柔嫩艾美耳球虫YZ株SO7基因的克隆与序列分析

对柔嫩艾美耳球虫(E im eria tenella)YZ株折光体SO 7基因进行克隆,并对其核苷酸及氨基酸进行序列分析。以纯化的发育7 h的E.tenella YZ株卵囊孢子提取的总RNA为模板,设计特异性引物,应用两步法RT-PCR技术扩增出SO 7基因特异性片段。将扩增出的片段插入pUCm-T载体,随机选择经蓝白斑筛选、PCR及酶切鉴定为阳性的两个克隆分别进行测序分析,并对结果进行验证。结果表明:两个阳性克隆所含插入片段的DNA序列完全一致,含全长为651个核苷酸的开放阅读框,富含AGC和CTG重复序列,编码区核苷酸与LS18株和B J株的同源性都为99.5%,与HB株同源性为99.4%,与GD株同源性为99.7%。其推测的氨基酸序列与LS18株和GD株的同源性都为99.1%,与B J和HB株同源性为98.6%。通过对其蛋白抗原性、表面可能性、亲水性、柔性区、二级结构等参数预测表明,YZ株核苷酸的变异未引起其蛋白主要特性和B细胞表位的变化。该结果为研制E.tenella的基因工程疫苗奠定了基础。     

柔嫩艾美耳球虫杂交株MIC2基因克隆及序列分析

根据柔嫩艾美耳球虫子孢子微线蛋白2的cDNA序列,利用计算机设计l对引物,以柔嫩艾美耳球虫杂交株子孢子总RNA为模板,利用RT-PCR方法扩增出1个片段。把这个片段克隆到pMD18-T载体,经酶切鉴定得到1个阳性克隆,测序及序列分析结果表明该片段为MIC2基因,开发阅读框（0RF）与E．tenella豪顿株MIC2核苷酸同源性为99.51％,推导的氨基酸序列同源性为99.12％,说明MIC2基因高度保守。     

柔嫩艾美耳球虫端粒DNA重复序列的South-ern印迹杂交分析

为进一步确定柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)端粒DNA的重复序列,为下一步端粒酶活性检测奠定基础,根据已克隆发表的E.tenella端粒DNA重复序列信息,设计了由4个端粒重复序列串联的寡聚核苷酸探针(TTTAGGG)4,并以生物素地高辛标记。将该探针与经BAL31-EcoRⅠ酶切后的E.tenella基因组DNA进行Southern印迹杂交分析。结果显示:E.tenella基因组DNA与探针杂交获得了清晰的杂交条带,随BAL31酶切时间的延长,杂交信号逐渐减弱,进一步证明了E.tenella端粒DNA重复序列为5-′TTTAGGG-3′,且此重复序列在E.tenella染色体的末端。     

安徽部分地区鸡柔嫩艾美耳球虫单卵囊的分离与鉴定

为获得纯种柔嫩艾美耳球虫虫株,从安徽省巢湖市、霍邱县、定远县3个地区患球虫病的鸡场采集3株混合球虫,培养至孢子化,分离单卵囊接种1～7日龄的雏鸡,感染后7～12 d,收集卵囊,然后通过生物学特性和PCR方法进行虫种鉴定。结果显示,3个地区的单卵囊感染成功率分别为50%、57%和29%,各虫株经生物学特性和PCR鉴定均为柔嫩艾美耳球虫。研究表明:1.0%琼脂单卵囊分离法简便且成功率较高,利用特异性引物PCR鉴定虫株,为纯种地方株的研究奠定了基础。     

柔嫩艾美耳球虫广东株微线蛋白-2 基因的克隆与序列分析

根据柔墩艾美耳球虫(Eimeria lenella)微线蛋白—2基因的cDNA序列设计一对特异性引物，以F．tenella广东株(EtGD)子孢子总RNA为模板，用RT—PCR方法成功扩增出EtGD微线蛋白—2(EtMic—2，GD)的cDNA序列。PCR产物连接到质粒pGEM—T—easy后，转化大肠杆菌DH5α。重组质粒经测序并与E．tenella北京株和豪顿株的MIC—2比较，开放阅读框架(0RF)核苷酸序列的同源性分别为99．70％(1023／1026)和99．61％(1022／1026)，推导的氨基酸序列间分别有两个氨基酸不同，同源性为99．41％(340／342)，经DNAsisstl．02分析，这种差异可影响EtMic—2的抗原性。     

柔嫩艾美耳球虫甘肃株抗药性的试验研究

用柔嫩艾美耳球虫甘肃株(E.tenella G S,E t G S)对15日龄雏鸡进行感染,以最适抗球虫活性百分率、抗球虫指数、相对卵囊产量和病变记分减少率为指标,进行综合评定,研究了该虫株对三九球痢灵、地克珠利、氯苯胍和地克珠利氯苯胍合剂等几种常用抗球虫药的敏感性。结果表明,该虫株对三九球痢灵有中度抗药性,对地克珠利和地克珠利氯苯胍合剂有轻度抗药性,对氯苯胍无抗药性。     

