定量免疫电泳技术对黄牛品种间遗传差异的研究

 本文用定量免疫电泳技术对4个黄牛品种间的遗传差异作了免疫遗传学研究。结果表明,所研究的4个品种间的遗传相似度分别为:文山牛—昭通牛为0.922,文山牛—黑白花牛为0.917,文山牛—莫瑞灰牛为0.742,昭通牛—黑白花牛为0.795,昭通牛—莫瑞灰牛为0.603,黑白花牛—莫瑞灰牛为0.818基于上述遗传相似度,本文还作了4个品种亲缘关系的聚类分析。     

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,...     

脾脏转录组测序揭示地方黄牛及杂交牛的免疫应答差异

为分析地方黄牛品种和杂交改良牛品种适应性特征的免疫机制,利用转录组学(RNA-seq)技术,以地方品种文山牛及杂交品种中国西门塔尔牛和云岭牛为研究对象,筛选种间差异表达的功能基因,挖掘免疫及抗病相关的重要调控基因。结果表明：文山牛脾脏组织的整体基因丰度显著高于中国西门塔尔牛和云岭牛,而2个杂交牛品种间无显著差异。基因表达量的相关性分析显示,相对于文山牛,中国西门塔尔牛与云岭牛的相关性较高。云岭牛与中国西门塔尔牛品种间差异基因数很少,仅为616个;而文山牛与中国西门塔尔牛以及文山牛与云岭牛品种间差异基因数明显增加,分别为4 503和3 520个。功能注释发现显著差异表达的基因多富集在免疫应答、对细菌的防御反应、对真菌的防御反应、对革兰阴性菌的防御反应、T细胞活化和中性粒细胞活化等通路上,其中ITK、IRF4、CD2、LAT等基因在地方牛中表达水平显著高于杂交牛,在免疫应答及疾病抵抗力过程中起着重要作用。     

中国南方部分黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传变异与分类分析

【目的】检测中国黄牛品种的遗传多样性和遗传亲缘关系。【方法】扩增、测序并分析了8个南方黄牛品种(川南牛、务川牛、温岭牛、隆林牛、湘西牛、郧巴牛、昭通牛、锦江牛)共计40个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列。【结果】共检测到56个变异位点,17个单倍型,平均核苷酸差异(K)为20.364,核苷酸多样度(π)为2.25%,单倍型多样度(Hd)为0.750±0.074;4种碱基A、T、C、G的频率分别为33.2%,28.2%,25.1%和13.5%;56处多态位点中,转换49处(占多态位点87.5%),颠换4处(占7.14%),缺失/插入3处(占5.36%);在样本数量超过3的群体中,锦江牛和昭通牛分别显示出最贫乏和最丰富的遗传多样性;构建的NJ进化树表明,云南昭通牛与其他7个品种的亲缘关系最远。【结论】普通牛较瘤牛具有丰富的遗传多样性,支持普通牛的多地区起源说;云南昭通牛含有不同于印度瘤牛的瘤牛血统,从分子水平上支持云南是潜在的瘤牛起源驯化中心。     

用20个微卫星标记研究鲁西黄牛和渤海黑牛的遗传多样性

用20个微卫星座位分析了鲁西黄牛、渤海黑牛及用作参照的秦川牛品种的遗传多样性。3个中国黄牛品种在20个座位的等位基因数为4~25个,平均等位基因数接近9个。各座位等位基因长度与欧洲普通牛相似,但平均等位基因数高于报道的欧洲普通牛和部分中国其它黄牛品种。3个品种在不同座位均发现部分特有基因,以渤海黑牛居多,在3个座位检测到7个特有基因。平均有效等位基因数达到6个以上,平均杂合度接近0.8,平均多态信息含量约为0.85,这几项变异参数在3个品种间没有明显差异,但高于欧洲普通牛群体和报道的中国部分黄牛群体的相应值。结果表明,3个品种在当地生态条件下,经数千年的选育积累了丰富的遗传变异,属宝贵的遗传资源。遗传相似度分析结果显示,渤海黑牛先与秦川牛聚为1类,再与鲁西黄牛聚在一起,引证了鲁西黄牛受瘤牛血统影响较大的结论。     

小白菜品种的随机扩增多态DNA分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)标记方法对目前生产上广泛采用的12个小白菜品种进行了分析,利用RAPDistance软件的4种方法计算距离矩阵,并利用邻接法进行聚类分析.结果表明:4种统计方法估算的12个小白菜品种间遗传距离均显示12个小白菜品种间的遗传相似度较高,品种2与品种3的遗传相似度最高,而品种10与其它品种间的遗传距离较大,相似度较低.不同的统计方法均显示12个小白菜品种基于RAPD数据可被分成3个独立的小组,其中A、B小组与地理种源密切相关,而C组跨地区范围较大.     

