鸡杆菌中国分离株RAPD分型方法的建立与应用

对9株鸡杆菌进行了血清分型,并应用8条随机引物对该9株鸡杆菌和3个参考菌株(1株巴氏杆菌、1株大肠杆菌和1株链球菌)共12株细菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果显示,9株鸡杆菌分别属于血清Ⅰ型(1/9)、血清Ⅱ型(3/9)和血清Ⅳ型(5/9)。所用8条随机引物中有3条呈现良好的多态性和稳定性,可产生差异显著的指纹图谱。采用SPSS13.0软件分析了不同菌株间的遗传距离,并依此绘制出菌株间的亲缘关系树状图。12株细菌共分为4个聚类群,其中9株鸡杆菌位于同一聚类群中,且又可分为4个聚类亚群。3个参考菌株各自形成一个独立的聚类群。不同血清型的鸡杆菌菌株具有相似的指纹图,同一血清型的菌株指纹图存在差异。结果表明,RAPD基因分型是目前鸡杆菌分子流行病学调查及病原分离鉴定比较理想的方法之一。     

利用随机扩增多态性DNA指纹技术对猪链球菌进行基因分型

通过优化反应条件和筛选随机引物，应用100条随机引物对分离的20株猪链球菌做随机扩增多态性DNA（RAPD）分型研究。结果表明，有27条引物呈现良好的多态性和稳定性，可产生稳定，复杂的指纹图谱。采用SPSS10.0软件分析了不同菌株之间的遗传距离，绘制出了菌株间的亲缘关系树状图，结果，20株猪链球菌被分为4个聚类群。     

猪链球菌分型方法的比较

采用传统的血清学分型方法和随机扩增多态性DNA分析(RAPD)方法对长春地区分离的猪链球菌进行分型。结果表明，RAPD法比传统血清学分型方法更能反映菌株间的亲缘关系，并从分子水平上揭示了不同菌株的遗传距离；RAPD法具有快速、简便、分型性高等优点。     

嗜水气单胞菌的随机扩增多态DNA分型

用 4 5条随机引物对不同来源的 9株嗜水气单胞菌进行了 DNA指纹分析 ,其中 10条引物呈现良好的多态性和稳定性。建立的随机扩增多态 DNA(RAPD)反应的最佳条件 :模板 DNA 2 0 ng,随机引物 0 .8μm ol/ L ,d NTP 15 0μmol/ L,Mg2 3.5 mm ol/ L,Taq酶 2 .0 U;95℃预变性 5 min,94℃变性 6 0 s,36℃退火 70 s,72℃延伸 12 0 s,4 0个循环。初步建立了嗜水气单胞菌的 RAPD指纹图谱 ,分析了 9株嗜水气单胞菌之间的遗传距离。据此将 9株菌归为 3个组 ,为该菌的分型提供了新的方法。     

嗜水气单胞菌分离株ERIC-PCR及RAPD分型比较

采用ERIC-PCR和RAPD 2种方法对嗜水气单胞菌2009年分离菌株及实验室保存菌株共83株进行分子分型。参考相关文献设计并合成引物,分别进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳,电泳结果经Quantity One软件数值化后利用SPSS软件进行聚类分析。结果显示,除少数分离株外,使用2种方法对大多数菌株分型,均能得到多态性较好的指纹图谱。RAPD的AP12H引物能扩增出1～12个200～4 500bp之间的条带,可将嗜水气单胞菌分离株分为4群、12类。ERIC-PCR能扩增出4～16个100～5 800bp之间的条带,将嗜水气单胞菌分离株分为4群、17类,同一年代、同一地域分离株分别有聚成一类的趋势。2种分型方法均体现很好的分型能力。但ERIC-PCR分型与RAPD分型相比,重复性和稳定性更好,分辨力更高,且具备RAPD不要求模板序列已知而直接进行扩增的优点,更适合嗜水气单胞菌的分型研究。     

