略阳乌鸡黑素皮质素受体1(MC1R)基因变异及蛋白质结构的预测

为弄清略阳乌鸡黑素皮质素受体1(MC1R)基因的遗传变异与黑色素形成的关系,采用PCR-SSCP测序方法,对略阳乌鸡蛋白质理化性质和分子结构进行了研究.结果表明:略阳鸡种内MC1R变异较小,与白来航比对,在编码区69、212、274、376、636、637和644位点有7个SNPs,除69和636位点外,其余 5个突变导致略阳乌鸡的MC1R编码区氨基酸序列发生改变,并造成黑素皮质素受体1多了一个磷酸化位点,这些位点的变异可能与略阳乌鸡黑色素的形成和沉积有关;经聚类分析,略阳鸡与原鸡亲缘关系较近,与来航鸡关系较远.略阳乌鸡保留了原始的基因库,MC1R基因可能是控制略阳乌鸡黑色素形成的主效基因.     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

贵州地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT l基因在贵州地方鸡品种中作用,分析ONECUT l基因在5个贵州地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明,4个多态位点均位于内含子上,分别是16369位（C→A）,16517位（C→T）,16587位（C→G）和16639位（C→T）。16517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16587位置和16639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT1基因在贵州地方鸡品种中的作用,分析ONECUTl基因在5个地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明:4个多态位点均位于内含子上,分别是16 369位(C→A),16 517位(C→T),16 587位(C→G)和16 639位(C→T)。16 517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16 587位置和16 639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.     

鸡腺苷琥珀酸裂解酶(Adsl)基因多态性及其与肌苷酸含量相关研究*

 腺苷琥珀酸裂解酶是嘌呤核苷酸合成过程中的关键酶之一,催化嘌呤核苷酸合成过程中的两个重要反应:(1)由SACIAR生成AICAR的反应;(2)由腺苷酸琥珀酸生成腺苷酸单磷酸的反应。本研究对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因的cDNA进行了克隆,并对序列进行了分析,共发现有6处碱基突变:249 G→A(TH),717 C→G(TH),985 A→G(TH)仅在泰和乌骨鸡中出现;992 T→C(RW),1400 C→T(RW)仅在隐性白羽肉鸡中出现;而在泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡中均检测到突变1179 A→C(TH,RW)。其中985 A→G(TH),1400 C→T(RW)处突变导致两处氨基酸突变:Thr→Ala(305),Ala→Val(443),其它4处碱基突变均为同义突变。     

6个鸡种AMPD1基因PCR-RF-SSCP分析

腺苷一磷酸脱氨酶(adenosine monophosphate deaminase, AMPD)是嘌呤代谢过程中的一种重要的酶,它对肉质性状和风味起到重要作用.根据人和大鼠的AMPD1基因序列设计引物对鸡的AMPD1基因进行扩增,在克隆测序的基础上,采用PCR-RF-SSCP技术分析了AMPD1基因在北京油鸡(119只)、泰和乌骨鸡(40只)、崇仁麻鸡(39只)、鹿苑鸡(39只)、霞烟鸡(40只)和AA鸡(40只)6个鸡种中的多态性.结果表明,在供试的6个鸡种中共检测到AMPD1基因的A、B、C 3个等位基因,产生AA、AB、AC、BB、BC、CC 6种基因型.测序结果发现等位基因B和等位基因A相比存在一个单碱基突变,即C→T(402),而等位基因C与等位基因A相比存在G→T(361)、A缺失(373)、T缺失(404)、G→T(420)、C→T(434)、G→A(456)、A→G(469)、G→A(473)、G→A(486)、G→A(491)、G→A(493)等11处碱基突变.     

