体内分化系数(Fis)为0.974,均为最小,说明亚群内个体问遗传相似性最高.因此,用STRUCTURE软件研究群体遗传结构最适宜.     

利用MPCR技术快速检测进口大豆转基因背景

利用改良的CATB方法提取大豆(Glycine max)种子基因组DNA。以大豆内源ScII基因做对照，采用MPCR(Multiplex Polymerase Chain Reaction，MPCR)技术从进口大豆中检测出35S启动子、NOS终止子和EPSPS耐除草剂基因3种转基因成分。     

乙烯对大豆产量及花器官发育的影响

    以大豆品种铁丰31为试验材料,探讨不同浓度乙烯抑制剂AVG(aminoethoxyvinylglycine)和促进剂ACC(1-aminocylopropane-1-carboxylic acid)对大豆花形态、花粉及单株产量等的影响.结果表明,供试品种经AVG处理后,与对照相比.成花量、花长度、花瓣长度、雄蕊柱长、花粉量、花粉管长度、秸杆重、单株荚数和单株产量随浓度增加而上升,花粉败育率下降,ACC处理的效果与AVG相反.两种处理对大豆花粉萌发率无明显影响.花粉扫描电镜结果显示,AVG处理的花粉长度增加,ACC处理的花粉部分出现扭曲与变形.