13/17染色体易位纯合子猪群随机扩增多态性DNA指纹分析

利用 6 0条随机引物对 13/ 17罗伯逊易位纯合子猪、易位杂合子猪及正常核型猪的群体基因组 DNA进行了RAPD分析 ,筛选出 2 2个产生多态性的随机引物 ,计算出 3个群体间及群体内的共有带率 (F)及遗传距离指数 (D) ,并以此绘制出群体的亲缘关系树状图。对群体的遗传多样性进行了研究 ,计算出遗传多样性指数 (Ho) ,并在此基础上进行了 t检验 ,结果表明了该群体的变异情况。该群体的变异主要来源于群体间的变异 ,群体间的变异大于群体内的变异。利用 RAPD技术可快速有效地检测亲缘关系较近的猪群体的 DNA多态性 ,RAPD技术在猪的基因组研究中有广阔的应用前景     

甘肃省苜蓿种质资源遗传多样性RAPD分析

苜蓿(Medicago sativa L.)是世界上重要的豆科牧草,了解栽培品种的遗传关系和遗传距离对于育种工作具有重要意义。本研究利用RAPD标记技术对甘肃省11个苜蓿栽培品种(群)进行遗传多样性分析,以期为进一步开展苜蓿新品种选育奠定基础。结果表明:10个随机引物共检测到132条谱带,其中107条为多态性带,多态性条带比率(PPB)高达81.1%;天水苜蓿和定西苜蓿之间的Roger’s遗传距离较远(0.4610),而与陇中苜蓿之间的遗传距离较近(0.1406);进一步的AMOVA分析显示苜蓿种群大部分的遗传变异发生在种群内(61.25%),有38.75%的遗传变异发生在种群间,种群分化不明显。     

应用RAPD技术分析禽多杀性巴氏杆菌广西分离株的DNA多态性

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术，以随机引物单条或成对组合的方式对9株禽巴氏杆菌(PM)广西分离株和3个参考株的DNA进行了多态性分析。结果显示，在选用的20个引物中，有4对引物(4条引物成对组合)扩增的条带为1～16条，其长度在90～2600bp。相似指数分析显示，PM广西分离株GX2与GX4的相似指数最高，为0．97；GX7与B26T1200的相似指数最低，为0．21，C48—1标准强毒株与PM广西分离株间的相似指数为0．33～0．64。表明广西当地的流行株呈现多样性，与PM标准强毒株存在差异。     

新疆不同地区奶牛乳房炎β溶血性金黄色葡萄球菌毒力与基因相关性分析

从新疆5个地区8个奶牛场乳房炎奶样中分离的101株β溶血性金黄色葡萄球菌中随机选64株用小鼠进行毒力测定,同时用随机引物扩增多态性(RAPD)技术分别以3个随机引物进行基因相关性分析,建立种系进化树。结果表明,55%的菌株对小鼠具有较强毒力(可致小鼠2/3死亡),且在乌鲁木齐、奎屯和伊犁地区占据优势。基因相关性分析表明,当相对基因相关性为0.35时,被检测菌株主要分布于6个进化群,86.5%的菌株分布在A、B、C和E4个进化群。其中,50%菌株属于A群,13.5%属于B群,5.8%属于C群,17.3%属于E群。从地区分布可见,乌鲁木齐、伊犁和奎屯地区分离的菌株分别有69.6%、61.1%和71.4%分布在A群;昌吉3个牛场48%、24%的分离菌株分布在B群和C群;库尔勒牛场35.7%、57.1%的分离菌株分布在A群和E群。26株对小鼠具有致死性的菌株分布在A群,这些菌株占致死小鼠菌株的74.3%。     

应用随机扩增多态性进行山羊致病性大肠杆菌的分子多态性分析

为了解山羊致病性大肠杆菌广西分离株的分子多态性,应用随机扩增多态性方法(RAPD)对山羊致病性大肠杆菌进行分型研究.从8条随机引物中筛选出4条能在10株大肠杆菌中具有较好多态性扩增的随机引物,4条随机引物共扩增出18条DNA片段,10个菌株无共有带谱,显示出良好的扩增多态性.菌株Nx31与Nx32曾被认为是同一菌株的两次分离,但是在RAPD分析中,两株细菌的带谱存在明显的差别,表明RAPD比传统的血清学分型具有更高的分辨性.