斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析

根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区。碱基组成T为22.2%,C为32.8%,A为29.2%,G为15.8%,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构。参照棕头鸦(Larus brunnicephalus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环。对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box。并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mt DNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近。     

貂熊线粒体基因组全序列分析及其系统进化

为了更好地了解貂熊（Gulo gulo）的起源、进化等生物学信息,采用PCR方法克隆貂熊的线粒体基因组全序列,利用测序技术等常规分子生物学手段对其进行分析。结果显示：貂熊基因组序列全长为16 575 bp;同其他哺乳动物相同,含13种蛋白质、22种转运RNA(tRNA)、2种核糖体RNA(rRNA)和1个非编码控制区（D-loop）。4种碱基组成分别为：A=32.18%、G=14.26%、T=26.75%、C=26.81%;AT含量（58.93%）>CG含量（41.07%）,存在显著的AT富集。基于基因组全序列数据,以棕熊（Ursus arctos）为外群,采用邻接法和最大似然法构建鼬科（Mustelidae）22种动物的进化树,结果显示貂熊同貂属（Martes）动物关系较近,貂熊同7种貂属动物聚成一支后,再同猪獾（Arctonyx collaris）和狗獾（Meles meles）聚成一支组成并系群,结果证实貂熊同渔貂（Martes pennanti）和黄喉貂（M. flavigula）的亲缘关系最近。     

查吾拉牦牛线粒体全基因组序列及系统发育分析

为了解查吾拉牦牛（Bos grunniens）线粒体全基因组结构,对查吾拉牦牛线粒体基因组进行了PCR扩增并测序、组装及注释。结果表明,查吾拉牦牛完整的线粒体DNA为环状分子,全长16 323 bp,其核苷酸组成分别为：A占33.71%,T占27.30%,C占25.78%,G占13.21%,A+T含量为61.01%。总体组成包括22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白编码基因（ND1～ND6、ND4L、COX1～COX3、ATP6、ATP8和CYTB）,以及1个非编码控制区（D-loop）。ND6和8个tRNA基因（tRNA-Ser、tRNA-Pro、t RNA-Glu、t RNA-Tyr、tRNA-Cys、tRNA-Asn、tRNA-Ala和tRNAGln）均编码在轻链上,其余基因编码在重链上。系统发育分析结果表明,查吾拉牦牛与娘亚牦牛亲缘关系较近。综上所述,查吾拉牦牛线粒体基因组全序列可用于进一步研究其起源进化和育种改良。     

带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析

通过利用生物生物信息学方法分析带属绦虫线粒体DNA(mtDNA)碱基组成、基因结构、密码子利用、基因变异及其在分子系统进化研究中的应用价值等,以期为带属虫种线粒体功能基因组学研究、分子分类学研究及其疾病诊断提供重要依据。从NCBI GenBank中下载已测序的6种带属绦虫线粒体基因组(mt genome)全序列,以细粒棘球绦虫mtDNA序列作为参考序列(外群),用ClustalX软件(1.83)(http://www2.ebi.ac.uk/clustal w/)进行多重序列比对,用DNAStar软件进行序列差异性分析,用MEGA4软件的邻接法(Neighbor-joining method)构建进化树,核苷酸进化距离算法用最大似然法(Maxi mumlikelihood method),氨基酸进化距离算法用泊松校正法(Poissoncorrection method),进化树检验用自展法(Bootstrap test)。tRNA和2个非编码区RNA二级结构预测分别使用软件ARWEN和RNAstructure Version 4.6。结果显示,带属绦虫mtDNA为双链闭环分子,为13.3~13.7 kb;4种碱基成分中,T含量最高(超过47%),C含量最低(低于9%);共有36个按照相同顺序排列的编码基因,其中蛋白质编码基因有12个,tRNA编码基因有22个(其中编码丝氨酸-tRNA和亮氨酸-tRNA的基因有2个,其余18种tRNA分子各有1个),rRNA编码基因有2个(包括1个大亚基和1个小亚基)。基因组结构紧凑,基因间存在重叠区域,如nad4L和nad4基因;除广泛使用ATG作为起始密码子编码蛋氨酸,部分基因如多头绦虫nad6基因用GTG作为蛋白质翻译的起始密码子。线粒体tRNA长度为58~76 nt,二级结构多数呈典型的三叶草结构,少数呈D-loop结构;2个线粒体rRNA亚基基因rrnL和rrnS被trnC基因分隔开;线粒体基因组有2个大的非编码区,1个长非编码区(LNR)和1个短非编码区(SNR);线粒体基因组中蛋白编码基因之间的差异为5.7%~28.9%,其中cox1和nad4L基因比较保守,而nad5和nad6则变异较大,进化较快。结果表明,根据线粒体基因组序列绘制的带属绦虫分子进化树表明,亚洲带绦虫(T.asiatica)和牛带绦虫(T.saginata)间的亲缘关系最近,成为姊妹种,而多头绦虫(T.multiceps)与前两者的亲缘关系比猪带绦虫(T.solium)与前两者的关系更近,但与虫种的生物学特征存在一定差异。     