4个鸡品种VIPR-1基因遗传多样性分析

采用PCR-RFLP方法,对茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡和隐性白洛克鸡VIPR-1基因的20个位点的遗传多样性进行研究。结果表明,20个位点的基因频率在这4个群体中分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5%。独立χ2分析显示,除位点C1704887T外,其他19个位点基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异(P0.05、P0.01)。茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡与隐性白洛克鸡4个群体的平均多样性分别为0.3658(±0.0238)、0.3609(±0.0315)、0.3836(±0.0299)和0.3598(±0.0401),显著性检验差异均不显著。单倍型分析发现,在所研究的区域,泰和丝羽乌骨鸡有2个单倍型块,固始鸡有4个单倍型块,茶花鸡和隐性白洛克鸡有5个单倍型块。研究发现鸡VIPR-1基因中5个位点,单倍型块C1660256T～A1660309G以及G1680779T～C1693306T的12kb区域可能与早期生长速度有关。     

6个鸡种腺苷单磷酸脱氨酶1基因克隆及序列分析

 以肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶之一的鸡腺苷单磷酸脱氨酶1（adenosine monophosphate deaminase 1,AMPD1）基因作为候选基因,分析了其在6个鸡种中的序列多样性,发现在525 bp的片段中共存在10个多态位点,其中120位的A→G,355位的A→G的碱基变化仅在泰和乌骨鸡、北京油鸡、茶花鸡肌苷酸含量较高的鸡种中出现,推测这两个位点与肌苷酸含量密切相关。另外该基因与体重也可能具有相关性。     

贵州白山羊和黔北麻羊TFAM 基因部分外显子多态性研究

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列.PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点.利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响.结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T 1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区.SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响.     

4个鸡品种TPK1基因的PCR-SSCP分析

以鸡硫胺焦磷酸激酶(TPK1)基因为候选基因,隐性白羽鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对TPK1所有外显子及3'-调控区进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,探讨不同基因型与不同鸡品种肌肉硫胺素含量的关系.结果表明:在3'-调控区发现了1个SNP位点,其纯合子AA型与BB型相比有一个C2132T的单碱基突变,CC型与BB型相比有一个C2132A的单碱基突变.等位基因A和B的频率极显著高于等位基因C的频率,且泰和乌骨鸡与白耳鸡差异显著,故推测所检测到的基因座与肌肉硫胺索含量相关.     

鸡H-FABP基因外显子2的PCR-SSCP分析

实验选用4个地方品种:清远麻鸡、惠阳三黄胡须鸡、封开杏花鸡、广西霞烟鸡以及3个近年培育的品系:岭南黄快大Ⅱ号配套系、矮小鸡E4专门化品系、AA配套系为材料(每个品种或品系各取5个个体,共35个个体)。采用PCR-SSCP结合DNA测序技术,对H-FABP(心脏型脂肪酸结合蛋白)基因第2外显子区进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果表明:在第一内含子区含有丰富的SNP位点:580 bp(T→G)、595 bp(A→C)、610 bp(C→-)、617 bp(A→G)、622 bp(A→T)、625 bp(A→-)、627 bp(A→C)、629 bp(A→C)、631 bp(A→C)、677 bp(G→A)和1个双碱基突变586~587 bp(TG→CA);在第二外显子区发现了一个非SNP位点785 bp(C→T);这表明在外显子2上本实验所选品种的序列之间没有差异,但与GenBank上登录号为AY648562的序列相比存在变异。此外在第二内含子区也发现了一个非SNP位点:1018 bp(C→T)。这为进一步分析H-FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

DNA池快速筛查牛SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs

选取务川黑牛为试验对象构建DNA池筛查SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs,结果首次在牛中发现CIS基因SNPs位点。在SOCS2基因中快速筛查到的3个SNPs均位于第4外显子内,其中G3456A(Glu→Lys)和G3810A(Val→Ile)为错义突变,T3599C为同义突变;在CIS基因中发现5个SNPs,其中A4086G(Val→Met)为错义突变,位于第3外显子处,其余4个SNPs(C4410T、G4560A、C4566T和G5251C)均位于3’-UTR序列。     

