卡特兰DUS测试性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与卡特兰（Cattleya）表型性状显著相关的分子标记,对160份卡特兰品种的63个DUS（特异性、一致性和稳定性）测试性状进行鉴定描述,用筛选得到的22对核心SSR引物对这些品种进行遗传多样性分析,并利用TASSEL2.1软件的一般线性模型（generallinearmodel,GLM）和混合模型（mixed linear model,MLM）依次对供试品种8个主要观赏性状进行关联分析。研究结果显示,22对核心SSR引物共得到293个等位变异位点,变异幅度在3～28之间,PIC值平均为0.8531,平均Shannon’s信息指数（I）为2.3280。基于Nei’s遗传距离进行聚类分析,可将160份卡特兰品种分为两大种群。GLM模型分析共检测到17个标记分别与4个性状相关联;MLM共检测到15个标记分别与6个性状相关联;共有15个标记被两种模型同时检测到与表型性状相关联。SSR42和SSR9这两个标记在两种模型中多次出现,与花长度、花颜色和中萼片性状等多个性状相关联,体现了“一因多效”现象。     

菜心重要农艺性状与SSR分子标记的关联分析

菜心是华南地区的主要蔬菜,利用分子标记辅助育种发掘出与重要农艺性状相关的分子,不仅可以加速优良品种的选育进程,还可以定向地优化目标性状,培育出高产优质的菜心品种.本研究选用148 份来自宁夏银川和广东南沙田间种植的菜心种质材料,采集株高、株质量、薹高、薹质量和薹粗5 个重要农艺性状的数据;利用SSR 标记对其进行基因分...     

生菜资源表型性状变异及其与SSR标记的关联分析

从世界范围内搜集的300多份生菜资源中筛选30份优质资源作为研究对象,调查12个表型性状变异,并进行SSR分子标记分析,探究表型性状与SSR标记之间的相关关系,以期为生菜分子标记辅助育种提供参考依据。结果表明:调查的30份资源表型性状均存在极显著差异,平均变异系数最大的为株幅(40.256%)。12个表型性状将30份生菜资源分成两大类,30份资源的遗传距离变化范围为0.083~0.667。14个多态性EST-SSR标记在30份生菜资源中扩增的条带数为3~8,HO和HE的平均值分别为0.156和0.680,PIC值变化范围为0.466~0.771。同样,14个标记将30份资源分成两大类,30份资源间的遗传距离为0.032~2.629,表型性状聚类结果与SSR标记聚类结果不相关。以单一性状聚类结果与SSR标记聚类结果进行相关性分析,大部分标记均与表型性状有相关性,且大部分引物组合表现为累积效应。     

新疆野苹果叶形性状变异及其与SSR标记关联分析

以从新疆天山地区新疆野苹果600个无性系中筛选得到的18个优系为研究对象,调查其叶形性状变异,并进行了SSR分子标记分析,探究叶形性状与SSR标记间的相关关系。结果表明,调查的15个叶形性状在无性系间均存在极显著差异;平均变异系数最大的为叶尖角α(达到25.39%),叶形指数L1/L3最小(仅为10.31%);叶片长的重复力最大(达到0.967),叶形指数L1/L3最小(仅为0.495)。以15个叶片性状为依据,可将各无性系完全区分开,并分为3类,各无性系间的遗传距离变化在1.293~7.235间。用均匀分布在17个染色体连锁群上的30对多态性SSR引物对18个无性系进行聚类分析,可将各无性系完全区分开,并可分为4类,各无性系间的遗传距离为0.089~0.689,平均遗传距离为0.433。所有叶形性状聚类结果与所有SSR标记聚类结果不相关。以单一叶形性状聚类结果与经过筛选的部分SSR标记聚类结果进行相关分析,绝大部分达到极显著相关,且大部分引物组合表现为累积效应,表明叶形性状与部分SSR位点具有紧密关联。     

