水科院完成首个鲤鱼高密度SNP分型芯片开发

<正>日前,中国水产科学研究院生物技术研究中心在国际期刊BMC Genomics(IF=4.4)上发表了以许建博士为第一作者,徐鹏和孙效文研究员为通讯作者的研究论文,系统报道了该中心完成的鲤鱼高密度SNP分型芯片的研发成果。生物技术研究中心近两年来先后完成了鲤鱼全基因组测序和图谱绘制、全球代表性鲤鱼品系的基因组重测序和基因组遗传变异图谱绘制工作,获得了超过2000万个单核苷酸多态性位点(SNP)。在此基础上,进一步筛选了25万个高质量的SNP位点,这些多态性位点均匀分布在     

我国科学家成功绘利出鲤鱼全基因组序列图谱

5月6日,“鲤鱼基因组计划”学术报告会暨新闻发布会在北京举行。会上宣布,由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所和中国科学院北京基因组研究所共同实施的“鲤鱼基因组计划”成功完成了鲤鱼全基因组测序,并绘制了鲤鱼基因组框架图谱、     

中国水产科学研究院牵头完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制

<正>近日,中国水产科学研究院牵头组建的国际合作研究团队完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,成为国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱,标志着鲤科鱼类重要经济性状的遗传解析和遗传选育研究全面进入基因组时代。该研究成果以Article形式于2014年9月21日在国际生物学权威期刊《自然-遗传学》(Nature Genetics)在线发表(DOI     

水产专家称基因技术育种时日尚远

日前,中山大学和深圳华大基因在广州宣布石斑鱼全基因组序列图谱绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个石斑鱼类基因组序列图谱。     

科技信息

<正>我国完成首个鱼类基因组测序项目7月31日,中国水产科学研究院黄海水产研究所和深圳华大基因研究院联合在京举行"半滑舌鳎全基因组测序和基因组序列图谱绘制"新闻发布会。在科技部、农业部和国家自然科学基金委员会等部门的项目支持下,黄海水产研究所和深圳华大基因研究院联合完成了半滑舌鳎全基因组测序和组装,绘制了半滑舌鳎全基因组序列图谱。这是我国完成的第一个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,使半滑舌鳎成为世界上第一个测定了全基因组序列的鲽形目鱼类。     

石斑鱼:基因组序列绘制完成

近日,中山大学和华大基因在中山大学联合召开新闻发布会,项目负责人林浩然院士宣布"石斑鱼基因组序列图谱"绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目、石斑鱼类基因组序列图谱。     

石斑鱼进入基因组时代,生命密码有望解开

近日,中山大学和深圳华大基因研究院联合宣布已共同完成了石斑鱼全基因组测序和组装,绘制了石斑鱼全基因组序列图谱。这是继大黄鱼和半滑舌鳎之后我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目睹科石斑鱼类基因组序列图谱．对石斑鱼的基础理论研究和产业化发展具有极大的推动作用。     

我国完成首个鱼类全基因组序列测定

黄海水产研究所和深圳华大基因研究院于2009年12月联合启动了半滑舌鳎全基因组测序和基因图谱绘制研究项目。近日,这两个科研机构联合宣布,半滑舌鳎全基因组序列测定完成,这是我国完成的首个鱼类基因组测序项目,也是世界上首个鲽形目鱼类基因组序列图谱。     

黑龙江民猪首部全基因组序列图谱绘制完成

<正>据最新报道,在省农科院和中国农业大学的科研团队共同努力下,黑龙江省独有的地方猪品种,民猪的首部全基因组序列图谱绘制最近完成,这是我国民猪全基因组测序和序列图谱绘制工作的一个重大突破。据国家生猪产业技术体系岗位科学家、农业部地方猪资源研究与开发利用团队带     

鲤鱼的遗传连锁图谱（初报）

建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有ＲＡＰＤ分子标记５６个,鲤鱼的ＳＳＬＰ标记２６个,鲤鱼ＳＳＬＰ标记１９个,斑马鱼的ＳＳＬＰ分子标记７０个,鲤鱼基因标记９１个,共有标记２６２个;图谱有５０个连锁组,连锁图给出鲤鱼的基因组大小在５７８９ＣＭ左右。     

国内

<正>我国科学家发布大黄鱼全基因组图谱由浙江海洋学院、上海交通大学、复旦大学等高校研究机构联合破译的大黄鱼全基因组图谱,日前在世界权威期刊——《自然》周刊发表。这是继半滑舌鳎之后,我国公布的第二个海水鱼类的基因组图谱,也是世界上第一个石首科鱼类基因组图谱。科研人员发现,绘制出基因序列图谱的大黄鱼基因组,包含48条染色体,比人类还多两条,全基因组大小在750m左右,相当于人类的1/4。以往包括大黄鱼在内的硬骨鱼免疫基因功能的研究发现,大黄鱼存在一些重要的先天免疫基因,这些基因被海洋病原菌感染后,在鱼体内的表达将严重下调。科研团队对大黄鱼进行了高深     

鱼类性逆转的表观遗传调控机制研究取得进展

<正>日前,中国水产科学研究院黄海水产研究所与深圳华大基因研究院合作,在鱼类性逆转表观遗传调控机制的研究上取得了重要进展,研究成果最近在国际著名期刊Genome Research上发表。这是黄海所继在Nature Genetics发表半滑舌鳎全基因组文章之后取得的又一重大研究成果。近几年来,黄海所陈松林研究员带领其团队先后完成了半滑舌鳎全基因组精细图谱的绘制以及高密度遗传连锁图谱的构建。在此基础上,他们瞄准半滑舌鳎雌雄生长差异巨大以及雌雄比例严重失调的生产实     