贵州白山羊DQB1基因外显子3的多态性及生物信息学分析

为筛选贵州白山羊DQB1基因外显子3序列的SNPs位点,并进一步研究MHC基因多态性与山羊免疫性状的相关性奠定基础,以贵州白山羊为研究对象,采用混合DNA池与直接测序相结合对DQB1基因外显子3多态性及生物信息学进行分析。结果表明:贵州白山羊DQB1基因外显子3中有17个SNPs位点,其中,G+115A(Arg→Gln)、C+156T(Leu→Phe)、G+206A(Met→Ile)、G+238A(Arg→His)和T+270A(Ser→Thr)位点为错义突变;C+20T位点具有最小的自由能,其RNA二级结构最为稳定;各基因型蛋白质二级结构均由β折叠和无规则卷曲构成且比例相近,易于抗原决定簇的形成;参考序列与错义突变5种基因型均存在5段抗原决定簇,且均具有较高的平均抗原倾向性。     

牛CRP2基因SNPs筛查及生物信息学分析

为遗传效应分析及CRP2基因对牛生长调控的功能研究奠定基础,选取生长发育性状差异明显的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CRP2基因第6外显子序列和部分3’-UTR(总长724 bp),切胶回收后对PCR产物进行双向测序,进行不同牛种CRP2基因SNPs筛查.结果表明:在CRP2基因有7个SNPs:T20G,C22G,T151C,T285A,T-157C,G-145A,G-85A,包括3个新的SNP位点(C22G,T-157C,G-85A).CRP2基因第6外显子编码区有2个SNPs,包含1个错义突变(C22G,Gly→Ala)和1个同义突变(T20G);CRP2基因3’-UTR有2个SNPs(T151C和T285A);CRP2基因内含子区有3个SNPs,分别为T-157C、G-145A和G-85A.T20G、C22G和T151C位点等位基因频率在不同牛种间有较大差异.突变前后CRP2的RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显改变,蛋白质三级结构无明显差异.     

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNA D-loop序列3个区的变异.结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1 231和1 230 bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A 26.92％、T33.41％、G 1...     

变性高效液相色谱法检测鸡HSP70基因单核苷酸多态性

选取我国20个地方鸡种共591个个体作为实验材料,采用变性高效液相色谱(DHPLC)技术,在鸡HSP70基因的全序列内进行未知SNPs的筛选,对有变异的色谱峰型分别选取2个个体测序,再将同一对引物的所有测序样本的测序结果进行序列的同源性比较,从而识别和确认鸡HSP70基因的未知SNPs。结果分别在4对引物扩增的PCR产物中检出并确认了10个SNPs:A258G、C276G、C507T、C1040A、G1044A、C1431A、T1476C、G1500A、A1529G、C1722T。     

赤水乌骨鸡PPP3CA基因多态性与生长性状关联分析

【目的】探究PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状的影响，为赤水乌骨鸡的遗传改良和分子育种提供依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象，采用PCR扩增和直接测序技术对其PPP3CA基因全部外显子进行多态位点筛选，运用RNAfold WebServer和Structural Bioinformatics Group在线软件预测PPP3CA蛋白质二级结构和三级结构，计算基因频率、基因型频率、纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量，并对Hardy-Weinberg平衡状态进行分析；采用SPSS对不同多态位点所对应的基因型与体尺指标进行相关性分析。【结果】在外显子7处发现C29T、T50C和T63G位点共3个错义突变位点，外显子16处发现1个错义突变位点G720A;χ²检验表明上述几个基因座均偏离Hardy-Weinberg平衡状态；C29T位点的CC型显著提高个体的体重、骨盆宽和胸围；T50C位点的CC型显著提高个体的体重、胫长和龙骨长；T63G位点的TT型显著提高个体的胫长和龙骨长；G720A位点的AA型极显著提高个体的胫长和龙骨长，CC型显著提高个体的体斜长。C29...     

贵州黑山羊STAT5A基因第13外显子SNP研究

利用贵州黑山羊构建DNA池,设计引物扩增STAT5A基因第13外显子及部分内含子序列。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构、STAT5A蛋白二级及三级结构的影响。结果表明,在扩增的STAT5A基因中筛选到2个SNPs:T+1641G和G+1248T,其中T+1641G为脯氨酸(Pro)的同义突变,G+1248T为错义突变,导致编码的缬氨酸(Val)变为苯丙氨酸(Phe)。SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构和STAT5A蛋白结构均有一定影响。