芒果属植物叶绿体DNA提取方法的研究

为了探究不同提取方法对芒果属植物叶绿体DNA提取质量的影响,以芒果和扁桃的成熟叶片为材料,比较植物叶绿体DNAout试剂盒法和高盐-低p H法分离叶绿体及提取叶绿体DNA效果。结果表明:叶绿体DNAout试剂盒法能够较好地去除蛋白质、酚类、多糖等代谢物质,OD260/OD230大于2.000,OD260/OD280在1.800~1.900之间。高盐-低p H法提取叶绿体DNA产率高达75.8 ng/μL,远大于叶绿体DNAout试剂盒法提取叶绿体DNA最高产率42.8 ng/μL,2种方法所得模板电泳图和SSR标记图谱谱带完整性皆好。显微镜下观察叶绿体,2种方法都可以得到杂质少、背景清晰的叶绿体显微成像效果,但高盐-低p H法提取的叶绿体细胞器密度更高。2种方法获得的叶绿体DNA均可满足后续研究工作的需要。     

柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法

为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用Codon W、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密码子数在49.58~50.18之间,密码子偏好性较弱;柿叶绿体基因组不同位置的有效密码子数不同,取值范围为32.36~59.64;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析结果表明,柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响;通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法,筛选出23个柿属植物最优密码子,且这些密码子主要以A和U碱基结尾。     

壳斗科5属植物基因组DNA提取方法研究

植物体内所含的蛋白质、酚类、单宁、色素及多糖等物质影响Tag酶的聚合效率,是使PCR 扩增反应失败的主要因素.本研究以壳斗科植物为材料,对CTAB法、SDS法提取的DNA 进行了比较研究,结果表明:CTAB法适合于壳斗科植物基因组DNA的提取,采用这种方法提取的DNA能很好的用于PCR扩增.     

梓树属植物基因组DNA提取及RAPD体系优化

以楸树幼嫩叶片为材料,进行楸树基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化,试验表明,采用改良的2×CTAB法提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析。RAPD反应的优化体系为(25 ul反应体系):17.8 ul ddH2O;0.5 ul dNTP;2.5 ul 10×buffer;1.0 ul随机引物;2.0 ul Mgcl2;1.0 ul模版;0.2 ul Taq酶。     

正交设计优化柿属植物SSR-PCR反应体系

为了快速有效地确定柿属植物SSR-PCR反应体系,给柿属植物遗传多样性的SSR标记研究奠定基础,采用正交设计的方法,利用2×Taq PCR Master Mix,将Taq酶、dNTPs和Mg2+3个因素作为整体,综合评价其对柿属植物SSR-PCR反应体系的影响.结果显示:反应各因素水平对PCR反应均具有显著影响,其中M...     

槭属树种DNA提取方法比较研究

采用3种DNA提取方法对8种槭属树种基因组DNA进行质量、浓度和纯度对比研究,结果表明,3种方法提取的基因组DNA差异较大,浓度由高到低依次为改良CTAB法TIANGEN试剂盒法改良SDS法;提取的基因组DNA纯度为TIANGEN试剂盒法CTAB法SDS法。3种方法中TIANGEN试剂盒法提取的槭属树种基因组DNA含有的杂质最少,但成本较高;改良CTAB法提取的基因组DNA质量、浓度和纯度均优于改良SDS方法,适用于槭属树种的后续研究。     

不同处理方法对榆属植物叶片总DNA提取效果的影响

为探明榆属植物基因组DNA的有效提取方法,以春榆无性系、白榆无性系、金叶榆无性系1号和2号的不同成熟度叶片为材料,并对其做不同预处理,然后采用CTAB法提取榆树基因组DNA,结果表明:嫩叶提取的DNA得率是老叶的1.4~3.0倍,嫩叶的A260/A280值在1.82~1.87之间,老叶的A260/A280值大于1.90;鲜叶片提取的DNA得率是干叶片的1.0~2.0倍,鲜叶片的A260/A280值在1.86~1.94之间,干叶片的A260/A280值在1.90~1.98之间;用低浓度的乙醇(50%~75%)浸泡新鲜嫩叶12~24h可以有效减少DNA的降解,得率在498.62~1 295.97ng/μL,A260/A280值在1.84~1.94之间;预处理液中加入3g的PVP具有较好除酚去多糖的效果,所提取的DNA得率在862.51~1 791.44ng/μL,A260/A280值在1.92~1.98之间。     

9种狼尾草属植物叶绿体基因组特征分析

狼尾草属为禾本科1 a生或多年生草本植物,该属植物在饲用、保护生态、观赏等方面均有良好的应用价值。为探讨狼尾草属植物叶绿体基因组的遗传结构及进化特征,基于基因组浅层测序技术获得狼尾草属9种植物叶绿体基因组序列,对其组装与注释后进行生物信息学分析。结果显示：(1)9种狼尾草属植物叶绿体基因组均为典型的四分体结构,其大小在137 929～138 554 bp之间。叶绿体基因组GC含量范围为38.6%～38.7%,其中IR区GC含量最高,为44%～44.1%,各叶绿体基因组结构无明显差异,在IR/SC交界区表现出微小差异。(2)共注释113个基因,包括78个编码蛋白基因、31个tRNA基因和4个rRNA基因。对序列进行简单重复序列检测,共检测到389个SSRs位点,其中单核苷酸重复数量最多,而在非简单序列重复检测中,串联重复所占比例最高。(3)变异位点主要存在于叶绿体LSC和SSC区,筛选出9个差异较大的区域,可作为狼尾草属植物的潜在遗传标记。(4)基于31条狼尾草属植物样本叶绿体基因组序列构建了狼尾草属系统发育树,结果形成两大分支,阐明了狼尾草属植物种间亲缘关系。本研究可为狼尾草属植物的分...     