柔嫩艾美耳球虫长春株克隆的建立

从柔嫩艾美耳球虫长春株(由单卵囊接种建立)挑选出单孢子囊,制备成单孢子囊胶囊,给鸡接种后建立5个克隆,传代后提取DNA,用已筛选的13条随机引物进行PCR扩增。结果表明:每个克隆均获得RAPD图谱,有特异条带。5个克隆中C2和C3相似值为0.993 1,C4和C5相似值为0.992 7,C1与C2和C4的相似值分别为0.931 6和0.875 3。鉴别结果表明C1为1个克隆,C2和C3为1个克隆,C4和C5为1个克隆,说明柔嫩艾美耳球虫卵囊中的4个孢子囊的基因组成不一致。     

不同地理株鸡柔嫩艾美耳球虫致病性的研究

采用盲肠病变记分、每克粪便含有的卵囊数、粪便记分、肉鸡增重等检查方法对来自山东、吉林、黑龙江、北京4个不同地区的鸡柔嫩艾美耳球虫的致病性进行了研究。将上述各株球虫分别接种10日龄AA肉鸡，并于接种后5d开始进行各项指标的检测。结果表明：山东株(S株)的致病性最强，黑龙江株(H株)和吉林株(J株)的致病性次之，北京株(B株)最弱。     

柔嫩艾美耳球虫杨凌株3-1E基因的表达及其产物的生物活性分析

【目的】探讨原核表达的柔嫩艾美耳球虫杨凌株3-1E蛋白的生物学活性。【方法】将含有3-1E基因的pGEX-3-1E重组质粒转化大肠杆菌BL21,进行表达并对表达条件进行优化,表达产物纯化后进行Western-blot-ting分析。【结果】表达的3-1E重组蛋白相对分子质量为44.7 ku,与推导结果一致。在28℃、IPTG诱导浓度为0.5mmol/L的条件下诱导6 h,可溶性3-1E重组蛋白表达量最高。Western-blotting结果表明,3-1E重组蛋白可与兔抗鸡E.tenellaYL阳性血清发生反应。【结论】3-1E重组蛋白表达成功,表达产物具有免疫原性。     

柔嫩艾美耳球虫杨陵株3-1E基因的克隆与序列分析

根据GenBank发表的鸡柔嫩艾美耳球虫(Ei meriatenella)3-1E基因的ORF设计一对引物,用RT-PCR方法从E.tenella杨陵(YL)株总RNA中扩增3-1E基因,并将扩增产物与pMD18-T easy载体进行连接并测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行分析。结果表明,2009年分离的E.tenellaYL株3-1E基因与其他虫株相比,核苷酸有9个位点发生变化,其中7个位点的变化引起了相应氨基酸位点的改变,其他2个位点的变化未引起氨基酸的改变。对2006年和2009年分离的YL株3-1E基因的核苷酸进行了比对,结果发现,有两个核苷酸位点发生了变化。系统发育树分析表明,E.tenellaYL株3-1E基因同种间与E.tenella甘肃株遗传关系最近,同属间与E.acervulina法国株遗传关系最近。     

利用二代测序技术对柔嫩艾美耳球虫T-DNA整合位点的分析及鉴定

为建立一种适用于转基因球虫的快速且准确的分析T-DNA整合位点的方法,本研究利用二代测序技术对转基因柔嫩艾美耳球虫EtM2e虫株进行基因组重测序分析,基于嵌合体reads比对分析T-DNA的插入位点,通过T-DNA特有序列以及外源基因与球虫同源序列的测序深度进而分析T-DNA拷贝数,最后利用PCR扩增验证分析位点。结果表明:1)二代测序下机数据过滤后获得数据7.2 Gb,Q20为96.1%,Q30为89.2%,能够比对至柔嫩艾美耳球虫参考基因组的reads数为23 992 361×2,平均测序深度为80×,reads全基因覆盖结果表明整个染色体被覆盖的较为均匀,测序的随机性比较好,可以进行后续分析;2)比对至T-DNA序列的reads数为3 106和3 036,平均测序深度为140×,嵌合体reads序列信息表明T-DNA只存在一个插入位点,位于HG994969.1:2 704 213~2 705 255;3)T载体骨架特有序列卡那抗性基因的平均测序深度为67×,T-DNA特有序列EYFP基因的平均测序深度为85×,而T-DNA与球虫同源序列His4基因的5′调控区序列的平均测序深度为154×,Actin基因的3′调控区序列的平均测序深度为164×,同源序列的平均测序约为特有序列平均测序深度的2倍,这表明T-DNA为单拷贝,与发现一个插入位点的结果相符合;4)经PCR验证分析成功鉴定了该整合位点。转基因艾美耳球虫EtM2e虫株T-DNA整合位点的鉴定为后续转基因球虫鉴定提供了技术平台,也为球虫活载体疫苗的研发提供了一个潜在的靶位点。     