副猪嗜血杆菌血清4型全基因组序列草图测定与分析

本研究应用Illumina Hiseq 2000测序系统对副猪嗜血杆菌(HPS)血清4型gx033株进行全基因组序列测定,经过DNA文库构建、测序、数据过滤和组装,绘制了全基因组草图.全基因组草图显示,HPS血清4型的基因组大小为2 155 493 bp,G+C含量为39.79％,含有编码基因2 189个,基因总长度1 881 801 bp.基因功能注释表明,849个基因功能尚不明确,1 340个基因被分为能量产生和转化、转录和细胞周期调控等19个功能组.该HPS血清4型全基因组草图的绘制为HPS病的致病机制等研究提供依据.     

一株猪捷申病毒全基因组序列测定及分析

根据Gen Bank已发表的猪捷申病毒(porcine teschovirus,PTV)13种血清型全基因组序列,分析其保守区域并设计10对特异性引物。从临床腹泻病料中提取核酸,经RT-PCR扩增目的片段,分别对这些片段进行克隆、序列测定、拼接,最终获得一株猪捷申病毒全基因组序列,命名为PT-GD。主要结构蛋白VP1进化分析表明,该毒株与PTV12型CC25、YZ119的VP1核苷酸序列同源性分别为80.1%和79.7%,与其他血清型毒株进化距离相对较远,表明该毒株为猪捷申病毒血清型12型。该病毒全基因序列的测定及血清型鉴定为进一步深入研究猪捷申病毒在我国的遗传变异及其生物学特性提供了依据。     

梅山猪的卵巢发育

将不同日龄的35头梅山猪的卵巢采集下来作形态学和组织学检查。最初在45日龄就观察到卵巢上有囊状卵泡,并且突出于卵巢表面,然后随着这些卵泡的增多,卵巢重量迅速增加。75～90日龄约半数卵巢有黄体,表明75日龄前有些猪已开始发情。对45日龄梅山猪注射外源促性腺激素,卵巢有反应。这些结果表明,性早熟的梅山猪很早时卵巢上就有囊状卵泡发育。     

梅山猪合成系的研究进展

梅山猪种为高产仔的外祖母合成系的形成提供了希望。在形成这些系的过程中 ,获得的早期结果是令人鼓舞的 ,制订改良生长和胴体特性而保持高繁殖性能的选择方案是有效的。由高产仔的白猪和梅山猪种间产生的合成系的进展 ,表明梅山猪在商业上可以成功地应用 ,并在大多数市场中具有经济优势     

猪流行性腹泻病毒SD2014株全基因组序列测定与遗传演化分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)在国内的流行及变异情况,对2014年在山东省某猪场流行的PEDV毒株SD2014进行全基因组测序,并与国内外代表毒株进行序列比对、同源性分析和遗传演化分析。结果表明,SD2014毒株全长28,036 nt(除去Poly A)。遗传演化分析显示该毒株与美国分离株OH851以及我国2010年后分离的变异毒株属于同一分支。通过对S基因和ORF3序列进行对比,发现SD2014与我国早期分离株BJ-2011-1变异位点相似,且与欧美毒株和疫苗株(CV777)差异明显。提示自2010年PED暴发后,与疫苗株差异较大的变异株仍在国内流行,该病防控形势依然严峻。     

