条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。     

鲆鲽类白化机理的研究进展

鲆鲽类体色白化，在苗种生产过程中常见。很多学者对其进行过研究，然而关于白化的机理仍然不清楚。本文就近年来国内外有关鲆鲽类白化机理的研究从营养、遗传、环境、生理等方面进行综述。     

16种商品海参16S rRNA的PCR-RFLP鉴定方法

基于570 by左右的线粒体16S rRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(Dde I,Hae III和Sty I)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类.运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标.本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法.本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑.     

星斑川鲽与其他鲆鲽类杂交研究简报

以星斑川鲽为母本,分别以条斑星鲽、圆斑星鲽为父本进行了属间杂交,成功获得了星斑川鲽(♀)×条斑旱鲽(♂)、星斑川鲽(♀)×圆斑星鲽(♂)的杂交后代,并且性状优良,生长良好.以大菱鲆为母本、星斑川鲽为父本进行了属问杂交,获得的大菱鲆(♀)×星斑川鲽(♂)杂交胚胎发育顺利,但仔鱼1日龄全部死亡,不能进一步发育.同时对杂交胚胎的发育情况进行了详细观察和记录,并确定了胚胎发育的时序.     

全球鲆鲽类贸易状况及对我国鲆鲽类养殖的启示

分析了全球鲆鲽类的生产特征,认为过去20年资源量和捕捞量相对稳定,为满足日益增长的市场需求,发展鲆鲽类养殖是大势所趋。重点研究了全球鲆鲽类的国际贸易状况,结果表明:鲆鲽类的流通和贸易主要是欧盟的区域内贸易和美加贸易,美国、加拿大和欧盟是鲆鲽类主要的进出口市场;亚洲是鲆鲽类重要的进口市场,中国和日本分别居第一位和第二位;鲆鲽类的净出口国有冰岛和印度尼西亚,净进口国有日本和意大利,而鲆鲽类产业内贸易活跃的国家有加拿大、德国和法国。在上述分析的基础上,结合我国鲆鲽类的国际贸易状况,从生产管理和市场营销两个方面对我国鲆鲽类养殖产业的发展提出了建议。     

循环经济转型下的中国鲆鲽类养殖产业

中国海洋经济进入了一个全新发展时期,海水养殖作为海洋经济重要组成部分,必须深入贯彻循环经济发展理念,以科技创新为动力,走可持续发展的道路。本文立足于中国鲆鲽类养殖产业现状,系统阐述我国鲆鲽类养殖业在养殖模式、饲料使用、疾病防控、产业组织及其管理方式等方面存在问题,深入分析鲆鲽类产业与循环经济的内在关系,探讨鲆鲽类产业可持续发展的途径与方法,旨在为鲆鲽类产业走循环经济发展道路、实现可持续发展提供对策和思路。     

我国鲆鲽类生殖内分泌研究进展

鱼类的生殖和苗种繁育是鱼类养殖业持续健康发展的必要前提和关键技术基础之一,是海洋生物技术的重要研究领域.近年来,我国北方沿海鱼类繁殖生理主要围绕鲆鲽类“下丘脑-垂体-性腺轴”的组织结构特征、性腺发育规律、性类固醇激素、生殖相关功能基因内分泌调控机制等方面开展了较系统的研究.本文重点介绍主要养殖鲆鲽类“下丘脑-垂体-性腺轴”中表达的重要功能基因的研究进展,并综述了鲆鲽类生殖相关组织的结构及其内分泌系统特征、性腺发育的生理特性及其与环境因子和激素诱导的关系、性类固醇激素的表达变化规律及其与水温及光周期调控关系等.旨在为鲆鲽类生殖活动的精准调控和建立苗种繁育新技术提供参考.     

鲆鲽类养殖技术需求分析

通过对鲆鲽类主产区养殖户进行抽样调查,分析养殖户所关心的技术问题,包括海水资源利用、鱼苗、鱼药和饲料等关键投入要素,分析了产生这些问题的原因。在统计分析的基础上,进一步阐明了政府部门、科研单位、企业和行业协会在解决相关问题时应该参与的程度,最后提出相关政策建议。     

鲆鲽类渔用疫苗研究现状及展望

我国是世界鲆鲽类养殖大国,近年来产业开始由开放式流水工厂化养殖向循环水工厂化养殖转变,但是受病害问题的困扰,产业转型提升受到巨大的制约,为此探讨疾病有效防控方法成为水产界的紧迫任务之一。目前,鱼病防治仍以化学药物防治为主,生态预防、免疫预防的研究与应用刚刚起步,渔用疫苗具有无残留、不会造成耐药性并能保证环境安全等优点而备受业界的关注。本综述分析了鲆鲽类疫苗的研制应用现状和存在的问题,并对其发展前景作了初步预测,以期为鲆鲽类养殖技术的转型提升,也为工业化养殖建立一条安全、高效的鱼病防控体系提供参考。     

鲆鲽类养殖综合信息管理系统的构建解析

以PowerBuilder9.0作为信息管理系统的设计软件,以Windowsxp为服务器/客户应用软件平台,对鲆鲽类养殖的基本信息、生产记录、投入品、质量检测、病害防治及产品销售等六个模块进行系统集成,建立了一个无公害水产品养殖基地的信息管理系统。该系统是一个管理系统,通过它可以对鲆鲽类的养殖进行信息查询、质量安全监测、主要病害及重大疫病预测预报等功能。     