菊花品种表型性状与SSR和SCoT分子标记的关联分析

利用16对SSR和10对SCoT引物对99个菊花品种的基因组变异进行扫描,分析其群体结构,并采用一般线性模型GLM和混合线性模型MLM方法对10个表型性状进行关联分析。供试群体Shannon’s指数为1.46~2.52。群体遗传结构分析将99个菊品种划分为5个亚群。GLM分析发现有8个SSR位点与7个表型性状相关联(P0.01),其中与3个花部性状(花序直径、花序高度、舌花宽度)相关位点5个,与4个营养性状(叶柄长度、叶片长度、托叶大小及叶一级刻度)相关位点4个,各位点对表型变异的解释率在0.06~0.40之间;3个SCoT位点与花序直径相关联。MLM分析发现3个SSR位点与4个表型性状相关联。MLM中检测到的标记JH42、JH81和JH86在GLM中同样被检测到,但解释率稍低。     

茄子单倍体植株的SSR标记与性状分析

为深入了解茄子单倍体植株的性状与基因型差异,以花药培养获得的24份茄子再生单倍体植株为材料,采用7对多态性好的SSR引物对其DNA序列进行分子标记,并对花色、果色和果形等农艺性状进行对比分析。SSR标记分析显示,24份单倍体材料遗传背景不同,遗传相似系数在0.77～1.00之间,聚类分析将其划分为4个类群;植物学和农艺性状分析发现,24份材料的叶形指数在1.57～2.64之间,花粉活力介于13%～45%之间,其中18份单倍体材料可以结实,单株坐果数和花粉活力之间没有相同变化趋势;表型性状与分子标记聚类间具有较高的吻合度,分子标记聚类分析基本可以反映单倍体植株间花色、果型和果色间的差异;春季坐果的所有果实均无发育良好的种子,秋季得到了D4和D8的种子,且其种子的体积与二倍体茄子种子不存在显著差异。试验中筛选出了果色黑而一致,以及具有高温或低温结实特性的单倍体植株,此研究结果为单倍体植株的分类利用以及有性繁殖或加倍方法提供了理论和实践的依据。     

芸薹属SSR标记在菜薹中的通用性及其应用

以4份遗传背景差异较大的菜薹种质为试材,检测133对芸薹属SSR引物在菜薹中的PCR扩增效果,以期发现适用于菜薹的SSR标记。结果表明:有50对引物在4份菜薹种质中表现出较好的通用性,其扩增产物多在100~350bp,多态性数目在1~4,共91个多态性位点。在此基础上,利用在"四九-19号菜心"和"3T6"中具有多态性的40对SSR引物,对130份以"四九-19号菜心"和"3T6"为亲本建立的F6重组自交系群体进行基因分型,构建了一个具有10个遗传群、总长度为641.39cM的菜薹遗传连锁图。研究结果可为今后菜薹遗传多样性、基因定位和分子标记辅助育种提供理论参考。     

苹果果皮颜色性状的SSR标记

以24个苹果品种以及来自3个不同杂交组合的60个F1代结果单株为试材,对与苹果果皮颜色性状相关的DNA分子标记进行了研究。通过采用集群分类法(Bulked Segregant Analysis,BSA)对当前定位于苹果基因组图谱LG9上的所有SSR引物的分析,筛选到了一个与苹果果皮红色/非红色性状相关的SSR标记CN444542-156,该标记在红色表型上表现为隐性,在非红色表型上表现为显性。进一步分析表明,该标记对F1代单株性状预测的正确率为93.3%。     