柔嫩艾美耳球虫杨凌株RB1-a基因的克隆表达及免疫保护性研究

【目的】对柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)杨凌株RB1-a基因进行克隆与表达,检测表达产物的免疫保护性,为鸡球虫基因工程疫苗的研制奠定基础。【方法】以纯化的E.tenella杨凌株孢子化卵囊的总RNA为模板,用RT-PCR方法扩增出其RB1-a基因,测序后进行序列分析。然后将RB1-a基因N端不含信号肽序列克隆到表达载体pET-32a(+)中,构建pET-32a-RB1-a重组质粒,并在大肠埃希菌BL21(DE3)中诱导表达出重组蛋白,将重组蛋白纯化后免疫雏鸡,对其免疫效果进行评价。【结果】柔嫩艾美耳球虫杨凌株RB1-a基因的开放阅读框(ORF)包含618个碱基,编码205个氨基酸,与GenBank报道的柔嫩艾美耳球虫PAPa46株ORF序列相似性为99.84%,两者推导的氨基酸序列相同。SDS-PAGE分析表明,重组质粒表达分子质量为42ku的融合蛋白。免疫效果测定结果显示,RB1-a免疫组和RB1-a+佐剂免疫组的相对增重率分别为64.2%和69.4%,卵囊减少率分别达37.22%和30.56%,抗球虫指数分别为146.2和150.4。【结论】RB1-a基因具有很强的保守性,种间差异不大;RB1-a重组蛋白具有一定的免疫保护效果。     

红麻细胞质雄性不育系UG93A和保持系UG93B cox1的克隆和表达分析

利用hiTAIL-PCR技术扩增红麻cox1全长及侧翼序列,结果表明,在红麻不育系UG93A和保持系UG93B中分别获得长度为2 149和3 244bp的序列,包含cox1基因CDS全长及其5′和3′部分侧翼序列,通过分析得出不育系和保持系中cox1的CDS序列长度为1 602bp,编码533个氨基酸残基,分子量为58.31ku。BLAST序列比对发现,UG93A和UG93Bcox1的CDS序列虽然存在4个碱基差异,但推导的氨基酸序列一样,并且UG93A和UG93Bcox1两端侧翼序列结果一致。RNA Blot分析显示cox1基因在红麻UG93A、UG93B和F1(UG93A/992)的转录本大小基本相同,推测cox1基因不是导致红麻CMS(cytoplasmic male sterility)的直接因子。qRT-PCR结果表明,UG93A中cox1的表达量显著低于UG93B和F1(UG93A/992),推测cox1在红麻花粉发育能量代谢过程中有着重要的作用。     

抗球虫中草药添加剂抗鸡柔嫩艾美尔球虫的研究

为研究中草药添加剂对鸡柔嫩艾美尔球虫的抗球虫效果, 将14日龄的鸡150只,随机分为阴性对照组,阳性对照组,1%、2%和5%中草药添加剂组。对照组饲喂基础日粮,给药组在基础日粮的基础上分别添加1%、2%和5%中草药添加剂。除阴性对照组外,每只鸡接种孢子化艾美尔球虫卵囊5×10⁴个。根据成活率、相对增重率、卵囊值、病变计算抗球虫指数,并对肠道分离的球虫卵囊进行了体外的孢子化培养,评价对球虫卵囊孢子化的抑制作用。结果显示, 2%中草药添加剂抗球虫指数为169,对体外卵囊孢子化抑制作用最高。     

贵州烟田马铃薯Y病毒优势株系全序列克隆及系统进化分析

为了解马铃薯Y病毒在贵州烟田的发生和流行规律,对2013—2015年采集到的贵州省多个烟区呈现典型茎脉坏死症状的疑似受马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)侵染的烟草样品进行单斑分离和病毒鉴定,并以现有PVY序列信息为参考,设计了4对PVY特异引物,经过RT-PCR扩增、T载体连接、序列测定以及序列拼接,并利用MEGA软件进行系统进化分析。结果发现PVY福泉分离物(PVY Fuquan isolate,PVY-FQ)和PVY大方分离物(PVY Dafang isolate,PVY-DF)为优势株系并获得了PVY-FQ和PVY-DF的全基因组序列。PVY FQ整条基因组由9 699个碱基组成,编码多聚蛋白的开放阅读框位于第188~9 373nt;PVY DF整条基因组由9 706个碱基组成,编码多聚蛋白的开放阅读框位于第190~9 375nt。2条序列的基本特征与已报道PVY基因组一致。对PVY-FQ和PVY-DF全序列与已报道PVY序列进行系统进化分析发现,PVY-FQ与PVY NTN株系具有较高的亲缘关系,而PVY-DF与PVYN具有较高亲缘关系。     