植物DNA提取的新方法

植物DNA的提取方法很多,概括起来可分为如下几步: 1.破碎或消化细胞壁,以释放细胞成分。通常是在碾臼内用干冰或液氮碾磨植物组织。 2.采用SDS(十六烷基黄酸钠)或CTAB(十六烷基吡啶铵溴化物)等去污剂破坏细胞膜,使DNA释放到缓冲液中。 3.防止DNA被外源核酸酶降解,使用     

山茶属植物叶片DNA抽提

对植物中ＤＮＡ 抽提是在分子水平上对植物进行系统分析与研究的基础性工作．经多次实验,使用改良的ＣＴＡＢ法抽提山茶属植物中总ＤＮＡ,即在抽提前加入抗氧化剂β－巯基乙醇,并使用冷冻的异丙醇来沉淀ＤＮＡ, 获得了较好的效果,其纯度和得率完全能满足常规分子生物学操作的要求．     

桉属植物叶片DNA抽提

对植物组织DNA抽提是在分子水平上对植物进行系统分析与研究的基础性工作。我们使用改良CTAB法抽提桉属植物叶片中总的DNA获得了成功，其纯度和得率完全能满足常规分子生物学操作的要求。与DNA得率有关的几个问题在此一并探讨。     

东北地区丁香属植物叶绿体trnL-trnF间区序列分析

扩增并分析了东北地区丁香属11种植物及外类群的trnL-trnF基因间隔区序列,其长度变异范围为362～374 bp,排序后的长度为382 bp,其中35个变异位点,所占比例为9.16%,序列的G+C平均含量为37.2%,说明trnL-trnF序列的A+T含量较高。     

柿属植物cpDNA分子标记开发及遗传变异研究

基于柿属植物Diospyros spp.叶绿体全基因组测序结果,开发cpDNA分子标记,并利用16份柿属材料对其在种间及柿种内的可行性进行验证。结果表明:4个cpDNA标记在16份柿属植物中分别检测到31、27、7、25个变异位点,简约信息位点分别为14、5、2、13个。分别对4个标记进行聚类分析表明:CP1标记可以将11份柿品种与5个柿的近缘种完全分离,且柿与油柿距离最近,表明该标记适用于柿属植物种间资源鉴定和遗传变异分析,但不适用于柿种内;CP2、CP3、CP4标记均不能将柿品种与柿近缘种完全区分,但在11份柿品种间均检测到了多个碱基突变、插入和缺失位点,且多数柿品种发生变异的位点不同,只有‘富有’和‘中柿一号’两个品种未检测到特异的变异位点,故可以考虑用于柿种内的遗传变异研究。     

五唇兰基因组DNA提取方法的优化

五唇兰组织内含有大量的酚类、多糖以及此生代谢产物,DNA提取较为困难。为获得高质量的五唇兰基因组DNA,文中采用传统十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、常规十二烷基硫酸钠(SDS)法和改进的CTAB法对五唇兰基因组DNA的提取进行比较。结果表明:改进的CTAB法比传统CTAB法和常规SDS法都好,可以得到质量较好的DNA,电泳条带清晰,通过紫外分光光度计检测,A260/A280为2.0以上。     

枫香DNA提取方法与PCR扩增程序的优化

从SDS、CTAB、高盐低pH值3种方法中选择了CTAB法作为枫香适合的DNA提取方法,同时构建了枫香DNA的PCR扩增程序,并从Mg^ 浓度、Taq酶用量、dNTP浓度、引物浓度、DNA模板用量等方面优化了PCR扩增程序。     

台湾桤木DNA提取方法的优化及抗氧化剂对DNA质量的影响

分析比较了抗坏血酸和β-巯基乙醇两种抗氧化剂在CTAB法和SDS法中对台湾桤木DNA提取质量的影响,结果表明:使用CTAB法比较适合台湾桤木叶片DNA的提取。在抗氧化剂的选择上,使用两种抗氧化剂均能发挥防止DNA褐化的作用,但因β-巯基乙醇使用便捷、效果稳定,更适合作为台湾桤木DNA提取的抗氧化剂。     

天料木属植物叶绿体基因组密码子使用偏性分析

为揭示天料木属4种植物叶绿体基因组密码子偏性特征及偏性特征的影响因素,对4种植物叶绿体基因组进行分析,结果显示：天料木属4种植物叶绿体基因组GC含量均不足50%;GC12与GC3双尾检验均呈显著相关(p<0.05);超过60%的基因ENc实际值围绕在期望值曲线附近;密码子第3位均存在T/C偏倚;第1轴与CAI值均呈现不同程度的相关性;斯里兰卡天料木、广南天料木和狭叶天料木的亲缘关系较天料木更近。因此得出：突变压力在影响4种植物叶绿体基因组密码子偏性因素中比重较大,但自然选择等因素仍发挥着主要作用。天料木属4种植物有13个相同的最优密码子UUU、UUA、UUG、AUU、GUA、CCU、ACU、GCU、CAA、AAA、GAA、UGU、GGU。但天料木多出4个：GUU、UCU、CCA、AGU。天料木叶绿体基因组密码子偏性不同于其他天料木属3种植物。     

生物学自主设计型实验探索——以叶绿体DNA提取为例

指出了分子生物学是生命科学相关学科的主干课程,具有很强的实践性。同时,学生掌握分子生物学的实验方法和技术手段,对培养自身科研能力具有重要意义。结合当前高校对于绿色植物叶绿体DNA提取的实验,从丰富教学方法、更新教学手段、改进考核方式等方面进行了改革与探索。以期提高学生学习质量,强化实验技能及综合能力培养,为高校培养高素质创新型人才奠定基础。