玉米SSR分子标记试验体系优化及其遗传多样性研究

为优化玉米SSR分子标记体系,丰富种质资源的多样性,以基础玉米自交系CK及其诱变系M为材料,优化了SSR分子标记试验体系,并对诱变玉米自交系遗传多样性进行了分析。结果表明:(1)优化后SSR分子标记试验体系,可以有效提高试验效率,减少试验误差;(2)利用23对SSR引物对诱变玉米自交系进行PCR扩增,共扩增得到59个等位基因,平均每对引物检测到2.565个等位基因;位点的多态信息量(PIC)和基因型多样性指数变化范围为0.110~0.525和0.234~1.061,平均值分别为0.331和0.643,说明基础材料CK与诱变材料存在真实的遗传差异。     

葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析

用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括格拉卡和美人指2个品种;第2类包括玫瑰香、红旗特早、达米娜、红玫瑰等30个品种;第3类包括京云、奥古斯特、无核早红、巨峰等7个品种。     

花生MITE反应体系优化及其遗传多样性分析

为了建立适宜不同来源花生种质遗传差异分析的MITE反应体系,本研究从反应体系总量、Taq PCR Mix用量、引物浓度、模板DNA浓度及退火温度、循环次数方面对反应体系进行优化,得到的最佳反应体系为:反应总体积10μL,模板DNA 20 ng,引物(15μmol/L)2μL,Taq PCR Mix 5μL.反应程序为9...     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

基于SSR分子标记的安徽黄山地区野生刺葡萄的遗传多样性分析

利用8对SSR分子标记引物分析了安徽黄山地区40份野生刺葡萄资源的遗传多样性,结果表明:8对SSR引物扩增的等位基因数(Na)为36个,每个引物扩增等位基因数(Na)为2～10个,有效等位基因数(Ne)为1.285～5.378个;观测杂合度(Ho)为0.250～0.775,期望杂合度(He)为0.224～0.824;Nei’s多样性指数(H)为0.222～0.814;香农多样性指数(I)为0.417～1.884;多态性信息含量(PIC)为0.202～0.789。依据地理位置将黄山地区刺葡萄资源分为3个群体(POP1,POP2,POP3),3个群体之间遗传相似度为0.829～0.912,遗传距离为0.093～0.188,表明黄山地区刺葡萄资源的遗传差异较少。通过UPGMA方法对黄山地区40份刺葡萄和湖南、福建的3份刺葡萄进行聚类,在遗传相似系数为0.62时,黄山地区刺葡萄聚为一类,湖南、福建的刺葡萄聚为一类。这些结果表明,刺葡萄的基因流限制于短距离,黄山地区刺葡萄主要以有性繁殖为主。     

黄瓜SSR-PCR反应体系的优化

采用L9(34)正交试验设计,研究了黄瓜SSR-PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响,并比较了变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明,最适反应体系为:在20μL体系中包括dNTP 200μmol.L-1、Primer 0.4μmol.L-1、Mg2+2.5μmol.L-1、Taq酶0.5μmol和模板DNA60 ng。用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测SSR扩增产物结果更准确。     

基于SSR-PCR标记的新疆喜盐鸢尾居群遗传多样性分析

利用SSR分子标记对新疆喜盐鸢尾9个地理居群进行了遗传多样性研究。结果表明,新疆喜盐鸢尾具有较高的遗传多样性,6对引物共扩增出45个位点;物种水平上Nei’s基因多样性指数为0.294 9,Shannon多样性指数为0.467 2,种内总基因多样性为0.294 9;居群内基因多样性为0.246 8,71.58%的遗传变异存在于居群内,28.42%的遗传变异存在于居群间;居群间的遗传分化系数为0.284 2,基因流为1.259 3。UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的居群优先聚集。     

水稻SSR-PCR技术反应体系的优化

以水稻为材料,研究了SSR-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA浓度时水稻SSR扩增效果的影响.结果表明,在试验设计范围内,Mg2+和dNTP浓度对扩增影响较大,引物浓度在1.6～3.0μmol·L-1范围内对扩增影响较小,TaqDNA聚合酶和模板DNA浓度对扩增影响也很小.确定的最佳反应体系为20μL,Mg2+浓度为1.75 mmol·L-1、dNTPs为0.20 mmol·L-1、引物为2.4 μmol·L-1、Taq DNA聚合酶为0.75U、模扳DNA为45ng.     