小梅山猪种质指标测定与杂交利用分析

小梅山猪是我国优良的地方品种猪,纯种小梅山猪体型小而紧凑细致、繁殖力高、杂种优势明显,为了更好地保护与利用这一优秀种质资源,本试验对小梅山猪育种中心纯种小梅山猪的种质指标进行测定,并分析其杂交利用情况。结果表明:该猪场现有猪群的群体近交系数为0.1953,头胎平均总产仔数为(13.57±3.70)头,头胎平均产活仔数为(12.75±4.23)头;2胎及2胎以上平均总产仔数为(14.09±4.17)头,2胎及2胎以上平均产活仔数为(13.39±3.92)头,后肢畸形率为0.40%,黑脚为0.60%,杂毛为0.20%,驼背为1.40%;纯种小梅山猪日增重、饲料转化率、胴体瘦肉率分别为324.4g/d、4.01∶1、46.23%,而培育的长白×小梅山二元杂交猪和大约克×长白×小梅山三元杂交猪日增重、饲料转化率、胴体瘦肉率分别为553.7 g/d、3.31、53.33%和622.3g/d、3.18、57.83%。     

Phylogenetic analysis for the Seoul National University (Minnesota) miniature pig by mitochondrial DNA sequence polymorphism

Seoul National University (SNU) miniature pigs are originated from the Minnesota miniature pig. This study was conducted to investigate the maternal origin of SNU (Minnesota) miniature pigs and their phylogenetic relationships by analyzing the mitochondrial DNA (mtDNA) D‐loop (control region) sequence. Two mtDNA D‐loop sequences of the SNU miniature pigs were identified. On an unweighted pair‐group method with an arithmetic mean (UPGMA) phylogenetic tree analysis, the large white was the pig breed closest to the SNU miniature pig, and the pairwise distance analysis showed the same result. While mtDNA sequences of 4 pig breeds which were used to establish Minnesota miniature pig were not known, our result might be different from the history of the Minnesota miniature pig development. In conclusion, we thought that some haplotypes of the Minnesota miniature pig maternally were originated from the Large white pig, or that wild pigs had similar mtDNA sequences to the Large white pig, and all SNU miniature pigs were derived from this colony.     

猪圆环病毒2型分离毒株全基因组克隆与序列分析

猪圆环病毒(PCV)为圆环病毒科(Circoviridae)圆环病毒属成员,单股环状DNA病毒,为已知的最小动物病毒之一[1]。PCV存在两种血清型,即PCV1和PCV2,两者的细胞培养物均不产生细胞病变。PCV2首先由Allan等[2]从患断奶猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中分离到,被证明为PMWS的重要病原     

禽脑脊髓炎病毒内蒙分离株(AEV-NH937)基因组全序列分析

禽脑脊髓炎病毒（ avian encephalomyelitis virus, AEV）的大小、形态和浮力密度显示其属于小RNA病毒家族，小RNA病毒是小的单链RNA病毒。AEV可引起鸡、火鸡、鸭及鹌鹑等禽类的脑脊髓炎。AEV野毒株通常在肠道生长，而且在酸性条件下具有相当的稳定性，这一特性使其被划分为肠道病毒属的成员。然而，根据基因序列，它与甲肝病毒属的亲缘关系最近。AEV在家禽中的传播方式是口一粪途径，     

The complete mitochondrial genome and molecular phylogeny of Lueyang black-bone chicken

ABSTRACT

1. The objectives of the current study were to investigate the mitochondrial genome and molecular phylogeny of Lueyang black-bone chicken, and provide molecule base to preserve and explore the specific chicken strain.

2. Based on sequencing and clustering, the complete mitochondrial DNA map and sequences of Lueyang black-bone chicken were revealed, and two phylogenetic trees of Lueyang black-bone chickens based on D-loop sequences and the mitochondrial genome were constructed.

3. The results showed that the complete mitochondrial genome of Lueyang black-bone chickens is 16,784bp in size, consisting of 22 transfer RNA genes, two ribosomal RNA genes, 13 protein-coding genes, and one non-coding control region. The base composition of the complete mtDNA sequence is 30.28% for A, 23.78% for T, 32.42% for C, 13.52% for G. Additionally, 10 haplotypes of D-loop sequences in 32 Lueyang black-bone chickens were detected, which were distributed into 4 clades (A, B, C and E).

4. It was concluded that genetic diversity is wide in Lueyang black-bone chickens, and this strain has multiple maternal origins from different regions in China and neighbouring regions.     