微卫星DNA标记对5个中外黄牛品种／群体遗传结构的研究

利用4种微卫星DNA标记对南阳牛、延边牛、韩牛、西门塔尔牛、皮埃蒙特牛×南阳牛杂种5个品种／群体的等位基因频率、杂合度、有效等位基因数、遗传距离等进行了遗传检测,在此基础上又进行了聚类分析。从分子水平上揭示了中国牛与外国牛、瘤牛与普通牛品种间的遗传结构关系。     

采用RAPD技术分析4个猪种的遗传资源多态性

以野猪、杜洛克、东北民猪和杂种猪(杜洛克×野猪)为试验材料,采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术从DNA水平对这4个猪品种的遗传资源多态性进行了研究,计算了4个猪品种之间的遗传相似度。本研究还从133个引物中筛选出10个可以对4个猪品种进行遗传检测的多态性引物,共检测出89条扩增片段,其中多态性片段53条,多态率59.55%。这10个引物在4个品种中共产生品种特异带30条,反映了4个猪品种间的遗传变异,它们可能成为明显区分这4个猪种的稳定的遗传标记。     

家鹅ND4基因多态性与遗传结构研究

四川白鹅、狮头鹅、豁眼鹅、伊犁鹅、朗德鹅和莱茵鹅是具有独特种质特性的家鹅品种.该试验利用直接测序法测定了具有独特种质特性,在鹅杂交育种中被广泛应用的四川白鹅等6个家鹅品种线粒体ND4基因的部分核苷酸序列(621 bp),共检测到了4种单倍型,4种单倍型的频率分别为0.467、0.033 3、0.467、0.033 3,单倍型多样性为0.582;各品种间的核苷酸分化系数(Nst)在0至1之间;6个家鹅各品种内核苷酸多样性(Pi)很低,各品种间的遗传距离(D)很小,遗传相似度高,而且同属于灰雁或鸿雁的家鹅品种之间的遗传相似度比分属于灰雁、鸿雁的家鹅品种之间的遗传相似度更高.另外,对这6个家鹅品种的遗传结构形成原因和杂交利用进行了初步分析.     

9个白杨品种SSR指纹图谱构建及遗传关系的研究

利用SSR分子标记,对4个白杨杂交新品种及父母本和3个近缘品种进行了指纹图谱构建和遗传关系分析。结果表明:筛选出的9对引物共扩增出106条清晰条带,平均每对引物扩增条带为11.7条,其中,多态性条带89条,多态性比率为83.1%,说明这些品种间具有较高的遗传多样性。9个品种间的遗传相似系数在0.41~0.75之间;通过系统聚类分析发现,4个杂交新品种与父本截叶毛白杨遗传相似度较高。选用扩增效果好,重复性高的3对引物构建了DNA指纹图谱,为这些品种的商业化生产应用提供了技术依据。     

14个中外黄牛品种的遗传多样性分析

利用12对微卫星DNA标记对14个中外牛品种进行了遗传多样性分析,通过计算多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)及聚类分析,评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明,12个微卫星座位共检测到170个等位基因,Ne为1.194 7-11.175 2,H为0.618 9-0.782 9;12个位点均为高度多态位点,PIC为0.528 1-0.810 5。恩施黄牛与郧巴牛相聚,枣北牛与南阳牛相聚,然后二者聚为一类;湘西牛自成一类;郏县红牛与秦巴牛相聚,再与黄陂黄牛聚为一类;早胜牛与平陆山地牛聚为一类;安西牛自成一类;德国黄牛与西门塔尔牛相聚后,再与夏洛来牛聚为一类。     

平利黄牛品种资源遗传检测的研究

采用系统随机整群抽样法在平利黄牛分布区选择三个系统八个群体抽取样本125头,以血液蛋白质多态性、毛色分布和外形特征作为遗传标记检测该黄牛的品种资源。结果表明,平利黄牛所持有的基因库基本反映了我国黄牛品种的特点,含有部分瘤牛血统,属于我国黄牛从北方向南方分布的一个过渡型地方黄牛品种。     

