新疆野猪mtDNA控制区序列遗传多样性分析

[目的]为研究猪种起源和遗传分化提供依据。[方法]从6个新疆野猪样本中提取基因组DNA,克隆线粒体DNA控制区序列并进行测序。在测定新疆野猪与其他20个国内外猪种间的遗传距离的基础上,对其进行聚类分析。[结果]通过PCR扩增克隆到大小为1398bp的DNA片段,其A+T含量为59.87%,有明显的碱基偏向性。控制区内存在大量的ACACGTGCGT串联重复序列。在6个新疆野猪样本中检测到3个单倍型。群体平均单倍型多样度(H)为0.600,核苷酸多样度(π)为0.00086。聚类分析结果表明新疆野猪与滇南小耳猪、泰国野猪和藏猪具有较近的遗传关系。[结论]新疆野猪与亚洲野猪和中国地方猪种有较近的遗传关系。     

中国家驴品种遗传多样性及母系起源研究

为了给中国家驴遗传资源的评价、保护和利用提供一些分子生物学基础,本研究通过自行设计引物,采用PCR-SSCP技术对中国家驴线粒体DNA( Mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因308bp片段序列的变异进行检测来探讨其遗传多样性和母系起源.发现了3种基因型,结合GenBank已公布的数据进行分析发现在中国家驴品种中共存在15个突变位点,17个单倍型,通过计算各群体的遗传多样性指数发现中国家驴的遗传多样性比较丰富.另外,还通过与两种非洲野驴的Cytb序列进行比对和网络聚类分析方法对所有家驴的样品进行了母系起源的研究,证明家驴起源于非洲的索马里驴和努比亚驴.     

纯血马mtDNA D-Loop高变区序列分析

本文对4匹纯血马(分别来自英国、澳大利亚、美国和新西兰)mtDNA D—Loop高变区400bp核苷酸序列的变异进行分析。结果发现4匹纯血马mtDNA D—Loop高变区的核苷酸变异存在长度变异和位点变异，长度变异是由碱基缺失导致，位点变异类型包括转换、颠换和缺失3种形式，其中以转换最为常见，平均核苷酸变异率为4．00％。核苷酸变异位点较多，且个体之间差异大，说明这4匹纯血马的mtDNA D—Loop高变区多态性丰富。     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

基于叶绿体DNA rps16序列的福建泰宁野生铁皮石斛多样性分析

为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNArps16序列比对后,共得到5个多态性位点,多态性位点数占总数的25%,种内基于K-2P遗传距离最大为0.003 4,表明泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列变异较大,多样性较高。此外,在泰宁野生铁皮石斛的5种rps16核苷酸序列中,T2型、T65型、D5型为参比铁皮石斛种质中的独有类型。     

Worldwide phylogeography of wild boar reveals multiple centers of pig domestication

Mitochondrial DNA (mtDNA) sequences from 686 wild and domestic pig specimens place the origin of wild boar in island Southeast Asia (ISEA), where they dispersed across Eurasia. Previous morphological and genetic evidence suggested pig domestication took place in a limited number of locations (principally the Near East and Far East). In contrast, new genetic data reveal multiple centers of domestication across Eurasia and that European, rather than Near Eastern, wild boar are the principal source of modern European domestic pigs.     

山羊mtDNA多态性及其遗传结构的研究*

 对中国6个山羊品种（辽宁绒山羊,内蒙古绒山羊,西藏山羊,中卫山羊,济宁青山羊和龙陵山羊）的52个样本进行mtDNA的D-Loop区的全序列测定,用来研究中国山羊品种的线粒体DNA遗传多态性及系统发育。用NJ法构建单倍型系统发育树,结果发现6个山羊品种的线粒体DNA控制区聚类后得到了4个很明显的分支,即单倍型A,B,C,D.品种间遗传结构分析发现内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊两个绒山羊品种与西藏山羊、中卫山羊3个可产绒的山羊品种聚在一起,接着与产羔皮的济宁青山羊聚在一起,最后与产肉性能强的龙陵山羊聚在一起。     

Population size does not influence mitochondrial genetic diversity in animals

Within-species genetic diversity is thought to reflect population size, history, ecology, and ability to adapt. Using a comprehensive collection of polymorphism data sets covering approximately 3000 animal species, we show that the widely used mitochondrial DNA (mtDNA) marker does not reflect species abundance or ecology: mtDNA diversity is not higher in invertebrates than in vertebrates, in marine than in terrestrial species, or in small than in large organisms. Nuclear loci, in contrast, fit these intuitive expectations. The unexpected mitochondrial diversity distribution is explained by recurrent adaptive evolution, challenging the neutral theory of molecular evolution and questioning the relevance of mtDNA in biodiversity and conservation studies.     

黑龙江省野猪线粒体D-Loop区的生物信息学分析

对Genbank中野猪的线粒体D-Loop区的基因序列进行了SNP分析及分子进化树构建。结果表明:黑龙江野猪线粒体DNA的D-Loop区全长1 145 bp,A+T含量(61.3%)明显高于G+C含量(38.7%);发现了93个多态位点,界定了20种单倍型,野猪mtDNA D-Loop区核苷酸多样性为0.02553,单倍型多样性为0.995,平均核苷酸差异数为15.443;黑龙江野猪与意大利和瑞典野猪亲缘关系最近,与马来西亚野猪的亲缘关系最远,推测黑龙江野猪含有欧洲野猪血统。     

Comment on "Population size does not influence mitochondrial genetic diversity in animals"

Bazin et al. (Reports, 28 April, 2006, p. 570) found no relationship between mitochondrial DNA (mtDNA) diversity and population size when comparing across large groups of animals. We show empirically that species with smaller populations, as represented by eutherian mammals, exhibit a positive correlation between mtDNA and allozyme variation, suggesting that mtDNA diversity may correlate with population size in these animals.     