叶子花SSR-PCR体系的优化

[目的]优化叶子花SSR-PCR体系。[方法]以乔木叶子花为材料,通过Touchdown PCR扩增程序和正交试验,对影响叶子花SSR-PCR体系的引物浓度、Taq DNA聚合酶用量、Mg2+浓度和d NTPs浓度进行优化。[结果]叶子花20μl SSR-PCR体系的最优条件为引物浓度0.4 mmol/L、Taq DNA聚合酶用量1.5 U、Mg2+浓度1.5 mmol/L、4种d NTPs浓度均为0.15 mmol/L,模板100 ng左右。[结论]该反应体系的扩增条带清晰、稳定、重复性好,可用于后续叶子花遗传多样性分析和种质资源鉴定等研究。     

SSR和RAPD 2种分子标记对昆明西山野生蘡薁葡萄资源遗传多样性分析比较

本研究分别应用SSR和RAPD 2种分子标记技术对来自云南昆明西山5个近距离群体的41份野生蘡薁葡萄(Vitis bryoni-aegoliaBge)样品进行遗传结构分析,以比较2种方法评价同种野葡萄各群体间遗传多样性的差异。结果发现,2种分子标记得到的基因分化系数(Gst)均小于0.5,基因流较大(Nm1),表明在较小的地理范围内,同一物种不同群体间存在的遗传分化小,遗传变异发生在群体内的概率远大于在群体间。但RAPD分子标记能更灵敏的体现各个近距离群体间的差异,得到的遗传距离与实际群体间的物理距离呈正相关(r=0.981,P=0.0190.05)。对远距离的同种野生葡萄以及栽培葡萄进行研究后,发现SSR和RAPD标记均能有效地把不同品种的葡萄资源分开,表现为同种野生葡萄处于遗传距离较近的位置上,聚类为总的一枝,而人工栽培品种处于聚类树状图的另一分枝,遗传距离较远。     

葡萄EST-SSR标记的开发及其应用

从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressed sequence tag,EST)8 925条,利用Phrap软件对这些序列进行拼接后形成5 642条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为6.50%。二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79(21.53%)、83(22.62%)、29(7.9%)、60(16.35%)和116(31.61%)。利用Primer 3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的PCR扩增产物多态性。50对引物中有36对引物能在20个葡萄品种中扩增出理想的PCR产物,占总引物的72%。其中,26对引物扩增条带具有多态性。利用16对经过验证的EST-SSR引物对20个葡萄品种亲缘关系的分析获得了理想的研究结果。     

核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用

从NCBI 数据库全部已知核桃MboI 基因组BAC 文库克隆中下载22 740 条末端序列(BAC end sequences, BES)。应用MISA 软件搜索获得SSR 位点4 732 个,平均每2.8 kb 出现1 个SSR。在含有单个SSR 的BES 中,1 ~3 个核苷酸重复的类型占SSR 总数的96.86%,A/ T、AT/ AT、ATT/ AAT 分别为最丰富的单核苷酸、2 核苷酸和3 核苷 酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR 设计合成50 对引物,从中筛选出多态性引物33 对,其中19 对引物扩增 出1 或2 个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19 对引物对20 份核桃属不同种的基因型进行SSR 分析,结果表 明,每对引物检测到2 ~9 个多态性位点,平均多态性位点5.4 个;其中17 个位点的多态信息含量高于0.5,总平均 值为0.662,多态性较高。聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。因此,BES-SSR 是一类多态 性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR 引物。      

苦荞SRAP分子标记体系优化与遗传多样性分析

通过正交试验设计,比较苦荞序列相关多态性-聚合酶链式反应(Sequence related amplified polymorphism-polymerase chain reaction,SRAP-PCR)扩增反应体系的组合,选出最佳扩增体系用于苦荞SRAP分子标记进行遗传多样性分析。其中最佳SRAP-PCR反应扩增体系为Taq DNA聚合酶2 U、Mg2+1.5 mmol/L、DNA模板75ng、引物0.5μmol/L。从238对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,并对15个苦荞品种进行遗传多样性分析。结果表明:20对引物组合共扩增出128个位点,其多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)值在0.66~0.95,每对引物组合扩增位点为7~13个,多态性比率平均值为81.6%,其中多态性信息量值为0.95的引物组合为me7em11、me9em4和me12em8。基于UPGMA法聚类(GS=0.78)可将15个苦荞品种划分为3大类,但这3类划分的品种没有明显的地域分布特征。     