百合水通道蛋白LotNIP5-1基因的克隆及表达分析

为研究NIP5-1基因(Nodulin26-like intrinsic protein)在百合生长发育方面的作用机理,利用RACE技术克隆得到百合NIP5-1基因的全长cDNA序列。运用多个软件进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RT-PCR技术检测其表达特性。结果表明:1)百合NIP5-1基因全长为1 492bp,包含1个900bp的完整开放阅读框(Open reading frame,ORF),共编码299个氨基酸;2)百合NIP5-1蛋白属于跨膜通道蛋白MIP超家族。具有6个跨膜区;在B、E环分别具有NIP5-1蛋白特有的NPS、NPV模体,具有该蛋白Ar/R filter分子筛特有的AIGR模体;与小果野芭蕉、香瓜、葡萄、黄瓜、番茄的相似性分别为86%、83%、84%、83%和82%;3)荧光定量结果显示,百合NIP5-1基因在茎中表达量最高,在花瓣中表达量较低,在叶、鳞茎、根中表达量均极低。RTPCR半定量检测显示,其在"湿"柱头上表达量显著高于"干"柱头,这与转录组测序结果相符合。上述研究暗示,百合NIP5-1可能是硼酸通道蛋白,在促进茎生长及生殖活动中发挥作用。     

3株巨型艾美耳球虫免疫原性差异株 未孢子化卵囊蛋白的SDS-PAGE分析

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术(SDS-PAGE)比较分析了3株巨型艾美耳球虫免疫原性差异株未孢子化卵囊可溶性蛋白。结果显示,尽管所用的3株巨型艾美耳球虫在免疫原性上存在不同程度的差异,但3株巨型艾美耳球虫未孢子化卵囊可溶性蛋白的SDS-PAGE电泳图谱相似,至少有8条带,各带主次分明,其中有2条明显主带,分子量分别为42 000和39 000,还有3条较明显主带,分子量为36 000、26 000和22 900,其他可见带分别为109 800、86 900和62 800。结果表明SDS-PAGE电泳不能检测出E.maxima免疫原性差异株未孢子化卵囊可溶性蛋白的差异。     

来自安徽不同地区黄瓜绿斑驳花叶病毒（CGMMV）cp 基因的分子进化分析

为了揭示黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)安徽分离物分子变异及系统进化情况,从安徽省5个地区采集感染CGMMV的葫芦科样本。提取感病样本总RNA,经RT-PCR扩增、克隆和测序,获得17个CGMMV分离物的cp基因序列。序列比对发现,17个CGMMV安徽分离物的cp基因核苷酸序列相似性极高,达98.4%~100%,与中国及东亚国家和地区的各个CGMMV分离物cp基因核苷酸序列相似性也非常高,达98.6%~100%,而与CGMMV西班牙分离物和俄罗斯分离物cp基因核苷酸序列相似性相对较低,为90.7%~92.6%。从构建的系统关系树可以看出,17个CGMMV安徽分离物与中国及东亚国家和地区的各个CGMMV分离物形成1个单独的分支,而CGMMV俄罗斯与西班牙分离物聚成另1个分支,说明来源于中国和东亚的CGMMV亲缘关系较近。     

猪NR4A1基因的克隆、序列分析及表达模式研究

【目的】克隆猪核受体4A1(Nuclear receptor subfamily 4,group A,member 1,NR4A1)DNA序列全长,并对CDS序列及其表达模式进行分析。【方法】以未成年长大母猪的卵巢为材料,采用电子克隆技术,对猪NR4A1DNA序列进行分离和测序,并对猪NR4A1基因序列进行生物信息学分析;利用性腺激素(人绒毛膜促性腺激素(Human chorionic gonadotropin,HCG)和孕马血清促性腺激素(Pregnant mare serum gonadotropin,PMSG))处理卵巢颗粒细胞,采用RT-PCR方法分析猪NR4A1基因的表达模式。【结果】获得猪NR4A1基因4 870bp的DNA序列,其中CDS全长序列为1 734bp,共编码572个氨基酸;猪NR4A1基因编码的氨基酸序列与人的对应氨基酸序列的相似性最高(97%),其次为小鼠(94%);Expasy软件预测结果表明,NR4A1蛋白的氨基酸序列非常保守,其中包含2个锌指特征(NR C4-type),一个是激素受体超家族,另一个是Zf-C4超家族;猪卵巢颗粒细胞在性腺激素处理后,可诱导猪NR4A1基因在卵泡发育和排卵时期瞬时表达。【结论】猪NR4A1基因的CDS区在物种间保守性较强,推测猪NR4A1基因调节卵泡的发育和排卵过程。