The complete mitochondrial genome of the domestic red deer (Cervus elaphus) of New Zealand and its phylogenic position within the family Cervidae

We determined the complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of the semidomestic red deer (Cervus elaphus) of New Zealand. The genome was 16 357 bp long and contained 13 protein‐coding genes, 12SrRNA, 16SrRNA, 22 tRNAs and a D‐loop as found in other mammals. Database homology searches showed that the mitochondrial DNA (mtDNA) sequence from the New Zealand semidomestic deer was similar to partial mtDNA sequences from the European, Norwegian (C. e. atlanticus) and Spanish red deer (C. e. hispanicus). Phylogenetic analysis of the mitochondrial protein‐coding regions revealed two well‐defined monophyletic clades in subfamilies Cervinae and Muntiacinae. However, red deer and Sika deer were not found to be close relatives. The analysis did identify the red deer as a sister taxon of a Samber/Sika deer clade, although it was more closely related to the Samber than the Sika group.     

吸虫线粒体基因组及其应用研究进展

吸虫病(Trematodiasis)如血吸虫病、肝片形吸虫病等是一类重要的人兽共患寄生虫病,在我国和世界各地普遍流行,危害严重。本文将对吸虫线粒体基因组全序列分析的研究进展、应用和今后的发展方向作一综述。目前,已完成包括复殖亚纲10个种和单殖亚纲4个种总计14种吸虫线粒体基因组全序列测定。吸虫线粒体基因组碱基组成、基因结构与排列、基因变异等分析结果为线粒体功能基因组学研究、比较基因组学研究、分子分类学研究、物种起源、分子系统发育与进化分析及其疾病诊断等提供了重要依据和指导作用。线粒体基因组序列分析有助于解决一些新近发现的种如三平并殖吸虫、中华血吸虫等独立种的分类地位;而怡乐村并殖吸虫和佐渡并殖吸虫是大平并殖吸虫的同物异名吸虫。日本片形吸虫与大片形吸虫的cox1基因序列完全一致,这些日本片形吸虫应为大片形吸虫;大片形吸虫不同株虽然在cox1基因序列上无差异,但nad1基因却有8.3%变异性,这表明大片形吸虫不同株中可能存在隐蔽种。总之,线粒体基因组序列可为吸虫虫种与虫株的分类学地位的确定提供重要依据。同时,人们可根据线粒体基因组序列,通过PCR方法有效地对临床上易混淆的吸虫的种、株或群等作出确切的鉴别与诊断,从...     

贵州威宁黄牛线粒体DNA D-loop区全序列分析

为了解贵州威宁黄牛的遗传多样性及遗传背景，测定了19个个体的线粒体DNAD-loop区全序列。威宁黄牛D-loop区全序列中，A＋T平均含量为61．4％，G＋C含量为38．6％。经比对，共检测到威宁黄牛D-loop区8种单倍型，核苷酸多态位点45个，其中7种为普通牛血统的单倍型，1种为瘤牛血统的单倍型，表明威宁黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在威宁黄牛19个个体中，其单倍型多样度为0．715，核苷酸歧异度（π值）为2．415％，表明威宁黄牛品种的遗传多样性丰富。     

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从山东疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病料中提取PCV2基因组DNA,进行PCR扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18TPCV2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,克隆得到的PCV2山东株的全基因组长为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中登录的国内外PCV毒株进行同源性比较。结果显示,PCV2山东株与国内外毒株的核苷酸同源性高达99．6％,推导的氨基酸同源性达95．4％。进化树分析结果显示,PCV2山东株与GZ（EF515839）株同源性最高,表明,PCV2各分离毒株在进化方面存在地域上的相关性。     

一株猪圆环病毒2型全基因组的克隆与序列分析

应用猪繁殖障碍性病毒性疫病6重PCR检测方法对贵州省开阳县某规猪场送检的1头疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病死仔猪进行病原检测,确诊感染有猪圆环病毒2型(PCV2)后,对该病毒全基因组进行扩增,将其克隆到pMD19-T Simple载体上,筛选获得了重组质粒pMD19-T-PCV2,并对其进行序列测定和分析。结果表明:克隆得到的PCV2毒株的基因组全长为1 767 bp,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为94.1%⁹8.4%,根据欧盟猪圆环病毒疾病委员会规定的PCV2基因型划分标准,将PCV2 GZ-KY1毒株划分为PCV2b亚型。