基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化

【目的】优化基于毛细管凝胶电泳(CGE)技术的甘蔗SSR-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳SSR-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳SSR-PCR反应体系(20μL):dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5 U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对SSR引物共扩增出101个片段,其中多态性片段为93个,多态性比率为92.1%。聚类分析结果表明,参试材料间的遗传相似性系数为0.521~0.871,在相似性系数为0.614处,所有参试材料可分为两大类,3份国外种质材料PINDAR、CP72-1210、CP84-1198与ROC20、GT69-156聚为一类;而ROC26、GT02-237和GT97-69聚为另一类。【结论】基于CGE技术的SSR-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,适用于甘蔗的遗传分析及遗传作图。     

SSR在鸭茅种质资源遗传多样性研究中的应用初探

本文以鸭茅基因组DNA为模板,利用小麦SSR引物对鸭茅SSR反应体系中的一些重要参数进行摸索和优化实验,建立了一套鸭茅SSR分子标记的最优化反应体系,在15μl体系中,最终浓度或量:Mg2 为2.5 mm/L、dNTP为400μmol/L、Taq酶为1.0U、引物浓度为2.0~2.5μpmol/L、模板NDA量为60~80 ng。同时成功的筛选出20对能较好的应用于鸭茅种质资源遗传多样性研究的SSR引物,可用于鸭茅SSR标记的进一步研究。     

37个新引进的薄壳山核桃品种遗传多样性SSR分析

对37个新引进的薄壳山核桃品种生物学性状进行分析,采用已开发的薄壳山核桃引物和山核桃引物,通过SSR(simple sequence repeat)技术对这37个品种进行遗传多样性分析。结果表明,引进的37个品种遗传多样性不明显,筛选获得的14对SSR引物共扩增出112个等位基因位点,平均每对引物获得8个等位基因位点,最多是20个,最少是3个,多态性最高为100%;通过Ntsys2.10软件对37个薄壳山核桃品种进行聚类分析,得出遗传相似系数为0.607～0.955,平均0.781,Eliott和Schley关系最近,Van Daman与Disirable,Van Daman和Eliott,Barton与Owens,Owens与Stuat,Disirable与Dependable间的遗传关系最远。这表明美国薄壳山核桃品种间遗传多样性较低。     

苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析

该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。     

枝角类RAPD条件优化和遗传多样性分析

以蒙古裸腹(MoinamongolicaDaday)和多刺裸腹(M.macrocopaStraus)为材料,对枝角类RAPD扩增条件进行了摸索和优化,结果表明,枝角类PCR扩增反应的最佳体系为:在25μL体积中,模板DNA25ng/μL,dNTPs0.1mmol/L,TaqDNA聚合酶1U,引物0.1μmol/L,Mg2+1.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.5μL。按照优化的RAPD条件进行实验,重现性良好。2种裸腹在盐胁迫条件下的种群遗传多样性分析表明,同种裸腹不同生存盐度之间的种群遗传相似度较高,分别为0.9134和0.9038;而多刺裸腹和蒙古裸腹两个种间的遗传相似度相对较低,约为0.5～0.6。     

西洋杜鹃SRAP体系优化及遗传多样性分析

以西洋杜鹃Rhododendron hybridum功能叶片为试验材料,采用改良的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取西洋杜鹃基因组DNA,并且运用L16（4^4）正交试验设计,在4个水平上对影响西洋杜鹃相关序列扩增多态性（SRAP）反应的锾离子（Mg^2＋）浓度、Taq酶用量、三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度等4个因素进行了优化,确立了一套适用于西洋杜鹃的稳定可靠、重复性强的SRAP-PCR反应体系。实验发现,其最佳反应体系（20．0μL）为：Mgn浓度1．750mmol·L^-1,dNTPs浓度0．175mmol．L^-1,砌酶1．500×16．67nkat,引物0．200μmol·L^-1。利用该优化体系对24个西洋杜鹃花品种进行遗传多样性分析。从88对SRAP引物中筛选出10对扩增清晰且多态性高的引物,共扩增出217条带,其中多态性条带212条,多态性比率达97.35％。24个杜鹃品种的遗传相似系数变化范围为0．591～0．708,算术平均数的非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析结果显示：在相似系数为0．590处将24个供试品种分为2个类群,在相似系数为0．623处又可分为2个亚群,说明该优化体系可应用于西洋杜鹃花品种鉴定及遗传多样性的研究。