黄海所在鱼类性反转的表观遗传调控机制研究上取得重要进展

<正>中国水产科学研究院黄海水产研究所与深圳华大基因研究院合作在鱼类性反转的表观遗传调控机制研究上取得重要进展,研究成果最近在国际著名期刊Genome Research(IF=14.4,2014.24:604-615)上发表(http://genome.cshlp.org/content/24/4/604.short)。这是黄海所继在Nature Genetics发表半滑舌鳎全基因组文章之后取得的又一重大研究成果。黄海所陈松林带领其团队先后完成了半滑舌鳎全基因组精细图谱的绘制以及高密度遗传连锁图谱的构建。在此基础上,他们瞄准半滑舌鳎雌雄生长差异巨大以及雌雄比例严重失调的生产实际,开展了半滑舌鳎正常雄鱼(ZZ♂)、伪雄鱼(p-ZW♂)、正常雌鱼(p-ZW♀),以及伪雄鱼和正常雌鱼交配产生的F1伪雄鱼(f-ZW♂)和雌鱼(f-ZW♀)性腺的全基因组DNA甲基化测序,绘制了半滑舌鳎     

长江所黄鳝基因组染色体图谱研究取得新进展

正中国水产科学研究院长江水产研究所李忠研究员团队开展黄鳝基因组染色体图谱研究,获得了首个高质量基因组参考图谱,研究结果近日在《G3:Genes/Genomes/Genetics》杂志在线发表。这是该团队在国内首次完成黄鳝全人工规模化繁育基础上取得的又一重要成果,为加速黄鳝新品种选育奠定了重要基础。     

长江所黄鳝基因组染色体图谱研究取得新进展

中国水产科学研究院长江水产研究所李忠研究员团队开展黄鳝基因组染色体图谱研究,获得了首个高质量基因组参考图谱,研究结果近日在《G3:Genes/Genomes/Genetics》杂志在线发表。这是该团队在国内首次完成黄鳝全人工规模化繁育基础上取得的又一重要成果,为加速黄鳝新品种选育奠定了重要基础。     

南海所完成卵形鲳鲹基因组染色体图谱绘制

<正>近日,中国水产科学研究院南海水产研究所联合院生物技术研究中心成功破译卵形鲳鲹基因组,绘制完成卵形鲳鲹基因组染色体图谱,为深度解析卵形鲳鲹重要经济性状的遗传基础,深入开展基因组选择育种和分子设计育种等工作奠定了基础。该研究成果于近日正式在     

中国科学家完成大黄鱼全基因组测序

<正>由浙江海洋学院院长吴常文领衔,上海交通大学、复旦大学等机构科学家参加的研究团队最近联合完成了大黄鱼全基因组测序,构建了大黄鱼基因组图谱,并成功解析其先天免疫系统基因组特征。日前,该研究成果发表在《自然》杂志上。这是继半滑舌鳎之后,我国公布的第二个海水鱼类的基因组图谱,也是世界上第一个石首科鱼类基因组图谱,揭开了我国大黄鱼基因组学研究的序幕,有望解决养殖过程中大黄鱼病害频发的瓶颈问题。"下一步我们的研究将重点挖掘其他更多的免疫基因,阐     

黄海水产研究所绘制褐牙鲆全基因组精细图谱 揭示比目鱼变态发育的分子机制

<正>由中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林研究员带领的研究组与上海海洋大学、德国维尔茨堡大学、葡萄牙阿尔加夫大学、深圳华大基因研究院等单位的科研人员联合破译了褐牙鲆全基因组序列,通过与半滑舌鳎全基因组比较分析,初步揭示了比目鱼类变态发育的分子机制。在该项研究中,科研人员对褐牙鲆开展了高深度基因组测序、组装和分析,绘制了褐牙鲆染色体图谱。通过与半滑     

黄海水产研究所等单位完成鞍带石斑鱼基因图谱绘制

<正>日前,在山东省农业良种工程等项目支持下,中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林研究员团队、中山大学林浩然院士团队和美国密歇根州立大学李伟明教授团队等联合完成了鞍带石斑鱼(龙胆石斑)的全基因组测序和基因组图谱绘制,并解析了其先天性免疫和快速生长的基因组学机制。研究成果在国际重要学术刊物《分子生态资源》(Molecular Ecology Resources)上在线发表。石斑鱼是我国重要的海水养殖经济鱼类。鞍带石斑鱼俗名龙胆石     

斑点叉尾鮰全基因组微卫星分布特征分析

为了解斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星的分布特征,本研究使用生物信息学软件MISA对其全基因组微卫星进行了搜索并分析。结果显示,在斑点叉尾鮰29条染色体中,筛选到完整型微卫星共510 256个,总长度达11 036 941 bp。其中,微卫星数量最多的是2号染色体(25 284个),其次分别是3号、1号和5号染色体,29号染色体的微卫星数量最少,只有11 591个。每条染色体长度与位于其上的微卫星的数量均显著相关(SPSS, r=0.98, P<0.01)。27号染色体的微卫星相对丰度最大(785.03个/Mb),11号染色体的微卫星相对丰度最小(615.89个/Mb)。6种重复拷贝类型的微卫星中,单碱基的数量最多,占总数的45.31%,随后依次是二碱基(38.53%)、三碱基(8.73%)、四碱基(6.93%)、五碱基(0.46%)和六碱基(0.04%)。斑点叉尾鮰全基因组微卫星中,前10种优势重复拷贝类别为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、C、AAC、AAAC和AAG,表现出明显的A、T碱基优势。本研究结果可为进一步研究斑点叉尾鮰全基因组特征提供参考,并为今后进行斑点叉尾鮰分子标记辅助育种及遗传信息评估等工作提供基础资料。