砧用南瓜种质资源形态学性状与SSR标记分析

搜集了设施黄瓜嫁接栽培中常用的47 份砧用南瓜种质资源,利用63 个形态标记和40 对南瓜SSR 标记,对其进行遗传多样性及亲缘关系鉴定。结果表明,砧用南瓜的8 个质量性状（嫩瓜皮色、瓜形、主蔓色、瓜面斑纹、叶面白斑、叶形、嫩瓜斑纹和嫩瓜斑纹色）和23 个数量性状的多样性指数大于1.00;SSR 标记共检测到167 个等位变异,平均每个SSR 位点的等位基因数为4.18 个,变幅2 ~ 8 个,平均多样性指数为0.62,变化范围0.16 ~ 1.18。非加权算术平均法（UPGMA）聚类分析表明,砧用南瓜63 个形态学性状将47 份种质划分为4 个类群,大部分品种集中于一个类群中;40 对多态性SSR 标记将所有种质划分为3 个类群,大部分品种的分子标记与形态学标记的聚类结果相似。已搜集的47 份砧用南瓜种质资源遗传多样性并不丰富,亲缘关系较近;SSR 标记CMTm11 具有极高的多态性,可用于砧用南瓜种质分子标记辅助选择;嫩瓜皮色等8 个质量性状和大部分数量性状都可以作为形态标记辅助种质资源评价及新品种选育。     

梨果实褐皮性状的SSR标记

以梨品种‘黄金’（Pyrus pyrifolia Nakai‘Whangkeumbae’）与‘砀山酥’（Pyrus bretschneideri Rehd.‘Dangshansu’）的F1代杂交分离群体为试材,用分离群体分组分析法（Bulked Segregant Analysis,BSA）对果实褐皮性状进行了SSR分子标记研究。通过对源自梨和苹果基因组的281对SSR引物的筛选,获得了与梨果实褐皮性状相连锁的SSR标记CH01c06和Hi20b03,遗传连锁距离分别为4.8 cM和12.0 cM,据此,将控制该性状的基因定位在梨公共遗传图谱的LG8上。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

与大白菜干烧边性状相关的SSR和SRAP标记分析

以大白菜感干烧边品种A67和抗干烧边品种A53配制的141个F2代单株组成的群体为材料,双亲DNA构建大白菜感病池和抗病池,对104对SSR引物和320对SRAP引物进行筛选,并对与干烧边性状相关的QTL和对应的连锁关系进行了初步分析,获得2个与大白菜干烧边性状相关的QTL,同时获得3个与这2个QTL连锁的标记,其中A29-890和E6-400标记与其最近QTL位点的连锁距离分别为1.5cM和7.1cM。为大白菜抗干烧边性状的分子辅助育种奠定了基础。     

菜薹转录组中SSR信息与可用性分析

利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene（38.17 Mb）序列数据,运用MIcroSAtellite（MISA）工具发现其中具有1 ~ 6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1 ~ 3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5 ~ 23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10 ~ 60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。     

香菇F2代群体农艺性状的SSR关联分析

以香菇(Lentinula edodes)"沪香F2"为亲本,构建F2代群体,测定85个F2代菌株在PDA平板上的菌丝生长速度、菌包中的菌丝生长速度、原基形成时间、出菇周期、菌盖直径、菌柄直径、菌柄长度、单包产量、单包菇数等农艺性状,利用筛选获得的32对具多态性的SSR引物对F2代群体进行基因型检测,共扩增出93个多态性条带,将观测的9个农艺性状与这93个SSR标记进行相关性分析。结果显示,有26个标记能够与这些性状发生关联,关联事件的总数为30;其中有8个标记表现为极显著关联(P0.01),2个标记与菌柄长度极显著关联,6个标记与单包菇数极显著关联。本研究首次探索了香菇F2代群体在表型上的分化以及与分子标记之间的关联性,为分子标记辅助育种在香菇中的应用提供参考。     

樱桃种质SCoT分子标记与叶片表型性状关联分析

利用本研究中建立的樱桃SCoT标记分析体系,进行适宜引物筛选,进而对12个樱桃品种进行SCoT分子标记、叶片表型性状遗传多样性及两者关联分析.结果 显示:从102条SCoT标记引物中筛选出46条适宜樱桃遗传分析的标记引物,筛选率达45.1％;参试的18条SCoT引物共获得等位位点数77个,其中多态性位点65个,多态性比...     