Investigation of mitochondrial DNA genetic diversity and phylogeny of goats worldwide

Genetic diversity, population structure, and population expansion of goats worldwide (4 165 individuals from 196 breeds) were analyzed using published mitochondrial DNA (mtDNA) D_loop hypervariable region sequences. Results showed that 2 409 haplotypes and 301 polymorphic sites were present within the 401-bp length D_loop region, the nucleotide diversity (Pi) was 0.03471, and the haplotype diversity (Hd) was 0.9983. Phylogenetic analysis revealed that 98.92% of haplotypes were divided into six obvious clusters, consistent with the classification of the known mitochondrial haplogroups of goats. Haplogroup A accounted for the largest proportion (86%). Interestingly, two unknown divisions (Unknown I and Unknown II) were discovered from goats in Southwest China, suggesting that Southwest China has unique maternal haplogroups. Analysis of molecular variance (AMOVA) and the average number of pairwise differences between populations (PiXY) indicated that geographical variation was small but significant. Neutrality tests (Tajima's D and Fu's F_S tests) and mismatch distribution showed that haplogroups B, C, and G had expansion histories. In addition, the phylogenetic relationship between domestic and wild goats suggested that Capra aegagrus is the most likely wild ancestor and may have participated in the domestication of ancestral populations of A, B, C, and F haplogroups. A meta-analysis on the mtDNA sequences of goats from international databases was conducted to analyze goats’ genetic diversity, population structure, and matrilineal system evolution worldwide. The results may help further understand the domestication history and gene flow of goats worldwide.     

普氏野马头骨观察研究

野马属世界上最珍贵动物之一。本文对新疆野马繁殖中心因心脏病死亡的908号母马头骨进行了观察测量,并与家马头骨进行了比较,发现野马头长与体长之比大于家马头长与体长之比,野马脑区体积在马属动物中仅属中等程度,但脸区却明显大于家马。野马下颌骨较家马的粗大,翼肌窝较家马的深,上、下臼齿列也明显比家马长。以上特点和野马的野生习性相适应。另外908号野马在神经出入颅腔的孔道上与家马差异大,908号野马岩颞骨乳突部下方与鼓室间无茎乳突孔,面神经是和鼓索神经一起自岩鼓裂出颅腔。     

中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源

对中国 5 个家驴品种 89 个个体 mtDNA Cytb 基因的全序列进行分析,共检测到 26 种单倍型 30 个多态位点,其单倍型多样度为 0.722～0.826,核苷酸多样度为 0.0042～0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富.构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系.     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

猫科动物线粒体DNA研究进展

综述了线粒体DNA在猫科动物的系统进化关系与分类地位、物种的遗传多样性、群体遗传结构以及物种识别等方面的研究现状，并提出今后应对野生猫科物种的mtDNA全基因组测序，以及对某些与mtDNA基因相关的疾病等进行深入研究。     

中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

线粒体DNA标记在昆虫学研究中的应用进展

综述了昆虫线粒体DNA（mtDNA）的特点、mtDNA标记优缺点及该标记在昆虫学研究中的应用。目前应用mtDNA作分子遗传标记主要用来进行昆虫分类单元的鉴定、物种或种群的系统发育、遗传多样性、基因流、起源及杂交带的研究,但由于mtDNA标记的缺点,因此常需与其他标记技术结合使用才能获得更可靠的结果。     

云南特有茶树种质资源遗传多样性的RAPD研究

运用RAPD技术对云南主产茶区具有代表性的野生型古茶树、过渡型古茶树、栽培型品种、野生种、地方品种及其近缘植物———金花茶等48份材料进行遗传多样性分析,从核基因组DNA的角度深入探讨了云南特有茶树种质资源的分类及其亲缘关系。用已筛选出的12个引物对48份供试材料进行RAPD扩增反应后,共检测到112条扩增片段,所有片段均为多态,其多态性程度高达100%.材料间的遗传距离为0 116～0 527,平均为0 202.对48份供试材料间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析,研究结果表明:当以欧氏距离为6 0来划分时,可分为5个组,其中3个复合组,2个独立组,基本上与传统分类水平相吻合。     

沉香属植物的遗传多样性及分子鉴定研究进展

沉香是世界性名贵的传统药材及天然香料,应用历史悠久。瑞香科沉香属（Aquilaria Lam.）植物是 目前生产沉香最主要的树种。随着沉香产业发展和市场需求增加,沉香属树种被过度开采,野生资源日渐枯竭,严 重威胁到种质资源多样性和可持续发展。为更好地利用及保护沉香资源,该文基于沉香属植物的遗传多样性及分子 鉴定相关文献资料,结合国内外市场调研,分析沉香产业发展现状;深入国内广东、海南、广西、福建等省份,海 外马来西亚、越南等国家,系统调查沉香种质资源开发利用情况;对国内外沉香属植物遗传多样性和分子鉴定研究 进行总结和展望,从表型性状、DNA 分子标记、DNA 指纹鉴定技术、核基因组水平等 4 个方面综述沉香属植物遗 传多样性研究进展,从 DNA 指纹图谱、核质基因片段的 DNA 条形码、DNA 条形码组合其他分子鉴定方法等 3 个 方面总结沉香属植物分子鉴定研究的现状,提出沉香属植物在分子遗传学研究中存在的问题和研究趋势,以期为沉 香种质资源研究提供参考。