渤海黑牛和日本和牛mtDNAD-loop区遗传变异研究

研究渤海黑牛和日本和牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的遗传变异。采用DNA测序技术测定了这2个品种17个个体mtDNA D-loop区全序列,从Genbank下载了31头日本和牛、9头渤海黑牛、2头欧洲普通牛、2头瘤牛以及21个其他中外黄牛品种mtDNA D-loop区全序列,用lasergene和Mega 4.0.1软件对所得的渤海黑牛和日本和牛57个个体的序列进行了遗传多样性研究,并对渤海黑牛、日本和牛、欧洲普通牛和瘤牛的mtDNAD-loop区全序列进行了同源性分析。以水牛为外群,对23个中外黄牛品种的聚类分析显示它们聚为2类:欧洲型原牛和瘤牛型原牛。渤海黑牛含有这2类的遗传背景,受到过瘤牛血缘渐渗的影响。而日本和牛则来源于欧洲原牛。结论:渤海黑牛和日本和牛mtDNA D-loop区具有丰富的遗传多样性,二者的亲缘关系很近;渤海黑牛含有普通牛和瘤牛的血统、受到过瘤牛血缘渐渗的影响;日本和牛属普通牛类型,欧洲原牛、朝鲜牛和我国北方的部分牛种对于日本和牛的形成可能都起到丰富种群的作用。     

Signatures of positive selection for local adaptation of African native cattle populations: A review

Cattle are central to the lives and diverse cultures of African people. It has played a crucial role in providing valuable protein for billions of households and sources of income and employment for producers and other actors in the livestock value chains. The long-term natural selection of African cattle typically signals signatures in the genome, contributes to high genetic differentiations across breeds. This has enabled them to develop unique adaptive traits to cope with inadequate feed supp...     

Y染色体多态性与中国黄牛起源和分类研究

通过常规法、G带和C带对7个黄牛品种染色体进行系统研究所获得的资料,同时汇集了近20年来中国境内22个黄牛品种和1个大额牛种共计30个黄牛品种（其中4个外来牛品种）染色体的研究资料,分析和探讨了中国黄牛的起源、进化与分类。结果表明,中国黄牛Y染色体具有多态性,有中、亚中和近端着丝点Y染色体。中国北方黄牛多为中部和亚中部着丝点Y染色体,南方黄牛多近端丝点Y染色体,中原黄牛在品种内个体间多具有中、亚中和近端着丝点Y染色体3种类型。说明中国黄牛起源的多元性,即源于普通牛和瘤牛。在进化过程中,中国北方黄牛受普通牛的影响大,南方黄牛受瘤牛的影响大,中原黄牛同时受普通牛和瘤牛的影响,是由普通牛和瘤牛长期交汇融合形成的。根据26个黄牛品种Y染色体形态类型,绘制了中国黄牛Y染色体在中国的分布地域图。     

African pastoralism: genetic imprints of origins and migrations

The genetic history of African cattle pastoralism is controversial and poorly understood. We reveal the genetic signatures of its origins, secondary movements, and differentiation through the study of 15 microsatellite loci in 50 indigenous cattle breeds spanning the present cattle distribution in Africa. The earliest cattle originated within the African continent, but Near East and European genetic influences are also identified. The initial expansion of African Bos taurus was likely from a single region of origin. It reached the southern part of the continent by following an eastern route rather than a western one. The B. indicus genetic influence shows a major entry point through the Horn and the East Coast of Africa and two modes of introgression into the continent.     

不同肉牛品种间杂种优势预测

[目的]预测西门塔尔杂交牛（西杂牛）与不同品种牛之间的杂种优势。[方法]以西杂牛为母本,利木赞牛、红安格斯牛、夏洛莱牛、德国黄牛为父本,利用微卫星标记对不同牛种间的遗传距离进行分析,并预测杂种优势。[结果]西杂牛与德国黄牛的遗传距离最大,为1.2598,其次是利木赞牛（1.0546）、红安格斯牛（0.8867）和夏洛莱牛（0.5997）。[结论]西杂牛与其他品种牛之间的杂种优势依次为德国黄牛〉利木赞牛〉红安格斯牛〉夏洛莱牛。     

秦川、晋南和南阳黄牛血红蛋白多态性的研究

本研究采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法分离了秦川、晋南和南阳三个良种黄牛的血红蛋白多态性,借助于遗传标记分析和比较了三个黄牛品种的分布特点以及与其它品种的遗传差异,为研究黄牛品种间的遗传关系以及我国良种黄牛的起源问题提供了基础的遗传资料。