大白菜自交系背景选择InDel标记与重要农艺性状的关联分析

InDel背景选择标记有利于大白菜育种亲本的高效选配。以31份不同类型大白菜自交系为材料进行农艺性状变异分析、InDel标记遗传背景和群体结构分析,并将多态性标记与农艺性状相关联。结果显示,31个农艺性状的变异系数变幅为15.97%～47.63%,平均为32.58%,表明供试群体表型变异丰富;从177对InDel引物中筛选出158对多态性引物,在31份材料中共检测出701个多态性等位变异位点,平均每对引物检测到等位变异位点4.418个,变幅为1～11个;标记位点的多态性信息含量(PIC)变幅为0.612～0.963,平均为0.843;有效等位基因变异数(Ne)变幅为1.656～3.985,平均为2.640;供试材料遗传相似系数(GS)在0.575～0.910之间,变化幅度较大,说明群体的遗传背景具有较大差异。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;关联分析发现分布于8个连锁群的22个InDel标记与供试材料的12个农艺性状(开展度、全株质量、球叶数、外叶数、叶片宽、叶片长、叶球高、叶球宽、叶球质量、中肋长、中心柱长和株高)相关。     

菜薹分子标记利用的研究进展

 介绍了近年来菜薹研究中使用的几种分子标记的基本原理及特点,综述了分子标记技术在菜薹种质资源多样性分析、指纹图谱构建及杂种纯度鉴定、遗传连锁图谱构建及QTL定位分析等方面的研究进展和所取得的成绩,分析讨论了分子标记技术在菜薹应用研究中的存在的问题及今后的发展方向。     

菜薹种质遗传多样性的荧光MFLP标记分析

采用M13通用接头连接锚定引物,建立了适合于菜薹的荧光微卫星锚定片段长度多态性（MFLP）技术;在此基础上,从360对选择性扩增引物组合中筛选出9对适宜的引物组合,对收集的32份菜薹种质进行等位基因多态性分析;结果显示这些引物组合的扩增产物在32份菜薹种质中的等位基因多态性在10 ~ 31之间,平均为17.7个;多态性信息量在0.61 ~ 0.98之间,平均0.81。利用获得等位基因多态性进行的遗传相似性分析表明,32份菜薹种质间的相似系数在0.277 ~ 0.836之间,平均0.624;基于多态性数据,运用除权配对法（UPGMA）进行聚类分析,将这些菜薹种质材料分为2个组群和4个亚群。这些结果显示荧光MFLP标记技术能有效地发现供试菜薹种质材料的DNA多态性,表明该技术在菜薹遗传特性分析的研究和应用领域具有可行性。     

蝴蝶兰EST 资源SSR 标记分析与开发

 利用SSRIT软件对NCBI上蝴蝶兰的8 188条EST序列按照碱基重复单元数8以上的标准进行SSR位点查找,发掘出246条EST序列,共含有261个SSR位点,检出率为3.19%。二核苷酸重复是最主要的重复类型,占SSR总数的94.25%。SSR的不同重复单元中,最常见的重复单元是：(TA)_n和(GA)_n,其余出现频率较高的依次为(TC)_n、(AT)_n和(AG)_n。设计了32对EST-SSR引物,以蝴蝶兰品种‘V31’的DNA为模板进行PCR扩增,发现16对引物能扩增出预期产物。进一步用这16对引物对16个蝴蝶兰品种（系）进行PCR扩增,9对引物有多态性,多态性条带数在2 ~ 12个之间。结果表明,设计开发的蝴蝶兰的EST-SSR标记是有效的。     

毛竹EST资源SSR标记分析与筛选

 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3 087条毛竹（Phyllostachys edulis）EST序进行简单重复序列SSR搜索发现：在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8 kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是：(AG)_n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)_n、(AGC)_n、(GAG)_n和(CGC)_n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。