齐口裂腹鱼维氏气单胞菌１６ＳｒＤＮＡ序列分析

报告齐口裂腹鱼病原菌的检测和生物学特性。从齐口裂腹鱼肠道中分离出菌株Spc0408, 采用常规形态特征的观察、生理生化试验、结合16SrDNA基因序列分析对其进行鉴定并构建系统发育树。该菌为革兰氏染色呈阴性,短杆形,无芽孢。生化鉴定结果显示具该菌有动力性,H2S、尿素阴性、不发酵木糖、鼠李糖、山梨醇等;β-半乳糖苷酶、葡磷胨水、枸橼酸盐阳性等。菌株16SrDNA的长度为1443 bp,登录号为JF929912,其和Genbank中多株维氏气单胞菌相似性高达97%,系统发育树显示菌株Spc0408和多株维氏气单胞菌聚为一簇。结合分离菌的表型特征及分子鉴定结果,可以判定该菌株在分类上属于维氏气单胞菌,本研究可以对相关病原菌的分类鉴定提供参考。     

基于形态特征和线粒体 16S rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化

对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]之间。以日本鳀(Engraulis japonius)和欧洲鳀(Engraulisencrasicholus)为外群构建的NJ树和ML树中,赤鼻棱鳀位于进化树的基部,是最早分化出来的种;进化树显示,黄吻棱鳀和中颌棱鳀关系最近。本研究结果支持形态学得出的赤鼻棱鳀最先分化的结论,认为中颌棱鳀和黄吻棱鳀可能为同一个种,至于汉氏棱鳀(T.hamiltonii)和杜氏棱鳀(T.dussumieri)的分类地位有待进一步确认。     

基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育

比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝（Perna viridis）和条纹隔贻贝（Septifer virgatus）为外群,基于距离法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）、贝叶斯演绎法（BI）及贝叶斯联合模型分析法构建分子系统树。系统发育分析结果表明,5种贻贝[Mytilus edulis,紫贻贝（M.galloprovincialis）,盖勒贻贝（M.trossulus）,厚壳贻贝（M.coruscus）,加州贻贝（M.californianus）]在系统树上聚为2支。加州贻贝最为原始,厚壳贻贝次之。其中,紫贻贝和M.edulis具有很近的亲缘关系,而厚壳贻贝和加州贻贝的亲缘关系近。研究结果为贻贝属物种进化、迁移及其育种研究提供了理论基础。     

基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。     

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。     

3种白鲑线粒体细胞色素b和16S rRNA基因片段序列分析

对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究结果表明,Cytb基因适用于白鲑的分子系统发育研究。基于Cytb基因片段序列,利用Kimura-2模型构建的NJ树表明:乌苏里白鲑与贝加尔凹目白鲑亲缘关系较近;乌苏里白鲑与贝加尔凹目白鲑和高白鲑的分歧时间分别约为62.5万年和152万年,在更新世。[中国水产科学,2007,14(1):8-14]     

3种野鲮亚科鱼类16SrRNA基因序列分析

野鲮亚科(Labeoninae)隶属鲤形目(Cypriniformes)中的鲤科(Cyprinidae,约有26个属近300个种。为研究其在鲤科鱼类中的系统发育关系,以16S rRNA基因作为遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析。通过PCR方法, 扩增了长度为361-362 bp的3种野鲮亚科鱼类的16S rRNA基因部分序列,序列比对得到364个排列位点,其中94个为信息位点,占全部位点的26.8%。用Mega 2.1软件的NJ法构建分子系统树,结果表明:野鲮亚科鱼类没有形成单系类群,野鲮亚科的鲮、角鱼与鲤亚科的鲤、鲫形成姐妹群,然后再与野鲮亚科的麦鲮和露斯塔野鲮聚在一起,说明鲮与鲤亚科鱼类具有较近的亲缘关系。     

卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析

根据近源物种线粒体序列的同源比对,在16S rRNA基因上下游保守区域设计一对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹和鲹科其它物种的16S rRNA序列进行比,根据比对结果构建的鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。综上所述,16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析,又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。     

中国沿岸几种鲍线粒体16S rRNA基因片段序列比较及鲍属系统发育

用PCR技术克隆耳鲍（Haliolis asinina）、羊鲍（H．ovina）和多变鲍（H．varia）的线粒体16S rRNA基因的片段，并将PCR产物直接进行测序，得到长度530bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍（H．diversicolor diversicolor）、九孔鲍（H．diversicolor supertexte）、大鲍（H．gigantea）、盘鲍（H．discus discus）、皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明，不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高，同源性范围为87．36％～90．77％，这说明鲍的这段基因片段在遗传过程中比较保守。序列的A＋T含量约为56．68％，G＋C含量约为43．32％。8种鲍序列的主要核苷酸变异位点集中在1-25bp、240-290bp和320～370bp3个区域。在序列的变异碱基巾，碱基的转换大大多于碱基的颠换，转换与颠换之比达到2．33：1，遗传距离的范围为0．002-0．128。用UPGMA法和NJ法绘制出8种鲍的系统发育树。结论认为，大鲍、皱纹盘鲍和盘鲍之间的遗传差异水平为亚种间的差异水平，台湾产的九孔鲍与大陆沿岸产的杂色鲍之间的差异仅仅是种群间的差异。